同时以第66军作为总预备队，并于3月12日正式成立“中国远征军第1路司令长官司令部”（原定第2路使用于越南方面，后因情况变化未成事实），以卫立煌为司令长官 ＇卫立煌因故一直没有到任，4月2日，蒋介石改派罗卓英中将为司令长官。＇，杜聿明为副司令长官。在司令长官未到任前，由副司令长官代理之。中国远征军序列如下：
中国远征军：司令长官 卫立煌（后罗卓英）？？ 副司令长官：杜聿明
第5军：军长 杜聿明（兼）
第200师：师长 戴安澜
新编第22师：师长 廖耀湘
第96师：师长 余 韶
第6军：军长 甘丽初
第49师：师长 彭壁生
第93师：师长 吕国铨
暂编第55师：师长 陈勉吾
第66军：军长 张 轸
新编第28师：师长 刘伯龙
新编第29师：师长 马维骥
新编第38师：师长 孙立人
以上总兵力约10万人。
1942年2月24日，中国驻英军代表侯腾从腊戍向驻滇参谋团报告英缅军总司令胡敦对中国远征军的部署及有关意见：
1、第6军以暂编第55师位置于垒固地区，第49师位置于孟畔地区，第93师位置于景栋地区，任泰缅国境之守备，军直属部队位置于雷列姆，军部位置于东枝；
2、第5军以1个师位置于东枝，为第6军预备队，1个师位置于东吁，1个师位置于良礼彬，任英缅第1师和英印第17师撤退时之掩护，军部与直属部队位置于东吁以北地区；
3、胡敦拟即令第5军派兵两团，先至东吁占领阵地，掩护后续部队之集结；
4、塔泽附近之敏铁拉与漂贝两地，第5军不含，归英方防守；
5、胡敦总司令不同意派遣联络参谋分驻英军师、旅部，经再三交涉，只允向英缅第1师派一员；
6、第6军与英缅第1师之作战地境，为东吁、莫契公路之线。
通观英方对中国远征军人缅后的部署意见，可以看出完全是一个利用中国远征军掩护其撤退的部署。英方以第6军的3个师分置于景栋、孟畔、垒固，实力掩护其长距离撤退路线侧背的配置，且犹虑不能确保，再以第5军的1个师位置于此侧背的交通要点（东枝）作为第6军的预备队。正面掩护则以第5军的1个师位置于良礼彬构成第一掩护阵地，再以该军的另1个师置于东吁，使之自然构成第二掩护阵地，同时还以英军防守正、侧面两个主要交通交汇点敏铁拉和漂贝，以构成最后掩护阵地。此时仰光尚未失守，英方即作如此部署，足见英方已丧失在缅作战的决心，且英方拒绝中方派联络参谋于英军师、旅部（英方在中国远征军人缅各军、师都派有联络参谋），是不愿让中方了解其行动，以便达到安全撤退的目的。
2月27日，蒋介石在昆明对中国远征军下达命令之要领：
1、敌为夺取缅甸，威胁中印国际路线，将企图占领仰光，并继续向缅甸北部曼德勒进攻。
2、我以摧毁敌人企图之目的，第5、第6两军应即全部入缅，协同英军作战。
3、关于入缅部队之指挥系统及输送程序暨集中位置，综合规定如次：
（1）第5、第6两军暂归杜聿明军长统一指挥，杜军长受胡敦总司令指挥。
（2）第5军应不待第6军输送完毕，即开始输送。
（3）第5军之第200师，应于3月1日由现地开始输送，急行入缅，在彬文那、东吁间地区，占领阵地，掩护该军主力之集中；第5军主力应继第200师之后续行入缅，集中于塔泽南北地区，准备协同英军迎击进攻之敌。
（4）第6军应以第93师及刘支队，任景栋方面之守备，以第49师任孟畔方面之守备，以暂编第55师为军预备队，控制于南桑附近地区，军部及直属部队位置雷列姆附近。
4、中英两军之作战地境，协定为恩冥村、敏乌里（敏建东南地区）、巴尼托特（彪关与明塔林之间）、密雅内特（勃固西北侧）相连之线，线以东属中国军，曼德勒以南至东吁间之铁路，应协定归第5军防守。
5、第66军之新编第38师及宪兵第20团第1营在第5军之后输送入缅，任第5、第6两军后方联络线之维持。第66军主力，即移驻保山附近，并准备入缅作战。
蒋介石的命令，规定了中国远征军入缅作战的目的和作战方针，但对英军如何协同没有规定，而且对英方意见十分迁就。第6军仅暂编第55师未担任垒固地区防守，其余两师均按英方意见配置。第5军各师虽未分配于东枝、东吁、良礼彬各地，但己如英方之期望，规定该军全部越过曼德勒以南，而且规定先头师推进到彬文那、东吁地区。
3月1日，蒋介石由昆明飞赴腊戍，2日与来见的韦维尔会晤，3日主持召开高级军事会议，对中国远征军的作战作了如下指示：
1、英方韦维尔将军以为敌军不攻仰光，系因锡唐河渡河困难，我判断敌军迟迟不动之原因，在于调查我军行动。
2、3月10日为敌军之陆军节，敌将企图于10日前占领仰光，故我军之作战指导，应视敌情变化策定如次：
（1）第5军之集中尚未完成，敌即己占领仰光时，我应视敌兵力之大小以决定我是否反攻。若敌兵力小，我可即行反攻；若敌在2师以内，我仍可反攻；若有3师，则我反攻不易，故第5军主力仍应在后方集中。
（2）第5军在集中期间，敌毫无行动，仍停滞于锡唐河两岸时，则我应对勃固河左（东）岸之敌攻击而歼灭之。
（3）第5军主力业已集中，而敌对仰光进攻时，如敌兵力为1师，我应对其反攻。
（4）第5军主力尚未集中，敌即进攻东吁时，第200师应固守东吁，一俟第5军大部集中，即行反攻。
次日，蒋介石回国，令参谋团团长林蔚留驻腊戍，并续调该团参谋处长萧毅肃率一部分人员到腊戍工作，指导中国远征军部队，与英方协调作战事宜。
正当中国远征军兼程挺进缅甸时，英军却于3月8日轻易放弃仰光。蒋介石于9日晚召见史迪威，严厉抨击英国没有与中国真正进行合作，指出：“英方作战于撤退时，事前每多不通知在同一战区内活动之友军，更不欢迎我方参谋加入其总部中工作。例如最近在仰光，我方有一参谋在其总部工作，英方部队何时撤退，彼竟一无所知。”＇秦孝仪：《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第2编，《作战经过》（3），中央文物供应仕，1981年版，第225页。＇ 他认为英方没有在缅甸认真作战的打算，不能与中国协调作战，因而不同意再让英方指挥中国军队。并向史迪威指出：“余建议中英两国军队皆由将军指挥之，向例联合军队，部队较多之国家指挥较少者，今我国不愿重提此议，惟主张由一第三国将领如将军者为我联合军之指挥者……余当电请罗斯福总统劝丘吉尔首相接受余之建议。”＇秦孝仪：《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第2编，《作战经过》（3），中央文物供应社，1981年版、第225页。＇
随后，蒋介石就史迪威统率中英缅军队之事，电令在华盛顿的宋子文与罗斯福接洽，并转丘吉尔。但罗斯福因有顾虑，并未向丘吉尔提出。
3月10～11日，蒋介石两次召见即将以中国战区参谋长兼中国远征军总指挥身份赴缅指挥中国远征军作战的史迪威，向他介绍了他对今后缅甸战局的设想，指出：“余最近遣五六两军入缅之目的，原在固守仰光。今仰光沦陷，全部战局顿改旧观。”中国远征军的“主要任务是为保卫曼德勒”，“如欲克复仰光，我必反攻”，而“我方欲反攻，必另有策划，其最妥善者，厥惟集结主力于曼德勒附近，诱敌深入，待与交锋之后，再反攻突破之。”
此外，他还交待：“太平洋战争爆发之初，余欲派国军入缅，英方阻之，因此，余已另定防御计划，拟固守八莫与纳巴之线，以保持密支那至伊洛瓦底江之交通线，我军并准备在保山附近沿怒江作坚强之抵抗，而以澜仓江为第二道防线，拟于此堵击敌军之进犯。”＇秦孝仪：《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第2编，《作战经过》（3），中央文物供应社，1981年版、第238～241页。＇ 并称：“业已下令第5、第6两军归将军指挥”，“林参谋团长以下如第5军、第6军军长已奉命绝对服从将军之命令。”＇秦孝仪：《中华民国重要史料初编——对日抗战时期》第2编，《作战经过》（3），中央文物供应社，1981年版，第252页。＇ 11日晚，吏迪威飞抵腊戍。
此时，以林蔚为首的中方参谋团和以马丁少将为首的英方军事联络组在腊戌举行联席军事会议。会上，英方通知中方，英军在丧失仰光后，决定以卑谬至彪关河一线为主阵地线，以确保仁安羌油田及中部产米区，并掩护莫契铜矿。同时，亚历山大还希望中国远征军尽快向甫推进，接替英军防务，等第5军集中接防后，英缅第1师即向西撤退，尔后仰曼铁路方面，由中国军守备。
为迅速进至预定地区，中国远征军正加紧向缅甸输送。第6军先遣第49师由保山出发沿滇缅公路经腊戍等处进入盂畔地区，接替英军防务；军部及后续部队，续运至雷列姆、南桑、东枝等处，部署作战。英军陆续移至缅甸西部，以仰曼铁路以东至泰越边境地区，划为中国远征军之防区。远征军又划东枝、垒固、亘莫契以东亘泰缅国境至老挝循公河右岸地区，为第6军防区。第5军不待第6军后续部队运输完毕，即先遣第200师、骑兵团及工兵团等，推进至东吁拒止日军，并掩护当地英军撤退及远征军主力集中。3月8日，该军先遣部队如期到达，占领阵地，主力在加紧运输中。
迄止3月16日，中国远征军的部署概要如下：第5军直属骑兵团在彪关河附近；第200师在东吁及其周围地区；军部及直属部队在塔泽、漂贝地区；新编第22师及第96师于23日后在曼德勒东北地区集结。第6军暂编第55师第1团在垒固、保勒间地区，其主力在南桑地区；第49师在孟畔地区；第93师在景栋地区；刘观龙支队在孟勇、芒林、大其力等地，沿泰越国境布防；军部及�