为了执行六届六中全会关于学习问题的决议，1939年2月17日，中共中央特设了干部教育部，领导和组织全党的马列主义理论的学习运动。六届六中全会后，为大力开展学习和研究马列主义基本理论，学习和研究中国社会、中国历史和中国革命的基本经验，学习和研究党的建设的基本经验，探索中国革命运动的基本规律，毛泽东、刘少奇等先后写了《（共产党人）发刊词》（1939年10月）、《中国革命和中国共产党》（1939年12月）、《新民主主义论》＜1940年1月＞、《论共产党员修养》＜1939年8月＞等一系列著作。这些著作科学地阐明了中国革命的基本理论和党的建设的基本经验，贯穿着马列主义的普遍真理和中国革命的具体实践相结合的精神。这个时期，中共中央还先后于1940年1月3日和2月15日，发出《关于干部学习的指示》和《关于办理党校的指示》，要求各级党委都必须把干部的学习、教育放在重要工作地位上，各根据地均应以加强干部的马列主义教育为目的，办理党校。
这时，在延安参加学习的高级领导干部有120多人，核心组有40多人。
其他地区的高级领导干部也进行了学习。为了领导党的高级领导干部进行整风学习和路线学习，毛泽东同志用了半年多时间主持编辑了党的历史文献《六大以来》，以供党的干部学习。同时，中央还规定了一些马克思主义的经典著作，使党的高级领导干部运用马克思主义的立场、观点和方法，全面地分析和研究党的历史经验和抗日战争的新鲜经验，从中吸取经验教训，得出正确的结论。学习进行了4个月后，为进一步推动高级领导干部的整风学习，1941年5月19日，毛泽东在延安党的高级干部会议上作了《改造我们的学习》的报告，提出了改造全党的学习方法和学习制度的问题，指出过去错误路线的思想根源，主要在于理论和实践相分离的主观主义倾向，并着重阐明了马列主义关于理论联系实际的基本原理。
1941年9月26日，中共中央作出《关于高级学习组的决定》，从组织上采取了推进高级干部整风学习的措施。要求延安和外地的各重要地区，都成立高级学习组，参加学习的以中央、各中央局、中央分局、区党委或省委的委员，八路军和新四军各主要负责人，各高级机关一些干部和高级学校的一些教员为范围。并提出以理论与实践统一的方法，研究马列主义的思想方法、党的历史和中国革命的其它问题。
经过整风学习，党的高级领导干部对于中国革向的许多重大问题，在马列主义思想基础上取得了一致的认识，从思想上、政治上和组织上为全党范围的普遍的整风运动作好了充分准备。
1942年2月1日，毛泽东在中共中央党校开学典礼上发表了《整顿党的作风》的演说，8日，在中共中央宣传工作会议上发表了《反对党八股》的演说。这两个演说的发表，标志着整风运动由准备时朗转入全党干部党员普遍整风时期。毛泽东的《改造我们的学习》、《整顿党的作风》、《反对党八股》，刘少奇的《论共产党员的修养》和陈云的《怎样做一个共产党员》等22个文件，被列为全党整风运动的基本著作。
普遍整风时期的主要任务，就是党的各级干部都要学习中央规定的文件，以整顿思想方法和思想作风为主，反对主观主义以整顿学风，反对宗派主义以整顿党风，反对党八股以整顿文风。普遍整风时期从1942年2月至1943年10月，共进行了1年又8个月。
1942年4月3日，在前两个月普遍发动的基础上，中共中央宣传部作出了《关于在延安讨论中央决定及毛泽东同志整顿三风报告的决定》，对整风运动的目的、要求、方法、步骤和学习的文件，作了明确的具体的规定，整风运动进入整顿学风的学习阶段。这个阶段的学习目的，重点在于反对主观主义以整顿学风。为了加强领导，中共中央成立了由毛泽东主持的总学习委员会，领导全党的整风学习。各地各级领导整风学习的组织也建立健全起来。
5月，毛泽东在延安文艺座谈会上发表了重要的讲话。6月8日，中共中央宣传部又发出《关于在全党进行整顿三风学习运动的指示》。此后，反对主观主义、宗派主义和党八股为主要任务的整风运动，就在全党范围内蓬勃开展起来。
1942年8月，各地的整风运动相继进入党风学习阶段，着重于反对宗派主义以整顿党风。学风学习着重端正思想方法，党风学习着重解决组织路线，以保证党的思想路线和政治路线得以贯彻执行。广大干部在党风学习中，对于理论联系实际的原则，有了进一步的领会。在党风学习过程中，中共中央强调了加强党的领导，实现党的一元化领导的问题。1942年9月1日，中央政治局通过了《关于统一抗日根据地党的领导及调整各组织间关系的决定》。
这个决定对于加强党的领导，整顿党风，起了极大的推动作用。经过党风学习，加强了党的领导，克服了大量存在于党内的宗派主义、自由主义等违反党的统一领导的各种错误倾向，极大地增强了全党干部的党性意识。
1942年12月18日，中共中央总学习委员会发出《关于文风学习的通知》，整风运动转入文风学习阶段，主要是反对党八股以整顿文风。通过学习《反对党八股》等文章，各地各单位和每个党员干部检查了工作中的形式主义现象和宣传等工作中的党八股作风，尤其是文教部门，用了更多精力进行了文风学习，以求更贴近实际，更贴近人民群众。
1943年3月20日，中共中央总学习委员会发出《关于整风学习总结计划》，要求各系统各单位按照不同情况，采取不同的结束办法，最迟于6月底作出总结。总结阶段的主要任务是全面检查工作，对普遍整风时期的学习作出总结，每个同志对自己的思想和历史进行全面的反省并写出总结。6月1日，中共中央政治局正式通过《关于领导方法的决定》，在全党公布实施。
这个文件对全党的整风学习，从辩证唯物论的认识论的高度作了总结。这一文件的发表，标志着整风运动普遍整风时期的结束。
1943年秋，打退国民党第三次反共高潮后，中共中央决定，从10月10日起，党的高级干部重新学习党的历史和党的路线问题。整风运动由此转入总结党的历史经验的时期。参加这个时期学习的高级干部比准备时期大大增加，中央书记处把党的历史文献汇编成《两条路线》一书，供学习用。在此期间，党中央领导机关和高级干部对党的全部历史，尤其是1931年初到1934年底这一时期中央的政治路线问题，进行了多次讨论。1944年5月21日，中共六届七中全会在延安召开。这个全会是在整风运动的基础上，为了全面总结党的历史经验而召开的。会议进行了11个月，中间多次召开大会讨论党的历史问题和路线、政策问题。
1945年4月20日，会议通过了《关于若干历史问题的决议》，对党的历史上的许多重大问题作了正式的结论，达到了统一全党认识，巩固党的团结的目的。
整风运动是从党的高级干部学习党的路线问题开始的，中间经过全党范围的普遍整风，在广大干部中扫除了主观主义、宗派主义和党八股的恶劣影响，极大地提高了全党干部的马列主义思想水平。然后，又把整风运动转到党的高级干部路线学习上来。按照这种科学的领导方法，使整风运动成为广泛群众性的运动，在全党普遍提高了理论水平的基础上，总结了党的历史经验，端正了全党干部，尤其是高级干部的思想方法和政治路线。总之，整风运动是中国共产党在抗日战争时期进行的一次重要的思想、政治和组织上的教育和建设运动，它为领导根据地军民克服严重困难，争取抗日战争的彻底胜利，奠定了坚实的基础。正如毛泽东指出的：“一九四二和一九四三两年先后开始的带普遍性的整风运动和生产运动，曾经分别地在精神生活方面和物质生活方面起了和正在起着决定性的作用。这两个环子，如果不在适当的时机抓住它们，我们就无法抓住整个的革命链条，而我们的斗争也就不能继续前进。”＇《毛泽东选集》第3卷，人民出版社，1991年版，第1107～1108页。＇
二、加强共产党的一元化领导
抗战以来，在中共中央领导下，敌后抗日根据地从无到有，由小到大，各根据地的党政军民等组织系统亦相应建立。在几年的艰苦抗战中，各根据地的党的领导一般的是统一的，各组织系统间的关系基本是团结一致的。但是，由于绝大多数根据地孤悬敌后，并在地域上相互隔离，再加上游击战争分散活动的特性，各地区、各系统，以及上下级之间的沟通联系比较困难，工作和斗争往往具有相对的独立性。此外，党内存在的主观主义、宗派主义现象也影响了各系统间的协调关系。这些主客观原因导致各根据地党政军民各系统间的相互关系上存在许多协调配合不够，步调不一的现象。
随着抗战极端困难时期的到来，日军对各抗日根据地的封锁和分割日益严重，“扫荡”也更加频繁和残酷。为了适应严酷的战斗环境，统一和强化各级根据地的抗日斗争，1942年9月1日，中共中央政治局作出了《关于统一抗日根据地党的领导及调整各组织间关系的决定》。
《决定》指出：“党是无产阶级的先锋队和无产阶级组织的最高形式，他应该领导一切其他组织，如军队、政府与民众团体。根据地领导的统一与一元化，应当表现在每个根据地有一个统一的领导一切的党的委员会”。这里所说的统一领导，是指中国共产党从政治上和大政方针上的领导，不是领导一切具体事务，更不是包办代替一切工作。《决定》规定：“确定中央代表机关（中央局、分局）及各级党委（区党委、地委）为各地区的最高领导机关，统一�