1月27日，蒋介石在重庆中央纪念周的演说中宣称：皖南事变“纯然是为了整饬军纪，除此以外，并无其他丝毫政治或任何党派的性质夹杂其中”＇《皖南事变》，中共党史出版社，1990年版，第239页。＇。企图用执行个别、局部的军纪问题来缩小事变的严重性，掩盖国民党顽固派破坏团结、破坏抗战的罪责，欺骗中外舆论和人民群众。
然而，中国共产党坚持把解决民族矛盾放在第一位，正确处理皖南事变善后的严正立场和合理主张，则获得了全国人民、各民主党派、海外侨胞和国际进步势力的广泛同情和热情支持。
国民党中央委员宋庆龄、何香凝、柳亚子及参政员张一鏖和老国民党员彭泽民等在香港发起抗议运动，曾三次写信给蒋介石，极力反对“围剿”新四军，要求撤销“剿共”部署，解决联共方案，发展各抗日实力，保障各种抗日党派。
各民主党派著名人士黄炎培、左舜生、章伯钧、沈钧儒、邹韬奋、张君劢等与周恩来叙谈，对国民党大夫所望，痛感必须反对内战，坚持团结抗日，并准备发起成立民主联合运动，抵抗国民党的压迫。
在军界，指挥着25万将士的第1战区司令长官卫立煌，多次表示不愿内战，愿意推动时局好转。
冯玉祥说，新四军抗战有功，妇孺皆知，此次被政府消灭，政府方面实没有方法能挽回人民的反对。
而各地方实力派，如山西的阎锡山，榆林的邓宝珊、高双成，绥远的傅作义，宁夏的马鸿逵，以及云南的龙云，广东的余汉谋等，在此次反共高潮中都站在中立地位。
在文化界，数百名著名人士联名发表宣言，反对国民党枪口对内。海外侨胞联合会及著名人士陈嘉庚、司徒美堂等分别通电全国，谴责蒋介石倒行逆施，要求制止内战，反对枪口对内。
在新闻界，许多进步的新闻记者纷纷发出电讯和评论，认为皖南事变直接影响中国抗战前途，深感事态之严重，要求英美等国对中国当局施加压力，勿使事态扩大。美国纽约《华侨日报》、苏联《真理报》、菲律宾马尼拉《建国报》、印尼《民报》和香港《南华日报》等先后发表评论、专论，强调：中国抗日民族统一战线会不会破裂，中国内战会不会发生，已引起全世界人士的关切，国内外同胞对皖南事变的发生尤为惊心动魄，因为这不仅影响抗战能否继续问题，而且关系到国家民族生死存亡问题。强烈呼吁蒋介石“以善其后”，大声疾呼“枪口一致向外！”＇《皖南事变》，中共党史出版社，1990年版，第263页。＇
苏联对皖南事变的制造者提出了抗议，苏联驻华大使潘友新1月25日会见蒋介石时表示：进攻新四军有利于日本侵略者，对中国来说，内战将意味着灭亡。
英、美也不赞成蒋介石发动反共内战。英国驻华大使卡尔转告蒋介石，英国政府认为，内战只会因强日军的攻击，劝蒋停止国内冲突。美国总统罗斯福的代表居里于2月14日在重庆会见周恩来时表示：美国赞成中国统一，反对日本；如果中国分裂，美国很难赞助。随后，居里会见蒋介石时正式声明：美国在国共纠纷未解决前，无法大援华，中美间的经济、财政等各问题不可能有任何进展。日本侵略者则于1月24日至2月12日，在华中乘虚而入，发起豫南战役，国民党军汤恩伯部溃败。至此，蒋介石发现自己政治上已陷入内外交困、空前孤立的境地。
2月，第二届国民参政会召开日期临近，蒋介石为了摆脱政治上孤立的困境，千方百计要求中国共产党参政员出席会议。14日，根据周恩来的建议，中共中央决定，以共产党参政员毛泽东、陈绍禹、秦邦宪、林社涵、吴玉章、董必武、邓颖超7人的名义致函国民参政会，将中人中央军委发言人1月20日谈话中提出的“善后办法12条”正式送上，要求讨论，“以期恢复国共团结，重整抗日阿容，坚持对敌抗战。”否则，中共参政员将不出席参政会。这是十分高明的一着。它不仅极大地扩大了“善后办法12条”在全国范围内的政治影响。而且进一步表明中国共产党力求恢复国共团结，坚持对敌抗战的立场，从而博得了国内外更多人士的同情与支持。
18日，周恩来将7参政员公函送交参政会秘书长王世杰，同时将公函副抄送各党派和有正义感的参议员20余人。这是一个爆炸性的新闻。王世杰接到公函十分紧张，立即与张冲商谈，认为这是中共表示决裂。张冲接连数次找周恩来，要求将公函暂行收回两天，以便他从中奔走，请蒋介石约周见面谈话。张冲的建议遭到周恩来的拒绝。
参政会预定3月1日开幕。国民党方面越来越焦急，希望中共能撤回公函。出席参政会。2月25日晨，张冲再次找到周恩来，提出种种方案，恳请中共参政员出席会议。周恩来斩钉截铁地驳回张冲要求，“非十二条有满意解决并办理完毕确有保证之后，决定不出席参政会。”＇中央档案馆：《皖南事变》（资料选辑），中共中央党校出版社，1982年版，第220页。＇
3月1日，第二届国民参政会第一次会议在重庆开幕。清晨，张冲又奉命请董必武、邓颖超出席，遭到谢绝。国民党顽固派进退失据，一筹莫展。
3月2日，根据中共中央的指示，周恩来致函张冲转蒋介石，提出“临时解决办法12条”，并说：“倘能蒙诸采纳，并获有明确保证，则敝党参政员届时必能报到出席。”＇中共中央文献研究室：《周恩来传》，人民出版社，1989年版，第497页。＇
董必武、邓颖超也在同日写信给国民参政会秘书处，表示12条如蒙采纳，并得有明白保证，必可报到出席。“临时解决办庆12条”内容是：
“一、立即停止全国向我军事进攻。
二、立即停止全国的政治压迫，承认中共及各党派之合法地位，释放西安、重庆、贵阳及各地之被捕人员，启封各地被封书店，解除扣寄各地抗战书报之禁令。
三、立即停止对《新华日报》之一切压迫。
四、承认陕甘宁边区之合法地位。
五、承认敌后之抗日民主政权。
六、华北、华中及西北防地，均仍维持现状。
七、于第十八集团军之外，再成立一个集团军，两集团军共应辖有六个军。
八、释放叶挺，回任军职。
九、释放皖南所有被捕干部，拨款抚恤死难家属。
十、退还皖南所有被获人枪。
十一、成立各党派联合委员会，每党每派出席一人，国民党代表为主席，中共代表副之。
十二、中共代表加入参政会主席团。”＇中共中央文献研究室：《周恩来传》，人民出版社，1989年版，第497～498页。＇
上述12条临时解决办法最后虽然仍未被接受，董必武、邓颖超也没有出席这次国民参政会，但是，中国共产党这种坚持原则、光明磊落的坚定立场，得到了国内外广大进步势力的同情与支持，使蒋介石在政治上又一次遭到严重打击。
3月8日，蒋介石在参政会上发表演说，表示“决不忍再见所谓‘剿共’的军事，更不忍以后再闻有此种‘剿共’之不祥名词，留于中国历史之中”，保证“以后亦决无‘剿共’的军事，这是本人可负责声明而向贵会保证的。”＇《皖南事变》，中共党史出版社，1990年版，第251页。＇
接着，参政会又选举中共参政员董必武为参政会常驻委员。这实际上是蒋介石结束第二次反共高潮的退兵一招。
3月14日，蒋介石约见周恩来，宋美龄也在座。蒋介石这次谈话的目的意在缓和对立气氛。他不再有前一时期那种咄咄逼人的气势。谈话一开始，他就向周恩来表示：两月多朱见面，由于事忙，参政会前，因不便未见，现在开完会，情形和缓了，可以谈谈。周恩来将新四军事件和近来各地政治压迫的状况说了一遍。蒋介石对新四军事件有意置而不答，对各地的政治压迫则推说：这是底下人做的，不明白他的怠旨，周恩来提到防地、扩军问题。
蒋介石没有直接回答，但也没有再讲开往黄河北岸的事，而是含糊其词地说：只要听命令，一切都好说。＇中央档案馆：《皖南事变》（资料选辑），中共中央党校出版社，1982年版，第23页。＇
至此，国民党顽固派第二次反共高潮终于被击退。
在先后两次打退国民党顽固派反共高潮的斗争中，中国共产党始终坚持抗战、团结、进步的方针，正确处理民族矛盾与阶级矛盾的关系，表现出中共中央领导人政治上的成熟，在极其复杂的环境中，既进行坚走而灵活的斗争，又高举团结抗战的旗帜，成为坚持团结抗战的中流砥柱，赢得了国内外各方面的同情与支持。
1941年5月8日，毛泽东发表《关于打退第二次反共高潮的总结》，向全党强调指出：在整个抗日战争期间，切勿忘记中国的基本矛盾是中日民族间的矛盾，国内阶级问的矛盾依然处在从属的地位，一个民族敌人深入国上这一事实，起着决定一切的作用。只要中日矛盾继续尖锐地存在，国共两党继续合作抗日的可能性就存在；在中日矛盾继续尖锐地存在的情况下，国民党顽固派的政策依然是两面性的，一面和日本对立，一面又和中国共产党及其所代表的广大人民对立。它既抗日，但又不积极地作战，不积极地反汪反汉奸，有时还向日本的和平使者勾勾搭搭；它既反共，甚至反到发动皖南事变和发布1月17日命令那种程度，但又不愿意最后破裂。对此，中国共产党只能是针锋相对，实行“以打对打，以拉对拉”的革命的两面政策；在反对国民党顽固派的斗争中，要采取区别对待的政策，即对大地主大资产阶级与民族资产阶级和开明士绅加以区别，对大地主大资产阶级中最反动的与一般的、统制中央政权的和地方实力派加以区别，以利孤立和打击顽固派，争取和团结中间势力；要准备两种可能性，即从国共两党全面破裂作准备，努力争取继续共同抗日的前途。只有作好应付最困难、最黑暗局面的准备