南岳军事会议决定重新划分战区，调整部署。
第1战区，司令长官卫立煌，辖区为河南及安徽一部，兵力为12个步兵师，1个骑兵师，1个步兵旅，1个骑兵旅；
第2战区，司令长官阎锡山，辖区为山西及陕西一部，兵力为32个步兵师，5个骑兵师，14个步兵旅，3个骑兵旅；
第3战区，司令长官顾祝同，辖区为苏南、皖南及浙闽两省，兵力为22个步兵师，2个步兵旅；
第4战区，司令长官张发奎，辖区为两广，兵力为18个步兵师，2个步兵旅；
第5战区，司令长官李宗仁，辖区为皖西、鄂北、豫南，兵力为34个步兵师，1个骑兵师，1个骑兵旅；
第8战区，司令长官朱绍良，辖区为甘、宁、青及绥远，兵力为6个步兵师，4个骑兵师，9个步兵旅，4个骑兵旅；
第9战区，司令长官陈诚（薛岳代），辖区为赣西北、鄂南及湖南，兵力为52个步兵师；
第10战区，司令长官蒋鼎文，辖区为陕西，兵力为9个步兵师，1个骑兵师，1个步兵旅，1个骑兵旅。
此外，在敌后新设立两个战区：
鲁苏战区，司令长官于学忠，辖区为苏北及山东，兵力为7个步兵师；
冀察战区，司令长官鹿钟麟，辖区为冀察方面，兵力为5个步兵师，1个骑兵师。
还有23个步兵师归军事委员会直辖；9个步兵师和1个步兵旅担任大后方川、康、滇地区的警备。
总计在第二期抗战之初，中国军队总数为242个师，40个旅，特种部队在外。
国民政府的二期抗战的方针中，全面整训部队是一个重要内容。
自“七·七”事变以来，全国抗战已持续了一年多。中国军队损失了大量人员和装备，海空军战力锐减，陆军因伤亡过重，兵员大多不及编制的一半，因此，南岳军事会议突出强调了整训部队的必要性，蒋介石在会上指出：南岳军事会议“最大的目的，就是要整理军队、建立军队，……确立第二期抗战胜利的基础。”并宣布，将“全国部队分三期轮流整训，限期完成”，办法是“将全国现有部队三分之一配备在游击区域——敌军的后方，担任游击，以三分之一布置在前方，对敌抗战，而抽调三分之一到后方整训。……每期整训期间，暂定为四个月；一年之内，即须将全国军队一律整训完成。”＇张其购主编：《先总统蒋公全集》第1册，台北中国文化大学出版部，1984年版，第1195、1197页。＇
整训军队主要是加强教育训练与改订部队编制两大方面。在教育训练方面，要求通过短期训练，提高官兵技术、战术技能。要求注重发挥官兵的进取心，培养官兵的攻击精神和强韧的战斗意志。为了学习游击战，军训部在湖南衡山举办了游击干部训练班，请中共中央派人到训练班任教。在改订编制方面，精减非战斗的机构和人员，充实作战部队。按照这一原则，军事委员会决定原有的军委会、战区、兵团、集团军、军团、军和基本战略单位师的7级指挥机构中，废除兵团、军团两级，并以军力基本战略单位，还决定废除旅级编制，以便战略指挥和战术指挥都能更加灵敏快捷。此外，对兵员补充、后勤保障等方面也提出了相应的改进要求。
上述二期抗战的指导方针及相应的各种军事计划无疑有一定的客观依据，然而在实际执行过程中，这一方针并未贯彻始终，特别是在反共倾向逐步加剧的情况下，二期抗战方针的内容也发生了质的变化。如：派往敌后本应对日游击作战的部队逐渐成为与中共抗日武装磨擦的主力；连续发动有限攻势的规定在1939年以后也基本被消极应付所取代；整训部队日后也成了保存实力，消极避战的代名词。造成二期抗战方针不能充分发挥积极作用的根本原因不在军事，而在于政治上反共倾向的抬头。
二、国民党五届五中全会
继南岳军事会议之后，1939年1月21日至31日，中国国民党在重庆召开了第五届中央执行委员会第五次全体会议。这次会议是抗日战争进入相持阶段之初召开的一次对抗战颇具影响的会议。有155名国民党中央执委、候补执委和监察委员、候补监察委员出席。国民党总裁蒋介石亲任主席，主持了会议。五届五中全会的内容涉及第二期抗战的政治、军事、经济、外交、教育等各个方面，其中主要议题是抗战和党务问题。在这两个主要问题上，五届五中全会表现出积极与消极方面交相并存的双重性。
在抗日问题上，五届五中全会基本上坚持了继续持久抗战的立场。武汉会战后，日本改变了侵华策略，着重从政治上进行诱降。中国国内、尤其是国民党内妥协求和的空气再度上升，对此，五中全会在其宣言中重申：“吾人所求为合乎正义之和平，非屈服之和平，屈服只以助长侵略。中国若怵于日本暴力，以屈服谋一时之苟安，则将降为日本之殖民地。”＇荣孟源主编：《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下，光明日报出版社，1985年版，第543页。＇
表达了坚持抗战的意向。蒋介石也在题为《以事实证明敌国必败我国必胜》的开幕词中，批评了对日和平的倾向，表示要坚持抗战。蒋介石表示：“我们的精神绝对不要被敌人所胁制，我们更绝对不能受敌人的欺骗。我们一定要持久抗战奋斗到底，不但使敌人过去‘速战速决’的目的不能达到，而且要使他现在‘速和速结’的狡谋成为粉碎，这就是我们今日唯一的方略，这就是敌之失败，也就是我国胜利的基础。”＇张其购主编：《先总统蒋公全集》第1册，台北中国文化大学出版部，1984年版，第1210页。＇
但是，五届五中全会在抗战问题上也存在不彻底的方面。蒋介石在开幕词中说：“我们目前如果妄想妥协，希求侥幸的和平，就无异自投罗网，自取灭亡。须知敌国前首相近卫上月二十二日发表的所谓调整国交的谈话，实在是诱降的文告，而不是讲和的条件。如果依此而讲和平，老实说就是降服。”＇张其购主编：《先总统蒋公全集》第1册，台北中国文化大学出版部，1984年版，第1210页。＇
蒋介石虽然反对现时对日妥协，但并未断然排除与日本谈判媾和的可能性，问题在于时机和条件。
党务问题是国民党五届五中全会着重考虑的又一主要问题。“七·七”事变爆发后，中国政治生活的焦点已集中在对外抗战方面。但是国民党由于长期推行“攘外必先安内”的错误政策，西安事变后被迫走向抗战，形势变化急剧，各方面都难以适应抗战的要求。因此，抗战以来，国民党非但没有因抗战而面目一新，其政治影响和地位反而呈现了下降趋势。对此，国民党中央存在着严重的危机感，他们担心出现抗战胜利，党国消亡的结局。蒋介石针对国民党本身面临的这种严峻形势指出：近来抗战形势日趋有利，国家危险已经过去，本党的使命将日益艰巨。＇张其昀主编：《先总统蒋公全集》第1册，台北中国文化大学出版部，1984年版，第1207页。＇
但是，“到了现在，本党差不多是奄奄一息，沉寂无声，一般民众不仅对党无信仰，而且表示蔑视，……我们现在要振兴本党，领导革命，第一根本要务，就是要树立党基，巩固党基！”并把“重整党务，恢复党誉，以巩固本党的基础”作为“本届大会最大的任务。”＇张其昀主编：《先总统蒋公全集》第1册，台北中国文化大学出版部，1984年版，第1215、1218页。＇
国民党五届五中全会重视自身的建设和发展，这本无可非议，尤其是其加强党务整理发展国民党力量的目的也包含有适应抗战需要的考虑，这当然是抗战事业所必要的。对此，中共中央早已明确表示欢迎，并在中共扩大的六届六中全会上重申了在对外抗战，对内民主的前提下愿意看到国民党力量的发展。但是，国民党五届五中全会在党务问题上的一些观点和立场又包含有不利于对外抗战，不利于国内各种政治力量团结合作的消极因素。其集中表现为，这次全会把中国共产党力量的发展壮大，及其在全国政治影响和地位的提高，视为国民党自身颓势的一个重要原因，唯恐中国共产党在抗战中“坐大”会危及国民党对全国的统治。出于这种考虑，国民党五届五中全会在国共两党关系上确定了“限共、防共、溶共”的基本方针。
这个方针在会议及以后的文件中得到了贯彻。五届五中全会通过的党务问题决议案中提出：“今后本党应力求在乡村社会力量之发展。过去本党组织仅偏重城市而忽略乡村，致广大之农民群众易为异说所乘”；“今后本党应着重革命理论之宣传与领导，而使违反主义之思想无从流布于社会，而于战区及敌人后方，尤应特别注意。”＇荣孟源主编：《中国国民党历次代表大会及中央全会资料》下，光明日报出版社，1985年版，第553页。＇
矛头所指，显然针对中国共产党。会后，国民党中央连续制定了一系列秘密文件，如：《防制异党活动办法》（1939年4月）、《共党问题处置办法》（1939年6月）、《异党问题处理办法》（1939年12月）、《运用保甲组织防止异党活动办法》（1939年12月）、《沦陷区防范共党办法草案》等等。这些文件在“国家至上，民族至上，军事第一，胜利第一，意志集中，力量集中”＇重庆市政协文史资料研究委员会等编：《抗战时期国共合作纪实》上卷，重庆出版社，1992年版，第648页。＇ 的口号下，利用国民党执政党的地位，对中国共产党进行防范、限制、排斥乃至打击。
国民党五届五中全会在制定对中国共产党的新方针时还是有所顾忌的。因为中国共产党在抗战中的作用无法抹杀；全国同胞要求国共两党团结抗战的呼声非常强烈。
在这种状况下，国民党对中国共产党则采取了既合作又限制的双重政策。国民党五届五中全会以“限共、防共、溶共”为基调，避免采取公开摊牌的作法，就是其矛盾心态的