这些话正说中刘牢之的心事，他也叹气道：“我哪里是心甘情愿啊，只是我屡次劝谏王恭，他不听我的，你说怎么办？”
高素道：“你劝他，他不听，你就当讨伐他。你这叫做讨逆，是不世之功啊！”
刘牢之想了想道：“我不忍心去讨伐我的老上级，这么办吧，我离开他总行吧。”
高素听刘牢之说到这个地步，知道时机到了，把司马道子的信拿出来给他看。
刘牢之一看有点儿动心了，又说：“恐天下人说我无情无义。”
高素知道刘牢之已经同意反攻王恭，只是怕人说闲话，又道：“你和他是亲生骨肉么？你和他是君臣么？不过一起共过事罢了。既然人各有志，今天讨伐他又有何不可？”
刘牢之听罢，奋然而起道：“好！我今天就去讨逆！”
刘牢之当即率部众投降司马元显，然后以他的儿子刘敬宣为前锋，率众杀回京口。
王恭这时刚从京口城内出发，迎面刘敬宣杀来，不及防备，被刘敬宣杀得大败。王恭想回城固守，守城的却是刘牢之的女婿，东莞太守高雅之，高雅之早把城门关闭，不让王恭进城。王恭于是绕城而逃，手下部队全都叫刘敬宣杀散，最后王恭一个人逃到曲阿。在老部下殷确的帮助下乘船逃奔桓玄。但行至长塘湖的时候，被巡逻兵所擒获，押送到京师被斩，王恭的所有家族及党羽全部被处死。司马道子把王恭的所有职位和封号全封给了刘牢之，又命刘牢之进攻殷仲堪的部队。
这时殷仲堪、桓玄和殷仲堪的司马、堂邑太守杨佺期率军在湓口（湓水入江之处，在江西九江县西）击败江州刺史王愉，王愉逃到临川（今江西抚州）。殷仲堪继续进军到牛渚（今安徽省马鞍山采石矶），正遇到庾楷和司马尚之大战，殷军助战，司马尚之大败，逃回石头城。
殷军和庾军联兵来到石头城下。这时传来消息，刘牢之阵前反戈，已经击败王恭军队。司马元显也带兵回到石头城，刘牢之正率北府兵驰援京师，已经进军到新亭（江苏省南京市江宁县南）。桓玄和杨佺期都有些担心。这时桓冲的儿子，左卫将军桓修向司马道子献计，请司马道子再封赏桓玄和杨佺期二人，让二人退兵。司马道子于是上表后任命桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史。两个人一下子成了封疆大吏，都很高兴，不愿意再冒风险，于是劝说殷仲堪罢兵。殷仲堪见王恭败了，桓、杨二军也要回去，他也只得带兵退回江陵。桓玄、杨佺期则分别带兵分赴武昌、襄阳上任。庾楷则被降为武昌太守。庾楷虽然心里很不服气，但现在只剩下了自己一支队伍，如果继续打下去肯定会败，也只得罢兵，听任安排。
司马元显因军功被升为中领军（掌管所有的禁卫军，算是京城卫戍部队总司令）。司马道子身体有病，又不愿意管理朝政，而且两次兵变都是由他而起，加上这个人贪污腐化，所以很不得人心。司马元显趁此机会向白痴皇上的亲弟弟司马德文请求接替父亲，并向朝臣们施加压力，最终如愿得到了父亲司马道子的职务，并担任扬州刺史，司马德文为司徒。司马道子虽然很恋权，但由于政声太坏，没有威望，权力尽失，也只好由儿子去了。
司马元显在朝廷中安插亲信，并重用会稽张法顺。张法顺向司马元显建议说：“现在荆州兵、北府兵都很厉害，人家只要来打，凭京师这点儿禁军肯定打不过人家。一旦再有王恭这样的人反叛，我们还是要吃亏。应当招募新军，扩大你手中的兵力。”司马元显于是在三吴八郡强制征兵。
在王恭第二次进军京师的时候，“五斗米道”创始人杜子恭的徒弟孙泰，以替朝廷征讨王恭为名，私下里招兵买马，储备钱粮，准备造反。司马元显后来将计就计，以征讨王恭有功要封赏孙泰的名义把孙泰诱入京中，斩首示众，并把孙泰的六个儿子全杀掉。孙泰的徒弟孙恩、卢循率一百多个死党东逃入海，藏在海岛中。等司马元显在三吴征兵的时候，孙恩和卢循趁着人心骚动，对征兵不满，上岸后招集了五斗米道的八千信徒，攻入上虞，杀死上虞令，然后声讨司马元显父子的罪行。这一号召颇得人心，一心投奔来的老百姓达到十多万。
孙恩又带兵攻打会稽。会稽内史是王凝之，他是王羲之的二儿子，这个人没什么本事，孙恩来攻的时候，他竟然作法请天兵天将。结果会稽很快被攻破，王凝之连逃都来不及，被孙恩的士兵杀死在法坛之上。很快孙恩占领了会稽、吴郡、吴兴、义兴、临海、永嘉、东阳、新安等三吴八郡，聚兵二十多万，官军望风而逃。孙恩遂于会稽自称征东将军，号义军为“长生人”。
孙恩的势力发展得这么快是因为他得到了大量士族豪强的私下支持。朝廷征“免奴为客”者（指本身或父祖是奴隶，但已放免为佃客的壮丁）当兵，这些人很不愿意应征当兵。而征这部分人，对其佃主也是损失，从而引起世家大族对政府的不满。所以一时“东土嚣然，人不堪命”。豪强士族们都想给朝廷一个狠狠的教训，所以孙恩率五斗米道众取得一两次小胜利后，便立刻在经济上和兵源上得到迅速补充。
司马元显急忙派卫将军谢琰、镇北将军刘牢之率兵镇压。刘牢之的北府兵战斗力极强，一路连胜，一直杀到钱塘。在钱塘为寻找敌军主力，刘牢之派参军刘裕率几十名骑兵去侦察敌情。刘裕在侦察完毕回来时和孙恩的三千军队遭遇。再逃已经是来不及了，刘裕干脆大喝道：“贼众我寡，逃是逃不走了，不如死战！”遂第一个举起长刀，杀入敌阵，随行骑兵一齐冲杀，大多战死。刘裕在战斗中跌到河中，孙恩的士兵下河去捉，刘裕站在河中举刀反抗，竟然又力劈数人，敌人不能走近。这时刘牢之的儿子刘敬宣带兵赶来，见刘裕一人独斗千军，不由赞叹道：“真是神将啊。”刘敬宣带兵击败敌军，将刘裕救回。刘裕把敌方的情报讲得清清楚楚，又听儿子刘敬宣叙述刘裕刚才的英勇，刘牢之不由对此人刮目相看。
刘裕，字德舆，小名叫做寄奴。他是汉高祖刘邦的弟弟楚王刘交的第二十一世孙。刘交被刘邦封为楚王后，以彭城为都，因此刘交的子孙后裔都在彭城及周围繁衍生息。到刘裕曾祖刘混的时候，因为西晋永嘉之乱（即永嘉五年，公元311年，汉国匈奴兵攻陷西晋京师洛阳，俘虏晋怀帝，烧洛阳城，杀王公士民三万余人），刘混带全家人南迁至丹徒京口里。刘裕的祖父刘靖曾做过东安太守，他的父亲刘翘只做到郡功曹（就是郡守手下的办事人员）。刘裕出生的时候母亲难产而死，刘翘认为此儿不祥，又因为家里穷得叮当响，便想把刘裕给扔了，但刘裕的姨母断了儿子刘怀敬的奶，收养了刘裕，刘裕才活下来。刘翘后来娶兰陵萧氏为继室，又生了两个儿子分别是刘道规与刘道怜。不久，刘翘病死，家里更穷，三兄弟全部由萧氏拉扯大。刘裕长大后不喜欢读书，随便认识几个字，却十分喜欢武艺，骑马射箭使刀都玩得很好，力气也很大，但这些都不能当饭吃，他平时便以种地为生，农闲时则卖鞋。
刘裕十分孝顺，对继母也毕恭毕敬，但因为家里实在是太穷了，快四十了也没有找到媳妇。刘裕又很喜欢赌钱，欠下赌债不能还时，曾被尚书令刁协的孙子刁逵绑在马桩上示众。正好王导的孙子王谧路过，见刘裕有成大器的面相，便替他还了赌债，并且时常资助他。王谧还经常对别人说：“从刘寄奴的面相和骨骼上来看，他一定会成为一代英雄，你们不要慢待他。”别人听了都把这当成是笑话。
孙恩造反的时候，镇北将军刘牢之招兵平叛，刘裕便去投军。刘牢之见了刘裕，也很喜欢他。让他练几下看看，果然武艺不错；又和他谈了谈打仗行兵的事，刘裕也说得头头是道。于是刘牢之破格提拔刘裕为参军。
刘牢之通过刘裕的情报，在钱塘江的西面寻找到孙恩的主力军，很快击败孙恩，孙恩撤到钱塘江东岸继续据守。这时高素领一支兵马从孙恩背后袭击。高素就是劝说刘牢之起义反王恭的那个人。孙恩急忙回击，刘牢之趁势攻过河去，与高素合击孙恩。孙恩大败，逃回到会稽固守。
这时谢琰的另一支军队已经收复了义兴、吴兴诸郡，分出一支兵马由司马高素带来帮助刘牢之。刘牢之于是命令高素率本部开往余姚，断孙恩后路。自己率其余军队全力进攻会稽。孙恩和卢循知道孤城难守，便弃城逃回海岛。三吴叛乱遂平定。
桓玄称帝
刘牢之回军京口，谢琰则被任命为会稽太守，戍守沿海，以防备孙恩再次上岸。司马元显被封为中军将军、录尚书事，一时成为朝中权臣。司马元显也是个贪财之人，利用权力四处经营，很快成为豪富之户；他又掌握着百官的升迁贬降，百官都对他十分恭敬，甚至公卿以下的官员见到司马元显都要行叩拜大礼。司马元显既奢侈贪利，又骄横跋扈，东晋朝政并没有比他父亲掌权时好多少。
谢琰镇守会稽，武备松弛，对孙恩并不加防范，有人建议他好好整练队伍，加强工事，巩固海防。谢琰笑道：“孙恩不过是个海盗，败逃入海，如果他再敢上岸，那是自寻死路。”
不久，孙恩又率众登陆，由浃口（在浙江镇海，甬江入鄞县境经招宝山脚入海为大浃江，入海处曰大浃口）攻入余姚，又攻破上虞，乘胜进军会稽。众将请出兵设伏，伏击孙恩。谢琰道：“和这些乌合之众打仗，还用费脑子想这多机谋么？”于是只让将士留城中等待，一直等到孙恩兵临城下后，谢琰才带兵出击孙恩的军队，孙恩大败而逃。谢琰带兵一路掩杀，孙恩军队许多人来不及登船都被杀死在岸边。孙恩带另一支军队从一条塘路逃跑，谢琰沿塘路追击。孙恩事先没有调查过地形，并不知道这条塘路�