槌迹约阂寰嗟睦碛煞⒈讲⒔ソǹ怠Ｕ庖荒晡啦辏�322）正月。
晋元帝也不甘示弱，当即下诏道：是可忍，孰不可忍？朕当亲统六军以诛大逆，有杀王敦者，封五千户侯！
当即派人召戴渊和刘隗回来统兵。刘隗回到京城后，马上劝晋元帝杀掉王导以及所有在京的琅琊王氏。晋元帝对王导还是有感情的，毕竟王导不像他的从兄王敦那样张狂，对晋元帝也十分恭谨。再加上王导确实为晋元帝立足江东立下大功，晋元帝不忍杀他，犹豫不决。
这时有人已经把刘隗劝帝杀尽京中琅琊王氏的消息告诉了王导，王导一听吓得冷汗直出。他立刻把堂弟王邃、王廙、王侃、王舒、王彬等宗族二十余人都聚到一块儿，一大早就来到宫外一齐跪下待罪。正巧尚书左仆射周入朝，王导朝他悲哀地喊道：“伯仁啊，我以宗族百口托付给您，希望您能救我们的性命啊！”
周装作没有听见，看也不看王导，径直走入宫中，见了元帝道：“王导是个忠臣，为了您的江山社稷尽心竭力，帮您立下大业。您要是杀了他，对不住往日王导对晋国之恩啊！而且，如果王导与王敦暗中有勾结的话，他怎么能留在京城中等着您来杀他呢？请皇上三思！”元帝一想也对，对周的话深有感悟，很是佩服，遂留周一块儿吃午饭，席间当然少不了喝酒，周直喝得大醉才走出宫来。
王导见了周，跟在后面大喊周的字：“伯仁，伯仁！”周只管醉醺醺地向前走，理都不理王导。王导因此认为周也是建议杀己的大臣之一，遂对周有了怨恨。
这日下午，晋元帝下诏命赦免王导等在京的所有琅琊王氏，并召王导入朝。王导上殿哭着叩头道：“要说逆臣贼子，哪儿一代也有。可是却不幸今日竟出在我们这一族！真是惭愧啊。”晋元帝好言安慰，并以王导为前锋大都督，统率京中诸军，又命刘隗驻守金城（今江苏句容北），征虏将军周札驻守石头城（今南京西面的清凉山，为南京重要门户）。
王敦带兵来到石头城，周札原是齐王司马冏手下的参军，后来投了东晋，对东晋皇帝谈不上什么忠心，所以见王敦兵临城下，二话不说，立刻开门投降。元帝听说石头城已降，急忙命刘隗、戴渊反攻石头城。刘隗和戴渊连战连败，只好退兵。王敦带兵追赶，王导、周、刁协、虞潭分别带兵救援，都让王敦打得大败。太子司马绍着急了，召集东宫的禁军要出城与王敦决战。中庶子温峤拉着太子跨下的马头，哭着不让他出兵，太子不听，温峤干脆抽剑把马缰砍断，太子只好罢兵。
眼看王敦已经攻进城来，刁协、刘隗向元帝请罪。元帝和两个人大哭一阵，然后道：“不要担心我，王敦不敢把我怎么样。可他说要清君侧，要杀你们两个，你们还不快跑？”两个人这才哭着离开，带领家属出城逃走了。刁协逃到江乘（今江苏句容北），为手下杀害，拿着首级到王敦那里报功。刘隗则带领家属和随从数百人逃到后赵。
为什么晋元帝司马睿的王师在反叛者王敦的面前会这么快败亡呢？直接原因是司马睿的改革。司马睿在刁协、刘隗二人的策划下，进行了一系列限制大族势力、加强皇权的所谓“刻碎之政”。在太兴元年（318）一年之内，司马睿两次下诏整饬吏治。第一次在三月，诏书一面对清静为政加以肯定，一面又表示要惩办不法官吏。第二次下诏在七月。司马睿的语气十分严厉，除命令各级官吏“祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实户口，劝课农桑”外，还要求“州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪惏秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪；有而不知，当受塞之责”。他还亲自下令处决了桂阳太守程甫、徐州刺史蔡豹等几个违制的官吏，其中程甫是王敦的亲信。
由于东晋政府的绝大部分军队都掌握在各地的军政首领和当地豪强手中，司马睿迫切地需要扩充能为自己所用的军队。他下诏免除豪强手中奴与客的卑贱身份，使他们成为平民，为自己筹得兵源，削弱了士族地主私占人口的权力。
许多望族豪强公开反对晋元帝司马睿的做法，王导和王敦也对他们表示支持。而晋元帝则拿这批根基很深的人没有办法，他没有一个有效的办法来除掉这个盘根错节，势力深厚的上层士族。
虽然惩治贪官对国家对人民是有好处的，解放奴隶对国家对人民也是有好处的，但司马睿当时既没有完全掌握国家权力和建立绝对威信，也没能够、没能力迅速地清洗掉高层官吏，换上得心应手的人。司马睿的这些措施使许多大族蒙受损失，引起他们普遍的怨愤，因而一大批居于高层的官吏倒向了琅琊王氏家族。以至于在王敦反叛时，所有有势力的士族都静观其变，袖手旁观，晋元帝完全依靠自己刚刚建立不久的新军以及新提拨起来的一批年轻军官和久经沙场的王敦作战。而王敦手下的大将都是在战事中历练出来的，他手下的兵也是打了无数仗的老兵，对付晋元帝当然是小菜一碟。
王敦杀入京城，并不上朝去见晋元帝，而是放纵士卒劫掠财物。商人富户全都跑得精光，老百姓也关门闭户，不敢上街。元帝一看乱成这个样子，自己当皇帝的不能没个表态，只好硬着头皮去跟王敦说：“刁协也死了，刘隗也逃了。你要清除的两个奸臣都不在了，你的愿望也实现了。你要是对我朝还忠心话，那你就罢兵回去，咱们井水不犯河水。你要是觉得还不够，我还回我的琅琊去，把皇位让给你。”
王敦当然不肯休兵，钱凤劝他道：“司马邺在内宫还有禁军二万人，你要是把他逼急了，他要是亲率禁军来与你死战，你是打还是不打呢？不如暂且退兵，反正现在朝廷已经在你的掌握之中了。”
王敦这才退兵回到石头城。元帝按照王敦的意思颁诏大赦天下，以示庆祝。然后封王敦为丞相、都督中外诸军事、录尚书事，封武昌郡公，以前那些有实权的官位当然照样当着；又命文武百官去石头城拜见王敦。
王导也在百官之内，见了王敦劝道：“你不要做得太过分了，差不多就行了。”
王敦大笑道：“贤弟为何这般胆小？刁协和刘隗虽然不在了，可他们的同党还在朝堂，我还要一块儿除去呢，怎能罢休。而且司马睿这个皇上还不是咱们兄弟推上去的，就算是我不把他弄下来，朝中的事也得我说了算！”
王导道：“只要朝廷不再猜忌你我就够了，何必要得到那么多。”
王敦暗笑王导迂阔，并不理他。皇上不好废掉，先废个太子立立威也不错，于是便问百官道：“皇太子有何德望？”
温峤挺身而答：“皇太子以孝闻于天下。”
王敦呵斥道：“古人言：‘事父母几谏。’皇上有过错，太子却不谏阻，算什么孝子？”
温峤再答：“钩深致远，非浅见所能窥。据我看来，太子实在是太贤孝了。就是你来到这里，你也没听过有人说东宫不好的话吧。你凭什么说他没有谏阻过皇上呢？”百官也一起附和，都称赞太子是个孝德之人。反倒把王敦弄得无话可说，只好把废太子的事放在一边。
但王敦还不服气，又问戴渊道：“前日咱们打了几仗，你现在还有力气打么？”
戴渊叹道：“哪能有余力啊，我的力气根本不能和你比！”
王敦又问：“我这次举兵，你认为天下会怎么看我？”
戴渊道：“看见表面的人要说您是逆臣，但体会您内心的都会说您是忠臣。”
这个马屁拍得非常精彩，王敦得意大笑：“你可真会说话。”
又走到周面前，指着他道：“伯仁啊，你有负于我！”
周冷笑道：“是啊，你带兵来打皇上，我虽率六军保护皇上却不能胜任，使正义之师失败，让你背上欺君的名声，所以有负于你！”
王敦正在兴头上，却被周讥讽一番，当时又想不出什么精彩的话来对付周，只好愤愤而去。
王敦回到府中把刚才发生的事跟钱凤一说，钱凤道：“周和戴渊这两个人都不是善茬子，不如早点除去。”
王敦又向王导问主意“周和戴渊，分别著称于北方和南方，应当升任三公之位是无疑的了。”
王导不置可否。
王敦又说：“如果不用为三公，只让他们担任令或仆射的职位如何？”
王导仍不回答。
王敦再说：“这两个人既然连小官吏都不能胜任，那我就杀了他们吧！”
王导还是默不作声。
王敦遂派遣部将邓岳拘捕周和戴渊，把两个人杀了。戴渊虽然拍了马屁，仍然没有能够免灾。而周则继续保持了他的硬气，在去刑场路经供奉晋朝历代君王牌位的太庙时，大声喊道：“贼臣王敦，顷覆社稷，枉杀忠臣；神祇若有灵，当速杀之！”刽子手用戟戳他的嘴，血一直流到脚上，周仍喊不止，路上行人见了无不流泪。
后来王导去中书省办事，偶然见到周为自己求情的记录，这才知道周那日之事。王导拿着这封记录，痛哭流涕，悲不自胜。回来之后他对他的儿子们说：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死。幽冥之中，负此良友！”
晋元帝派王敦的堂弟，侍中王彬犒劳王敦。王彬先去凭吊了周，然后才去见王敦。王敦见他好像刚刚哭过，觉得奇怪，便问他是怎么回事。王彬据实说：“我刚才去哭吊了周。”
王敦不高兴道：“周伯仁是自己找死，再说了，他把你当做一般人看待，也没对你有多好，你为什么哭成这个样子？”
王彬道：“伯仁虽然对我一般，但他并不结党营私，却在大赦天下后遭受极刑，我因此伤痛惋惜。”说完这句话后突然大声斥责王敦道：“兄长，你违抗君命，有违顺德，杀戮忠良，图谋不轨，灾祸将要降临到咱们�