在陆军之外，空军的调动最为明显。虽然周国辉答应调派300架先进的作战飞机给罗开使用，但是罗开的“需求”却更多，他直接想到的是那数千架被封存在大后方的老旧战机。先不说那些罗开有特殊用途的老旧战机。就算要在东南地区部署300多架先进的作战飞机，这个动作也并不小。光是那60架F…15（“阵风”的国内编号），120架F…11（Su…27的国内编号），120架F…13（Su…30的国内编号）就需要大量的基地与后勤保障。另外还有F…10这些轻型战斗机需要部署。而空军的调动并不是飞机飞到什么地方就可以用，一个中队20加的Su…27部署需要五架伊尔76运输机携带其地面保障系统，另外还需要相应的地面设施。而且空军的调动所代表的意义更加明显。所幸的是，这三百架作战飞机都是远程战机，而且在东南沿海地区都有相应的地面保障设施，所以暂时可以先部署在安徽，江西，到战时才前调。
而在这场紧张准备的战争中，海军的压力是最轻松的。美国的第七舰队摆在那，日本自卫队的舰队也在附近，另外还有台湾那支不弱也不强的海军舰队，所以海军并不准备正面迎敌，毕竟这是在中国附近的战争，空军已经能够承担起绝大部分的任务了。海军动作最大的是潜艇部队，这将是对台湾封锁的关键。而潜艇本身就是隐蔽性极强的部队，所以大规模的调动也并不会引起太大的反应。
完成部署只是最基本的工作，也是战争能够顺利开展的一个方面的保障。而在这之外，最重要的就是情报收集，以及对台湾重要目标的确认工作了。
台湾是一个岛屿，根本就没有纵深可言。台湾大部分的军事设施都是暴露在外的，特别是西部地区的机场与军事基地都在解放军近程弹道导弹与远程火炮的覆盖范围之内。而台湾重要的工业设施也在西部平原地区，这些目标的确认都非常容易。
相对于一般的岛屿来说，台湾的情况就要更复杂一些了。在台湾东部地区是中央山脉，另外还有阿里山，玉山，雪山等较小的山脉。而台湾东部山区中，就有数座超过了3000米的高峰，这不但是一道将台湾分成了东西两个部分的分界线，也是一道保护台湾东部地区的屏障。而在台湾政府一直执行台独政策时，就格外重视对这些原本并不看重的地区的军事建设。
在“建发计划”中，台湾在花莲县耗资400亿新台币修建了“佳山基地”，另外在台东县花费100多亿新台币修建了“志航基地”。这是台湾在东部地区的两个最大的秘密军事基地。这两个基地的作用很简单，也很明显，就是在战争爆发的时候，将台湾空军的绝大部分战机隐藏到这来，保存空军战力。而这两个基地确实也有实力达到这个目的，其能够容纳400架战机的巨大容积就足以装下台湾空军80％的先进战机了。但是这两个基地的缺点也很明显，如果台湾空军真沦落到需要到这最后的避难所来逃避打击的话，那么他们还能有多少战机？而且这些战机到达这后，还能够对战局起到多大的影响呢？
而在这两个地下空军基地之外，最新的地下潜艇基地也已经完工。虽然台湾当局并没有着重这个可以容纳八艘潜艇驻泊的地下潜艇基地，但是其作用却并不比那两处地下空军基地小。
台湾搞独立，最害怕的就是因此引来的战争，而在战争之中，台湾最害怕的又是遭到大陆的全面封锁。台湾是一个岛屿，而岛屿最缺乏的就是资源。台湾超过80％的能源需要进口，几乎所有消耗的石油都要依赖海运，另外在各种矿石，以及别的重要原材料方面，台湾都需要从外面的世界获取。而台湾更是外向型的经济体系，几乎所有重要产业都依靠海外市场。所以海路交通的重要性，对台湾来说，比任何方面都重要。96年台海危机时，大陆一次演习就让台湾股市大跳水，所以，当战争爆发后，台湾只要一遭到封锁，不但经济将受到严重影响，而因此输掉整场战争，最后“不战而屈于人”也不是没可能的事情。
以现在中国海军的实力来说，封锁台湾只能依靠其庞大的潜艇舰队来完成。而对付潜艇最好的武器就是潜艇本身。所以台湾最重视大陆的潜艇威胁，也就相当重视发展自己的潜艇舰队。潜艇是从日本搞到手了，虽然最后得到的是已经落后的“春潮”级，而不是最新的加装了AIP系统的“亲潮”级。但是台湾仍然相当看重这支潜艇舰队。
有了潜艇，就不代表有了战力，特别是常规潜艇（即使是加装了AIP系统的常规潜艇也一样）本身有很多的局限性，对基地的依赖性也更强。要保证潜艇部队能够正常的活动，并且在激烈的，突然的打击下生存下来，这就对潜艇所依靠的基地有非常严格的要求。
台湾的港口并不少，但是高雄，基隆两大良港距离大陆都太近了，不但在射程最短的战术弹道导弹的攻击范围之内，就连解放军手中射程超过300公里的超远程火箭炮都将对其构成严重的威胁。而且这两个港口主要是商用港口，并不适合做潜艇这种保密性极强的舰艇的基地。而且也根本无法保证部署在这的潜艇能够在大陆的第一波打击下完整的生存下来。所以，有了潜艇之后，台湾还需要一个可以安全保护这些潜艇的基地。
“地下潜艇基地”的地点是严格保密的，就连中国的情报机构都只知道在东港到枫港间沿岸的厉害悬崖地区。而该基地建成之后，将配合部署在宜兰的168水面反潜舰队，将能有萧的执行台湾对歪航道的反封锁任务。可见，这支虽然只有八艘潜艇的小舰队对台湾的意义有多么的重要。
出了这三处军事基地之外，最为重要的就是“衡山地下指挥所”了。
相对于别的地下基地来说，衡山地下指挥所的地位就要高出很大一截了，而且资格也老上了不少。
“衡山地下指挥所”还是当年蒋介石在位时，于1958年开始建造的。当年爆发的金门炮战，在解放军的猛烈炮火下，台“金门防卫司令部”几乎被夷为平地，不但两位中将副司令当场毙命，而且道上的大多数地面军事设施也当然无存。这一场景对蒋介石的触动很大，他随即下令：重要的军事设施都要尽可能的建于地下。在此背景之下，衡山地下指挥所应运而生。
作为台湾当局战时最高指挥中心在40年的时间里，衡山指挥所一直被作为军事禁地严加保密，很少有人能够窥得其中的究竟。而2000年9月的“汉光16”军事演习中，为了达到总体作战，横向支援的演练目的，台湾军队一改不让非军方人士进入演习指挥中心的先例，邀请了“陆委会”、“内政部”、“交通部”、“财政部”、“经济部”、“卫生署”、“中央银行”等多方面的会部大员。如此一来，为外界探得其真实面目创造了条件。
衡山指挥所所在的鸡南山在这40年中已经被挖空了，方圆总面积达数平方公里。整个指挥所共分为三层，各种地下建筑层次分明，错落有致。地下隧道纵横交错，汽车和坦克均可以通行，不但“三军统帅”、“国防部长”和“参谋总长”等高层长官在这里有专门办公、休息和指挥的场所，而且“国防部”和“参谋本部”下属的各职能部门，也都有各自的作战区和生活区。
衡山指挥所的对外交通十分便利。平时，有多个出入口可供普通台军官进出，在“三军大学”内，则有一条为“中将”有二十时军官而设的隧道。“士林官邸”、松山机场和外双溪等要地，均有地下通道与衡山堡垒的中心指挥室相连。对身兼“三军统帅”的“总统”而言，更是考虑周全，一旦发生战事，不但可以从陆路，还可以从空中进入到地下指挥所内部。按台湾军方的描述：“总统府”前的广场即可作为直升机停机坪，从“总统府”搭直升机到最近的地下入口（即位于台湾东吴大学对面的军营），只需要2到3分钟，从这个入口到达指挥位置，也只需3到5分钟。
作为战略指挥中心，为适应现代化战争的需要，台湾也在尽量完善着衡山指挥所的通讯网络，迄今为止，台湾至少花费了数十亿新台币。从得到的罪行情报来看，以此为中心的“国防部”衡山指挥控制系统，与海军“大成”分系统，空军的“强网”分系统和陆军的“陆资”分系统连成了一个整体，不但可直达本岛各战区司令部，军团部以及海空军基地，而且由地下电缆和外岛的海底电缆连接，可以指挥金门、马祖、东引等岛的台湾部队。
为了进一步增强衡山堡垒的指挥控制能力，被视为台湾陆军“数字化战场基础”的“战术区域通信系统”（IMSE），也被安装到此处。它与台湾军队的“潜龙”光纤连接后，衡山堡垒可直接指挥旅以下的作战部队。“战术区域通信系统”（IMSE）曾被称为“美国陆军战术通信系统”，是美、台1998年军购交易的一部分。
衡山地下指挥所的各项设施岁已十分完善，但台湾方面对它的扩建计划并没有因此而停止。台湾军方早在80年代末，就有将“国防部”与“参谋本部”合并办公的意向。从1993年起，开始正式研究，定名为“博爱专案”，他的基本思想是：围绕衡山堡垒，将台湾军队最重要的军事指挥部门联成一体，构成一个“大直要塞区”，以便战时最大限度的提高指挥效率。这一方案的主题工程是兴建一座地上八层、地下两层的“国防大厦”，人也将其称为台湾版“五角大楼”，建成后，可以容纳5000到8000人在此办公。而这座台湾新的军事指挥中心，已经在三年前，延期两年后完工。
由此来看，衡山地下指挥中心正是台湾军队的最高指挥中心，也是台湾军队的核心。关于起重要性也就不用多说了。当战争爆发的时候，以陈水扁为首的台湾高级指挥官员将肯定躲避在此。而要想在最短的时间内达到解放台湾，完成祖国统一的目的，最简单的办�