璋不给他任何喘息的机会，派出一支海军，会合朱亮祖兵团，到海上去寻找方国珍的主力。
1367年阴历十二月，方国珍黔驴技穷，在海上动弹不得，无奈之下，给朱元璋写了封投降书。朱元璋对方国珍的使者说：“回去告诉他，他这个人反复无常，我本来应该穷追猛打把他赶进地狱的，但我是个大度之人，不计较他的过去。我接受他的投降。”
刘伯温叹了口气，方国珍是他前半生最讨厌的人，想不到斗转星移，他最讨厌的人，即将要和他成为同僚。世事无常，他这个半仙也卜算不到这样戏剧性的事情。
这位刘伯温最讨厌的人于七年后病死在应天城，朱元璋还假惺惺地让宋濂给他写了墓志铭。
对于这样一个人，如果刘伯温能做主，他会说：“对他，要大展兵威！”
可惜，他做不了这样的主，1368年到来后，他能做主的事越来越少，他和朱元璋的同谋关系已接近尾声。
《御史中丞诰》
1368年阴历三月，朱元璋赏赐给刘伯温一道手诏，名为《御史中丞诰》，摘录如下：
奉天承运皇帝圣旨：太史公之职，天下欣闻；中执法之官，台端清望。惟亲信之既久，斯倚注之方隆。前太史令兼太子率更令刘基学贯天人，资兼文武，其气刚正，其才宏博。议论之顷，驰骋乎千古；扰攘之际，控驭乎一方。慷慨见予，首陈远略：经邦纲目、用兵后先。卿能言之，朕能审而用之，式克至于今日。凡所建明，悉有成效……方当兵起，乘时纷坛。原其投戈向化，帖然宁谧，使朕无南顾之忧者，乃卿之嘉谟也。若夫观象视祲，特其余事。天官之署，借重老成。以至谳狱审刑罚之中，议礼新国朝之制，运筹决胜，功实茂焉。乃者肇开乌府，丞辅需贤，断自朕衷，居以崇秩，清要得人，于期为盛。於戏！纪纲振肃，立标准于百司；耳目清明，为范模于诸道……
这道手诏，是朱元璋对刘伯温七年来的工作成绩作的一个打分。朱元璋说：“刘先生您的才学、人品那是没得说，您的军事谋略、经邦良策，我是非常肯定的。这么多年来，您提出的先南后北、先陈后张的战略使我混到今天，这是多么伟大的功绩啊。虽然您那么多神乎其神的观天象、摆卦象帮了我很多，但我认为，您的这些都是业余娱乐，也就是说，我没有把你当成个半仙，您是我心目中的谋略大师。”
只有天知道，这是不是朱元璋的真心话。政治家向来把说真话当成是不祥的妄动。我们所以有此怀疑，是因为朱元璋还有句话：您所有的计策，我都是审视而后用的。他的言外之意是，你出谋划策伟大，但我能审视而用你的计策，那证明，我比你伟大。
这道手诏中还谈到刘伯温自担任御史中丞以来的工作成绩，朱元璋说：“自从您担任这一监察部门的官员以来，纪纲振肃，耳目清明。您就是我的一把利剑，斩那些倨傲的官员。”
朱元璋这段叙述的确是真的，刘伯温黑白分明、刚直不阿的性格，使他在担任监察官时，严肃法纪，成了法律严肃的象征。
刘伯温在朱元璋建立的新中国政府中是使人望而生畏的御史，他对任何触犯法律，甚至只是违反了礼仪制度的行为都深恶痛绝，并且采取行动。每次的朝堂上，刘伯温都是发言最多的人，被他发言击中而名誉扫地的人往往是成群结队。
刘伯温在太子朱标的东宫中主管惩罚。太子宫从上到下，无论是服务人员还是教师，稍有过错，就会受到刘伯温的严厉惩治。那些被惩治的人突然发现，这个朱元璋建立的新中国和从前万恶的旧社会相比，他们更怀念后者。
很多人都有一种错觉，刘伯温此时终于可以发挥他性格中的积极因素大展拳脚，而且朱元璋也给了他一个坚固的平台。朱元璋对刘伯温在御史职权范围内的所有要求，几乎有求必应。看上去，朱元璋和刘伯温的合作还是亲密无间的，可如果我们透过现象去看本质，就会得到与此截然相反的结论。
朱元璋严苛阴毒，他喜欢把这种性格中的毒素施法于政治上，也就是说，他的严苛阴毒是目的。刘伯温的严苛是他本性的流露，是他骨子里对不公现象的一种化学反应，是手段。他希望通过这种与生俱来的手段达到公平的目的。
刘伯温做御史，得罪了好多人，朱元璋欢喜异常，因为他需要有个人整顿秩序，维持纪律。这么多年来，他为了能有今天，曾纵容过他的手下，让他们极限地发挥人性中的恶。徐达、常遇春等诸多武将都有过屠杀平民百姓的记录，他们在多次凯旋中逐渐沾染了傲慢、无视规则的放荡心态。就是他那些以李善长为首的文臣群体，也在多年为他营造功业的过程中养成了飞扬跋扈的脾性。这是朱元璋必须要铲除的，而武器就是刘伯温。
刘伯温丝毫没有感觉到他是朱元璋手中的一把利剑，因为他是个单纯的人，是个直来直去的人。他只是认为自己在做分内之事，为了营造一个美丽和谐的新中国，他认为得罪人天经地义，作为御史，如果不得罪人，那才是莫名其妙。
危险就在他这种性格的运行下，开始嗅着他的踪迹，准备给他一击。刘伯温没有感觉到，似乎在朱元璋的新中国建立后，他的神性就退化了许多。
朱元璋不仅为他写了篇《御史中丞诰》这样空虚的评价书，还为他做了可用肉眼见到的感谢。
朱元璋平定张士诚后，浙西全成为他的领土。1368年阴历二月，他派人到曾经是张士诚的地盘上核实田亩，制定赋税。朱元璋做这件事之前是怒气冲冲的。因为在对张士诚开战以来，他的兵团所到之处都没有受到“王师”的待遇。张士诚领土内的居民对朱元璋兵团来解放他们反应冷淡，甚至有些地方还咒骂他的军队，认为他们不是解放者，而是侵略者。
比如在刚被“解放”的苏州，居民还称张士诚为张王，对于解放了他们的救世主“朱元璋”这三个字，他们连提都不提一句，假如有人说，西吴王朱元璋如何如何，那就等于是在骂街。对张士诚政府抱有无限好感的人，认为说“朱元璋”这三个字，会引起口臭，甚至会烂舌头。
朱元璋对张士诚领土内的人民没把他当回事这件事，早有耳闻。所以这次派人去核实张士诚曾占据的浙西田亩、制定赋税政策时，怒气冲冲地把该地区的赋税定得奇高，几乎高出了其他地方两倍。青田本属处州，也是浙西地界，自然也就在朱元璋这种喜怒用事的范围内。
刘伯温提出异议，他说：“青田这地方山多田少，百姓大多在山上垒石作田，耕种起来特别难，如果还收那么重的税，恐怕不妥。”朱元璋看了看地图，发现青田只是个弹丸之地，就在青田那里画了个圈，说：“刘先生有功于我的新中国，青田是刘先生的家乡，所以这地方的赋税要低，低到其他地方的一半。我希望这样做，能让青田的百姓世世代代不忘刘先生的恩情。”
刘伯温深为动容，但他对朱元璋的喜怒用事却印象深刻。
1368年的朱元璋已不再是那个吴王，而是建立了新中国的大明皇帝。以当时的眼光来看，这个新中国是货真价实的新中国，近一百年来，中国始终在蒙古人的统治下，中国的民族主体汉族被蒙古人骑在脖子上为非作歹。朱元璋以一个汉人的身份，把中国重新拿到汉人的手里，这份功绩，如果抛掉历史时势的因素，那是可与日月争辉的。
可很多人在1368年时都没有注意到，朱元璋建立的新中国只是他自己的新中国，跟汉人无关。实际上，任何一个独裁者建立的国家都是他和他家族的，和百姓无关。朱元璋所建立的国家名称为“明”，可能有丰富的内涵。日月为明，《周易》上说，日月相推而明生也。中国远古时代，就有祭祀“大明”的典礼，祭祀的对象就是太阳、月亮。明是火，象征光明。而朱元璋的姓“朱”又是赤的意思，“朱明”恰好把皇帝的姓和国号连接在一起，浑然一体。有人说，这是刘伯温的主意。显然，这是很值得商榷的。刘伯温最厌恶的就是以白莲教为革命思想的红巾军，红巾军信奉的则是明教中的明王转世。小明王韩林儿是刘伯温很不屑的一个人，他不可能把他最讨厌的“明”当作是新中国的国号。
唯一的解释就是，这个“明”是朱元璋自己设计出来的，为的就是给“家国一体”一个好彩头。
刘伯温似乎也没有注意到朱元璋建立的新中国只是他朱家的财产，实际上在那个时代，根本不可能有人存着“为百姓建国家”的思想。即使如刘伯温这样比魔法和奇迹走得更远的大仙也不可能有这种思想。
不过，刘伯温却有个清醒的认识，一个好的国家对百姓一定要宽仁。朱元璋嘴里说的也是这样，他曾和刘伯温探讨过如何对待百姓的问题。刘伯温说：“要宽仁，政府有时候需要不作为，让百姓自己发展。”朱元璋说：“这是扯闲话，宽仁的前提是要让百姓丰衣足食，只有这样，才能谈得到宽仁。”
朱元璋的意思是说，百姓必须要在他这位伟大领袖亲自的带领和指导下，才能走上丰衣足食的道路，而让百姓有吃有穿，这就是宽仁。至于说让政府不作为，朱元璋想都没有想过。明王朝对百姓的控制最为严厉，百姓必须要生在一个地方，死在一个地方，不得任意迁徙。值得一提的是，户口制就是朱元璋时代发展完善起来的。
但当朱元璋问刘伯温，怎样对待吏治的问题时，刘伯温毫不迟疑地回答：“要严，极端的严。”
朱元璋又问他：“最近坊间传说，任何开国都是严刑峻法三十年（杀运三十年），时间太长了吧。”
刘伯温说：“当然太长啦。如果让我来治理，一两年就足矣，还用得了三十年吗？”
对于刘伯温这样极端自负的自信，朱元璋也是印象深刻。
所以，当他在写给刘伯温的《御史中丞诰》时，就特意提到了刘伯温在吏治