9月16日，八路军总部发出了百团大战第二阶段的作战命令。命令决定第二阶段作战的基本方针是：“继续破坏敌寇交通；克服深入我基本根据地内之据点。”
晋察冀军区根据八路军总部命令，迅速将主力由正太铁路北调，执行涞灵作战任务。22日，杨成武将军率领1分区部队对涞源发起了攻击。与此同时，5分区第3团集中力量攻击东团堡。这里的守敌是由日军士官组成的井田部队，抵抗十分顽强，并不断施放毒气。我军勇猛冲击，激战到24日夜间，把村周围堡垒全部攻下。残敌退入村中，凭几间房屋死守，并继续施放毒气，组织反扑。参战的干部战士几度苦战，伤亡很大，不少同志中毒。25日黎明，部队又撤到村边。下午，我军再度发起猛攻，同日军展开白刃战。经反复冲杀，日军支持不住，遂将据点所存的武器、物资，粮食全部纵火焚烧，然后跳火自尽。
10月7日至9日，我军又在灵丘、涞源一线，先后攻克了南坡头、抢风岭、青磁窑等据点。
第129师以第386旅、决死队第1纵队和第385旅等部组成左、右翼队，于9月23日主动向榆辽线上的日军据点发动进攻。当晚，386旅攻入榆社城，日军退入文庙顽抗。25日，日军企图在飞机掩护下突围，但在386旅强攻下，400余名日军被全歼。
120师奉命于9月14日向同蒲路沿线开进。23日，各部均已到达同蒲路北段沿线，开展对铁路的破击战。到27日，120师控制了朔县到原平间的几段铁路，同蒲路一度瘫痪。
日军华北方面军遭到八路军连续两个阶段的沉重打击，深感威胁严重，惊呼“对华北应有再认识”。为了稳定局势，防止形势进一步恶化，日军调集数万兵力，从10月6日起对晋东南、晋察冀和晋西北等抗日根据地进行疯狂的报复性“扫荡”。日军所到之处烧杀抢掠。八路军经常连续作战，伤病员多，情况十分困难，但仍坚持和敌人进行顽强战斗。大青山、晋西北、冀中、冀南地区，抗日军民取得了反“扫荡”的胜利。至12月5日，日军对华北各抗日根据地的报复性“扫荡”被彻底粉碎，历时三个半月的百团大战遂告结束。
整个破袭战，共进行了1824次战斗，毙伤日军20645人、伪军5155人，破坏铁路474公里、公路1500余公里，车站、桥梁、隧道260余处，缴获各种火炮53门、长短枪5600余支、轻重机枪200余挺以及其他大批军用物质。
百团大战的胜利，进一步增强了全国军民坚持抗战到底的信心。同时，对国民党军队也起了一定的鼓舞作用。国民党第1战区长官卫立煌给朱德、彭德怀打电报说：“贵部发动百团大战，不惟予日寇致命之打击，且予友军以精神上之鼓舞。”阎锡山给朱德总司令的电报说：“查敌寇陆续增兵，企图‘扫荡’华北，截断我西北国际交通，兄等抽调劲旅，给以当头痛击，粉碎其阴谋毒计，至深佩慰！”
然而，就在我八路军、新四军在敌后奋战之时，国民党反动派也加紧了反共活动。
1939年1月，蒋介石召开国民党五届五中全会，讨论如何“与共产党作积极斗争”。会后，蒋介石密令各省党政军高级长官：“必须严厉取缔或拒绝，断不可迁就退让，再事姑息。否则，适足以演成严重之局势。”
1939年4月，国民党山东省主席沈鸿烈指使秦启荣部突然袭击我八路军山东纵队第3支队，残杀八路军干部、战士达400余人，制造了血腥的“博山惨案”。6月，“曲线救国”的发明家张荫梧率5000人，袭击冀中深县驻守在刘家庄的吕正操纵队赵承金部，残杀八路军指战员400余人，造成骇人听闻的“深县惨案”。同月，国民党第27集团军派兵包围新四军湖南平江通讯处，残杀该处人员多人，造成“平江惨案”。11月，河南确山县国民党部队和特务，围攻确山竹沟镇新四军留守处，屠杀新四军伤病员及家属200余人，造成“确山惨案”。
这一系列的惨案，是国民党大规模反共活动的前奏。接着国民党在1939年至1940年初，对八路军与山西新军（决死队）发起了大规模的军事进攻，掀起了第一次反共高潮。
11月下旬，山西军阀阎锡山密令第6集团军总司令陈长捷向晋西抗日决死第2纵队和八路军晋西独立支队驻地进攻。12月3日，阎军包围了政卫第209旅和八路军晋西支队，摧毁晋西各县抗日政权和抗日救国团体，杀伤后方伤病员100余人。这便是“十二月事变”。决死第2纵队、晋西独立支队从12月10日至15日，奋起反击，击溃阎军两个旅。
尔后，阎锡山又令赵承绶部向晋西北地区的新军进攻。为了保卫晋西北根据地，1940年1月2日，八路军358旅及晋西新军发起反击，将赵承绶部压缩在临县县城附近。13日晚，赵承绶等弃城逃跑，八路军乘胜追歼，肃清了晋西北的阎军。
在策动“十二月事变”的同时，阎锡山又命第8集团军总司令孙楚，于1939年12月向决死第3纵队进攻，致使共产党员、抗日干部被杀500余人。1940年1月底和2月初，八路军第358旅两个团及第386旅一个团，在榆次东南及榆社以北地区，主动出击，歼灭了阎军暂编第2旅和新编第2师大部，这才使阎锡山停止了进攻。
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11。相煎何太急（5）
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1940年春，由河南北上反共的国民党朱怀冰部和由冀西元氏、赞皇、内丘地区南下的鹿钟麟部，在武安、涉县、磁县一带大肆摧残抗日组织，袭击八路军，与山西阎锡山遥相呼应。朱德、彭德怀曾分别与朱怀冰、鹿钟麟磋商团结抗战事宜，但始终无效，被迫还击。3月5日，八路军在平汉路东西两面向石友三、朱怀冰部发起反击。至8日，石友三部全线崩溃，余部逃到民权以东的陇海路边的鲁西地区；朱怀冰部主力2个师大部及反共游击武装1万余人被歼灭，朱怀冰及其残部2000余人仓皇南窜。
经过一系列的反击战役，国民党被迫暂时停止了大规模的反共活动，第一次反共高潮被八路军打退了。但是，蒋介石对八路军、新四军恨之入骨，处心积虑要加以消灭而后快。
1940年10月19日，正当八路军在华北进行著名的“百团大战”之时，蒋介石指使何应钦、白崇禧以军事委员会参谋总长、副参谋总长的名义发出“皓电”，强令黄河以南的八路军、新四军限期一个月撤至黄河以北。要求把58万的八路军、新四军缩编为10万人，取消陕甘宁边区及其他根据地。中国共产党为了顾全抗日的大局，表示愿将皖南新四军部队开赴长江以北。
1941年1月4日，叶挺、项英率新四军军部，一个教导团、一个特务团和第1、2、3支队的各两个团，共9000余人，从泾县的云岭起程，向茂林前进。
而这时，蒋介石围歼新四军皖南部队的军事部署正在悄悄进行。顾祝同根据蒋介石的密令，于1940年10月就将第32集团军总部由江西临川调至皖南宁国，并指示上官云湘负责指挥围歼新四军皖南部队。至12月底，上官云湘已集结了七个师约8万兵力，在泾县、茂林一带布成口袋形，准备包围聚歼叶挺、项英部。
1月4日晚，皖南新四军兵分三路向南进发。由于下雨，加上黑夜、路滑和过重的负荷，部队5日才到达茂林以南的潘村驻地。由于疲劳过度，掉队人数增多，军部决定留原地休息。
6日黄昏，新四军各纵队按照计划向榔桥、星潭方向开进。
7日拂晓，第2纵队在行军途中通过丕岭时，遭到国民党军第40师一个连的拦击。前卫部队将其击退后，继续向星潭前进。但星潭已为国民党第40师占领，我前进受阻，虽经激烈战斗，但没有攻下。
8日晚，上官云湘命令各部发动第一次总攻。军部首长决心改道由茂林方向突围，仍由铜陵、繁昌之间北渡。
9日，双方在茂林以东20里处的高坦展开激战，并形成对峙。枪弹声、风雨声响成一片，形势十分严峻。为了振奋官兵士气，叶挺军长亲临前线指挥作战。在叶挺军长的指挥下，部队以步枪、手榴弹打退了国民党军成连、成营的轮番进攻，迫使气焰嚣张的敌军114师龟缩茂林。
黄昏，叶挺军长率第2纵队、第3纵队及军直全部人员撤出高地，向东北方向突围。山路极其狭窄、崎岖，军长同大家一样步行。10日拂晓，走到石井坑。当天，上官云湘集中了五个师，向石井坑发起了试探性进攻，被我击退。11、12日，上官云湘向新四军发动两次进攻，均被新四军击溃。
13日下午，国民党军向我发起第三次进攻。他们凭着火力的优势，反复向我冲击，我各部队顽强抗击，阵地反复争夺，弹药不济，就与敌军展开白刃战。终因顽众我寡、弹药不济，我军主要阵地被突破。黄昏，军首长决定，剩余部队兵分两路向北向西突围。一时间，机枪声、手榴弹的爆炸声以及冲杀声震动了整个山谷，大家只有一个信念，冲出去，杀开一条血路到江北去。叶挺指挥部队，奋力击敌，终因兵力悬殊，我军弹尽粮绝，伤亡殆尽。
新四军皖南部队近万人，除前后约2000人分散回到新四军其他部队外，大部分壮烈牺牲或被俘。政治部主任袁国平殉职，军长叶挺下山与上官云湘谈判被扣，副军长项英、副参谋长周子昆被叛徒杀害。皖南新四军蒙受重大损失。
1月17日，蒋介石甘冒天下之大不韪，宣布新四军为“叛军”，取消新四军番号，并将叶挺交“军法审判”。国民党的第二次反共高潮达到了登峰造极的地步。
事变发生后，中共中央领导全党全军对国民党反动派进行了针锋相对的斗争。1月20日，中央军委发布命令，重建新四军军部，任命陈毅为新四军代军长，将新四军整编为7个师和1个浙东纵队，继续坚持大江南北的抗日战争。1月22日，中共中央发言人发表谈话，严厉驳斥了蒋介石取消新四军番号的命令，号召全国人民团结起来和顽固派作斗争。当时在重庆的我党代表周恩来向国民党当局提出了严重抗议�