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这种宗教意义的政治后果就是，明教空前成功地树立了以张无忌为中心的最高权威。如果仅仅把张无忌看成是和方腊、阳顶天一样的教主，是对这种政治权威的极大误解。张无忌所拥有的是一种严格意义上的“克里斯玛型”权威。这种权威无论是从其程度还是力量上都远远超过前任教主们的传统和法理权威。正如韦伯所说：“克里斯玛统治者的权力是建立在被统治者对他个人使命的纯粹实际承认的基础上的，……这种承认的渊源在于信仰上倾心于不同寻常的和闻所未闻的，对任何规则和传统都是陌生的，并因此而被视为神圣的个人魅力和品质的东西。”
张无忌的权威为衰颓的明教注入了崭新的精神动力并指向弥赛亚主义的价值目标，并让明教得以排除过去种种看似不可克服的阻碍并重新组合各派系的政治资源，在总部的指挥下发动全国性的反元暴动。在会议上，以张无忌的名义发布了一系列的命令，在全国范围内进行了精心安排的战略部署，其具体细节如下：
1．总指挥部：主帅张无忌，副帅杨逍，韦一笑，直接指挥五行旗。
2．江南战区：由殷天正主持、下辖殷野王、李天垣等天鹰教旧部。
3．淮北战区：由朱元璋主持，下辖常遇春、孙德崖诸部。
4．河南战区：由说不得主持，下辖韩山童、刘福通、杜遵道、罗文素、盛文郁、王显忠、韩皎儿诸部。
5．江西战区：由彭莹玉主持，下辖领徐寿辉、邹普旺、明五诸部。
6．两湖战区：由张中主持，下辖布三王、孟海马诸部。
7．江苏—山东战区：由周颠主持，下辖芝麻李、赵君用诸部。
8．西域战区：由冷谦主持，下辖西域各军，负责对西域蒙古军进行牵制。
从这一部署中可以明显看到，阳顶天死后所出现的各派系在这一时期的实力消长发生了意味深长的变化。首先，也是最引人注目的是权力中枢的组成：在张无忌、杨逍、韦一笑的“三套马车”中，权力关系是不平衡的：张无忌无疑拥有无可挑战的最高权力，但显着缺乏政治经验和意愿的个性使得他在很大程度上成为杨逍贯彻其意志的工具；杨逍不仅恢复了阳顶天时期的权力，其实际影响力更远远超过以前，几乎是没有教主头衔的教主；另一方面，韦一笑虽然也进入了权力中枢，却不具备和杨逍竞争的政治才能，对于张无忌也缺乏影响。
我们记得，在空位时期韦一笑成为三巨头之一的条件就在于其政治地位和政治才能的不成比例，才能政治才能突出但缺乏地位的五散人集团推举为教主继承人。而一旦继位问题获得解决，韦一笑就是一条政治上的死狗，五散人也不愿意成为他的附庸。事实上，五散人被分配成为各地方的实权人物，也大感心满意足。这一派系就此烟消云散。
其次，对于殷天正来说，令人困惑的是作为教主外公的他并未得到很高的地位，更未能进入中枢，反而和五散人一样被分配到各地方。一些学者因此怀疑是杨逍在玩弄政治手腕以削弱殷天正的权力。这种怀疑并非没有理由，但从另一个角度看，这一安排也可以得到辩护：
殷天正已经耗尽了除天鹰教军队外全部的政治资本：他当年的分裂之举是对明教的最大损害，而光明顶战役中，天鹰军团的消极不作为又是导致明教几乎覆灭的最重要内因。对于这样的行径，除了张无忌本人之外的任何人上台，都会予以严厉的惩处。张无忌继位后对此不予追究，这已经是最好的结果，如果再擢升殷天正将会引起大多数教众对教主任人唯亲不满。另外，虽然在形式上天鹰教和明教已经统一，但是组织上的裂痕仍然存在。收编天鹰教将是极其棘手的任务，在今后的一系列整合中，大量的利益摩擦和派系冲突将会不断涌现，这些必须由殷天正本人出面才能弹压。而殷天正父子也担心改编天鹰教的过程会触动自己的根本利益，因此更希望回到东南部去亲自监控。
或许更重要的一点是，五行旗被极大的削弱了，它们丧失了政治上的重要而为杨逍所控制，而与此同时，从这一母体中产生了韩山童、朱元璋等明教地方军阀势力，他们的独立地位在蝴蝶谷会议中被承认。这是近十几年来五行旗内部演变的必然结果：弥勒宗等通俗信仰的传播令许多贫苦农民皈依在五行旗的旗帜下，同时上层组织的长期瘫痪使得这些新增的力量被一些中低级将领所吸收，成为其私人军队，而并未被充分整合到明教母体中。光明顶战役在此起了催化剂的作用：在以庄铮为代表的大批忠于光明顶的老一代领导人纷纷战死后，五行旗内部出现了严重的权力真空，这一权力真空很快被朱元璋、常遇春等留守东方的低级将领所占领。在之前十多年中发展起来的大批中低层教众越来越多地成为这些半独立的军阀们的私家军队。虽然他们有时仍然打着金木水火土的旗号，但无论从军事作战的实际需要来看，还是从政治关系的实质变化来看，五行旗作为明教主体的军事组织，都已经不复存在了。
明教的指挥层越来越难以再用五行旗的旧统属关系对此加以束缚，因此不得不一方面赋予这些脱胎自五行旗的军事力量以相对独立地位，另一方面，为了加强总部的权威而将五行旗的一部分精兵重新编制后归于总部直辖——事实上被杨逍所控制。
明教的领导层当然不可能放任地方势力坐大而无所约束。事实上，这次会议与其说是——如金庸等许多传统史学家所误解的那样——旨在“发动”反元起义，不如说是试图对已经存在多年的起义力量加以约束和控制。譬如1351年，韩山童、刘福通等人已经在颖州起义，徐寿辉在湖北蕲春起义；第二年，郭子兴和孙德崖在濠州起义，人们所熟悉的朱元璋及其开国将帅就是在此时加入了明教起义军，并在郭子兴病逝后掌握了濠州大权。这些起义发生在光明顶权威极度衰落的时期，因此丝毫也不受光明顶的控制。一些起义者甚至无法无天到了自封帝王的程度：韩山童给自己加上了“明王”的头衔，徐寿辉也自称为皇帝。瘫痪的光明顶只能对此装聋作哑。但在新的最高权力树立后，对这些危险的倾向加以整肃就成为明教整合自身首要的任务。蝴蝶谷会议明确要求僭越者废除帝王号，服从由总部特派的五散人的指挥。对于大多数底层教众来说，这是一个好消息：如果全国各地的起义军能在一个权力中枢的调派下协同、应援，推翻帝国统治的几率无疑要增加很多。但对于那些手掌兵权，自称皇帝王公的地方军阀来说，这一看似温和的命令所蕴含的信息就不那么令人欢迎了。很快，他们将会发动反击。在弥赛亚主义的狂热下，一切现实的算计都会暂时让位于“克里斯玛”权威所带来的美好憧憬，但当宗教的热潮退去，权力斗争的冷酷逻辑又会像历史上一再发生的那样，将这个曾经的理想共同体再度撕得四分五裂。
蝴蝶谷会议后不久，张无忌主持了对六大派的营救行动。感谢明教发达的情报系统，六大派武术家在汗八里被秘密囚禁的信息很快就被报告给张无忌。在蝴蝶谷会议后，他立即率杨逍和韦一笑前往汗八里。在那里，这个出生在白令海上、一生绝大多数时间都在乡野和山林间渡过的青年第一次见识到了这个时代的世界之都，也是有史以来最繁荣的都城之一，并意识到自己很可能在几年之内就成为它的新主人。
六大派的武术家们被囚禁在西郊万安寺（今北京白塔寺）的塔楼中。这座皇家寺院约由三千间房屋组成，是1271年，忽必烈大汗在定国号为“元”的时候专门建立的，近一个世纪中，几乎每位大汗都会来到这里，向佛陀献上他们的祈祷。塔楼共有十三层，高达150英尺，几乎可以俯视全城。这座西藏僧侣主持的寺院是蒙古帝国最重要的圣地之一，收藏着帝国从世界各个角落搜罗来的珍宝。对于汉族人民来说，这座寺院是异族统治者所信奉的异族神灵的庙宇，意味着的不是福祉和庇佑，而是恐怖与压迫。为了防备民众可能的暴动和洗劫，万安寺的警戒几乎和皇宫一样严密，在成为关押武术家的临时监狱后，防范更加严密。
因此当张无忌和杨逍等人设法进入寺中，并再一次和赵敏及其部属会面后，他们很快发现自己除了撤退外无法作任何事情。
幸运的是，此时他们得到了失踪多年的范遥的帮助，后者以“痛苦行脚僧”的身份成为了赵敏最得力的部下之一。范遥自称是潜伏在汝阳王府中的卧底，但正如第八章中所探讨过的，他此前的一系列行径都非常可疑，他不仅曾杀死棒胡等明教将领，而且在几乎毁灭明教的光明顶战役，以及绿柳城堡的陷阱中，他都可疑地保持沉默，从未向明教的旧日同僚们传递任何信息。对此最合理的解释，是范遥早已对明教的振兴不抱希望而决定与之彻底脱离关系。但在看到张无忌继任教主后局势的迅速扭转，他不得不认真面对明教复兴及对自己进行清算的可能性，并再一次做出了政治投机，向这位新教主效忠。
不可避免地，重新出现的范遥被怀疑的目光所包围。为了重新在明教中站住脚跟，范遥必须用行动表示他的忠诚。他引开了赵敏，挟持了包克图并要挟他放出被囚禁的武术家们。
图里及时发现了范遥的阴谋并向王保保报告，王保保在忙乱中命令烧毁塔楼以阻止武术家们逃走。但这些举措为时已晚。绝大多数武术家在张无忌的接应下安然撤离。当他们逃出后不久，高耸的塔楼就在熊熊烈焰中化为灰烬。万安寺的大火灾引起了整个京城的惊恐，许多人都在谈论着天降雷火，焚毁寺院的传说。对于一般汉族民众来说，这一事件所蕴含的信息十分明确：有一个更强大的神灵——而且毫无疑问是站在自己一边的——