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二月十九日，日本联合舰队司令长官海军中将伊东祐亨率兵舰七艘、运船五艘破浪而来，陆军大佐比志岛义辉亦率步兵三千自佐世保而南，至澎湖。二十七日早，以第一游击队突入猴角。拱北炮台见之，发炮击，伤两舰。而日军别以小艇上岸，遂占尖山，再进太武山，后队继至，遂踞焉。朱上泮闻警，率定海营兵五百进战，至太武社，前队奋登。日军以炮御，不能进。本队复至，鏖战数时，乃退。越日黎明，日军攻大城山，别以一队击拱北炮台，清军退于妈宫城外。先是高千穗舰长海军少佐丹治宽雄率陆战队二百四十名，携机关炮三门，潜入龙门港，据拱北炮台之南，以扼圆顶归路。既败清军，乘胜攻城，城兵溃，及午而陷。二十九日，日军以炮击西屿，都司刘忠良死焉。遂搜猪母水村，守备郭俊山等率所部降。上泮败后，乘渔舟走台南。景崧怒，欲斩之。
当是时，北洋清军迭次败绩，诏以北洋大臣肃毅伯李鸿章为全权大臣，东渡议和，子经芳辅之。日廷以总理大臣伊藤博文、外务大臣陆奥宗光为全权，会于马关春帆楼，提议六款，索割辽东、台湾。鸿章争之，谈论数日，许之。告博文曰：“台湾人民如不愿从，授受之际，恐生事变，当与中国无涉。”对曰：“此我国之责也。”鸿章又曰：“台民素称难治，聚众戕官，视为常事。今闻割台之信，经已鼓噪，誓不易主。”曰：“贵国但将治权让出，则治台之事，我国任之。”鸿章曰：“台湾官绅交涉事件纷繁，应于换约后六个月方可授受。”博文以为迟，乃定两月，而割台之约成。三月二十三日，各签草约。其第二款曰：“清国将台湾全岛及附属各岛屿，又澎湖列岛即英国格林尼次东经百十九度起至百二十度止，及北纬二十三度起至二十四度之间诸岛屿，永远让与日本。”又第五款曰：“本约批准互换之后，限二年之内，日本准清国让与地方人民，愿迁居于外者，任便变卖所有产业，退去界外。但限满之后，尚未迁徙者，酌宜视为日本臣民。”
当是时，台湾举人会试在北京，闻耗，上书都察院，力争不可。而台湾绅民亦电奏曰：“割地议和，全台震骇。自闻警以来，台民慨输饷械，固亦无负列圣深仁厚泽，二百余年之养人心、正士气，正为我皇上今日之用，何忍一朝弃之？全台非澎湖之比，何至不能一战？臣桑梓之地，义与存亡，愿与抚臣誓死守御。若战而不胜，待臣等死后，再言割地。皇上亦可上对列祖，下对兆民也。”不报，诏饬守土官撤回。景崧即电刘永福询去就。复曰：“与台存亡。”而独立之议成，镇、道、府、县各纳印去，提督杨岐珍亦率所部归厦门。
第二部分独立纪（2）
先是，巡抚王之春聘俄，道次巴黎，南洋大臣张之洞命以台湾质诸法，则法出有辞。未成，又欲以让诸英，请主和局，密授其意于上海税务司转商英领事，遂达英政府。驻英公使龚照瑗亦见外务大臣，告以故。外务大臣谢之曰：“此非本大臣之忘情于贵国也，亦非敝国之却地以示廉也。贵国惘惘而赠之，敝国昧昧而受之，于英无利，于华有害，是以辞也。”故当俄、德、法阻割辽东之时，而英特居局外也。
初二日，绅士邱逢甲率人民等公上大总统之章，景崧受之，建元永清，旗用蓝地黄虎。以兵部主事邱逢甲为义勇统领，礼部主事李秉瑞为军务大臣，刑部主事俞明震为内务大臣，副将陈季同为外务大臣，道员姚文栋为游说使，使诣北京，陈建国情形。设议院，集绅士为议员，众举林维源为议长。辞不就，余亦不出，唯拔贡陈云林、廪生洪文光、街董白其祥数人就职，以议军国大事。于是布告全台，照会各国领事，并为檄内外曰：“我台湾隶大清版图二百余年，近改行省，风会大开，俨然雄峙东南矣。乃上年日本肇衅，遂至失和，朝廷保兵恤民，遣使行成，日本要索台湾，竟有割台之款，事出意外。闻信之日，绅民愤恨，哭声震天，虽经唐抚帅电奏迭争，并请代台绅民两次电奏，恳求改约，内外臣工，俱抱不平，争者甚众。无如势难挽回，绅民复乞援于英国，英泥局外之例，置之不理。又求唐抚帅电奏，恳由总理各国事务衙门商请俄、法、德三大国，并阻割台，均无成议。呜呼惨矣！查全台前后山二千余里，生灵千万，打牲防番，家有火器，敢战之士，一呼百万，又有防军四万人，岂甘俯首事仇。今已无天可吁，无人肯援，台民惟有自主，推拥贤者，权摄台政。事平之后，当再请命中国，作何办理。倘日本具有天良，不忍相强，台民亦愿顾全和局，与以利益。惟台湾土地政令非他人所能干预，设以干戈从事，台民惟集万众御之，愿人人战死而失台，决不愿拱手而让台。所望奇材异能，奋袂东渡，佐创世界，共立勋名。至于饷银军械，目前尽可支持，将来不能不借贷内地。不日即在上海、广州及南洋一带埠头开设公司，订立章程，广筹集款。台民不幸至此，义愤之伦，谅必慨为佽助，泄敷天之恨，救孤岛之危。”并再布告海外各国：“如肯认台湾自立，公同卫助，所有台湾金矿、煤矿，以及可垦田可建屋之地，一概租与开辟，均沾利益。考公法让地为绅士不允，其约遂废。海邦有案可援，如各国仗义公断，能以台湾归还中国，台民亦愿以台湾所有利益报之。台民皆籍闽、粤，凡闽、粤人在外洋者，均望垂念乡谊。富者挟赀渡台，台能庇之，绝不欺凌。贫者歇业渡台，既可谋生，兼同泄愤。此非台民无理倔强，实因未战而割全省，为中外千古未有之奇变。台民欲尽弃其田里，则内渡后无家可依。欲隐忍偷生，实无颜以对天下，因此槌胸泣血，万众一心，誓同死守。倘中国豪杰及海外各国能哀怜之，慨然相助，此则全台百万生灵所痛哭待命者也。特此布告中外知之。”
当是时，全台之兵，土、客、新、旧为数三百数十营，每营三百六十人。景崧既驻台北，以逢甲率所部戍附近，备策应。提督张兆连驻基隆，总兵陈永隆驻沪尾，道员林朝栋率栋军驻台中，帮办防务总兵刘永福驻台南。别设团练、筹防两局，以绅士理之。以同知黎景嵩为台湾知府，俞鸿为台北知府，温培华为埔里社通判，史济道知台湾县，罗树勋知彰化，罗汝泽知云林，李烇知苗栗，凌汝曾知淡水，王国瑞知新竹，卢自知凤山，孙育万知嘉义，欧阳萱知恒春。又以代理安平知县忠满兼护府道之印。惟台东直隶州胡传、南雅同知宋维钊仍旧，余悉先去矣。全台岁入正杂各项，计银三百七十余万两，而藩库尚存六十余万两。然自军兴以来，糈饷浩大，旋奉部拨五十万两。南洋大臣张之洞奏请续拨百万两，划交驻沪援台转运局，以资接济。犹恐不足用，林维源首捐壹百万两，息借民间公款二十万两，而富商巨室倾资助军者，为数亦多。苍头特起，各备饷械。于是花翎侍卫许肇清起于鹿港，附生吴汤兴起于苗栗，徐骧、姜绍祖起于新竹，简精华起于云林。所部或千人，或数百人，皆乡里子弟愍不畏死者。而粤人吴国华、庞大斌各致其党，分乘小艇入援。部署甫定，而日军至矣。
烟台换约之后，日廷以海军大将桦山资纪为台湾总督，而清廷亦以李经芳为委员，至台授受，闻独立，不敢登。是日会于基隆舟次，立约二条：一曰，台湾全岛及澎湖列岛各通商口岸并在府、厅、县之城垒军库及官业，概让日本。二曰，台湾至福建之海底电线，他日两国政府别行商议管理。而台湾划归矣。当是时，日廷以近卫师团长能久亲王率师伐台，次中城湾，以少将东乡平八郎为海军司令官，大佐福岛安正为陆军参谋，率浪速、高千穗两舰赴淡水，就英舰询台事。炮台击之，乃驶去，游弋基隆。初六日，攻金包里，以缀台军，而第一旅团长川村景明潜出鼎底澳上陆。总兵曾喜照戍此，未战而溃。初七日，越三貂岭。景崧闻警，命吴国华率粤勇七百趣援。初八日亭午，遇于瑞芳，接战小胜。景崧复命胡连胜、陈柱波、包幹臣各率军助战。