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刘少奇在检讨中还对历史上一系列的“错误”进行了检讨，尤其是国民经济调整时期的内容，对自己的错误“加码”。
检讨写完后，刘少奇将检讨稿报毛泽东审阅。
14日，毛泽东复信刘少奇：
少奇同志：
基本上写得很好，很严肃，特别后半段更好。建议以草案形式印发政治局、书记处、工作组（领导干部）、北京市委、中央文化小组各同志讨论一下，提出意见，可能有些收获，然后酌加修改，再作报告，可能稳正一些，请酌定。
刘少奇马上给主持中央日常工作的周恩来写信说：
我的检讨提纲，毛主席已经看过，并批了一段话，退还给我。现送上，请你看看。我赞成毛主席的意见，以草案形式印发政治局、书记处、工作组领导干部、北京市委、中央文化革命小组各同志讨论一下，并请他们提出意见，退还给我，然后再酌加修改，再做报告。关于印发事，请你批办，请各同志在几天内提出意见告我，给我以帮助。主席的批语也印发。如何？请你酌情安排。
9月19日，周恩来将刘少奇的检讨和毛泽东的批语印发有关人员征求意见。
10月23日，刘少奇在中央工作会议上作检讨，承担了主要责任。林彪、陈伯达、康生在会议上指名攻击刘少奇、邓小平执行了“一条压制群众、反对革命的路线”，“这次文化大革命的错误路线主要是刘、邓发起的”。
毛泽东并没有这么看。他在24日、25日的会议上说：“把刘、邓的大字报贴到街上不好，要准人家革命，不要不准人家革命。”“刘、邓二人是搞公开的，不搞秘密的。对刘、邓要准许革命，准许改。对少奇同志不能一笔抹杀。”“你们过不了关，我也着急呀。时间太短，可以原谅，不是存心要犯路线错误，有的人讲，是糊里糊涂犯的。也不能完全怪刘少奇同志、邓小平同志。他们两个同志犯错误也有原因。”
但是，毛泽东的这一表态已经于事无补。
此后，刘少奇并不是每次会议都要出席，直至没有给他任何通知，他也就不可能参加任何会议。
除了作检讨外，刘少奇逐渐远离了决策层，但并没有远离“文化大革命”的漩涡。
12月6日，林彪主持召开中央政治局扩大会议，讨论如何开展工交战线的“文化大革命”问题。刘少奇也出席了这次会议。
林彪在会议上对刘少奇、邓小平进行了恶毒的污蔑和攻击：“刘、邓不仅是50天的问题，而是10年、20年的问题。工交战线受刘、邓的影响很大。”
这是刘少奇、邓小平的问题第一次上升为历史问题。
他们的历史开始被污蔑，被不知情的人们怀疑。
针对刘少奇的“革命活动”也很快逐步升级。1966年12月，清华大学造反派头头蒯大富受张春桥授意首先公开发动了“打倒刘少奇、邓小平大行动”，公开贴标语，撒传单：“打倒刘少奇”、“打倒邓小平”、“彻底打垮刘邓资反路线的猖狂反扑”等等。在“中央文革”的支持下、鼓动下，北京各学校也纷纷打出“刘少奇、邓小平是党内最大的资产阶级当权派，是中国现代修正主义的祖师爷，资产阶级司令部的黑司令”、“打倒刘、邓”的大字报。
12月18日，公安部长谢富治召集公安部等部门的人开会宣布：“中央决定成立一个专案组审查王光美，名称暂叫中央办公厅丙组。”交代了工作任务、方法、领导关系等。就这样，没有任何的法律手续，没有任何的中央正式文件，针对国家主席刘少奇的专案组成立！该专案组前后共有几批，始称“中央办公厅丙组”，后更名为“504组”，人员变动很大。在江青、谢富治的直接领导和指使下，专案组采取种种卑劣的手段炮制假材料、搜集诬证、假证，以诬蔑、攻击刘少奇的历史为最主要、最重要的内容。
1967年1月1日，中南海内的造反派在刘少奇住处院墙上张贴了“打倒中国的赫鲁晓夫刘少奇”等标语。3日晚，在戚本禹指使下，造反派第一次直接批斗了刘少奇、王光美。6日，清华大学造反派设下刘少奇女儿平平遭车祸的圈套欺骗王光美到清华大学，并把她扣押。12日，戚本禹指使中南海造反派“红色造反团”第二次批斗刘少奇、王光美，刘少奇在这种逆境中，所想的仍然是国家、民族的前途命运。他对人民有着深切的感情。
在一次批斗会前，刘少奇跟子女们说：“将来我死了，骨灰交给你们，要把我的骨灰撒入大海里，我生是一个无产者，死了也是一个无产者。你们记住，这是我给你们的遗嘱。”
刘少奇鼓励子女们说：“你们一定要在群众中活下去，经受住委屈，在实际劳动中接受锻炼，人民对我不理解，对你们也可能有些过火的行动，你们一定要理解人民。中国的人民是最好的人民，爸爸是人民的儿子，你们也一定要做人民的好儿女。永远跟着党，永远为人民。在这种不正常的情况下，一定要挺住，一定不要与群众有对抗情绪。”
刘少奇默默地看着家人，想到因自己而受牵连，不禁有些激动：“我多次跟你们说过，对我而言，人民的信任是我一生中最大的幸福。但是，我今天要告诉你们，还要说一句，人民的误解是我一生中最大的痛苦。”
就这样，刘少奇向家人交代了身后事，平静地接受着“人民的误解”的“最大的痛苦”。
随着报章连篇累牍地攻击刘少奇、丑化刘少奇的文章一而再、再而三地出现，刘少奇受到的攻击更加变本加厉。4月1日，各大报纸刊登戚本禹的文章《爱国主义还是卖国主义？——评反动影片〈清宫秘史〉》，散布刘少奇赞扬《清宫秘史》的谎言，极尽诬蔑之能事，用八个为什么肆意攻击刘少奇说：“你根本不是什么老‘革命’！你是假革命、反革命，你就是睡在我们身边的赫鲁晓夫！”
批斗进一步升级。1967年7月18日，刘少奇、王光美接到消息当晚要开大会批斗他们。刘少奇深知与家人过正常生活的时日无多，默默地望了王光美许久，静静地说：“好在历史是由人民写的。”
晚上，刘少奇、王光美被拉去批斗，此后被分别看管。8月5日，天安门广场召开百万人大会庆祝《炮打司令部——我的一张大字报》发表一周年。与此同时，中南海内组织了对刘少奇夫妇、邓小平夫妇、陶铸等的批斗。
疯狂的人群拥挤着，人们挥舞着“红宝书”，“打倒”声此起彼伏。刘少奇已是68岁的高龄，暴徒们扭着刘少奇的双臂，坐“喷气式”，揪着刘少奇斑白的头发，逼他喊打倒其他老干部的口号。刘少奇紧闭双唇，就是不喊。造反派立即施以拳打脚踢，厉声质问：“你为什么不喊口号？”
刘少奇顽强地昂起被按住的头，坚定地回答：“我负主要 责任，要打倒，就打倒我一个人。”
刘少奇的鞋子被踩掉了，只穿着袜子，豆大的汗珠不断地滚落，饱经风霜的脸庞因内心的愤怒而抽搐着、扭动着。被强行拉来陪斗的孩子们看到自己的父母遭受折磨，鼻青脸肿，坐在家门口的小小看到父母亲挨打，非常害怕，“哇”地号啕大哭。源源见状忙挣脱人群去照顾小小，被造反派拦住，“你要干什么？”源源怒目圆睁，强抑悲愤，“你没看到一个小孩子被吓哭了吗？”
刘少奇和王光美被殴打着，被拥挤着，渐渐近了。突然王光美挣脱了扭住自己的造反派，扑上去抓住刘少奇的双手。刘少奇也紧紧握住王光美的双手，不顾造反派的拳打脚踢，相互凝视着，因为他们知道，在一起的日子不多了，能够互相看到对方，传递心声的日子越来越少了。造反派凶神恶煞般掰开了他们紧紧握在一起的双手，王光美又奋力挣脱，拉住刘少奇的衣角，死死不放，哪怕是多一会儿也好啊！这是生离死别啊！
1967年3月21日，中共中央政治局常委会议决定把有关刘少奇“历史问题”材料转交“王光美专案组”调查，并指定康生分管。这样，“刘少奇、王光美专案组”正式成立，开始制造中共历史上最大的一桩冤案。此时，刘少奇已经被剥夺了所有的权利，甚至给毛泽东的申诉信也给扣押，多次提出辞职无人理会。刘少奇问题的处理大权完全被林彪、江青、康生掌握。1968年2月26日，谢富治在专案组报告上批示说：“大叛徒刘少奇一案，主要工作都是由江青同志亲自抓的。今后一切重要情况的报告和请示都要直接先报江青同志。”
9月13日，王光美被正式逮捕，11月转押秦城监狱。刘少奇的子女也被赶出家门，或到校接受批判，或流浪街头。刘少奇独自一人被关押在福禄居前院，并不知道他的家人已经不在福禄居了。
随着专案组进一步的所谓“调查”、“取证”，有关刘少奇的假材料拼凑了三大本。江青指定张春桥、姚文元起草一个要在八届十二中全会上通过的审查报告。
1968年10月17日，江青一伙蓄意炮制的所谓《审查报告》定稿，集谣言诬蔑、恶毒攻击、虚假蒙蔽之大成，准备提交八届十二中全会。
10月13日，中共八届扩大的十二中全会在北京举行，这次会议是党的历史上的一次最不正常的会议：原八届中央委员、候补中央委员，被诬为“叛徒”、“特务”、“里通外国”、“反党分子”的就占总数的52％。第八届中央委员97人中，除去十一届全会以来去世的10人，仅有40人参加这次会议，还不过半数。开会时从候补中央委员中有选择地补了10人为中央委员，才勉强过半数。允许出席会议的候补中央委员只有9人。而被扩大参加这次会议的“中央文革小组”成员、军委办事组成员、各省市、自治区、大军区、中直机关的人员等即达74人，占会议总人数的57％多。
全会批准了《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行