对于冤狱与累讼，曾国藩不光给予了痛斥，还采取有效措施防止与克服了这种情况的再次发生。首先是严禁私自关押犯人。他曾出榜明确告知官吏与百姓：“以后管押犯人、证人，本州县必须立牌，以告知他人。待到情况查清楚后予以释放时，也一样要立牌晓示，让他人知晓。”从这里不难看出，曾国藩要求执法者在执法、行法过程中，必须做到公开公正，光明正大，以避免执法者以权谋私和违法乱纪的现象发生。
再次，是提倡原始儒学的民本思想，实践儒家的爱民主张。
孔子说：“仁者，爱人”。孔子儒学的核心是“仁”，而“仁”就是“爱人”的意思，从孔子的“仁爱”，到曾子的“亲民”，再到孟子“民贵君轻”的民本思想，是一脉相承的。孔子说了，只有爱遍及众生，才算接近了“仁”（泛爱众而亲仁）。
曾国藩说，养民是为民，做官也是为民，当官不为民着想，那是我深恶痛绝的。为民不是一句空话，不是一曲爱民歌，不是做几件事情摆摆样子，而是要真心实意地爱，爱字中间有一个“心”字，所以爱民就要出于“真心”。
在给曾国荃的一封信中，曾国藩说：大抵与士兵和百姓交往，只要真心实意地爱护他们，就可以得到他们的谅解。
“爱民”，曾国藩在给沅弟的家书中屡次提及，而且做得也好。他语重心长地对沅弟说：“弟在军中，望常以爱民诚恳之意，庶胜则可以立功，败亦不至造孽。当此大乱之世，吾辈立身行间，最容造孽，亦最易积德。”他曾做《劝诫营官四条》，其中第一条是“禁骚扰以安民”。还作《爱民歌》，在军队中广为传诵。
但是，爱人也不是无原则的，为了保护多数人的利益，必须赏罚严明。曾国藩说：“古代人带兵打仗，首先强调赏罚分明。”他为了惩治贪官污吏，便设置新的机构办案。曾国藩早就对清朝地方官吏腐败无能深怀不满，更不信任承办案件的旧官吏。他设置新的机构，自行审案杀人。
他不辱圣命，实行峻法的刚挺之气令大小贪官胆战心惊，这种作风一直到他任直隶总督时还如此。
又次，是打破官方儒学的专制思想，坚持民主管理任人唯贤。
自从西汉以来，儒学成为官方意识形态以后，官方儒学就成为维护统治阶级利益的工具，董仲舒所制定那一套三纲五常的官方儒学日益变成封建专制主义的保护伞，这样就使儒学脱离了民本和民主的本意。
我们常常把儒学叫做名教，西汉大儒董仲舒倡导“审察名号，教化万民”。汉武帝把符合封建统治利益的政治观念、道德规范等“立为名分，定为名目，号为名节，制为功名”，用它对百姓进行教化，称“以名为教”。内容主要就是三纲五常，故也有“纲常名教”的说法。可从原始儒学来看，孔子所说的“名”并非只是维护统治阶级利益的。
子路曰：“卫君待子而为政，子将奚先？”子曰：“必也正名乎！”子路曰：“有是哉，子之迂也！奚其正？”子曰：“野哉，由也！君子于其所不知，盖阙如也。名不正，则言不顺；言不顺，则事不成；事不成，则礼乐不兴；礼乐不兴，则刑罚不中；刑罚不中，则民无所措手足。故君子名之必可言也，言之必可行也。君子于其言，无所苟而已矣。”
子路问孔子：“卫君等待老师您去治理国政，您将先做什么呢？”孔子说：“那一定是先正名分啊！”“正名”是孔子“仁政”思想的重要组成部分，正名的具体内容就是“君君、臣臣、父父、子子”，只有“名正”才可以做到“言顺”，接下来的事情就迎刃而解了。
“君君、臣臣、父父、子子”与“三纲”有本质的区别，“君君、臣臣、父父、子子”强调各自要带头做好自己的事情，君必须像个君王，臣要像个臣子，父要像个父亲，儿要像个儿子，这里任何一对关系没有上下之分，是完全平等的，因此也就没有专制的成分。例如，当君像个君王，他时刻把人民的利益放在第一位，他就不可能高高在上去压迫人民。其他关系也是如此。而作为维护统治阶级秩序的“三纲”却是从上而下去制定维护秩序的政策，君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲，这从一开始就违背了平等的原则，当然也不可能再有民主政治了。
孔子强调正名，每一个人都做好自己的事情，而作为国家的最高领导人他所做的事情就更多，它始终是把人民的利益摆在第一位的，他始终是维护社会公平和正义的。这样的人自然会被人民群众推上国家领袖的位置，被孔子极为称道的尧舜禹三代政治就是如此。因此，孔孟原始儒学是带有浓重的民主色彩的。
曾国藩处于日益没落的清朝末期，官场腐败，外侮内乱，在这样的形势下，他没有能力去实现孔子所说的民主政治，但他在自己的范围内实现了民主管理和任人唯贤。
曾国藩是一个文人，他从一开始就没有想过要当湘军统帅，只因他德高望重，在大众的推举下他才走上统帅的岗位。因此，曾国藩作为一个统帅，他不专权，不迷恋个人权力，他喜欢把自己的权力分配给自己培养出来的人才，这样不仅奖励提拔了优秀人才，而且使他们成为统帅的重要臂膀。这些臂膀就是曾国藩所说的替手，他们既包括副手也包括接班人，他认为这是办大事第一等要紧事。
他曾经写信致九弟强调“办大事者以多多选替手为第一义”，信中说：“总须另有二堪为统带者，每人统五六千，弟自统七八千，然后可分可合。杏市而外，尚有何人可以分统？亦须早早提拨。办大事者以多多选替手为第一义，满意之选不可得，姑节取其次，以待徐徐教育可也。”
曾国藩自己就在这方面做得很好，无论是陆军方面，还是水军方面他都选择了很称职的将领。比如说陆军，他任用罗泽南、塔齐布、胡林翼、鲍超、李续宾、曾国荃；水师方面，他提拔杨载福和彭玉麟这两位水师统领。他们都部分代替了他，在接班人上，他也做得比别人好，曾国藩最大的成果就是栽培了他的接班人李鸿章。
然后是倡导原始儒学的科学精神，发起洋务运动学习西方科学技术。
自古以来，人们比较重视官方儒学“学而优则仕”的思想，把读书当官作为自己的追求目标，轻视学习科学技术知识。实际上这是违背了原始儒学的科学精神的，也没有真正懂“学而优则仕”的意义。还有后人把樊迟问种田，孔子批评他为小人的话也误解了。
原汁原味的孔子思想是有科学精神的。孔子说：“君子不器。”这句话朱熹解释错了，受朱熹注解的影响，后世很多人把“君子不器”理解为君子不要去学习具体的科学知识，他不需要去学一种什么手艺为社会服务。
实际上孔子的真意是：“君子博学多识，他不只是一样东西，只有一种用途。”孔子的思想是有入世精神的。虽然君子没有时间和精力去掌握世间所有知识，但是他应该努力去学习世间一切知识为人类造福。按照佛教来说，既学会世间的一切知识，还要学会出世的知识。世间的知识就是“五明”，“五明”即语文学的声明、工艺学的工巧明、医药学的医方明、论理学的因明、宗教学的内明。
孔子自己就是多才多艺的，他从小就掌握了很多专业知识。《论语·子罕》太宰问子贡说：“孔夫子是圣人吗？为什么还会这样多才多艺呢？”子贡说：“这本是上天让他成为圣人，而且使他多才多艺。”孔子听到后说：“太宰怎么会了解我呢？我因为少年时代地位低贱，所以会做许多粗俗的事。君子会做这些粗俗的事是多余的吗？不多余啊！”子牢说：“孔子说过，‘我不能被国家任用，因此以技艺著称于世’。”
其实这段话翻译也多有误解（包括朱熹）。李曜觉得，在当时统治者的眼里，圣人不是普通的一个有技艺的人，更不能做粗俗的事。所以太宰是以圣作为疑问提问来的，意思孔子真的是圣人吗？如果真的是圣人，为什么还搞那些雕虫小技和粗俗的事呢？孔子对太宰的不理解表示遗憾，统治者总是站在自己高贵的位子上自以为是，而不知圣人把自己并非看得很高，为了众生的利益可以舍弃自己的一切，所以圣人并非不能多才多艺，并非不能做粗俗的事。当然，孔子是有实现天下大治的志向的，但是天下无道，他无法去实现自己的志向，所以自己在政治上没有什么建树，在技艺上却出名了。
李曜综合一下原始儒学的科学精神，那就是仁义道德是每一个人的思想追求，而并非妨碍每一个人学一门专业技能去为国家和社会服务。如果一个人连自己都不能养活自己，怎么还可能去追求利益他人的仁义道德呢？学了专业知识，不断提高自己，才能在为人民服务的岗位上不断提高自己的道德境界。这是针对一般人来说的，对于上智之人把道德追求摆在第一位，他只追求出世之道，那就另当别论了。
曾国藩深刻领会了原始儒学的科学精神，他发起洋务运动，让中国人学习西方科学技术。在曾国藩之前，曾国藩的湖南老乡魏源已经提出“师夷之长技以制夷”，曾国藩在魏源“师夷制夷”、“以夷制夷”、“自强”“救时”思想基础上，他又进一步提出了“师夷智以造炮制船”、“师夷智以制夷”等主张。魏源因为时代的局限没能付诸实践，曾国藩则是学习西方先进的科学技术，并付之实践的第一人。曾国藩派人留学，翻译西方科学书籍，由此开启了中国近代化改革开放的先河，使中国产生了近代资本主义最初的工业生产。
曾国藩还在同太平天国作战初期针对太平军使用洋枪洋炮，也购置了不少西洋枪炮火器与之相战，以后更是致力于国富民强、力主学习西方科技工业的实践，开始了“使彼