连续的紧张工作和难以驱散的忧虑，使毛泽东病倒了，而且病得很重。高烧发到四十度，嘴唇干裂，两眼深凹，脸颊烧得通红。卫生员给他奎宁片、打奎宁针，高烧依然不退。警卫员吴吉清跑到省政府打电话向瑞金报告。红军医院院长傅连暲得知后，连夜骑马赶到于都，确诊他患的是恶性疟疾。经过精心治疗和护理，毛泽东的病情才慢慢好转。警卫员吴吉清回忆说：“直到第八天拂晓，我们刚刚想睡一会的时候，听见有人慢步走到床前来，温和地说：‘这几天，你们都辛苦了！’我们睁开眼睛，一看是主席，就着急地说：‘您病还没有好，怎么就起来啦！’主席笑着说：‘我好了！’”毛泽东刚能起床，就开始工作。傅连暲等一再劝告他再休息几天，他回答说：“局势很紧张，休息是做不到的！”
十月初，毛泽东接到中央“有特别任务”的秘密通知，要他立刻回瑞金。毛泽东骑马赶回瑞金，先到中革军委向周恩来等报告了于都的敌情、地形、河水干枯等情况。然后，在云石山古庙里，召开一个中央政府各部负责人会议（又称青山会议）。出席这次会议的吴黎平回忆说：“毛泽东同志给大家宣布和说明了这一撤离苏区的决定，强调了两点：第一、革命是有前途的，要大家加强革命信心；第二、要把各部的善后工作做好，要使留下的同志能够更好地继续革命斗争，更好地联系群众。”（46）当时，教育人民委员部部长瞿秋白希望随主力红军一起转移，但博古等不让他走。瞿秋白请求毛泽东给中央说说。毛泽东说，我已经同他们讲过，但“不顶事”。
毛泽东回到家里，抚摸着天真活泼的小孩毛毛，心里很难受。过了一会，毛泽东告诉贺子珍：“中央规定，红军这次转移，女同志一律不得跟着队伍走，孩子更不能带。”望着贺子珍，他又说：“我怎么舍得把你们留下呢？”
毛泽东从政治局常委张闻天那里得知政治局委员要分散到各军团去随军行动的消息后，立刻到中革军委提了两条意见，第一、在转移时将他和张闻天、王稼祥安排在一起，不要分散到各军团；第二、应带一部分女同志走。他得知中革军委已派部队到于都河搭浮桥，准备大部队从那里过河，又策马赶到于都。
毛泽东刚到于都，就接到中革军委的电话，说中央决定带走三十名女同志，其中包括贺子珍，把她们编在卫生部休养连，但不能带孩子。毛泽东立即派警卫员回瑞金通知贺子珍：小毛只能托付给留在中央苏区坚持游击战的毛泽覃、贺怡照顾了。在战争环境中，这个孩子被寄养在当地老乡家，后来再没有找到。
十月十日晚，中共中央率领中央红军主力和中央机关人员共八万六千余人，从瑞金等地出发，被迫实行长征。
毛泽东在于都作好安排后，于十五日在县城谢家祠参加由中共赣南省委召集的省、县、区三级主要干部会议。他在会上说：敌人这次进攻苏区，采用的是堡垒政策，一直打到我们中央苏区门口，企图断水捉鱼，全部消灭红军。我们红军主力部队要冲破敌人的封锁线，到敌人后方去，打击和消灭敌人。并且对将要留在中央苏区的地方干部说：你们这些在地方工作的干部，仍然留在苏区，团结人民，开展游击战争。你们不要怕，不要认为红军主力部队走了，革命就失败了。不能只看到暂时的困难，要看到革命是有希望的，红军一定会回来的！
十月十八日傍晚，毛泽东带着警卫员离开于都城，踏上征程。刘英过了于都河后看到毛泽东，就问：“你九月份到于都是有‘特别任务’的吧？”她后来回忆道：“毛主席这才告诉我，他来于都主要的任务是察看地形，选择突围的路线。现在我们利用枯水期，在选定的地点架了五座浮桥，安然地过了于都河，走的就是毛主席选定的路线。”（47）
从一九三一年赣南会议到一九三四年十月长征开始，整整三年内，毛泽东的处境是十分艰难的。尽管他出任中华苏维埃政府主席，实际上一直身处逆境，遭受着接连不断的批判和不公正对待。他许多行之有效的正确主张，被严厉地指责为“狭隘经验论”、“富农路线”、“保守退却”、“右倾机会主义”。在不短的时间内，甚至被剥夺了工作的权利。这种“残酷斗争，无情打击”又来自自己的党内。这是严峻的考验。如果没有坚强的信念、宽阔的胸襟、钢铁般的意志，一个人是很难经受得住这种考验的。
毛泽东在这些日子里，一直表现得十分从容沉着。他坚持原则，决不放弃自己正确的符合实际的主张，同时又顾全大局，遵守纪律，尽可能地在力所能及的范围内继续做出自己的贡献。亲眼目睹这一切的李维汉曾描述道：“他坚持三条：一是少数服从多数；二是不消极；三是争取在党许可的条件下做些工作。那时王明路线的主要负责人整人整得很厉害，不是把你拉下领导职务就算了，还批得很厉害。毛泽东在受打击的情况下，仍能维护党的统一，坚持正确的路线和主张。”（48）无论在前期的作战指挥上（包括漳州战役和宜乐战役），中期对中央苏区经济建设、政权建设、土地改革的领导，还是后期在会昌和于都的短期工作中，他都竭尽全力地做出重要的成绩。他还利用这段时间，读了许多书，作了许多调查研究，使自己的知识和才干得到进一步的增长。
这段不平常的艰难经历留给毛泽东的印象很深。二三十年后，他在一九六二年一月举行的扩大的中央工作会议上讲道：
“不论党内党外，都要有充分的民主生活，就是说，都要认真实行民主集中制。要真正把问题敞开，让群众讲话，哪怕是骂自己的话，也要让人家讲。骂的结果，无非是自己倒台，不能做这项工作了，降到下级机关去做工作，或者调到别的地方去做工作，＇奇/书/网…整。理'…提=。供＇那又有什么不可以呢？一个人为什么只能上升不能下降呢？为什么只能做这个地方的工作而不能调到别个地方去呢？我认为这种下降和调动，不论正确与否，都是有益处的，可以锻炼革命意志，可以调查和研究许多新鲜情况，增加有益的知识。我自己就有这一方面的经验，得到很大的益处。不信，你们不妨试试看。”（49）
① 《红色中华》，1933年3月3日。
② 《中央局关于闽粤赣省委的决定》，1933年2月15日。
③ 《工农红军学校党团活动分子会议关于江西罗明路线的决议》，
④ 1933年5月4日。秦邦宪在中国共产党第七次全国代表大会上的发言，1945年5月3日。
⑤ 毛泽东在中共中央政治局会议上发言记录，1936年9月。
⑥ 共产国际执委会致中共中央电，1933年3月。
⑦ 王观澜：《中央苏区的土地斗争和经济情况》，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第352页。
⑧ 亮平：《经济建设的初步总结》，1933年9月30日。
⑨ 姚名琨：《对外贸易局江口分局》，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第380页。
⑩ 《红色中华》，1933年3月6日。
⑾《中央政府通告第二号》，1933年7月20日。
⑿《毛泽东选集》第1卷，人民出版社1991年6月版，第122页。
⒀王观澜：《中央苏区的土地斗争和经济情况》，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第351页。
⒁王贤选、何三苟：《中央苏区反经济封锁的片断回忆》，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第389页。
⒂毛泽东：《中华苏维埃共和国中央执行委员会与人民委员会对第二次全国苏维埃代表大会的报告》，1934年1月24日。
⒃《毛泽东选集》第1卷，人民出版社1991年6月版，第130、131、133、139页。
⒄第二次全苏大会准备委员会：《选举运动周报》第1期，1933年8月25日。
⒅毛泽东：《查田运动是广大区域内的中心重大任务》，《红色中华》第86期，1933年6月17日。
⒆《红色中华》第52期，1933年2月13日。
⒇王观澜：关于查田运动的一些回忆，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第355页。
（21）《中华苏维埃共和国中央政府关于查田运动的训令》，1933年6月1日。
（22）毛泽东：《查田运动的群众工作》，写于1933年6月14日，载《斗争》第32期，1933年10月28日。
（23）毛泽东：《查田运动的初步总结》，《斗争》第24期，1933年8月29日。
（24）王观澜：《中央苏区的土地斗争和经济情况》，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第351页。
（25）《中共中央文件选集》第9册，中共中央党校出版社1991年3月版，第549、551、552、561页。
（26）王观澜：《中央苏区的土地斗争和经济情况》，《回忆中央苏区》，江西人民出版社1981年12月版，第351页。
（27）中华苏维埃共和国中央政府人民委员会命令，第49号，1933年10月10日。
（28）《红色中华》第175期，1934年4月14日。
（29）奥托·布劳恩：《中国纪事》，现代史料编刊社1980年12月版，第45页。
（30）《萧劲光回忆录》，解放军出版社1987年5月版，第142页。
（31）《人民代表大会口号》，《福建事变资料选编》，江西人民出版社1984年3月版，第81页。
（32）《土地革命文献选编》（1927—1937年），中共中央党校出版社1987年12月第1版，第745、746页。
（33）李维汉：《回忆与研究》（上），中共党史资料出版社1986年4月版，第336页。
（34）《贺子珍的路》，作家出版社1985年12月版，第175页。
（35）毛泽东接见一个外国共产党代表团的谈话记录，1965年8月5日。
（36）《缅怀毛泽东》（上），中央文献出版社1993年7月版，第401、402页。
（37）方强：《毛泽东同志来到南方战线》，《缅怀毛泽东》（下），中央文献出版社1993年12月版，第2