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一九零七年，石原莞尔进入陆军士官学校继续学习。当年他以陆士第二十一期步兵科第六名的成绩毕业。不久便被授予步兵下士官军衔，从此开始其法西斯军官生涯。
一九一五年，石原莞尔考上了陆军大学。在陆大学习期间，他接受了更加系统性的军国主义教育，并且开始思考自己的军事侵略理论。一九一八年，石原莞尔以第二名的成绩从陆大毕业，同时被晋升为步兵中尉。
当时，日莲宗是日本非常盛行的一个佛教教派。石原莞尔受这一教派思想的影响，从陆大毕业后，就加入了日莲宗的佛教团体“国柱会”，成为著名僧人田中智学的忠实信徒。一九二零年四月，石原莞尔被派往驻汉口的侵华日军华中派遣队司令部工作。石原莞尔在汉口工作的一年多时间中，先后考察了中国湖南、四川、南京、上海、杭州等地，积极搜集中国政治、经济和军事方面的各种情报，这些信息为他形成“大陆扩张”的侵略思想奠定了经验基础。他根据观察总结了对付中国军阀的办法，认为“比起武力会战，收买、宣传具有更大的价值”。同时，实地的观察也增强了他侵华的信念，他曾写道，“以列国的干涉对中国实行国际共管”，“其主动者必须是日本”，“可惜现在我们没有这种力量”，如果“在建国精神方面，日本应该有统一世界的大正义”，“这种力量展现出来后，英美的财力和兵力则毫不足惧”。
一九二一年七月，石原莞尔奉调回国，担任陆大教官。一九二二年，被选派赴德留学，主攻战争史。留学期间，石原莞尔完善了自己的战争思想。一九二五年，学成归国，石原莞尔继续任教于陆大。
二十世纪二十年代，石原莞尔撰写了大量文章和报告，系统梳理和阐发了自己的战争观。这些文章主要包括：《现在及将来的日本国防》、《战争史大观》、《扭转国运的根本国策——满蒙问题解决案》、《关东军领有满蒙计划》、《从军事上看日美战争》、《满蒙问题我见》等。这些文章集中反映了石原莞尔的侵略理论和主张，他提出，“发源于中亚的人类文明分为东西两支，几千年来各自发挥其特长和特点，不断进步，而最近两三个世纪的发展更是突发猛进。时至今日，这两个文明已形成隔着太平洋而相互对峙的局面”。这种局面必将导致战争，战争之后将走向统一，最终“创造最后最高的文明”，使人类文化进入“黄金时代”。这次“人类最后的大战争”将是“以日美为中心而进行的世界大战争”，将“首先是持久战争，然后是决战战争”。因而，他强烈主张，为了使日本在未来的世界大战中能打好持久战，并取得决战的胜利，首先必须占领中国东北，使之成为日本“以战养战”的战略资源供应基地。他的这种侵略思想直接指导了日本关东军发动九一八事变和展开对中国东北的侵略活动。
石原在任关东军参谋的石原莞尔与板垣征四郎谋划如何侵略中国东北，制造九一八事变之后，又促使日本参谋本部和陆军省同意增兵，在短短四个多月时间里，侵占了我东三省。一九二八年十月，在关东军高级参谋河本大作的推荐之下，石原莞尔被调任日本关东军参谋。石原莞尔觉得找到了自己的“用武之地”，开始推行他所构想的“以战养战”侵略中国东北的阴谋。
到关东军司令部赴任之前，石原莞尔已经仔细阅读了有关中国东北地理的书籍、地图，并且同关东军各部队军官谈话，深入了解和掌握了东北的情况。当时日本军部担心如果侵略中国东北，可能会导致苏联方面的干涉而引发日苏大战，狡猾的石原莞尔根据自己掌握到的情况，猖狂地认为，日本政府及军部中央没有必要担心与苏联的冲突。因为苏联的远东运输能力薄弱，仅能将一部分兵力用于远东，倘若日军进攻外贝加尔以东地区，苏联都可能会放弃。
此外，美国在远东没有进攻日本的据点，很难攻击日本，美国海军在布局上不够匀称，日本海军实质上也不是处于绝对劣势的。因此，美国的渡洋作战只不过是空谈，至多只能对日本进行经济封锁而已。总之，石原莞尔的结论就是，日本可以放心地侵占东北，甚至侵占整个中国。一九二九年七月，石原莞尔推荐他的老朋友“阴谋老手”板垣征四郎任关东军参谋，从此二人开始共同为霸占中国东北而积极活动。
从一九二九年起，石原莞尔和板垣征四郎先后组织了四次“参谋旅行”，侦察东北地区的地理情况和东北军的兵力分布情况，为将来发动侵略战争做准备。在以“旅行”为名进行的军事侦察活动中，石原莞尔和板垣征四郎带领关东军的作战参谋，经过实地刺探，形成了诸如“攻击哈尔滨和防御海拉尔的问题”，“关于占领地区怎样统治的问题”，攻打锦州的战术，“夜袭弓长岭的现地研究”和“攻打奉天城要领”等详细的侵略作战计划。
在“参谋旅行”中，石原莞尔等人窃取了大量军事情报，同时也意识到，东北地域辽阔，关东军不足两万人是难以战胜多达数十万之众的东北军的，因而，常规的军事入侵方法是无法取胜的。对这样的“困难”，石原莞尔想出了“由里向外来占领满洲”的方法。
一九三一年三月四日，石原莞尔主持制订了《为解决满蒙问题之作战计划大纲》，提出先在沈阳挑起事端，然后以日本利益受损害为借口，集中优势兵力占领沈阳，再进一步侵占全东北。这一侵略计划得到关东军好战分子的赞成。他们开始以这一计划为“蓝本”，进行军事入侵的准备。
日本陆军上层支持关东军军事入侵行动的大有人在，为了使石原等人侵占沈阳的军事行动能顺利成功，参谋本部军事课课长还专门向关东军批了两门二十四厘米口径的重炮。为了安放这两门重炮，石原莞尔以修建游泳池为幌子，在驻奉天关东军独立守备队兵营内，挖了一个直径为三十三英尺，深三十九英寸的炮基座，四周加上围棚，伪装成仓库。这两门重炮，一门炮口对准奉天东北军北大营营房，另一门则指向奉天飞机场。除了在关东军内部进行军事进攻准备外，石原莞尔也没忘记做好国内的动员工作，以便获取军部内更多人对侵略计划的了解和支持。一九三一年七月，石原莞尔与板垣征四郎回国，专门在国内兜售《为解决满蒙问题之作战计划大纲》的侵略计划。经过板垣征四郎的鼓吹，石原莞尔的侵略计划得到军部大多数高级将领的赞成和支持，返回关东军后，二人更加紧推行实施既定的侵略计划。
八月二十日，石原莞尔向关东军新任司令官本庄繁汇报了侵略中国东北的计划，得到本庄繁的认可和默许。九月十五日，关东军准备擅自行动的消息泄露，内阁施压，责令参谋本部“制止”关东军的轻举妄动。石原莞尔和板垣征四郎得知这一信息后，加紧谋划事变，准备将原定九月二十八日的行动提前到九月十八日，赶在参谋本部派人来之前，造成既成事实。九月十七日夜，石原莞尔与板垣征四郎在辽阳白塔旅馆碰面，决定由石原莞尔在旅顺关东军司令部内进行作战部署，而板垣征四郎则在奉天实地进行前线指挥。被炸成废墟的东北军北大营。
九月十八日下午，前来“安抚”的参谋本部第一部部长建川美次到达奉天。板垣征四郎不动声色地在火车站迎接，并为建川美次“安排”好饭店，一向以工作为重的建川少将这次一句公事也没谈即在宾馆休息了。
当晚十时三十分，奉天车站西北方约八百米处的南满铁路柳条湖一段被炸。关东军以此为借口，立即向东北军北大营发起进攻，震惊中外的九一八事变爆发。
已准备就寝的关东军司令本庄繁忽然接到奉天特务机关发来急电，称：“十八日夜十时许，奉天北大营西侧，暴戾的中国兵破坏满铁线路，与我守备队发生冲突。独立守备第二大队已向现场出动。”
本庄繁立即命令参谋长三宅召集石原等各参谋到办公室，召开会议，商讨对策。石原莞尔迫不及待地说：“对敌之不法行为，先发制人，应该刻不容缓地立即命令各部队出动，制敌中枢于死命。”
不过，本庄繁觉得情况尚不明了，所以没有完全接受石原莞尔的意见，而是准备先让兵力集中到据点，以待形势的进一步发展状况，再行决定。石原莞尔对本庄繁的“胆小”行为很不满。这时，奉天发来第二封急电：“岛本大队与北大营部队发生冲突，正在激战中。”战火看来是如石原所愿，越烧越大了，本庄繁考虑到要占据主动权的话，就不能等到国内的命令再行出兵了。于是，本庄繁最终接受了石原莞尔“先发制人”、“制敌中枢于死命”的出兵意见，向各部队发布“全面出击”命令。待命令发布后，本庄繁才让作战参谋向军部中央报告，这其实也是想造成“既成侵略事实”的一种拖延之策。
为了便于前线指挥，关东军司令部于十九日凌晨三十分从旅顺转往奉天。到达奉天后，本庄繁立即听了板垣征四郎的战况汇报。这时他仍未下决心彻底采纳石原莞尔的作战计划，把兵力派到南满以外地区，尤其是向北满进军，他担心会与苏联发生冲突。板垣和石原却翻来覆去地强调，此时正是绝佳的用兵机会。
石原对本庄说：“总之，事变既已发生，如果此时不一举解决满蒙问题，我们将遗恨百年。
……即使向北满进兵，苏联目前也不至于干扰。苏联正竭尽全力整顿国内事务。所以，在此时如不彻底解决满蒙问题，以后再没有指望了。现在正是绝好的机会！”石原