西晋灭亡后﹐在北方建立的十六国﹐除前凉﹑西凉遥奉江南正朔﹐不立尚书台外﹐其余政权均见尚书令﹑仆shè﹑尚书等官职。
北魏出自鲜卑族﹐本身有部落大人会议决事的制度﹐及魏道武帝拓跋珪破后燕﹐皇始元年始仿魏晋立尚书台﹐置三十六曹。但北魏前期的尚书台是鲜卑旧制与中原制度的糅合﹐与江南制度迥然不同。北魏尚书制度的正式建立﹐实际在太和改制以后。太和十五年魏孝文帝元宏改定官制﹐十七年﹐颁布第一个职员令﹐太和二十三年又颁布第二个职员令﹐尚书省及其它官职都依照魏晋制度﹐主要也是以尚书省总领庶政﹐而中书﹑门下二省分掌机权﹐门下之权尤重。
文帝杨坚代周称帝﹐于开皇元年恢复了尚书省﹐并使之成为名副其实的全国最高行政机构。隋代不置录尚书事﹐尚书令虽设而常缺﹐尚书左仆shè便是首相﹐高颎任此职达十九年﹐综理全国政务。他虽兼任纳言﹐而权力主要来自左仆shè之职。
高颎之后﹐杨素亦为此职。大业元年﹐杨素升任尚书令。杨素死后﹐隋炀帝杨广不补尚书令﹐大业三年后﹐左右仆shè也不补任。
大唐沿隋制﹐也是三省并置﹐尚书省事无不总﹐是全国行政的总汇机构。尚书令仍是虽设而虚其位，以大行台尚书令以代。
尚书令以下，置左﹑右仆shè﹐仆shè之下设左右丞﹐协助仆shè分理省内事务。尚书省设六部二十四司﹐及杜睿改制，设总参谋部，则为七部，二十八司，部有尚书﹐侍郎为之副，司有郎中﹐员外郎为之副。
杜睿自领尚书令，左右仆shè为来济，杜正伦，左右丞乃是杜睿的门生薛钟，赵正礼。
吏部居七部之首，掌综铨选之任，西汉尚书有常侍曹，主管丞相，御史，公卿之事。东汉改尚书常侍曹为吏曹，又改为选部，魏晋以后称吏部，置尚书等官。
长官为吏部尚书，副长官称侍郎。历代相沿，吏部掌管全国官吏的任免、考核、升降、调动等事务。
下设四司，为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。司的长官为郎中，副长官为员外郎，其属官有主事，令史，书令史等。
文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。
验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。
稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。
考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。
当下吏部尚书为杜睿门生李献宝，侍郎乃是京兆三元人韩瑗，魏州观城人李祥道。
其次户部，负财政之责，户部起源于秦，《周庄》记载此职为“地官大司徒”，秦为“治粟内使”，两汉称“大农令”和“尚书民曹”，三国至唐称“度支”“左民”“右民”等，因避讳太宗皇帝名讳改称“户部”，管田赋，关税，厘金，公债，货币等责。
汉成帝时，置尚书五人，其三曰民曹，主吏人上书事。后汉以民曹兼主缮依功作，当工官之任。三国魏置左民尚书，掌财政。晋初省之，太康中又置。惠帝时有右民尚书。东晋及宋、齐并置左民尚书，梁、陈并置左户尚书，并掌户籍，兼知工官之事。后魏、北齐有度支尚书，亦左民、左户之任。后周依《周官》，置地官府大司徒卿。隋初称度支部，开皇三年改为民部。
户部设有尚书一人，正三品，为杜睿门生高智周，侍郎二人，正四品下，为定州安平人李安期，魏州繁水人张大安。
其责掌天下土地、人民、钱谷之政、贡赋之差。其属有四：一曰户部，二曰度支，三曰金部，四曰仓部。户部巡官二人，主事四人；度支主事二人；金部主事三人；仓部主事三人。
杜睿主政后，将户部的职责更加的细化了，户部尚书高智周主管全国户口、赋役方面的政令。侍郎李安期，张大安掌稽核版籍、赋役实征等会计统计工作。
其rì常工作有为移民垦荒，招抚安置流民，以鱼鳞图册、黄册为根据，抑制豪民兼并；以限田裁异端之民；以树艺课农官；以草地养马放牧；以电种召佃尽地利；对多年积欠赔累可根据情况给予蠲免；根据各省收支情况，调剂余缺；差役的减轻免复；对灾区贫老的抚恤救济，对有功人的赏赐；权量市籴，评估物价；征收山泽坡池、关市、坑冶之税；赡军输，督漕运，赡及转输屯种，开中以实边，和百官俸禄支给；定期编造户口册籍，调整户等，了解人口及土地增减变化；对隐匿户口，侵吞土地等不法行为及时给予制止、纠正。
其三为礼部，掌礼仪及贡举。南北朝北周始设。隋唐皆为六部之一，历代相沿。长官为礼部尚书，当下为李道宗之子李璟恒，左右侍郎为杜睿门生曹果，穆天颜。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。朝廷坛庙、陵寝之礼乐及制造典守事宜，并掌修明礼乐、更定章制。
礼部下设四司，为仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事。
祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务。
主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务。
jīng膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。
四司之外，设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。
其四为兵部主兵籍﹑器仗。源于三国魏五兵制，两汉尚书职务本不涉军事。曹魏始置五兵尚书，另有有关军事的驾部、车部、库部等曹，各曹设郎，驾部有时亦设尚书。
隋始合为兵部，以尚书为主官，侍郎为次官，历代沿袭，职权则不尽相同。在杜睿主持贞观变法之后，只管武职选授、处分及兵籍、军械、关禁、驿站等事，不涉兵权。
兵部一般设有尚书一人，为刘仁轨，侍郎二人，为杜睿门生薛宪，冯旭。其属有四：一曰兵部，二曰职方，三曰驾部，四曰库部。兵部主事四人，职方主事二人，驾部主事二人，库部主事二人。兵部令史三十人，书令史六十人，制书令史十三人，甲库令史十二人，亭长八人，掌固十二人；职方令史四人，书令史九人，掌固四人；驾部令史十人，书令史二十四人，掌固四人；库部令史七人，书令史十五人，掌固四人。
其五为刑部，理刑狱辞讼。东汉尚书置二千石曹掌刑狱，三公曹掌决案。魏、晋以后，尚书之三公、比部、都官等曹均关刑狱，南朝之宋、梁、陈、北朝之北齐，均设都官尚书。隋文帝定六部制度，初沿北齐置都官，开皇三年改称刑部。
刑部掌法律刑狱，与最高法院xìng质的大理寺并列，职掌审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑案件，以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。
设有尚书一人，为杜睿门生杜养盛，侍郎两人，为杜睿门生杜养学，崔正道。其属有四：一曰刑部，二曰都官，三曰比部，四曰司门。
刑部郎中、员外郎，掌律法，按覆大理及天下奏谳，为尚书、侍郎之贰。凡刑法之书有四：一曰律，二曰令，三曰格，四曰式。凡鞫大狱，以尚书侍郎与御史中丞、大理寺正卿为三司使。凡国有大赦，集囚徒于阙下以听。
刑部主事四人，都官主事二人，比部主事四人，司门主事二人。令史十九人，书令史三十八人，亭长六人，掌固十人；都官令史九人，书令史十二人，掌固四人；比部令史十四人，书令史二十七人，计史一人，掌固四人；司门令史六人，书令史十三人，掌固四人。
其六为工部，掌工程建设。工部起源于周代官制中的冬官，汉成帝置尚书五人，其三曰民曹。后汉以民曹兼主缮修、功作、盐池、园苑之事。西晋以后置田曹掌屯田，又有起部掌工程，水部掌航政及水利。后周依《周官》，置冬官府，长官为大司空。隋代开皇二年始设立工部，掌管各项工程、工匠、屯田、水利、交通等政令，与吏、户、礼、兵、刑并称六部。
设有尚书一人，为杜睿门生张言硕，侍郎两人，为杜睿门生杜承学，及许州鄢陵人崔知温。其属有四：一曰工部，二曰屯田，三曰虞部，四曰水部。
工部、屯田、虞部、水部郎中各一人，员外郎各一人，工部郎中、员外郎掌经营兴造之众务，凡城池之修浚，土木之缮葺，工匠之程式，咸经度之。
屯田郎中、员外郎掌天下屯田之政令。
虞部郎中、员外郎掌天下虞衡、山泽之事，而辨其时禁。
水部郎中、员外郎掌天下川渎、陂池之政令，以导达沟洫，堰决河渠。
工部主事三人，屯田主事二人，虞部主事二人，水部主事二人。
杜睿改制之后，加强了工部的职能，使其管理全国工程事务的机关，职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。凡全国之土木、水利工程，机器制造工程，包括军器、军火、军用器物等，矿冶、纺织等官办工业无不综理，并主管一部分金融货币和统一度量衡。
其七便是杜睿奏请太宗皇帝所设总参谋部，掌四方征战，参赞军机，设尚书一人，为先天竺道行军大总管王玄策，另有参谋二十八人。
唐初﹐左﹑右仆shè及中书令﹑侍中并为真宰相﹐左仆shè居首﹐地位极为尊崇。太宗贞观年间﹐房玄龄为左仆shè近二十年﹐成为大唐名相。
在历史上，随着房玄龄病逝，尚书省的地位已在下降。首先﹐是仆shè相权的削弱和被剥夺。贞观后期，太宗皇帝在门下省设政事堂﹐为宰相议政之处。参加议政者原为三省长官，即左右仆shè﹑中书令﹑侍中。
但皇帝又以敕令指定其它官员参加议政﹐称为参加机务﹑参议朝政等。其官品位较低者则加以同中书门下三品或同中书门下平章事等头衔﹐亦为宰相。
其后﹐凡官仆shè者�