氏求援，于是大内当主政弘即刻点集兵马，上洛加入西军阵营。
所谓“勘合贸易”，是指中日间一种独特的贸易形式。当年因为倭寇滋扰朝鲜半岛和中国沿海地区，日本朝廷和幕府都无力禁止，明太祖朱元璋就断绝了与日本的贸易来往。从奈良时代开始，和中国的贸易就是一本万利的大买卖，掌握这条财源的势力有可能勃然而兴——比如以福原为基地大规模开展对南宋贸易的平清盛——因此足利义满当政后，千方百计地派遣使者到中国来，甚至不惜俯首称臣，也要恢复两国间的贸易往来，并将此贸易往来牢牢紧抓在幕府手中。
应永十一年（1404年），也即明朝永乐二年，明成祖朱棣派遣使臣来到日本，赐予足利义满一枚金印，上刻“日本国王之印”几个字。同时，他还下赐名为“勘合符”的特许证数百道，规定日本官船可手持勘合符前往中国朝贡并进行贸易——这种贸易形式，就被称为“勘合贸易”。
足利义持时代，因为舆论一致反对义满向明朝称臣的行为，使得义持与明断交，勘合贸易曾经一度中断，到了足利义教当将军的时候方才恢复。但这种贸易是打着朝贡的旗号附带进行的，明朝自诩天朝上国，对于远来的进贡船队从来待遇优厚，高价收取其货物，额外还有赏赐，所以一次勘合贸易，所得利润不下五倍。日本各国守护、名山大寺、豪商巨贾，全都削尖了脑袋想往贸易船上钻。
最终得以组成贸易船团的，主要有以下几大势力：京都天龙寺和相国寺、细川氏、大内氏。其实他们身后，还各有实际主持事务的豪商巨贾，细川氏靠的是堺的商家，而大内氏则依靠北九州博多的贸易商会。
为了独占勘合贸易的巨大利润，堺和博多、细川和大内，都展开了激烈的或明或暗的竞争与较量。于是大内政弘为了打倒细川氏，独霸勘合贸易，遂在“应仁之乱”中响应山名宗全的号召，点集数万大军，并要求四国的河野通春出动战船五百余艘协助运兵，浩浩荡荡杀奔京都而来。
西军得到强援，立刻发动全面反攻，九月间占据了内里，并在从九月十八日开始的东岩仓合战中杀败细川、赤松的别动队，阻止了敌人的反扑。到了十月份，京都对外的七条主要通路，除丹波路以外，另外六条全都被西军所控制，东军被压缩在京都东北角上，驻兵相国寺、细川胜元邸和花之御所，负隅顽抗。
●硝烟畿内
应仁元年（1467年）十月四日，西军的畠山义就、大内政弘、一色义直、土岐成赖、六角高赖等部对花之御所及其东面的相国寺发起全面进攻。细川胜元派畠山政长统率三千兵马前往救护，并且明确表示无力再派后援。畠山政长大呼道：“我将独立杀破敌军百万雄兵，博取军功第一！”首先向一色军发起自杀性冲锋。一色军不敌溃败，被斩首八百余级。
西军的总攻击就此遭到挫败，双方再度进入长期对峙。这场战乱引发京都各处大火，从六月开始，陆续有公卿、守护的宅邸，以及名寺古刹被烧，然而足利义政将军却躲在花之御所里，照样每日饮宴作乐，观看猿乐（滑稽戏），吟诵连歌。据说他曾经讲过这样的话：“天下破败就让它破败吧，世间毁灭就让它毁灭吧，我之荣华富贵也不过云烟而已。”室町幕府倘若不灭，那真是没有天理了！
东西两军的对峙一直持续到文明元年（1469年）四月——因此这场动乱也被称为“应仁？文明之乱”——东军终于再也扛不下去了，各部陆续突出京都，逃往丹波等地。大内政弘等西军将领随后追赶，却没料到自己后院却燃起了熊熊烈火——当年五月，丰后守护大友亲繁、筑前守少贰赖忠响应细川氏的号召，开始进攻大内氏在北九州的领地；十二月，大内教幸（政弘叔父）在长门掀起反旗，宣布加入东军。
第二年（1471年）五月，斯波义廉的重臣朝仓孝景归降东军，被授予越前守护之职——这给西军造成了异常沉重的打击。连年战乱，守护大名们势穷力竭，财政状况也都濒临破产边缘，于是被迫于文明四年（1472年）元月开始和谈。次年（1473年）三月，山名宗全旧伤发作，撒手人寰，五月细川胜元病殁——两个老对头同年归西，也算是巧中之巧了。
当年十二月，足利义政正式把征夷大将军的宝座传给儿子义尚。第二年是文明六年（1474年），四月，两军新的统帅山名政丰和细川政元正式讲和，因为幕府将军还捏在东军手里，所以算是山名政丰向东军投降。又三年，到文明九年（1477年），西军全部退出畿内归国，“应仁之乱”才算暂时打上一个句号。
“应仁之乱”是战国时代的开端，将全日本一分为二的大战乱虽然暂时停止了，但各地守护、豪族之间的战争从此再也停不下来，月月都起争端，处处燃起战火。考究战国时代，一般都称其为秩序颠倒的“下剋上”的时代，那么，何所谓下剋上呢？
可以分几个层次来说明这一独特的词汇。首先，昔日辉煌的京都在“应仁之乱”中被大片烧失，无数公卿为躲避战乱而逃亡远国，原本就残存不多的朝廷威信更加一落千丈。明应九年（1500年）九月，后土御门天皇去世，竟然无钱安葬，被迫通过幕府请求各寺院和豪商赞助，允许赞助者有权使用天皇家独享的菊、桐家纹。因为天气炎热，没等下葬，天皇的遗体就已经腐烂生蛆了。
朝廷实权被武士所夺非止一日，但从来没有这样凄惨过，甚至被迫要向卑贱的商人伸手要钱，这是第一重下剋上。第二重下剋上是指幕府权威丧尽。将军足利义尚（后改名义熙）于延德元年（1489年）三月死于讨伐近江守护六角高赖的阵中，足利义视之子义材继任为幕府将军。明应二年（1493年）二月，义材将军采纳了畠山政长的建议，领兵讨伐畠山义就之子基家，然而他才离开京都，立刻后院起火——幕府管领细川胜元发动“明应政变”，改立堀越公方足利政知之子义遐为幕府将军，改名足利义高。闰四月，细川军击败并且俘虏了义材将军，畠山政长自杀。六月，义材将军在被流放的路上转逃往越中，依附当地豪强神保长诚。
明应七年（1498年）九月，义材将军更名为足利义尹，又去依势力更为庞大的越前守护朝仓贞景（孝景之孙）。次年（1499年）十一月，义尹将军在上洛途中被六角高赖战败，逃去西国依附大内义兴（政弘之子）。就这么跑来跑去，一直挨到细川政元的被杀。永正五年（1508年）四月，细川高国（政元养子）上洛，赶跑了幕府将军义澄（足利义高改名），当年六月，大内义兴进入洛中，拥义尹将军复位。
从此义尹将军就被控制在细川高国和大内义兴手中，纯属傀儡，受尽了欺压。他一怒之下逃出京都，流亡到近江甲贺郡，被劝回京后于大永元年（1521年）再度出走和泉。这回细川高国再也不劝他回来了，改立足利义澄的儿子义晴为幕府将军。
幕府将军成为守护们手中的傀儡，可以随意拨弄，可以随意废黜和改立，然而一直到末代将军足利义昭以前，并没有一个强大的守护势力能够拥着一位将军长居京都，他们总是和周边势力打来打去，时胜时败，一旦势力退出京都甚至消散，则所拥立的将军也就走到了末日，这真是可悲的现象。不过，这也确保了毫无能量的幕府将军可以继续存在下去，等到真有一个庞大势力能够久居京畿，纵横四方，无人能挡，则室町幕府的运数，也就接近尾声了。
●家臣和素浪人的抬头
岔开话头，咱们先说说权倾洛中，人称“半将军”的细川政元。此公乃是东军统帅细川胜元的嫡子，胜元死时，政元年仅九岁，但已经表现出了他非凡的聪明才智。文明十八年（1486年），二十一岁的政元出任幕府管领，他在这一高位上一直呆到永正三年（1506年）。期间，消灭政敌畠山政长，废黜将军足利义材（义稙）而拥立傀儡足利义高（义澄），实际把握了幕府的实权。
权臣擅自废立幕府将军，这真是上下颠倒的真正乱世了。细川政元把持幕政，同时控制了几乎整个近畿和四国，当真是威风凛凛，天下不作第二人想。可是这样一位豪杰，却天生怪癖，迷上了一些荒诞不经的修验道。
在《细川两家记》一书中，记载了细川政元的奇行。他主要修炼的，乃是“饭绳之法”和“爱宕之法”，据说修行成功以后，神通仿佛天狗，可以腾空而起，甚至在天上飞行，而且传说确实有人看见他在半空中站立过（天晓得！）。这位权倾天下的“半将军”在迷上邪法以后，每日必要斋戒沐浴，口唱咒文，做出诸般丑态。为了修炼的顺利，他完全戒绝女色，甚至不允许任何女性靠近他的身边。
政务之暇，政元开始考虑游方全国，寻找修练的捷径。因为他不近女色，所以没有子嗣，于是过继了三个养子——澄元、澄之和高国。三个养子为了夺取细川家督的继承权，不断明争暗斗，细川氏从此分裂。永正四年（1507年）六月，细川政元在入浴的时候，被细川澄之派系的香西元长刺死，享年四十二岁。
政元死后，细川澄元在家臣三好氏的辅佐下，攻灭弑父的澄之，正式继任细川家督。然而不到一年以后，受排挤的细川高国在大内义兴的帮助下攻入畿内，驱逐足利义澄，复立足利义稙——曾用名义材、义尹等。澄元麾兵与战，大败而走阿波，最后老死于彼方。
细川高国也学他老子的榜样，最终废义稙将军而立足利义晴。义稙被追到淡路，随即死在那里。不过高国本人也没落到什么好下场，他因为听信谗言，逼死了家中执事香西元盛，大永七年（1527年）二月，香西元盛的兄弟柳本贤治攻入京都，细川高国奉着义晴将军走逃近江。高国先后求救于伊势北畠氏、出云尼子氏、备前浦上氏等有力大名，想请他们发兵襄�