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七月十五日，嵯峨上皇驾崩，两天后，伴健岑与东宫的另一名亲信但马权守〔权为额外派员之意〕橘逸势同时因谋反罪而遭到近卫府的逮捕，经过审判后，分别被流放到隐岐和伊豆。亲信被捕，主公不能说毫不知情，恒贞亲王匆忙上书请罪，并请求辞去东宫。仁明天皇好言安抚，说你与此事无关啦，不必担忧。
两位上皇既然先后去世，仁明天皇感觉压在肩膀上的大山已经倾垮了，他也一心想立自己的儿子为皇嗣，岂有爱于恒贞亲王？只是好不容易碰上或者说设计了这一谋逆案件，东宫辞位则案件必然终止，若不预先深入挖掘，岂不是很可惜吗？
到了二十三日，仁明天皇和藤原良房的挖掘工作终于完成了，于是废黜恒贞亲王的东宫之位，同时将东宫妃的父亲大纳言藤原爱发、中纳言藤原吉野、东宫大夫文室秋津等60余人全数贬职或流放。藤原爱发是良房的叔父，藤原吉野出自式家，他们都是恒贞亲王派的实力人物，经过此次事件，被良房一举铲除了。
其实关于伴健岑等人的密谋，除了大保亲王的告密外，并没有足够确实的证据，退一步说，就算证据确凿，那也未必真与恒贞亲王有牵连，再退一步，就算这一切全都经过恒贞亲王首肯，前往东国也似是避祸，而非谋反。但这一切都已经不重要了，重要的是藤原良房利用这个机会，顺利地踢开重重绊脚石，把自己外甥道康亲王扶进了东宫，更给自己铺平了迈向权力中心的道路。当年八月，他因功晋升为正三位大纳言，848年又升任右大臣。
嘉祥三年〔850年〕三月，仁明天皇去世，道康亲王继位，是为文德天皇，立惟仁亲王为东宫。这位惟仁亲王，其实体内有四分之三的藤原氏血统，他的母亲明子就是藤原良房之女。与皇室的亲上加亲，使良房于857年被任命为从一位太政大臣，总揽朝纲。
外戚当政，在日本历史上并不罕见，但最终把太政大臣之位从皇族手里夺过来的，第一个是惠美押胜，第二个就是藤原良房。良房是第三个非皇族的太政大臣，前面除了惠美押胜外，还有法王道镜，不过那两人的权力并不稳固，最终不是被杀就是被流放，藤原良房想要将荣华富贵代代相传下去，还有很长的路要走呢……
●应天门之变
文德天皇在位八年，猝然辞世，东宫也就是藤原良房的外孙惟仁亲王继位，是为清和天皇。这位清和天皇，被立为东宫的时候才九个月大，登基时也年仅九岁，什么也还不懂，朝政完全由外祖父良房说了算。
天皇虽然还小，藤原良房已经在为他物色妻妾了，人选当然都来自于藤原北家。首先，他把弟弟藤原良相之女多美子送入宫中，然后，又瞄上了长兄藤原长良的女儿高子。不过这位高子据说已经有了情人，坚持不肯进宫。
高子的情人，乃是号称当时第一风流美男子的在原业平。在原业平是平城天皇之孙，被赐“在原”氏而降为臣格，他擅长做诗，格调高雅，广受平安京内贵族女性的仰慕。据说在原业平曾经带着高子私奔，最后被堵截回来，高子送入宫中，在原业平远流东国。然而这未必是个哀伤而动人的爱情故事，因为传说在原业平一生中先后与3333位女性缔结情缘，彻头彻尾是个花花公子。
拉回来再说清和天皇，他的年号是贞观，和我国唐太宗的年号相同。贞观八年〔866年〕闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被火海吞没。这或许只是一场天火，并没有人为因素存在，不过朝中各派却藉着这个因头开始互相攻讦，最终导致了一场大清洗。
当时朝中重臣除藤原良房外，还有其弟右大臣藤原良相，除了藤原北家，还有世代豪门伴氏、纪氏〔823年以后，大伴氏避大伴皇子之讳而改称伴氏〕，以及从皇子降为臣格的源氏兄弟。首先，大纳言伴善男告发纵火犯乃是左大臣源信和中纳言源融，并且与藤原良相商议，调左中将藤原基经前往逮捕源信。
藤原基经本是藤原长良之子，过继给藤原良房做养子，他当然要把此事向良房汇报，听取太政大臣兼老爹的指示。藤原良房偏袒源氏，上奏清和天皇，请他先派干员前往责问源信，源信当然矢口否认，于是这件事就此搁置下来。
然而事情并没有就此结束，到了当年八月三日，备中权史生大宅鹰取突然向朝廷告发，说伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯。朝中因此攻讦又起，人人自危，清和天皇就于十九日正式任命藤原良房为摄政，命其彻查此事。
藤原良房通过拷问伴善男的家臣生江恒山、伴清绳，而号称掌握了确凿的证据，开始藉此大肆排除异己。九月二十二日，判决大纳言伴善男、右卫门佐伴中庸，以及伴善男的家臣纪丰城、伴清绳、伴秋实共五人为纵火主犯，应处斩刑，减罪一等，没收财产后流放到边远地区，另有十名从犯也陆续被处以流放之刑。
经此事件，累世名门的大伴氏和纪氏都被彻底从朝廷中驱逐出去了，而藤原良相、源氏兄弟的势力也受到了重大打击，藤原良房、基经父子的权势更为稳固。但更重要的是，前此摄政之位只授与皇后或东宫，从此落到了人臣手里。摄政就是“总摄庶政”之意，藤原氏的家长在天皇幼年时出任摄政，天皇成年后称为关白〔“诸事关白”之意〕，逐渐成为不成文的传统。
藤原良房死于贞观十四年〔872年〕九月，被谥为“忠仁”，他的权力由其养子藤原基经继承下来。藤原基经也不是一个善主，876年，清和天皇退位，传位给年仅九岁的东宫贞明亲王，是为阳成天皇，阳成天皇乃是藤原高子所生，基经作为天皇的舅舅，更加权倾朝野。
元庆六年〔882年〕，阳成天皇十五岁，举行了元服礼〔成人礼〕，然而据说这个孩子很不成器，成天飞鹰走马，耽于玩乐，甚至打开装神器的箱子，抽出草薙剑来舞弄。藤原基经屡次劝说，这个外甥就是不肯稍微象点人样，于是灰心丧气后逼迫其写下“朕近身发数病，动多疲顿，社稷事重，神器叵守，所愿速逊此位”的话，于884年二月宣布退位。
藤原基经的这种行为，颇类似于我国西汉的权臣霍光废黜昌邑王刘贺，可见其权势就算比不上霍光，也相距不远了。而至于中国的昌邑王和日本的阳成天皇，所作所为是否真如史料记载的那么不堪，可就完全无从考证了。
此后，藤原基经力排众议，拥立“容止闲雅、谦恭和润”同时也财政状况拮据、到处举债的时康亲王继位。时康亲王是仁明天皇的儿子，史称光孝天皇。光孝天皇在位仅四年就病死了，他没立东宫，还把29名子女全部降格，下赐源氏，最终也是在藤原基经的策划下，立其第七子源定省为东宫，随即将其扶上天皇宝座，是为宇多天皇。
●学问之神菅野道真
宇多天皇一度被降格为臣籍，无疑内心是存在着一定自卑感的。继位后他曾路过阳成院，被迫退位的阳成上皇竟然羞辱他说：“当今圣上，原来曾是我的家奴呀。”在这种心态影响下，宇多天皇当然不敢对扶他上台的藤原基经说半个不字，虽然登基时已经成年，依旧把政务全部委托给基经，说“万事巨细，百官已总，均关白太政大臣〔藤原基经〕，然后奏上”——这就是关白称号的由来。
然而换个角度来观察，宇多天皇此举未必出于完全的心甘情愿。他在位第二年〔888年〕的六月，下诏请藤原基经“以阿衡之任为卿之任”，把他比作中国古代的贤相伊尹〔传说伊尹曾被尊为“阿衡”〕。然而藤原基经见了此诏却大为光火，他认为“阿衡”只是一个尊号，并无实权，表示说既然天皇心有此意，那我就干脆辞职，什么也不管好了。他这一撂挑子，宇多天皇可吓坏了，赶紧忏悔和解释，但是基经不依不饶，坚持要天皇罢免起草诏书的亲信橘广相。关于“阿衡”是否有权的争论持续了整整半年，藤原基经也就罢工整整半年。
宽平三年〔891年〕，藤原基经去世。宇多天皇立刻重用橘广相，以及当年敢为橘广相辩护的菅原道真，任命道真为藏人头，以与藤原基经之子藤原时平分庭抗礼。六年后，宇多天皇让位给年仅13岁的敦仁亲王，自己出家仁和寺潜心撰写回忆录《宽平遗诫》，自此以后，天皇退位出家，就被尊称为“法皇”，宇多法皇是日本历史上第一位法皇。
敦仁亲王登基后，史称醍醐天皇，他年岁还小，难免会受权臣的拨弄，已经升任右大臣的菅原道真就因此遭到藤原时平的诬陷，说道真打算拥立自己的女婿、宇多法皇的第三子齐世皇子为天皇，醍醐天皇于是右迁菅原道真为太宰权帅。作为太宰府的代理主官，其实这个职位也不算小了，但终究远离京都，远离开统治中心，这使得满腔报负，想要做一番轰轰烈烈大事业的菅原道真大为忧愤，遂于两年后〔903年〕客死在九州。
据说宇多法皇在听闻菅原道真被贬之事后，匆忙驱车前往内里，想要劝说醍醐天皇收回成命，然而内里各门都已被藤原时平的亲信守把住了，不放法皇进宫。宇多法皇怅然离去，从此专心研究佛学，再不管尘世之事——藤原氏权势之盛，也由此可见一斑。
菅原道真是日本古代著名的书法家、诗人和学者，他曾跟随遣唐使团西渡，具有相当高的汉学素养。886年，他被任命为赞岐守，在偏远的南海道目睹了贫穷百姓的艰难生活，写下很多传诵后世的诗篇。也是在赞岐守任上，他写了《奉昭宣公书》，劝说藤原基经放下执念和恩怨，专心国事，据说藤原基经看了此文后有所觉悟，停止罢工，也不再坚持要宇多天皇严惩橘广相，使延续整整半年的朝廷风波暂时平息。
890年，菅原道真太守任满，回归都城，从此受到宇多天皇的重用。894年，朝议派发新的一轮遣唐使团，以菅原道真为大使—