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80年代未，本·拉登与阿扎姆分手，开始把触角伸向全球每一个角落。阿扎姆则主要从事支持穆斯林极端分子发动军事作战的恐怖活动。
阿富汗战争结束后，本·拉登回到了老家。他认为任何西方国家在中东地区的存在都是对穆斯林的威胁。1990年8月，伊拉克入侵科威特后，沙特怕自己成为伊拉克的囊中之物，便邀请美国军队驻扎在这个王国。本·拉登闻讯后，请求与沙特阿拉伯国防部长会面，为保卫沙特的国家安全献计献策，表示可以不用美国人的帮助击败伊拉克。他在国防部长面前摊开地图，讲述如何不靠美国人帮助打败伊拉克的计划。当国防部长问他如何对付伊拉克的飞机。坦克和生化武器的时候，本·拉登一本正经他说：“我们用信仰来打败他们。”沙特政府自然拒绝了他的极为荒唐的建议。本。拉登对此很是恼火，一气之下移居也门，在那里过了大约一年的流亡生活。
1988年，本·拉登选择阿富汗为阿拉伯的圣战者们建立了一个新的组织——名为“阿尔·伊达”（意为“基地”）的军事大本营，专门训练“圣战者”。
用拉登的话说，“阿尔·伊达”的目标就是“统一所有的穆斯林，建立按照伊斯兰教戒律统治的政府。”拉登认为，建立伊斯兰教国家的唯一途径是通过暴力。因此，“阿尔·伊达”的目的就是推翻几乎所有的在拉登眼中看来是“腐败无能”的穆斯林政府，驱逐这些国家的西方势力，最终废除国家的疆界。
1989年末，阿扎姆在汽车爆炸中被杀，马克太布·阿尔一基达迈特组织分裂，而组织中的极端主义分子则加入到拉登旗下。
据国际反恐怖专家估计，从80年代上半期到1995年之间，在阿富汗拉登大本营接受过训练的人有3万之众。这些人分别来自埃及、沙特阿拉伯、黎巴嫩、也门、阿尔及利亚、利比亚、突尼斯、苏丹和巴基斯坦等国家，这些训练有素的圣战者当时为阿富汗抗苏战争出了大力。
那些年间，每一个月就有80人到拉登营地受训。在这些受训者中，有各式各样的危险人物，例如被埃及政府于1983年判处死刑的埃及伊斯兰极端组织头目穆罕默德·绍基等。这些“英雄豪杰”时常与拉登会面密谈。
事实上，“阿尔·伊达”已成为一些阿拉伯国家里那些鼓吹原教旨主义的极端组织的领导中心。
阿富汗的战争并不只是种族的仇恨，它是两个超级大国——美国和苏联的长期对抗和全球争霸的一个部分。当时，美国人和本·拉登的游击队员一样怀着共同的目的：把苏联军队从阿富汗赶出去。
因此，具有讽刺意味的是，当时的本·拉登不仅得到了美国以及西方国家的大力支持，是美国中央情报局的盟友，甚至还有人将其称为“英雄”。而拉登的许多阴谋诡计和暴力手法就是从中央情报局人员那里学来的。
如今中央情报局就奥萨马·本·拉登是否曾作为当年选中的对象培养的事情闪烁其辞。从80年代初至1985、1986年间，美国给了这些抗苏斗士们大量的援助，其中包括专门对付直升机的“毒刺”便携式导弹等尖端武器。
在那时被吹捧为最成功的秘密行动中，美国中央情报局每年拨出5亿美元的军费来武装和训练贫穷且手无寸铁的游击队员，那些当时最有前途的领袖就是由美国中央情报局看中并予以扶持的。
本·拉登的组织是当时7个主要游击队派别中的一派。美国高科技武器中的不少尖端产品，包括防空导弹等，都陆续进入了拉登的兵器库。现在大部分武器仍在那里。据估计，拉登的组织在阿富汗战争期间获得的美国军事援助高达2．5亿美元之巨。
当然，中央情报局的计划也是成功的。经过10年的残酷战争，游击队员战胜了苏联军队。当初军容不整的游击队员变成了训练有素、装备精良的现代化军队，他们甚至打败了世界上的超级大国。
尽管如此，在反对苏联军队的战斗过程中，拉登仍一直有意使自己远离美国的影响，这场战争使拉登成为阿富汗家喻户晓的人物。流亡大亨
1989年苏联撤军后，阿富汗陷入派别之战。拉登似乎无意于这种权力之争，带着他的“弟兄们”重返沙特阿拉伯，从事建筑业务。
在沙特阿拉伯，本·拉登及其追随者们开始致力建立一个极端的宗教帝国。苏联部队的撤离也给阿富汗和游击队留下了一大批装备精良的武器，以及数以千计的来自世界各地的伊斯兰战士。
拉登利用自己强大的经济力量和武装力量做后盾，发起了一起针对西方的新“圣战”，并将矛头直接指向沙特阿拉伯和埃及等一些亲西方的伊斯兰国家。
阿富汗战争后，拉登发表声明，对沙特王族进行了严厉批评，他指出，沙特王族允许美国军队驻扎在沙特的基地，对穆斯林来说是一种犯罪行为。
拉登频频向广大教徒发出号召，使用暴力手段将美国军队赶出去，将沙特王室推翻。他领导的游击队也屡屡发起攻击政府和美军的活动。
拉登的极端主义倾向，引起了亲西方沙特王室的不满。沙特政府不能忍受他过分的要求，很快作出反应。1994年4月，拉登的沙特国籍因为其“不负责任的行为”而被取消，沙特政府将拉登驱逐出境，并冻结了拉登在沙特的财产，同时在国内外诋毁拉登的声誉。
打那以后，拉登便四处漂泊。靠着他在建筑业经营中所积累下来的数十亿美元的家财，开始了他的活动。无论地球上哪一地区的穆斯林陷入争端，他都会慷慨解囊帮着招兵买马，甚至带兵征战。
拉登先是流亡到也门，后来带着他的家人和一大帮的追随者，迁入了苏丹的喀土穆。据说，拉登与苏丹领导人过从甚密。在苏丹，拉登开设了工厂，也建立了农庄，为没有工作的游击队员解决生计。
对外，他声称自己承建了一条由喀土穆通往苏丹港的高速公路工程。但西方情报机构却称，他在苏丹、阿尔及利亚、突尼斯等地建立了营地，招募并训练恐怖分子。
对于阿富汗退役兵，他替他们建了训练营地。他还为苏丹政府修公路，建基础设施。拉登众多的苏丹商业利益包括：加工山羊皮的工厂，一家建筑公司，一家银行，一个向日葵种植厂和进出口公司。
他的建筑公司——“流亡建筑和发展有限公司”是与国家伊斯兰阵线以及苏丹军方合作的。他们修了苏丹港的新机场和1200公里长的从喀土穆至苏丹港的高速公路。
另一家拉登的著名公司是“绿洲与水”公司。这是一家进出口公司。他同时还经营着“塔巴投资有限公司”、喀土穆的“西北伊斯兰银行”，这家银行是与国家伊斯兰阵线合作的，其中拉登至少有5000万美元的投资。
几年来，本·拉登都居住在喀土穆一处由当地保安部队驻守的居所，同时他安排了许多阿富汗退役兵迁入苏丹。
在那些阿富汗退役兵中，有些已经回到了他们的国家，并重新开始了他们的生活。而另一些人回国后，则投入了伊斯兰原教旨主义活动，他们要为伊斯兰教推翻受西方影响的世俗政府。他们用自己在阿富汗战争中学到的知识，建立了游击队和恐怖基地。在埃及和阿尔及利亚，被称为“阿富汗退役兵”的人士帮助伊斯兰极端分子对付政府。
在大多数的阿拉伯国家，阿富汗退役兵并不受欢迎，政府一直密切注意他们的一举一动。然而，在另一些国家，这些退役兵却得到了热烈的欢迎。
除了这批友善的阿拉伯国家的基地外，在阿富汗的大多数游击队员的训练营地仍在运作，它们为许多正在进行战争的国家提供伊斯兰雇佣军。阿富汗还和从前一样被看成是游击队员的心脏，从那里受过训练的战士被派至任何他们需要的地方。游击队员退役兵开始出现在如索马里、波斯尼亚、科索沃和车臣的伊斯兰战斗中。
然而，一向被美国国务院当做恐怖主义支持者的苏丹，近年来开始倒向美国。1995年，蛰居苏丹的拉登因涉嫌在埃塞俄比亚首都亚的斯亚贝巴谋刺埃及总统穆巴拉克，闹得埃苏关系行将破裂。之后，苏丹政府迫于美国、埃及和沙特政府的巨大压力，以及作为苏丹政府向美国致意的一个表示，不得不奉劝拉登离开苏丹另攀高枝，将其驱逐出境。
1996年5月，拉登辗转返回阿富汗，寻求在那里“避难”。直到目前，拉登一直在阿富汗定居。在此期间，他依靠卫星电话和国际互联网与外界保持联系。
拉登在选择阿富汗为最后落脚点之前，常在阿拉伯国家来往。他娶了一个菲律宾女人，在菲律宾有3家大公司。迁入阿富汗后，身后留下了阿富汗退役兵的巨大网络和数家工厂及公司。苏丹好几家主要的公司都与他有着联系，他们为拉登的网络提供后勤援助。
拉登领导的伊斯兰圣战组织也被迫从苏丹转移到阿富汗。受到通缉的一些阿拉伯国家的恐怖组织头目也纷纷到阿富汗与拉登聚会。这其中包括后来成立的“伊斯兰反犹太人和十字军国际阵线”的创始者以及该阵线军事部门领导人、策划在亚的斯亚贝巴刺杀穆巴拉克未遂的主谋穆斯塔法·罕姆宰。
在阿富汗，本·拉登拥有一套房子，并由目前控制着整个阿富汗局势的塔利班士兵保护。他很快把自己隐人了靠近坎大哈市的山区。在那里，他受到了追随者的崇敬，他们尊称他为“教长”，虽然他并没有神职。
在阿富汗巩固了他的基地后，拉登很快就让他庞大的国际网络投人工作。通过高科技手段，例如电传、卫星电话和国际互联网，他得以同分布在阿拉伯世界、欧洲、美国和加拿大的素未谋面的追随者进行联系。
这期间，拉登曾经发布过3次圣战旨意和宗教命令，号召全体穆斯林拿起武器对付美国人，包括1996年8月在国际互联网上发布的针对美国的“战争宣言”。恐怖分子大聚会
据可靠材料证明，由拉登