失不计其数。更严重的是，明军再也没有力量组织任何援救了……
皇太极在击败援军之后，加紧对祖大寿的劝降工作。在此以前，皇太极已在军事压力之余，多次劝说过祖大寿。至此，皇太极再次派人带着二十三位降清文武官员的招降书，劝说祖大寿投降，却再次被祖大寿断然拒绝。
随着冬季的来临，大凌河城内的粮食供应越来越成问题，平民百姓首当其冲，饿死者无数。而兵士不久也无粮可食，先是杀马充饥，后开始有计划地杀人充饥。这些情况被掌握后，皇太极更加紧了劝降攻势。祖大寿至此已经走投无路，坚守到底，誓为大明效忠的信心开始动摇……
经过反复协商，祖大寿决定投降。十月二十八日，反对投降的副将何可刚被推出城门，在后金兵营前示众以后，被斩首。
—
何可刚临死之前，神色不变，不出一言，含笑而死。其尸体被拖入城门后，饥饿至极的饥民一拥而上，争夺其肉而食。
斩杀何可刚后，祖大寿派出四名副将、二名游击出城，代表他与其他三十七位命官，与皇太极和众贝勒对天盟誓。盟毕，祖大寿正式献城投降。此时的大凌河城，在被围八十余天后，原有的三万余军民，只剩下一万人左右。
祖大寿正式投降后，受到了皇太极超规格的接见。诸贝勒出营一里迎接，到达御营时，皇太极出幄相迎，并免其跪拜，而行抱见礼。在并行进幄后，皇太极让祖大寿坐在自己身边狐帽、貂裘、白马等物。开宴入席时，祖大寿坐在汗兄代善之下，享受了最高规格的礼遇。
投降后的第二天，祖大寿依照原先的约定，赴锦州进行策反。皇太极对他并不是没有顾虑，但考虑到如果祖大寿守诺且能策反锦州，确实是一本万利之事。而且当时祖大寿的子侄也留在后金营中，实际上近似人质，所以皇太极仍决定冒一次险。
然而，祖大寿回到锦州后，并没有发动策反，他推说人手不够，时机未到，皇太极这次是看走了眼，祖大寿是诈降
长山、大凌河之败，使孙承宗不败的神话破灭。朝廷中的不满和攻击，犹如急风骤雨般向孙承宗压来。而朱斌当初提议的决不赞成修筑大凌河，更被当成了他又一次的英明远见！当然，这一点在崇祯皇帝面前，是没有任何人胆敢提起的！
而对于皇太极来说最大的收获，却并不是击败了明军，或者是试验了后金自己的火炮。最让他高兴的，是借着大凌河之战的机会，解决了一直让他头疼的同为四大和硕贝勒的莽古尔泰。
七月十三日这一天，皇太极正站在城西山岗向城中观望，思考破敌之策。时众贝勒在侧，一个意想不到的事情突然发生了。莽古尔泰上前一步说：“昨天这一战，我部损失严重，我旗护军有随阿山出哨的，有附于额驸达尔汉的，是否现在把他们归还我？”
皇太极本来就在削弱他的权利，当然不肯答应。
生性暴躁，头脑简单的莽古尔泰，在和皇太极的争吵之下，居然将腰间佩刀拔出了五寸，汗王面前拔刀，何等严重？这就满清历史上著名的“御前露刃”事件。
击败张春的援军后，十月二十三日，众贝勒召开会议，一致决定免去莽古尔泰大贝勒之职，夺五牛录，罚银一万两。其后慑于皇太极威严，大贝勒代善也于其后主动让位。
从后金天聪元年即位到天聪五年年末，皇太极终于实现了朝纲独断南面独尊的愿望……
皇太极稳固了自己的地位，而曾经强盛一时的大明王朝却正在向着一个无底的深渊走进……
第二卷 潜龙腾天 一百四十九 吴桥兵变
大凌河惨败的消息传到江南后，朱斌把自己一个人关论部下如何劝说，整整一天，他粒米未进，谁也不知道素来乐观的巡抚大人正在那想着些什么！
朱斌也不知道自己是该哭还是该笑，做为一个知道历史走向，却根本无力改变这一现状的人，此时的心情，也只有他自己能够体会，也只有他自己觉得在这一刻是那么的无用。
在朝廷的邸报上，大臣温体仁上本，言说朝廷刚与后金开始接触议和，兵火才息，而孙承宗、丘禾嘉却要惹是生非，去修筑什么大凌河城，惹恼了皇太极，遂造成了长山、大凌河惨败云云之类……
心灰意冷的在孙承宗在长山惨败后，便以年老为由，多次上疏，要求致仕。十一月，崇祯帝批准孙承宗致仕，令驿站车马送其回高阳原籍。不久，因言官追论孙承宗“丧师辱国”之罪，崇祯帝下令夺其官职闲居，并剥夺宁远世荫。
而当时已调任南京太仆寺卿的原辽阳巡抚丘禾嘉，也被追论，丘禾嘉以病为由辞职。
这一切的一切，都和历史的走向是如此的一模一样……
朱斌慢慢地站起了身，当他推开房门的时候，发现他的部下们都正静静地站在门外等候着他，见他出来，黎风第一个上前道：
“大人，大凌河之败，大人早就有过预言，这都是……都是上面不肯听，与大人没有半分关系，您又何必为难自己？”
“没事。我只是在想一些事情。”朱斌勉强笑了一下。随即就正色问道：“我让你们准备的兵马，全部集结完成没有？”
“回抚帅！”郑天瑞大声说道：“马步兵一万七千人，佛郎机、大将军炮八十余门全部准备完毕。随时都可以向山东方向进军。只是……。”
他迟疑了一下，还是问道：“抚帅怎么知道山东方向即将再次爆发战事？”
“孔有德！”朱斌嘴里慢慢地吐出了这三个字来：“登州游击孔有德，本事海盗出身，而后才被朝廷招安，这次又救援大凌河不利，像这样的人。我从来都不相信他们会真心为朝廷效忠！”
一众部下面面相觑，抚帅大人地想法实在有些费人理解，可他地判断，却往往总是准得出奇，就好像这次的大凌河之战，若是朝廷听了他的意见，未必便会有那样地失败！
“报，朝廷急报！”
正在此时。远方快马奔来，冲到朱斌面前，勒马停住，马上骑士翻身而下。喘着粗气说道：
“朝廷急报告，登州游击孔有德。率领耿仲明、李九成等人，于吴桥兵变，目前已杀回山东，劫掠四方，贼兵势大，官兵皆不能胜，圣上急命江南巡抚朱斌领兵平叛！”
江南诸将大惊失色，抚帅真的神了，说孔有德要叛，孔有德果然就叛了，此时他们再看向朱斌的眼神，已经全然不同……
朱斌却根本没有放在心上，这是历史书上早就清清楚楚记载着的，又有什么可希奇的？
这批参与叛乱的将领，原都是皮岛纵兵毛文龙地部将。袁崇焕诛杀毛文龙后，其旧部由副将陈继盛统辖。但不久，参将刘兴治在皮岛发动叛乱，杀陈继盛等十余人。总兵黄龙随即赴皮岛镇压，皮岛乱兵一哄而散。
孔有德、耿仲明原籍山东，矿徒出身，曾是辽东海盗，后投毛文龙，与尚可喜一起，被称为“山东三矿徒”，是毛文龙手下的骨干将领。孔、耿因不服黄龙统辖，便叛离皮岛，率部来投登莱巡抚孙元化。
登州乃山东重要军事要塞之一。在天启初，为了协调对后金的作战，在山东设登州、莱州巡抚，援助辽东前线。当时任登莱巡抚的是孙元化，嘉定人，举人出身，被任命之前曾任宁前道兵备副使。
而就是这位对火器颇有研究的孙元化，竟接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明，并委以重任。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
大凌河被围后，同属孙承宗指挥的登莱巡抚孙元化，急令游击孔有德赶赴前线增援。孔有德奉命北上，抵达吴桥时，因遇雨雪，部队给养供不上，士兵开始抢劫。在另一位与孔有德有相同经历的毛文龙旧部李九成地煽动之下，孔有德正式叛乱，随即杀回山东半岛。
孔有德还兵大掠，先后攻陷陵县、临邑、商河，接着又杀入齐东，包围德平，不久又舍德平而去，攻陷青城、新城，向半岛杀去。
山东巡抚余大成、登莱巡抚孙元化闻变，非常紧张，立即派兵来鲁北应变。当时两人都不愿把事情闹大，力主安抚孔有德，并令沿途州县，不得出兵邀击，以免激化矛盾。孔有德将计就计，假装投降，迷惑孙元化，而实际上却率兵直趋登州。由于沿途州县不敢出兵拦截，让出通道，孔有德便顺利杀到登州城下。
孙元化急令部将张焘率辽兵守登州城外，总兵官张可大也发南兵抗击。两路成合击之势。张进兵稍胜，却下令退兵，张可大失去策应，被孔有德杀得大败。形势陡然紧张起来。
张焘的兵卒，多是辽东籍，与孔有德部关系不错。他们见此情形，纷纷投入孔有德的叛军行列。孔有德便令这些降卒再混入登州城中，作为内应。而孙元化不察敌情，不听劝告，同意这些早已从叛的散卒进城。
与孔有德是旧交地登州中军耿仲明，及都司陈光福等，立即策应，举火开门，让叛军从东门攻入登州城，登州便告失陷。
孙元化是南直隶嘉定人，山东巡抚余大成是南直隶江宁人，总兵官张可大是南京羽林卫军籍。这三位南直隶人。在这场兵变中。根本不是山东、辽东人的对手，被孔有德等骗得团团转。
登州沦陷后，孙元化自杀未成。与同城命官一起被俘。只有总兵张可大在斩杀其
后，在其官署上吊自杀。
孔有德令孙元化致书余大成，要求和谈。余大成见事已闹大，便上疏朝廷。崇祯大怒，撤掉了余大成、孙元化两人之职。孔有德见孙元化已无利用价值，念其旧日收留之情。放其出城，放了他一马。可是崇祯帝却不会放过他。他与余大成两人被逮到京师，最后余大成被充军，孙元化被斩首弃市。
“现在山东局势如何？”朱斌并不显得慌张，不紧不慢地问道。
“回巡抚大人话，孔有德占据登州后，推李九成为首领，自己居第二位。耿仲明居第三。除此之外，尚有一些将领，如李应元、陈有时、毛承禄、陈光福等皆为官，反贼刻印建官