揣测沙皇的心思，一致推举他所亲信的尼孔神父出任为新的大牧首。但尼孔神父就任东正教大牧首后，开始着手推行教会改革。
改革的主要方向就是把莫斯科教廷东正教的各种典章制度按照拜占庭方式加以改革，统一各地教会宗教活动。大牧首尼孔的改革活动在大贵族和教会中间引发了恐慌，因为此前人们一致认为莫斯科就是第三个罗马，是拜占庭帝国的继承人，但高于拜占庭。
而现在要把莫斯科教廷的宗教礼仪按照拜占庭方式改革，是不能被接受的。尼孔还提出，俄罗斯沙皇应该成为整个东正教世界的统治者，而俄罗斯的首都应该定于康斯坦丁堡，莫斯科及全俄东正教大牧首，应该成为整个东正教世界的精神领袖。这个想法得到了沙皇的支持。
在俄波战争爆发后，沙皇阿列克谢率兵亲征，在此期间大牧首尼孔，成为实际上的政府首脑。尼孔推行的改革措施引发了莫斯科贵族和教会的不满，进一步造成了东正教会分裂。
最终，贵族和教会一致拒绝尼孔公改革的旧礼仪派从莫斯科东正教会中分裂出去……
当申万留夫将军回到莫斯科后，秉承沙皇陛下的旨意，他和尼孔紧密的联合到了一起，并且希望借助这个机会，来完成尼孔所谓的改革，一举镇压俄罗斯国内一切反对改革的势力，剔除对沙皇不满的人，来稳固阿列克谢的统治，并且最终得到沙皇陛下想要的东西。
也许阿列克谢的想法是正确的，但他绝对想不到的是，在莫斯科绝大部分的贵族，以及教会成员已经秘密和明朝走到了一切，往来于他们之间的使者络绎不绝，一封封书信不断往来于俄罗斯和明军之间，一场波及整个俄罗斯的动荡，正在悄悄地拉开帷幕……
沙皇阿列克谢并不知道，他即将失去一切，莫斯科或者自己的权利，他坚定的信念，俄罗斯在自己的统治下，一定能走出目前的困境。他更加不相信的是，他所信任的那些莫斯科的大臣们，会出卖自己以及俄罗斯的国家利益。毕竟，他是神圣的沙皇陛下。。。。。。
但是尼孔对此担忧不已，看着毫不在意的申万留夫将军，他只能把这个难题留给了自己。他亲笔给沙皇陛下写了一封信，详细阐述了莫斯科现在的恶劣状况，以及很有可能在短期内突然爆发的政变，他无比热切地恳求，沙皇陛下现在应当立即回到莫斯科以稳定目前的局势。
但是让他的遗憾的是，正在这封信刚刚写完，还没有来得及送出去的时候，在六月二十九日，足以让俄罗斯毁灭的“莫斯科之乱”，在突然之间爆发了。
这是由大贵族季瓦略克、修道院大修士米洛拉，所共同领导的一次政变，几乎整个莫斯科都被牵连了进去，那些对沙皇失去信心的贵族们和教会，全部参与到了政变之中。
在完全没有准备的情况下，大牧首尼孔和申万留夫将军，全部遭到了逮捕，到了次日凌晨，整个莫斯科全城，已经完全为政变者所控制！
第四部 战旗猎猎
第五百六十一章 … 投降
贵族和教会们所发动的政变取得了成功，大牧首尼孔和申万留夫将军，在被俘的当天就被判处以砍头的极刑。米洛拉临时接任了莫斯科及全俄东正教大牧首。而季瓦略克和参与政变的贵族和军官们，成立了临时朝廷，负责处理莫斯科的善后工作！
几乎没有过多的争论，临时朝廷一致认为沙皇阿列克谢应当对俄罗斯目前的一切负责，他已经不再适合继续担当沙皇，领导俄罗斯帝国，他们废除了阿列克谢的沙皇称号，由于阿列克谢没有子嗣，经过激烈的争论后，政变者们共同推举阿列克谢的岳父为新的沙皇。
做为阿列克谢的岳父，米洛斯拉夫斯基大公绝对不是什么正直的人，之前就曾经传出过正是因为他的贪污，才使得网络司国库空虚，迫使沙皇不得不以增加盐税来弥补因为自己岳丈的罪行而造成的国库巨大亏空，但在现在的情况下，却没有比大公更加适合的人选了……
米洛斯拉夫斯基大公做梦也想不到，这样的好事会落到自己的头上，他当然不愿意失去这个天上掉下来的权利，同时，他也清楚地认识到，既然政变者们能够推举自己成为沙皇，那么他们也随时可以将自己废除。他现在需要的，是一个强有力的支持者。
正在进攻俄罗斯的大明自然是最理想地人选，只要得到了他们的支持，无论什么样的情况都可以从容应对了。因此在新的俄罗斯朝廷，在提出了立即和大明议和地请求后，大公正式没有一丝的犹豫，就立刻答应了这一建议，并在第一时间派出了自己的使者。
随着俄罗斯新沙皇使者的到来。明军放慢了自己进军的脚步，但与次同时却加强了对阿列克谢和乌克兰联军地进攻。由京师调遣而来，大明皇帝陛下的使臣。更新！与俄罗斯沙皇使者进行了一次真诚的谈判，秉承皇帝陛下地意思，大明使臣总共提出了十九项要求。
在这些要求中包括俄罗斯应当立即承认战败，并赔偿大明因此而造成的巨额损失。割让俄罗斯领土予以大明，做为对贸然挑起战争的惩罚。鉴于俄罗斯国内制度的严重不健全，因此应当在大明的参与下。对俄罗斯的政治和经济，进行一次彻底地改革……同时大明的使臣还明确地指出，俄罗斯贵族和教会的利益，是神圣而不可侵犯的，任何胆敢挑衅贵族和教会的企图，都将会遭到严惩。而为了维护贵族和教会的利益，大明不惜再发动一次更大规模地战争。同样的，新任的沙皇也得到了大明王朝的承认……
当消息传回莫斯科后，在宫廷里响起了一片欢呼的声音，这正是米洛斯拉夫斯基沙皇陛下，和他的大臣们所希望得到的结果，而这也更加证明了他们地判断。大明对俄罗斯地用兵。仅仅是对于一个人，那就是狂妄的阿列克谢。而绝不是整个俄罗斯……
必须要明确一件事，战败了当然要赔款，这对于哪个国家都是一样地，假设这场战争中取胜的是俄罗斯，他们也一样会这样做的，只是现在顺序调了一下而已。至于割让土地？俄罗斯的面积大得很，失去了一些土地，对于保住了财产和权利的他们来说并不算什么。
沙皇和贵族们的利益都得到了明帝国的亲口保证，他们派来精明的官员，对俄罗斯进行改革，从中得到利益的只可能是俄罗斯，如果没有想错的话，当初明帝国的强大，也正是进行了类似的改革，否则，他们怎么可能拥有如此可怕的炮火以及精锐凶悍的士兵？
当然，也有一些不识时务的人，对此发出了悲愤的疾呼，比如，那个过去阿列克谢宠信的大臣莫罗佐夫。在听到了这一切后就发出了濒死前的呼声：
“如果答应了这些要求，就等于将俄罗斯推到了地狱。十年，最多十年俄罗斯就将彻底沉沦，变成一个可怜的弱小国家。而这将延续一百年，一千年。如果答应了这些要求，俄罗斯将会四分五裂。如果答应了这些要求，将再也不会有俄罗斯帝国的存在！”
但是谁会去理会这个可怜人的呼声呢？他已经失掉了自己的权利，这只是一个心胸狭隘的人发出的妒嫉的声音而已。绝望中的，莫罗佐夫，在自己的家中结束了生命，他不愿意亲眼看到，一个曾经的帝国，毁灭在自己的眼前……
而这个时候还在前线作战的阿列克谢，当得知了莫斯科发生的一切可怕的事情后，整个人都呆在了那里。年轻的，曾经的沙皇陛下，完全不知道该怎么应对目前的状况。怎么会发生这样的残酷的事情？他的大臣和人民，为什么就这么背叛了自己？
上帝就这么抛弃了自己吗？上帝难道不是仁慈而公正的吗？当他带领着军队，正在前线做着殊死搏杀的时候，他的背后却被人捅了致命的一刀。这样的创伤是无法弥补的。对于自己和俄罗斯而言都是这样。上帝，你现在究竟在哪里！
上帝没有给他答案，但是明军给了他最后的答案。在大明的使臣和俄罗斯的使者进行谈判，莫斯科在欢欣鼓舞的时候，郑天瑞部下的六万铁军，从前线腾出手来，完成了对阿列克谢和乌克兰联军的包围，阿列克谢的末日，也正是从这一时刻开始。
首先被明军歼灭的是乌克兰人，两万乌克兰军队在明军的打击下，仅仅在几天的时间里伤亡的数字就超过了一半，尽管阿列克谢想要给予盟友帮助，但此时的俄罗斯军队也同样遭到来自于波兰方面的攻击，他无法，也没有这个能力去援助自己的盟友……
武英五年七月十一日，乌克兰军队惨败，乌克兰的领袖波格丹？赫梅尔尼茨阵亡，另一名首领博贡在弹尽粮绝的情况下，率领残部向明军投降，波兰人曾经久攻不下，在这损兵折将的城市文尼察，随着博贡和乌克兰军队的投降，也落到了明军的手中。
现在阿列克谢和他的军队，已经完全是孤立的了，明军和波兰人的军队将他们团团围起，并且下达了限令投降的命令，但是，骄傲的阿列克谢，却拒绝了这一建议，面对严重士气已经严重低弱的士兵们，年轻的沙皇陛下，做了最后的动员。
他告诉自己的将军和士兵们，虽然他们即将面临失败，但为了俄罗斯，他们必须要顽强而坚定的战斗到底，哪怕最后一名士兵也死去，这对于他们来说，将是无限光荣的，而自己，俄罗斯帝国的沙皇陛下，也将和他们在一起，为了俄罗斯流尽自己最后的一滴血……
尽管沙皇的话机具鼓动性，但他的将军们明白自己所处的险恶处境，他的士兵们明白自己无不可避免的失败命运。在漂亮的话和生命比起来，根本就是无足轻重的。所以尽管沙皇对自己的讲话非常满意，但是他的将军和士兵们，却做好了背弃他的准备。
在随后的几天，大批大批的士兵逃跑或者投降，这其中就包括了几名沙皇最为信赖的将军，在生存和国家的抉择面前，他们毫不犹豫地选择了前者，就连莫斯科也即将落到明帝国和他们的军队手�