在平日，皇帝一天要批阅20至30件本章。这些本章都写在一张长纸上，由左向右折为四叶、八叶、十二叶不等，因而也简称为“折”。本章的种类很多，式样、字体大小、每叶字数以及行文口气等都因之而各不相同。但概括说来则可分为两种：其一，各衙门以本衙门名义呈送的称为“题本”。题本由通政司送达官中，其副本则送给给事中办事处，即六科廊房。题本中的内容大都属于例行公事，很少会引起争执。其二，京官以个人名义呈送的称为“奏水‘。奏本所呈奏的事项十九在呈奏者的本职之外，例如利部官员议论军政，军政官员批评礼仪。因为属于个人的批评或建议，所以事先不必通知自己的上级，也不必另备副本。奏本由呈奏者自己送到会极门，由管门太监接受。由于这样，奏本的内容，在皇帝批示并送交六科廊房抄写公布以前，别人是无从知悉的。在全体臣僚中引起震动的本章，往往属于这一类奏本。
万历登极之初批阅本章，只是按照大伴冯保的指导，把张先生或其他大学士的”票拟“改用朱笔批写就算完成了职责。其中有些本章的批示极为简易，例如”如拟“、”知道了“，简直和练习书法一样。而且按照惯例，皇帝仅仅亲自批写几本，其他的批写，就由司礼监秉笔太监用朱笔代劳。这朱笔所代表的是皇帝的权威，如果没有皇帝的许可而擅用朱笔，就是’骄诏”，依律应判处死刑。
但即使是这些倒行的批语，不到10岁的万历皇帝恐怕还是无法理解它的全部含义的。例如“知道了”，实际的意义是对本章内的建议并未接受，但也不必对建议者给予斥责。这些深微奥妙之处也只有随着他年龄的增长而逐渐加深理解。
重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由旁人代理的。作出这一类决定，总是先由张居正和吏部提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之一。万历皇帝虽然年幼，他已经懂得排在第一的是最为称职的人选，只要拿起朱笔在此人的名字上画上一圈就可以体现他的无上权威。他从即位以来就不断受到这样的教育：他之所以能贵为天子乃是天意，天意能否长久保持不变则在于人和。要使百姓安居乐业，他应当审慎地选择称职的官吏；而要选择称职的官吏，他又必须信任张先生。
上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历12岁的那一年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说他擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝本人应对这种情况负责，说他御宁三年，听信阿谀之臣，为其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以忽道待人，长此以往，必将导致天意的不再保佑。
本朝有一个习惯，以气节目诩的大臣，如果遭到议论攻击，在皇帝正式表明态度之前，自己应该请求解职归田，以示决不模棱两可，尸位素餐。张居正既然受到直接间接的攻击，他就立即向皇帝提出辞呈，说他本人的是非姑且不论，但有人说他成了皇帝陛下和舆情之间的障碍，他在御前所能起到的作用已被这种议论一扫而光。既然如此，留亦无益。
万历当然不会同意张先生的请求。他向张先生和大伴冯保表示，奏事的人必须受到惩处。张居正于是面奏说，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因为误事的官员必须降黜，尽职的官员必须提升，所以不是威就是福。二者之外，难道还有其他？张居正的慷慨陈辞和冯保的支持加强了皇帝的决心。他于是决定，第一个攻击张居正的官员颁夺官阶，降为庶人。第二个攻击者已经明知朕意，仍然执迷倔强，即是蔑视君上，应该押至午门外，脱去袍服，受廷杖一百下。延权是本朝处罚文臣的标准刑具，很多人在受刑时被立毙杖下，幸而得存者也在臀部留下了永久性的伤痕。
这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
经过这种种争论，加上年事日长，每天攻读史书也可以从中借鉴前代的教训，万历皇帝终于逐渐理解了问题的症结。
本朝的君主制度有一点与历朝不同。以前各个王朝，凡君主年幼，必定有他的叔父、堂兄这样的人物代为摄政，而这恰恰为本前所不能容许。按照规定，所有皇室的支系，包括皇帝的叔父、兄弟以至除皇太子以外的儿子，一到成年就应当离开京城到自己的封地，谓之“之国”。之国也就是就藩，其居于各省，有极为富丽闽大的王府和丰厚的赡养，但不得干预地方政事，而且非经皇帝同意，不得离开他的所在地。这种类似放逐和圈禁的制度，目的在于避免皇室受到支系的牵制和干涉。
与此相类似的制度是防止母后引用家人干政。后妃选自良家，但多非出自有声望的巨家大族。以万历的外祖家族为例，李伟家境贫寒，直到女儿被封为皇妃，他才得到了伯爵的封号。但所谓伯爵，不过是军队中的一个名誉军官，除了朝廷举行各项礼仪时位居前列以外，并没有任何特殊的权利，而且俸给甚低，甚至不敷家用。李伟在京城中大做揽纳物资于仓库的经纪，原因之一即在于此。他还有一个儿子，即慈圣太后的弟弟，身份却是宦官。
本朝在开国之初曾经设立过丞相的职位，但前后三人都为太祖洪武皇帝所杀，并下令从此不再设置，以后有敢于建议复设丞相者，全家处死。经过一个时期，内阁大学士在某种程度上就行使了丞相的职权。但从制度上来说，这种做法实有暧昧不明之处。
大学土原来属于文学侍从之臣。由于殿试时文理出众，名列前茅，就可以进入翰林院，给予博览群书的深造机会。翰林几经升转，其中最突出的人物就可以被任命为大学士，供职于文渊阁，其职责为替皇帝撰拟诏浩，润色御批公文的辞句。由于文渊阁是皇帝的文书机构，和皇帝最为接近，在不设丞相的情况下，这个机构的职权就由于处理政事的需要而越来越大，大学土一职也变成了皇帝的秘书而兼顾问，虽然他们并不负有名义上的行政责任。
在万历的祖父嘉靖皇帝以前，内阁大学士为3至6人，皇帝可能对其中的一人咨询较为频繁，但从名义上说，他和另外的几位大学士仍然处于平等的地位。这以后情况发生了变化，张居正名为首辅或称元辅，其他大学士的任命则出于他的推荐，皇帝在圣旨中也明确规定他们的职责是辅助元辅办事。大学土之中有了主次之分，造成了今后朝臣之间的更加复杂的纠纷局面。
本朝这种以阁臣代行相职的制度，来源于开国之君为了巩固政权而做出的苦心设计，目的是使皇权不被分割，也不致为旁人取代。这种皇帝个人高度集权的制度在有明一代贯彻始终。从理论上讲，皇帝的大权不应旁落，但这种理论并不总是能和实际相一致的。万历皇帝9岁临朝，又如何能指望他乾纲独断，对国家大事亲自来做出决定？多年之后，万历皇帝回顾当时的情形，也会清楚地记得他不过是把大伴冯保的指示告诉元辅张先生，又把元辅张先生的票拟按照大伴冯保的建议写成朱批。对于年幼的万历皇帝，张、冯两人都不可或缺。但在他冲龄之际，自然也决不可能预见到内阁大学土和司礼太监的密切合作，会给今后的朝政带来多么严重的后果。
一般人往往以为明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参预政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜。自己中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须委派五六名司礼监中的太监作为“秉笔太监”，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。（对俊帝阅读过的奏章，通常都要送到文渊阁由内阁大学土票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示了他对大学土的不信任，后者在众目股股之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。
仅凭皇�
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