劳�325人，负伤约300人。尽管如此，打雷作业和对岸上目标的炮击仍按预定计划实施。
如果第3舰队1月4日或5日不在浓雾中坚持对台湾机场进行突击的话，日军对仁牙因湾火力支援编队的袭击定会更加猛烈。第3舰队的空袭使日本飞机不能从北面对吕宋岛实施增援。哈尔西的舰载机计划于6日猛烈轰炸吕宋岛地区的机场，但因天气一直不好，未能对日机场进行全面的压制。7日，根据金凯德的要求，取消了预定对台湾实行的夹击，再次空袭了吕宋岛。这次空袭是由第3舰队的航空母舰舰载机、第7舰队的护航航空母舰舰载机和陆军飞机联合实施的，几乎使吕宋岛的各机场都处于瘫痪状态。这一天，只有少量日机飞抵仁牙因湾上空，而且多被击落。然而，又有2艘扫雷舰分别被炸弹和航空鱼雷击沉。这时，日军决定把凡能从菲律宾撤出的航空兵全部撤走。因此，1月7日以后，日军几乎停止了对盟军有组织的抗击活动，仅有个别日机有时自发地对盟军舰船进行袭击。
这时，从南太平洋和西南太平洋等地集结起来的第6集团军的精锐部队正搭乘两栖作战编队的舰船向吕宋岛航进。在莱特湾，麦克阿瑟将军乘坐“博伊西”号轻巡洋舰已与指挥第7两栖作战编队部分兵力（策78特混舰队）的巴比将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第1军（第6师和第43师）。金凯德将军乘坐两栖作战编队旗舰“瓦沙奇”号，后来又与指挥第7两栖作战编队另一部分兵力的威尔金森将军会合。这部分两栖作战兵力负责遣送步兵第14军（第37师和第40师）。
此后，巴比率领所属部队沿着奥尔登多夫编队的航线驶往仁牙因湾。虽然经由圣贝纳迪诺海峡是条近路，但因日军在吕宋岛南部还有机场，所以不能走这条航线。1月7日凌晨，当巴比将军的编队经过民都洛海峡即将进入南中国海时，遭到日军飞机的袭击，“博伊西”号旗舰险些被击中。当天下午，1架“神风”特攻机突破密集的防灾炮火，撞到1艘坦克登陆舰上。次日晨，巴比编队刚一驶进吕宋岛海域，就遭到1架携带炸弹的战斗机的撞击，使“加达山湾”号护航航空母舰丧失了作战能力。尔后不久，另1架特攻机撞毁了1艘满载陆军部队的运输船。8日傍晚，威尔金森编队又遭受袭击，“基特昆湾”号护航航空母舰被特攻机撞中，受到重创。同一天，“澳大利亚”号重巡洋舰又先后两次在湾内被撞中。虽然奥尔登多夫令该舰不要再继续执行战斗任务，但它一直继续坚持战斗。
尽管遭到日机的拼死抗击，两栖作战编队仍按原定计划到达仁牙因湾。登陆输送队于1月9日日出时驶抵换乘海域几分钟后，飞来3架“神风”特攻机，其中1架撞断了一艘护卫舰的桅杆，另1架撞到已经受到重创的“哥伦比亚”号轻巡洋舰上。当天下午，“神风”特攻机对“密西西比”号战列舰进行了俯冲，死伤多人。而“澳大利亚”号更不走运，遭到了第5次撞击。
在此期间，登陆突击部队除受到登陆场北侧高地上的日军炮兵的抗击外，几乎未遇到其他抵抗就登上了岸滩。因为日军采用了新的抗登陆战术，仅在岸滩阵地配置有限的兵力迟滞登陆兵的行动，所以奥尔登多夫编队就不必使用大口径舰炮进行长时间的炮火准备。山下奉文已率领其大部分部队向北撤退，准备在山地进行抗击。到9日日落前，登陆部队已把登陆场向纵深扩大3英里。
夜间，当仁牙因湾内的舰船施放烟幕，企图避开日机的空袭时，约有70艘胶合板制造的日本摩托艇，携带着炸药冲向美军的水面舰只。这些摩托艇绝大部分被舰炮击退或击毁，仅有几艘把炸药送到美军舰船的舷侧后逃走。日军的这次水上特攻行动，使美军的1艘步兵登陆艇沉没，并使1艘运输船，1艘步兵登陆艇和4艘坦克登陆舰受伤。
1月9日夜至10日凌晨，哈尔西大胆地率领第3舰队通过巴林塘海峡，深入到南中国海。麦凯恩的航空母舰特混舰队负责压制吕宋岛北部的日军机场，但中间有一段空隙时间，“神风”特攻队便趁机飞临仁牙因湾，对出入该湾的登陆输送队的舰船进行了撞击。“神风”特攻机于1月10日击伤盟军船只2艘，12日击伤9艘，13日又击伤3艘。向时，也对第7舰队开始进行猛烈的袭击。1月3日至13日，日军飞机（其中大部分是神风特攻机）先后击伤盟军舰船43船，其中重创18艘，击沉4艘；击毙人员738名，击伤约1400人。
哈尔西率领舰队进入南中国海的目的是袭击日本舰队。据估计，包括“伊势”号和“日向”号战列舰在内的日本舰队，可能驻泊在金兰湾。哈尔西认为，只有歼灭这支舰队，民都洛岛至仁牙因湾的海上补给线才能确保安全。1月l2日，麦凯恩舰队的舰载机出动近1500架次，对印度支那沿岸附近海域进行了搜索，但未发现日本舰队的踪迹。其实，日本舰队早就对此有所察觉，不久前已经转移到林加锚地。大量的日本舰船集结在那一带海域，很容易遭到袭击。第38特混舰队的飞机在这次空袭中共击沉日舰44艘，其中包括12艘油船及“香稚”号轻巡洋舰。同时还击毁100余架日军飞机。15日，美航空母舰编队的舰载机又空袭了台湾西南部的高雄港，虽因能见度不良，战斗活动受到影响，但仍击沉驱逐舰1艘和运输船1艘，重创油船l艘，并击毁日机34架。
次日，这支编队对中国沿海地区，尤其是对香港集中进行了袭击。但由于恶劣天气的影响，战斗行动部分受阻，加上遭到密集防空炮火的抗击，损失飞机22架。这次空袭的战果是击沉货船1艘、油船1艘、重创船只4艘，击毁飞机13架。
1月17日，快速补给舰群在吕宋岛以西海域对第38特混舰队进行海上加油。后来，当东京电台向全世界广播“美第3舰队被困在南中国海已成瓮中之鳖”时，哈尔西便利用黑云密布的夜暗时间，悄悄穿过巴林塘海峡，再次出现在太平洋上。
根据统帅部的原定部署，哈尔西应率舰队回乌利西基地，以便把指挥权交给斯普鲁恩斯。在此之前，哈尔西率领舰队再次对台湾进行了空袭，击沉油船和货船各5艘，击毁飞机60余架。这一次，日军出动飞机进行了反击，1颗炸弹击中“兰利”号轻型航空母舰，“神风”特攻机撞击了“提康德罗加”号大型航空母舰和担任警戒的“马多克斯”母驱逐舰。“兰利”号的破损不甚严重，仍能坚持战斗。但是，遭到“神风”机撞击的舰只却不得不在警戒舰只的护航下，撤回乌利西群岛。第38特混舰队的其余舰只则往东北方向驶去，以便对冲绳岛进行照相侦察，为下一步的登陆作战进行必要的准备，1月25日，第3舰队在完成支援麦克阿瑟西南太平洋部队夺取菲律宾的任务后回到乌利西群岛。哈尔西对此感到非常满意，他在给第3舰队官兵的告别信中写道：“我为你们的功绩感到骄傲，这种心情是难以用语言表达的……你们打得太出色了。”
第3舰队返回乌利西锚地后，中太平洋部队和西南太平洋部队的进攻路线开始分开。长时间配属给第7舰队的大部分舰只重新归尼米兹指挥，以便向北发动攻势，直指日本本土。与此同时，麦克阿瑟则准备向南进攻，以便收复尚为日军占领的菲律宾所属岛屿，攻占荷属东印度群岛。
解放菲律宾
当第1军在仁牙因湾东北的丘陵地带牵制住山下奉文所属部队的时候，第14军便向马尼拉推进。1945年1月29日，第7两栖作战编队在吕宋岛西海岸的苏比克湾附近遣送约3；0000登陆兵上岸，而且也未遭到什么抵抗。这部分登陆兵上岸后，既可以阻止日军撤至巴丹半岛，又可以保障友军从北面攻入马尼拉。两天后，又有8000名美军在马尼拉湾南部登陆，以便从西南方向攻入马尼拉。第14军从北面发起的最后突击，在海军陆战队两个飞行大队的支援下进展迅速。航空兵对地面部队成功地进行了直接航空火力支援，从而消除了陆军指挥官的疑虑。2月4日，第14军已经进至马尼拉城下，日军在这里有16；000名海军陆战队和5；000名陆军部队负责守城。这里的巷战是逐条街道、逐个楼房进行争夺的，甚至进行白刃格斗，战斗整整持续了一个多月，直到守军全部被歼才告结束。马尼拉市已变成一片废墟。
在攻克马尼拉市的3个星期之前，盟军为夺取马尼拉的港湾而采取了积极的行动。2月15日，有一个团战斗队冒着日军的微弱抵抗，在巴丹半岛的最南端上陆。次日，一个由伞兵组成的团战斗队和一个营登陆队，密切协同，向哥黎希律岛要塞发动了进攻。出乎意料的是夺取该要塞的战斗用的时间较长，而且付出了巨大的代价。其原因之一是侦察情报不够准确。原估计日本守军为850人，而实际上比估计的人数多5倍。盟军于3月初才占领这个要塞，而马尼拉港口的其它几个岛屿直到4月才被占领。在清扫卡萨布兰卡、巴勒莫、那不勒斯、瑟堡和勒阿弗尔等港口的水雷障碍中曾发挥重要作用的威廉·沙利文准将，在此之前一直忙于指挥马尼拉港的清扫作业。对于沙利文来说，这次清扫作业是这次战争中最困难的一次，因为日军以几百艘沉船堵塞了该港。在马尼拉港恢复正常使用之前，从黎牙实比登陆的盟军部队已经占领了吕宋岛的东南半岛，这就使盟军的海上运输可以安全地通过圣贝纳迪诺海峡，保障了对吕宋岛上美军的补给。
在克鲁格将军的第6集团军把山下奉文的170；000名残余部队向吕宋岛的山区压迫时，金凯德的第7舰队便协同艾克尔伯格将军的第8集团军扫荡菲律宾各岛上的残余日军。但是，这一作战行动违背了参谋长联席会议的作战意图。参谋长联席会议原想把这项作战任务交给菲律宾人自己去完成。然而，由于麦克阿瑟所属的部队当时并无其它战斗任务，参谋长联席会议就没再提出什么异议。
自1945年2月下旬至4月中旬，巴比�