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后金大军到达呼和浩特后，林丹汗在成吉思汗陵前举行庄严的仪式，宣称自己为全蒙古的”林丹巴图鲁汗”，遂带领察哈尔、鄂尔多斯部众，移动成吉思汗之陵，西渡黄河至大草滩。林丹汗在大草滩永固城一带拥众落帐，等待时机，重整旗鼓，准备东山再起。此时，一向坚决支持林丹汗事业的漠北喀尔喀却图台吉（土谢图汗部），于1634年初，率所部4万之众，直奔大草滩与林丹汗会合。林丹汗和却图台吉通过红教的关系，与藏巴汗和白利（康区）土司顿月多吉建立了联系（金巴道尔吉《水晶鉴》，留金锁校注）。
1634年夏，林丹汗不幸因病去世。林丹汗福金苏泰与其子额尔克孔果尔额哲率领察哈尔和鄂尔多斯部众自大草滩返回鄂尔多斯。喀尔喀却图台吉率部进入青海。
林丹汗病故后，皇太极于1635年二月命多尔衮、岳托、萨哈廉、豪格领兵1万，前往鄂尔多斯寻找林丹汗子额哲。三月，多尔衮在西喇珠尔格地方遇到林丹汗的妻子囊囊，得知额哲所在地。四月二十日，渡过黄河，至托里图找到了额尔克孔果尔额哲。后来，后金统治者将察哈尔部安置于义州，分设左右翼察哈尔八旗，封林丹汗子额哲为亲王，并将皇女马喀塔格格嫁之，设都统和副都统统治察哈尔左右翼。
1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达·彻辰汗”的尊号（内蒙古社科院历史所《蒙古族通史》，民族出版社，2001年发行版）。蒙古人之所以承认皇太极为汗，是因为当时的女真（满族）部和蒙古人似乎有着同一祖源关系，而且可以确定的是皇太极的父亲努尔哈赤的先祖就是猛哥帖木耳（猛哥帖木耳是蒙古名字，他曾于1412年被明朝册封为建州左卫指挥）。同年，皇太极在盛京（沈阳）即位，改国号“清”，改元崇德。
亲眷
八大福晋（八大妃、八大太后）
林丹汗病死后，他的部下逐渐土崩瓦解，他的福晋们也开始寻找自己新的归宿。
后金天聪八年八月，林丹汗的侧福晋，时称窦土门福晋，由他部落的一名叫多尼库鲁克的护送下，率先到皇太极的军营行幄，表示归顺，并选择了木湖尔伊济牙尔地方暂时驻牧。皇太极考虑后，决定娶窦土门福晋。
在皇太极纳娶窦土门福晋后不到一年，后金天聪九年三月，林丹汗的多罗大福晋囊囊太后娜木钟率领一千五百户部众来归；四月，林丹汗另一个多罗大福晋苏泰太后带着她的儿子额哲，即林丹汗的继承人，又率一千户部众来投，并献上历代传国玉玺；随同两位尊贵太后前来的还有林丹汗另两位侧室福晋伯奇福晋、俄尔哲依图福晋及林丹汗的妹妹泰松公主等。她们的到来，让皇太极和诸王贝勒们欣喜若狂，因为这不但给他们送来美女，还带来了众多的家产人口及牲畜财帛等。
当林丹汗的八大福晋们归顺后，时为大汗的皇太极娶窦土门福晋和囊囊大福晋；其从弟济尔哈朗娶苏泰大福晋；其七兄阿巴泰娶俄尔哲图福晋；其长子豪格娶苔丝娜伯奇福晋；将高尔土门福晋赐林丹汗属下寨桑祁他特车尔贝为妻；二兄代善娶林丹汗之妹泰松公主；皇太极将次女马喀塔下嫁林丹汗长子额哲；多尔衮娶了窦土门福晋的蒙古养女（一说是林丹汗之女）。
第一大妃，号多罗大福晋，囊囊大福晋（？－1674），史称囊囊太后，是林丹汗的正室大福晋，八大福晋之首。统管阿纥土门万户斡耳朵。阿霸垓博尔济吉特氏，名娜木钟，又一名为德勒格德勒，蒙古阿霸垓部后封郡王额齐克诺颜之女。1635年（后金天聪八年），她生下林丹汗的次子，也是遗腹子阿布鼐（亦作阿布奈）。1636年（后金天聪九年）三月，归顺满清，改嫁爱新觉罗·皇太极。崇德元年七月被封为西麟趾宫贵妃，位居崇德五大福晋的第三位。顺治元年九月迎至燕京。顺治九年十月尊皇考懿靖大贵妃。康熙十三年十一月二十日薨；葬昭陵贵妃园寝。她又为皇太极生下皇十一子襄昭亲王博穆博果尔；皇十一女固伦端顺公主，嫁蒙古阿霸垓部博尔济吉特氏噶尔玛索诺木。又抚养一蒙古女，名淑济（疑为林丹汗之女），于崇德八年（1643年）七月嫁济旺之子德参济王子噶尔玛德参（噶尔玛）。
第二大妃，斯琴图福晋。统管高尔土门万户斡耳朵，故又称高尔土门福晋。1636年（后金天聪九年），改嫁林丹汗属下寨桑祁他特车尔贝为妻。
第三大妃，苏泰大福晋，史称苏泰太后。统管哈纳土门万户斡耳朵，故又称哈纳土门福晋。叶赫那拉氏，名苏泰，叶赫部德尔赫礼台吉之女。子一，长子额尔克孔果尔额哲。1636年（后金天聪九年）四月，归顺后金，改嫁爱新觉罗·济尔哈朗。她是济尔哈朗时已去世的继福晋之姊。
第四大妃，芭德玛瑙伯奇福晋（？－1669）。统管窦土门万户斡耳朵，故又称窦土门福晋。阿霸垓博尔济吉特氏，名巴特玛·璪（亦作芭德玛瑙），蒙古阿霸垓部塔布囊博第塞楚祜尔之女。1635年（后金天聪八年）八月，她在其部落的一名叫多尼库鲁克的护送下，到皇太极的军营行幄，表示归顺，并选择了木湖尔伊济牙尔地方暂时驻牧。她是第一位向满清归顺的林丹汗遗孀，改嫁给皇太极。崇德元年七月被封为东衍庆宫淑妃，位居崇德五大福晋的第四位。顺治元年九月，迎至燕京。顺治九年十月尊皇考康惠淑妃。康熙六年薨；葬昭陵贵妃园寝。她抚养一蒙古女（疑为蒙古林丹汗之女），于崇德五年（1640年）正月嫁多尔衮。
苏巴海福晋，名苏巴海。所管领的部民不详。她曾经享受单独谒见天聪汗并被赐予大宴招待。地位应高于俄尔哲图福晋和苔丝娜伯奇福晋。
乌云娜福晋，名乌云娜。统管阿喇克绰特万户斡耳朵，故而又称阿喇克绰特福晋。贵英恰之妹。该太后被漠北某一部落俘虏以后失踪了。
俄尔哲图福晋，名俄尔哲图。所管领的部民不详。1636年（后金天聪九年），归顺满清，改嫁爱新觉罗·阿巴泰。疑为阿巴泰时已去世的元配嫡福晋那拉氏（男三坦之女）之妹。
苔丝娜伯奇福晋，名苔丝娜，也称伯奇福晋。所管领的部民不详。1636年（后金天聪九年），归顺满清，改嫁爱新觉罗·豪格为其侧福晋。
1。囊囊：就是汉语‘娘娘’的音译字。绝对不是名字。
2。额哲：林丹的长子，全名‘额尔克孔果儿额哲’，其中，额哲在蒙语中有‘主人’的意思，所以，额哲究竟是名字的一部分，还是跟在名字后面的尊称，很难判断。本书采用通用习惯，以额哲称之。其余，汗、台吉、喇嘛、诺颜、济农等皆类似。
3。斡耳朵*：这句话在汉语中，语焉不详，但我们根据史料，可以做出如下判断：
部落下属的各个万户都会抽调一部分部民，有男有女，一起送交到大汗身边，这些人担负的职责是‘身兼各种职责的皇室忠诚奴仆和骁勇善战的摆都拉’，这种双重身份的可汗随从，可能统称为斡耳朵。满人后来也采用了这个办法，洪承畴投降后金后，其母亲就被抽调，入宫去服侍孝庄，结果刚烈的老太太好像就此自杀。
4。济农：蒙语，副汗，在汉语语境中，可以理解成太子去南京监国。但后来，逐渐转变成地方部落长官。也由原来可汗对嫡长子的任命，演变成亲朋担当。
5。台吉，汗之子。分一到四等。
6。窦：汉语意为‘弟弟’；
7。土蛮：又做‘图门’‘土门’，汉语意为‘万户’。窦土蛮万户，又可以称作‘弟弟的万户’或‘小万户’；
8。阿纥：又做‘阿哈’‘阿喇’，汉语意为‘哥哥’。阿纥土蛮万户，又可以叫做‘兄长的万户’或‘大万户’；阿喇克绰特，又可以叫做‘克绰特哥哥的万户’。
9。高尔：又做‘高勒’，汉语意为‘中心’。高尔土门万户，又可以称作‘中心万户’
10。哈纳：可汗，汗。
11。摆都拉：又做巴牙喇，汉语意为‘中军’，可引申为内廷人员。
12。伯奇：又做‘别乞’音‘beki’，黄金家族血统以外，部落领之女儿的尊称。从其贵族传承上看，很类似汉语中的‘小姐’‘夫人’，但级别要更高一些，也许‘县主’‘乡君’更贴切。
妹妹
兀浪哈大公主，林丹汗之大妹，大公主。大公主前夫曾经是林丹汗最得力的助手，统领察哈尔本部中军万户的贵英恰。贵英恰台吉，铁槊科诺特十苏木之一，朗素万户济农。
泰松公主（亦称泰松格格），林丹汗之二妹，二公主。衮楚克台吉，铁槊科诺特十苏木之一，奈曼万户济农。他于1632年在林丹汗北征漠北期间逼走留守漠南的土巴济农，又杀害桑哈儿寨济农，似乎是企图政变未遂，逃入明边后失踪了。他可能就是杀害桑哈儿寨济农后逃入明边的林丹汗妹夫。太松公主在林丹汗死后，在1636年（后金天聪九年）与众福晋一起归附满清，改嫁爱新觉罗·代善。
弟弟
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子嗣
长子，额尔孔果洛额哲，简称额哲。生母为苏泰大福晋。1635年（后金天聪九年），皇太极将次女马喀塔许配给他；1636年（清崇德元年）完婚。同年，额哲被封为察哈尔亲王。1641年（清崇德六年）额哲因病去世。
儿媳：爱新觉罗·马喀塔（1625—1663），清太宗皇太极的皇次女，生母为孝端文皇后科尔沁博尔济吉特氏哲哲。1625年（后金天命十年）生。初封固伦公主。天聪九年（1635），皇太极将她许配给林丹汗之子额哲；清崇德元年（1636）出嫁。额