校本部最初下设政治、教授、教练、管理、军需、军医６个部，后期有所调整。除原来的政治、教授、教练3部不变外，增设入伍生部、经理部、军法处、参谋处，改军医部为军医处、军需部为管理处，后又增设军械处、编辑处、兵器研究处、俱乐部、军械库、医院等。全校各种机构约40余个，组织完善，规模宏大。学生也分为入伍生总队、学生队、学生军、高级班、军事教导队、无线电高级班等，各期的情况不尽相同。
政治部掌管政治教育、党务和宣传。先后以戴季陶、邵元冲、周恩来、汪精卫、邵力子、熊雄等为主任，张崧年（申府）、鲁易等为副主任，汪精卫、胡汉民、邵元冲、于树德、萧楚女、张秋人、安体诚、李合林、高语罕等为政治教官，恽代英为政治主任教官，甘乃光、聂荣臻为政治部秘书。政治部正副主任之下设秘书，秘书之下设宣传、组织、总务3科。黄埔军校第一任政治部主任国民党人戴季陶因反对国共合作，在军校开学12天时即辞职，预兆了未来黄埔师生的分裂。此后，周恩来从法国回国担任政治部主任一职。1925年1月，军校调整机构，教授部和教练部合并为教育部，除政治部外，其他3个部（管理、军需、军医）均改为处。从这个变化中，可以看出政治部在黄埔军校的地位之重要。至1926年3月，政治部职员达70余人，聘用专任政治教官和临时政治教官各10余人。
原教授部和教练部分管军事学科和术科的教授与训练。教授部最早以王伯龄为主任，叶剑英为副主任；以顾祝同、刘峙、钱大钧、陈诚、严重、陈继承等为军事教官，何应钦为军事总教官。此外，还聘请了一批苏联军事顾问，鲍罗廷为总顾问，加伦将军等几十名苏联红军干部担任顾问或教员。教练部以李济深为主任，邓演达为副主任。教练部下设学生总队，邓演达、严重等先后任总队长；总队下设若干队、区队，负责学生的训练与管理。分步兵、炮兵、工兵、辎重兵、政治科等。学制为６个月。
校长蒋介石1924年10月，黄埔军校创设两个教导团，第1团团长何应钦，第2团团长王伯龄。团、营、连均设党代表。教导团发展很快，几个月后就扩大成为两个师，到1925年7月又扩编为1个军，即国民革命军第1军，蒋介石、何应钦先后任军长，廖仲恺、汪精卫先后任党代表，周恩来任军政治部主任。
1924年11月，黄埔军校增设教育长和军法处、参谋处。先后以胡谦、王伯龄、邓演达、何应钦、方鼎英等任教育长，周恩来兼任军法处处长，钱大钧任参谋处处长。
为了适应形势发展的需要，1925年7月，广东国民政府决定取消地方军的名称，改为国民革命军第2、第3、第4、第5军，由中央军事委员会统一指挥。为了集中统一培养军事政治人才，1926年3月，把各军开办的军事学校合并入黄埔军校，并改组为“中央军事政治学校”，同时增设副校长，由李济深升任；增设入伍生部，部长方鼎英，下设步兵第1、第2团，骑兵营，炮兵营，工兵营，辎重营，军士教导队，学生军总队，第1、第2科，政治部等；增设经理部，主任俞飞鹏，下设财政、粮服、采办、营缮等科；增设军械处，处长戴仁，下设军械库、护车队、械务科、事务科等；增设编辑处，处长孔庆睿，下设印刷所；增设高级班，下设军事科、各专科；增设兵器研究处，下设化学科、机械科。学生则分为入伍生、学生队、学生军、高级班和军士教导队5大类。
军校行政机构（2）
黄埔军校初期官佐教职人员名录如下：
1．最初组织
总理：孙中山；校长：蒋介石；党代表：廖仲恺。
▲高级长官
政治部主任：戴传贤；教练部主任：李济深；教授部主任：王伯龄；战术总教官：何应钦。
管理部主任：林振雄；军需部主任：周骏彦；军医部主任：宋荣昌。
▲校长办公室
西文秘书：王登云；中文秘书：张家瑞。
1926年，任副校长的李济深。▲政治部
副主任：张嵩年（申府）；秘书：甘乃光；教官：汪精卫、胡汉民、邵元冲。
▲教练部及学生队
副主任：邓演达；总队长：沈应时。
第1队队长：吕梦熊；副队长：陈复；区队长：王仲珩、汪鼎；区队副：张鲁、周得三。
第2队队长：茅延桢；副队长：许用休；区队长：曹石泉、王声聪；区队副：吕敬藩；司务长：张仲侠。
第3队队长：金佛庄；副队长：刘宏宇；区队长：郭俊、吴济民、张强渠；区队副：李鸿钧。
第4队队长：李伟章；副队长：严凤仪；区队长：王禄丰、李春茂、李叔文；区队副：宋云竞。
▲教授部
副主任：叶剑英；秘书：顾元丙；教官：钱大钧、胡树森、严重、陈继承、文素松。
▲管理部
副主任：吴子泰；副官：赵世荣；卫兵长：胡公冕；军乐队长：杨维一。
▲军需部
副主任：俞飞鹏；会计：徐浚溶；金柜：竺芝珊；代理储藏处管理员：周钦若。
▲军医部
学生总队长严重军医：徐翼侯、古衔。
▲特别官佐
徐坚、季方、徐成章、吴嵎、简作桢、刘宏宇、杭毅、徐桂八、江志航、王茀文、符腾光、严伯威、杨本烈、徐光武。
2．第1期官佐教职员
总理：孙中山；党代表：廖仲恺；校长：蒋介石。
中央执行委员、政治教官：汪精卫；代大元帅、政治教官：胡汉民；教练部主任：李济深。
副主任：邓演达；总教官：何应钦；教授部主任：王伯龄；政治部主任：戴季陶、邵元冲、周恩来。
军需部主任：周骏彦；副主任：俞飞鹏；管理部副主任：陈适；总队长：沈应时。
战术教官：张元祜、严重、陈继承、顾祝同、刘峙、邹竞、陈焯、胡树森。
兵器教官：钱大钧、文素松；地形教官：王俊、黄香凡；教官：陆福廷。
英文秘书：张静愚；编纂员：徐坚；教练部副官：季方；管理部副官：黄晓沧。
队长：茅延桢、金佛庄；副队长：严凤仪。
区队长：蒋鼎文、惠东升、倪弼、郜子举、詹忠言、王禄丰、吴济民、张强渠、李春茂、郭俊、宋云竞。
电信队长：韦兆熊。
3．第2期官佐教职员
1924年；任教授部主任的王伯龄。总理：孙中山；校长：蒋介石；党代表：廖仲恺；教育长：王伯龄。
前总教官：何应钦；前政治部主任、现党军第1师党代表：周恩来。
▲政治部
主任：汪精卫；副主任：邵仲辉；秘书：鲁易；秘书股主任：黄鳌。
干事：苏文钦、袁炎烈；书记：黄道；指导股主任：王逸常。
指导员：周惠元、谭其镜、谢一寰；编纂股主任：杨其纲；编纂员：傅维钰、黄第洪、张镇。
▲教官部
上校战术教官：张元祜；中校战术教官：邹竞、朱棠。
少校战术教官：胡宗陈、林国光、杨膺谓、钱如一、陈复、葛金熔、章锡坤、杜廷英、欧阳钟、沈静、吴奂、张鼎家、陈克斋、吴树森、肖友松、何埒聪、郜子举、陈宪章。
上尉战术教官：邹黄侠；中校兵器教官：杨焕新、蔡忠笏；少校兵器教官：朱毅、李尚庸。
中校工兵主任教官：李卓元；中校工兵教官：陈哲；少校工兵教官：卢佐。
军校行政机构（3）
少校地形教官：黄香蕃、黄思基、程孝恭；上尉地形教官：李良仁；上尉兵器教官：徐雄。
少校教育副官：肖继超；上尉特别官佐：邱汉杰；中尉特别官佐：冯毅、鄢繁、吴展。
中尉书记：王国权、梁叔道；少尉书记：谢比良；少尉绘图员：何世珑。
▲总队部
上校总队长：严重；少校副官：简作桢。
中尉副官：陈应龙；特别官佐：袁守谦、谢维千、关麟徵。
▲各处处长
军需处长：周骏彦；管理处长：戴任；管理副处长：陈适。
管理代处长：赵世荣；军医处长：金诵盘。
军械处长：杨志春；军械副处长：宋继尧。
▲步科第1队
队长：张与仁；副队长：许非由；区队长：陈德法、伍其中、赵梗�
副区队长：谢力虎；司务长：李玉麟。
▲步科第2队
队长：郜子举；副队长：吴达；区队长：周振强、冯剑飞、王副乾；刘静山、唐金元、王匡亚、王冕毓。
▲炮科
队长：蔡忠笏；副队长：周诚先；区队长：周鹏飞、邓湘瑞、詹觉民；司务长：周启虬；司书：李家齐。
军校代总队长张治中▲工科
队长：陈哲；副队长：方清昶；区队长：熊绶云、罗清澄、杨雄杰；唐浑；司务长：黄煜；司书：林千。
▲辎重科
队长：黄在玑；副队长：宋炳炎；区队长：钟离震、李国干；司务长：冯锦嵩；司书：吕藻华。
4．第3期官佐教职员
校长：蒋介石；党代表：汪精卫；前教育长：胡谦；教育长：王伯龄、邓演达；前总队长：王懋功。
前代理总队长：张治中；前学科主任：张元祜；学科主任：李铎；术科主任兼总队长：严重。
政治部主任：邵力子；政治讲师：鲍罗廷；管理处长：杨膺谓；军械处长：杨志春；军需处长：周骏彦；军医处长：金诵盘；军医处党代表：任文海；第1医院院长：邵卓如；军需副处长：朱孔阳。
前入伍生队第1营中校营长：陈继承；少校总队副：梁瑞寅。
总队部少校副官：袁守谦；总队部上尉副官：简作桢；总队部中尉副官：李蔚仁。
前入伍生队第2营中校营长兼战术教官：朱棠；前入伍生队第3营中校营长：文素松。
▲校长办公厅
校长：蒋介石；党代表：汪精卫；教育长：王伯龄；秘书长：邵力子；少校秘书：毛思诚、袁同畴。
少校特别官佐长：韩亮兼；少校特别官佐：万越凡。
军校学生队队长金佛庄上尉课员：白瑜、李勉成、何广；上尉特别官佐：宋文彬；中尉特别官佐：吴展；中尉副官：魏炳文。
中尉书记：叶樾、梁叔道、冯九成；书记：王仲仙、吴君侠。
少尉司书：何建民；准尉司书：张叔谋、侯伯纪。
▲特别党部
常务委员：袁同畴；组织委员：王伯龄；宣传