帝的精神大受刺激。他再也不顾虑什么旧情亲谊，终于下定了废后的决心。事实上，从废后计划的实施速度来看，只怕真正的主谋正是和帝本人。
计划很快就付诸行动。而阴皇后却仍然蒙懂无知，她的外祖母邓硃仍然象平常那样时时入宫探视，和外孙女儿一起咒骂邓绥和自己的娘家邓氏家族（邓硃算起来是邓绥的姑妈）。说起来，小阴皇后确实是不得不废了，她实在是已经丧失了理智，若是让她成为未来太后，还不知要闯下多大祸来！
然而，和帝废后的程序，却血腥得超乎想象。
就在和帝病愈后仅仅几个月，永元十四年（公元102）四月，忽然有人向皇帝告发，说阴皇后与外祖母邓硃合谋，欲行巫蛊，对皇帝不利。能探听到这样秘密的消息又能顺利告发的人，绝非等闲之辈，然而其姓名居然不载于史册，实在是可惜。总之，这个消息当然立即得到了和帝的高度重视，他派出中常侍张慎、尚书陈褒，要求严查到底。
追查的过程果然严格，就连告发者没有提到的阴家其它成员也统统被捉拿，而且严刑拷问。这些养尊处优惯了的公子小姐虽然受不了苦刑，但也都知道事关重大，一旦画押就是家族的灭顶之灾，更何况这事可能根本就没有，想招也无从招起？然而钦差大臣们不达目的誓不罢休。因为不肯“认罪”，邓硃的儿子邓奉邓毅、阴皇后的弟弟阴辅都被活活拷打至死。
反正都是死，还不如求个痛快的。一场血肉横飞之后，案情果然有了“突破”。不知是哪位熬刑不过的皇亲国戚终于开口：阴皇后通同阴氏家族，对皇帝施行巫蛊属实。
有了这样的如山铁证，和帝废后就有了理直气壮的根据。当年六月，司徒鲁恭来到了阴皇后所住的长秋宫，收缴了她的玺绶，将她幽禁在冷宫“桐宫”中。
得到儿子拷死、女儿被废的消息，吴防侯阴纲万念俱灰，他不愿再接受更进一步的耻辱，当即自杀。他的另两个儿子阴轶阴敞连同邓硃的家属，被流放日南郡（今越南河内）比景县，其它的内外宗亲一律免官赶回老家新野去当老百姓。
做了七年皇后的小阴氏不能承受如此大的落差和家族覆没的惨痛，没过多久，她就在桐宫中死去了，大约只有二十多岁。被草草地埋葬在临平亭部。
阴氏家族和阴皇后的垮台，整件事的前后过程，与和帝庶母宋大贵人当年遭遇的“生菟巫蛊案”几乎如出一辙。看来和帝确实从历史中取得了不少经验。
阴氏家族和邓硃一家完蛋，对于邓绥以及邓氏家族中的绝大多数人来说，自然是一个好消息，不但保住了荣华富贵，更保住了身家性命，前途也极看好，所有的人都知道，下一位皇后肯定是邓绥无疑。然而两家人之间千丝万缕的联系，以及那场瞒不过明眼人的巫蛊之狱，不能不使自幼浸润在儒家教育中的邓绥矛盾重重，这所有的一切虽然是箭在弦上不得不发，但事过之后，她仍然认为自己在这样一场伤及亲眷的大狱之后正位中宫，无论如何也不是什么好名声。一向爱惜羽毛的邓绥为了不成为众矢之的、不让旁人非议自己，在阴氏被废后自称患上重病，避开众人的眼光，闭门不出。
然而和帝心意已决。当年十月辛卯，阴后被废不到百日的时候，和帝的册后诏书就下达了：“皇后之尊，与朕同体，承宗庙，母天下，岂易哉！唯邓贵人德冠后庭，乃可当之。”
经过几番推辞，邓绥终于在她21岁的时候，登上了东汉王朝皇后的位置。
无论那场巫蛊之狱有多少疑点让人诟病，邓绥在当上皇后之后的表现，确实让人们相信，她是比小阴氏更合格的皇后人选。
在邓绥做皇后之前，各郡国都四处搜刮珍奇宝物向后宫进贡，宫中也以奢华为风尚，百姓不知为此遭了多少罪。邓绥一即后位，就下令取消进贡珍玩的陋习。当然，郡国向帝后进贡是一种必须的礼节，不能完全禁绝，于是她定下规矩，岁贡只收纸墨，其它不能入宫。和帝想要给邓绥的亲人加官晋爵，她也多次恳请推辞，因此在和帝一朝，邓皇后的大哥邓骘只当了个小小的虎贲中郎将。
然而，永元十三年那场几乎夺去性命的大病，已经将和帝的健康催毁。还在青年的他连父亲章帝那样的寿数都熬不到了。就在邓绥当皇后的第三年、元兴元年（公元105）的冬天，她的丈夫和帝刘肇就死在了章德前殿，享年仅二十六周岁。似乎他能够从第一场大病中逃出来的唯一原因，只是老天要让他完成册立邓绥这项工作，如今任务完成，他也就可以撂挑子了。
二十四岁的邓绥成了寡妇，也成了东汉王朝的又一位太后。
要做太后，第一个前提就是得有儿皇帝。然而此时的和帝后宫中并没有一个皇子的身影。朝中的大臣们都面面相觑，不知该如何是好。新寡的邓绥却向公卿们宣布了一个惊人的消息：和帝早有皇子，都养在民间。
原来，和帝前后有十余名皇子夭折，到后来他自己都开始疑心后宫中另有玄机，有人暗中加害自己的子嗣。我们可以回想一下和帝养母窦太后及其家族的结局，很容易就联想得到，是不是有受恩于窦氏的宫人内监在其中担任了复仇的角色。但是猜测归猜测，深宫幽暗，怎样追查也查不出个所以然来。和帝终于不得不认输，放弃了追查。惹不起躲得起，往后再有皇子降生，就一律秘密抱出皇宫，寄养在民间。现在和帝死了，邓绥做为最清楚内情的人，立即派人从民间将皇子接回皇宫。
被接回来的皇子有两位，一个是八岁的刘胜，一个是刚满百日的刘隆。
按照儒家“嫡长制”的继承法则，刘胜是当然的小皇帝。只是这位皇子不知道怎么回事，从娘胎里就带来了毛病，而且还是“痼疾”。当然，真要坚持儒家礼仪的话，这根本就不成为问题。更何况朝臣们都认为，这个“痼疾”完全不影响他担任皇帝。——照这样推测，刘胜可能是有某种天生的外表缺陷，如兔唇枝指一类或腿脚残疾，绝不是后来晋王朝的司马衷先生那样的智力缺陷。
然而多年来一向表现得循规蹈矩、讲究儒家道义、淡泊名利的邓绥，在这个时候忽然变得让所有的人都不认识她了。——也许这才是真实的邓绥，更也许她从后宫中吸取了更多的经验教训。
在邓绥看来，刘胜已经八岁，无论如何都是自己养不亲的，只有襁褓中的刘隆，才有可能让自己象当年的马明德皇后那样，养出一个完全只认自己做母亲、认自己的家族做舅家的皇帝。于是，她做出了一个完全违背儒家和皇家习惯的决定：迎立少子刘隆为帝，八岁的哥哥刘胜被封为平原王。大概是有鉴于和帝从前屡次在宫中丧子的惨痛经验，更有可能是要牢牢看住朝中头号重臣的行动，她还增加了一项遭人非议的决策：让太傅张禹留宿禁宫，五天才许回家一次。
即使这样，邓绥仍然觉得不放心。
史书上这样形容邓绥的心思：“太后以帝幼弱，远虑不虞”。一个真正做母亲的人，空口白牙地怎么就会舍得想到儿子可能会早死呢，这不是咒儿子吗？更何况小儿子即使夭折，现成地就有一个年已八岁的哥哥在，立即补上就行，能有什么“不虞”？说白了，对于邓绥来说，“不虞”正是刘胜原本在情在理的即位之事。她不能让事情脱离自己的掌握。为了防止这样的意外，她要来一个双保险：万一刘隆当真又重蹈了十几个哥哥的覆辙，那么谁能继位？难道能让刘胜补上？自己已经否认了他一次，他重新做上皇帝并成年掌权后，他和他的亲信以及外戚家族是绝对会大行报复的。
延平元年（公元106）三月，按照惯例，在举行了和帝的葬礼之后，和帝的四个兄弟们：前废太子清河王刘庆、济北王刘寿、河间王刘开、常山王刘章，都要带着家眷返回各自的封国。然而就在他们打算起身的时候，邓太后宣布了一个让人们意外的命令：留下前废太子刘庆的长子、十三岁的刘诂。同时被留下的还有刘庆的王妃、刘祜的嫡母耿姬。
有了刘庆做后备，邓绥的第二道保险在四月也开始了：大哥邓骘从一个中级武将直接提拔为上蔡侯、车骑将军、待遇等同三公，成为百官之长并掌管兵权；弟弟黄门侍郎邓悝则顶上大哥的空缺为虎贲中郎将，与大哥上下呼应；另两位兄弟邓弘、邓阊都晋封为侍中，成为文官中的首领级人物。
当初邓绥做皇后的时候，主动推辞兄长升官机会的举动到这里已经真相大白：那全是做出来蒙骗皇帝的假象而已。
在她做皇后的时候还发生过这样一件事：和帝想要追封邓绥的父亲，三公之一的司空陈宠坚决反对。当时邓绥表现得十分谦恭柔婉，毫无怨言，和帝也仍然坚持追封了邓训。照说事情就应该到此为止。谁知邓绥早已记恨，等到她成为太后，陈家就算是晦气罩了顶。陈宠倒是死得早，他的儿子陈忠却没法摆脱困境。在邓绥摄政期间，无论他如何尽忠职守，都得不到晋升的机会，小鞋一穿就是十八年。
所有的准备都做到十足十，邓绥开始了自己名义上的太后、事实上的女皇生涯。
话说回来，除了在选择储君的问题上有私心杂念之外，邓绥实在是勤政爱民的，她的忧国忧民程度，远远超过历史上绝大多数的的男性君主。
六月初，听说有三十七个郡与封国大雨成灾，邓绥当即颁布诏书，削减太官、导官、尚方、内署的各种御用衣服车马、珍肴美味和各色奢靡富丽的用品。还下令除了供奉皇陵祠庙以外，不得使用精白米麦，自己以身作则，每日早晚只吃一次肉食。以往太官、汤官的固定费用每年将近二万万钱，也削减至数千万钱。各郡、各封国的贡物，都将数量削减一半以上。宫廷内部也开源节流：上林苑的猎鹰、猎犬全部卖掉；各地离宫、别馆所储备的存米、干粮、薪柴、木炭，也一律下令减少。
六月二十一日，邓绥又再�