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一种观点说，朱棣压根就不是朱元璋的儿子。这种观点也有两种说法。都说其母是朱元璋攻取元大都时掳来的元顺帝妃嫔，不过一指该妃为蒙古族人，一指该妃为高丽族人。总之，这女人入明宫不久就生下朱棣，朱元璋疑心儿子是元顺帝的骨血，便以“铁裙”之刑处死了妃子，将孩子送给马皇后抚养。——其实只要略一推敲时间，就知道这种说法是非常离谱的，多半是朱元璋和朱棣的仇家放的风。朱棣生于公元1360年，而攻大都及元顺帝北逃则在公元1368年。什么都可以做假，年龄做不了假，封王完婚的时间年龄都摆在那儿，传说却竟将朱棣的出生时间硬往后推了八年，把徐皇后出嫁时意气风发的十七岁丈夫愣是变成了九岁。何况朱棣出生时朱元璋已有三子，何况以朱元璋的杀伐决断，压根就没有替元顺帝这个心腹大患养儿子的可能。
还有一种说法，讲朱棣确系朱元璋之子，但是个归养嫡母的庶子。并有朱元璋葬地孝陵中的牌位做证，其实马皇后压根就只生了两个女儿，没为朱元璋生过儿子，包括早死的太子朱标在内，五个归在她名下的儿子其实都是庶出的。其中朱标朱樉朱㭎为李淑妃所生，朱棣朱橚为碽妃所生。不过这说法也奇怪，在朱元璋的后宫中，地位仅次于马皇后的女人一直都是孙贵妃，她没有儿子，因此死后朱元璋特命周王朱橚行孝子礼。而传说中生了三个儿子给马皇后的李淑妃，却直到孙贵妃死后十年、马皇后死后两年，才被朱元璋册为“淑妃”，全没有一点“生育有功之人”的架势，也从没见太子朱标为她争取过什么。而史料更明确地记载了太子朱标的出生时间地点，更没有丝毫避人查验的意思。
最多见的一种说法，则是说朱棣的母亲是高丽进贡的碽妃。碽妃因触犯宫规被处死，儿子也因此归养皇后。朱棣称帝后感念母亲，不但盖了大报恩寺，还因此格外宠爱高丽妃子。可是这也很有些说不过去：朱棣出生时，朱元璋还只是野杆子小明王韩林儿手下的一个“吴国公”，高丽国的贡女再多，也送不到朱元璋头上。而朱棣在对待高丽籍妃子的态度上也并不见得有多偏向。他的后宫中虽然有权贤妃、任顺妃、李婕妤、崔美人、韩氏（传说中还有吕庄妃吕康妃）等等高丽妃嫔，但她们所得的待遇并不见佳。在徐皇后死后，朱棣最宠爱的是苏州人王贵妃，命她掌管后宫。这位贵妃没有儿子，死后朱棣命儿女们为这位庶母守孝，一如朱元璋待孙贵妃之礼。而在高丽诸妃中最为得宠的权贤妃，虽然也和王贵妃一样无子而终，却根本没有得到王氏身后享有的待遇，其它的高丽妃嫔就更是糟糕，不是触怒朱棣被处死，就是在朱棣死后被遗诏殉葬。
在马皇后究竟生没生儿子，生了几个儿子的问题上，说法五花八门，还有说她只生了五子周王一个的，那就更令人费解。朱元璋恪守“立长立嫡”的观念，倘若只有周王是皇后嫡子，他就更没有在长子朱标死后坚持立朱标之子的理由了。
马皇后的生育问题、朱棣的生母问题，由于年代的久远已经很难有令所有人完全信服的答案。其实过多地追究这个问题对于现在的人来说也并没有多大意义。翻着各色史书对朱棣看来看去，很容易使人感觉到不管是他的雄才伟略勤政富民，还是他的暴燥杀戮，甚至于他的外貌个性，都足尺加三地继承自给予他生命的父亲朱元璋。而无论他是以怎样的身份和方式登基称帝，他最终都完成了一代雄主“威德遐被，四方宾服”的任务，将父亲一手创建的大明王朝推向了顶峰，使之成为“明帝国”，并将皇位顺利地传给了自己的子孙。
七、母仪天下的贤内助
做为妻子，在朱棣竭力为自己“正名”的时候，徐皇后也倾尽全力相助丈夫。
朱棣称帝的第一个新年，即永乐元年正月，一部《梦感佛说第一希有大功德经》颁行天下。这部经书的序言正是徐皇后撰写的。徐皇后在文中写道，洪武三十一年（即朱元璋去世那年）的正月初一，自己正在焚香读经的时候，身边忽有紫气金光弥漫，恍若梦境，随后便看见观世音菩萨徐徐走来，亲口告诉她说，国中将要发生大难，特来为她消灾接引，并赠此功德经一部。观音临别之际还口吐纶音道：“凤冠不久于尔。”
这部经书连同它的序言，立即得到了朱棣的高度重视，不但颁行天下，而且迅速入藏，被列为佛经之一，天下僧尼并善男信女无不口诵心念，为朱棣应得帝位大造声势。此经直到清乾隆三十年以后，才正式被提出为“伪经”，从而排除在佛经典藏之外。
饱读书史的徐皇后当然并不仅仅是撰写了这部声言丈夫“君权天授”的经书序言。她还编写了《内训》二十篇，《劝善书》一部，都颁行天下，这些文字旨在推行针对女性的教育，并倡导修德劝善，为自己更为丈夫赢取民心。
做为皇后，徐氏辅助丈夫的工作并不仅止于文字游戏。朱棣即位之初，为立威除患，曾对建文帝旧臣大行非刑。就连自己起兵亲信道衍的面子也不肯给，把道衍竭力想要挽救的“读书种子”方孝儒灭了整整十族。（方孝儒死得虽惨，也算自作自受，何况此君读书读迂了脑袋，满肚皮只知恢复古礼以及如何找个好名目死了成就名声，也谈不上什么真正的忠心和才智，就连建文帝眼见失败之际，他想的都不是怎样让主子逃出生天，而是劝建文帝赶紧自杀，成全“万民表率”的美名。而一开始力主强行削藩，后来又殆误军机的齐泰黄子澄等人则在南京城将破之际，脚底抹油开溜。以正统观念，建文帝之败是无天理，可是他选了如此几位高参，不败是无真理。方孝儒闯祸在前，求死在后，原也不足惜，可怜的是在他和暴怒的朱棣“合作”下死于非命的那十族）。
虽然齐泰等人的确该死，但是动用“诛十族”“瓜蔓抄”“发妻女为娼”等手段，却实在太令人发指。何况遭殃的并不仅是朱棣以诛杀为名起兵的闯祸者黄子澄等人，而是实实在在的忠臣铁铉景清等人。
对于丈夫的倒行逆施，徐皇后看在眼里急在心里，婉转劝道：“南北每年战斗，兵民疲敝，宜与休息。”又说“当世贤才皆高皇帝所遗，陛下不宜以新旧间。”并举传中的尧帝作比方：“帝尧施仁自亲始。”
徐皇后为朱棣生了三个儿子，除了长子高炽性情温和好学之外，汉王高煦、赵王高燧则都是狂飙型的。朱棣喜欢高煦，感于这个儿子屡次在“靖难之役”中力挽局势的胆量，认为他才象自己。徐皇后则恰恰相反，她认为只有高炽才可能成为一个适于百姓生民的仁君。因此她不但主张立高炽为太子，还屡次向朱棣进言，指出高煦高燧性格不好，不但不能重用，还得为他们选择敢于监督劝诫的僚属。朱棣并没有相信妻子的预见，在徐氏死后他好几次都被次子三子所惑，差点废了高炽的太子位，过了很久才醒悟过来。
徐皇后还曾经向朱棣要求召见大臣们的妻子。见面后她厚赐命妇们服饰金银，并对他们说：“女人侍奉丈夫，并不仅仅是关心他们的衣食起居而已，应该对他们的前途事业也有所助益。朋友的劝告，不易被男人采纳，同样的话妻子来说，就容易入耳得多了。我与皇上朝夕相处，从不以私欲开口，所说的一切都以生民为念。希望你们也能以此自勉。”
可惜，徐皇后年寿不永，她只做了四年皇后，就在永乐五年（公元1407）的七月离开了人世。临终前，她最后一次劝谏朱棣，让他爱惜百姓，广求贤才，恩礼宗室，不要骄惯自己的娘家。她还叮嘱太子朱高炽说：“我一直惦记着当年在‘靖难之役’初起时，为守住北平城而应命作战的将士妻子，感念她们的功劳和付出的伤亡。想要趁着皇帝日后北巡的机会，亲自向她们以及她们的家人赠予嘉奖抚恤。只可惜我再也无法完成这个宿愿，这是我此生唯一的恨事。”
徐皇后去世时年仅四十六岁，朱棣对结发妻子的去世非常悲恸，他为徐皇后上谥号曰“仁孝”，并从此不再立后。
永乐七年，朱棣北巡，回到了盛满往事的北平，并着手迁都事宜。同年，他在昌平天寿山营建自己的陵寝。四年后长陵落成，他将徐皇后安葬在了里面。
十五年后，即永乐二十二年（公元1424）七月十八日，壮心未己的朱棣病逝于征漠北的途中，享年六十五岁。同年十月十九日，朱棣与徐皇后合葬长陵。
八、皇后的家族
在民间传说中，徐皇后的父亲徐达，是被朱元璋杀死的。据说当时徐达背疽发作，朱元璋派太医前去诊治，太医回报说徐达的病没有大碍，只是忌吃烧鹅。朱元璋立即叫人给徐达送去了烧鹅。接到“礼物”的徐达心知大限已至，当夜便自杀身亡。
但是史书的记载却完全不是这么一回事。据《明史》的记载，徐达在洪武十七年时患上背疮，发病时他恰在女婿朱棣的封地北平。朱元璋遂遣徐达长子徐辉祖带着自己的手敕去北平看望。敕曰：“方今九夷八蛮，大者畏力，小者怀德，非将军忠诚耿耿，以劳为逸，何由臻兹。将军功昭上下，泽及兵农，而于人欲之私，秋毫无犯。此其明智者乎！迩者，将军有疮疾，朕初闻之，于心恐焉。今喜疾愈，特遣将军子持至意，将军其悦且安，故劳。”
徐达的病情不久渐有起色，于当年冬天返回南京家中。大约是路上奔波辛苦，病情再次复发，洪武十八年二月便离开了人世。对于这位三门亲家的去世，朱元璋非常难过，追封他为中山王，谥“武宁”，并追赠徐达三代祖先均为王爵。赐葬钟山并亲自撰写神道碑文，还将他列为开国功臣之首，配享太庙并入祭功臣庙。
从徐达长子徐辉祖此后的表现，以及徐达死后朱元璋仍然接踵为自己的另两个儿子迎娶�