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其中最具代表性的人物，莫过于当时的济宁知府方克勤。他虽然当上知府，仍然是一件布衣穿十几年，一日两餐素食粗粮，治下百姓则富足安乐。当他要调离时，百姓甚至做歌谣挽留道：“使君勿去，我民父母。”可是这样一个好官，在洪武八年（公元1375）的泼天冤案“空印案”中，也被毫无理由地处死。——方克勤，就是后来著名的建文忠臣方孝儒的父亲。——“空印案”说来其实很简单。按规矩，各司府州县都要将地方财政状况上报户部，由于财务表是人工核计，各地距京城路途遥远，为防有何差错跑冤枉路，官吏们都会带上一些备用的空白盖印文书，方便随时修改。然而无论别人怎样解释，毫无会计知识的朱元璋偏要认定这是在贪污，不管三七二十一，也不做任何调查研究，就下令自户部尚书起，到各布政司、府、州、县，所有管官印的地方一把手都统统砍头，副手杖一百充军。上书辨冤的郑士利则被罚做苦工。（朱元璋时代倘有现代大学制度的话，恐怕财经学院再无人敢报名就读了。）
更糟糕的是，朱元璋猜忌并报复强烈的脾性并不完全是针对元勋和官吏们的。
当年攻打张士诚的“东吴”政权时，朱元璋的“西吴”军曾经遇到过苏杭百姓的强烈反抗，以致于苏州一座孤城竟能在围困下坚持九个多月，多死了不少将士。张士诚死后，朱元璋决意报复民间对张士诚的支持，他决定“死罪可免活罪难逃”，大幅度提高当地的赋税。
于是，在皇帝的亲自过问下，苏州松江地区的税赋一古脑儿涨到了元朝的三倍、更超过了宋朝的五倍。一亩地的税粮竟超过七斗。苏州一府所要交纳的税赋，竟达到全国税赋总量的10％。除此之外，松江农民的活动范围也被严格控制，总括言之，就是“不出一里之间，朝出暮入。作息之道，互相知晓”。由于朱元璋本人家族就是“逃税流民”出身，外祖父又曾经是个打着算命先生招牌反朝廷（虽然是元朝廷）的人物，因此为了以防万一，他还规定百姓们必须彼此互通邻里信息，对别人的家庭内务乃至活动场合都必须了解，谁要是想保留隐私瞒哄大众，即可捉拿送官。行医卖卜的人也只允许在本乡活动，若敢远游就要重治。
这些规矩对民众的约束，已经超过了以往任何一个皇朝，充满戾虐气息。而要求世人窥伺告发自己邻里亲朋的规矩，更成为流祸久远的重弊。
朱元璋还有一个最大的问题，就是刚愎自用，而且把人命完全不当一回事。无论什么事，不用调查也不用研究，只凭一时情绪，就“挥洒自如”地把好人或者轻罪之人统统杀了。如空印案就使人领略到了他的这一“特色”。
说到这个，蒙古族官员道同的冤案就不能不提。
道同先世蒙古，后改汉姓，是河间人。明朝建立后，他出任番禺知县，是一个出了名的孝子，也是一个诚意为民的好官。史书称，番禺守军蛮横，胡作非为，几任县令都不敢为民出头，直到道同莅任，才改变这一状况，“民赖以少安”。
谁知不久永嘉侯朱亮祖到了番禺，这家伙在地方上作威作福欺压百姓，却几次三番被道同顶了回去。当地豪门大户知道朱亮祖与道同不“道同”，因此纷纷贿赂朱亮祖求他为自己出头，朱亮祖便请道同吃饭，要他释放被当街示众的富豪悍仆。道同立即厉声质问：“你也算是堂堂大臣，怎能与这些人为伍？！”朱亮祖哑口无言，宴席不欢而散。
朱亮祖回到家里，越想越是恼怒，立即派人强行打碎锁栲放了那帮地痞，又把前来论理的道同鞭打了一顿。此后番禺地方的恶霸们以为有了护庇，纷纷得意忘形。尤其是朱亮祖在当地所纳小妾罗氏的兄弟，更是在地方上横行霸道。道同为民出头，将罗氏兄弟抓了起来。谁知朱亮祖竟动用军队包围县衙，强行将人犯给抢了出来。而且还向皇帝上本，弹劾道同“傲慢无礼”。
事情到了这一步，道同就是想忍让也不可能了，也随后向皇帝递送奏章。他原以为按常理，皇帝怎么也要派人调查核实，才会最后做出决定。可是朱元璋一看了朱亮祖的告状信，就立马派人去斩杀道同。
杀手出发不久，道同的报告也到了。朱元璋这才明白自己做错了事，觉得道同鲠直为民，实在是难得，马上派飞骑去追赶杀手。然而由于道同得罪了广东布政使徐本雅，后一位使者虽与杀手同日抵达番禺，却被人有意拖延，直到杀手处死道同，赦使才被放进县衙。
对于道同的冤死，番禺百姓都十分痛惜，纷纷在家中设立他的牌位祭祀。据说每有灵验，乡间从此传说，道同已经成了地方之神。据说直到今天，番禺地方仍在祭祀道同神。
朱亮祖的行径引起了朱元璋的震怒，这个杀人只凭一时性起而不是按司法程序办理的皇帝在大怒下立即命人将朱亮祖父子锁拿进京。
洪武十三年（公元1380）九月初三，朱亮祖与长子朱暹一起被朱元璋当廷鞭死。
可惜的是，道同之死并没有警醒朱元璋，此后仍然有数不清的人在这位皇帝的一时火性下无辜丧命，更糟的是他处死朱亮祖父子的方法：从此开了明王朝“廷杖”的先例。终明一朝，数不清的士大夫和清臣直士，都被这种极端的刑罚打掉了性命，打掉了人格尊严。
随着时间的推移，大开杀戒的朱元璋渐渐觉得法规碍事，终于在洪武十五年决定改革禁卫军为十二个亲军卫，其中最出名也最为其重用的，则是“锦衣卫”。这个锦衣卫有“掌直驾侍卫、巡查缉捕”的职能，处理皇帝钦定的案子，相当于皇帝的私人警察部队，下设南北两个镇抚司，五个卫所，拥有自己的监狱（诏狱），在其中任职的校尉力士少则一千多则六万，被称为“缇骑”。他们有权自行逮捕刑讯乃至处决，锦衣卫将正常的司法机构视若无物。只要他们（或者皇帝）看不顺眼的，无论是宰相大臣还是平民百姓，都不需要任何真赃实罪，都可以在片刻间家破人亡。（朱元璋的这一做法，在后来被他的儿孙们广泛采用，终明一世，锦衣卫、东厂、西厂，搅得人世间血雨腥风，恐怖无比。）
八、皇后，天下之母
对于丈夫的这些作为，马皇后深为忧虑。
马皇后是一位极有正义感又极善良的皇后，有时她的善良得甚至显得天真。朱元璋定天下的时候，她虽然对丈夫千依百顺，只要丈夫需要，她就做一切力所能及之事，如亲制军衣军鞋，又如统率部属妻儿，或者将所有财物尽数犒军。不过这些事情对于她来说，只是恪守夫唱夫随而已，对于丈夫的雄心壮志，她也表示赞襄，只是她同时热切地希望并向丈夫进言：“男儿建功立业，你要定天下当然是好事，可最好是多行仁义以正道取胜，尽量不杀人少杀人才好。”
对于妻子的说法，朱元璋“善之”，不过可以想见他也只是“善”妻子的温柔敦厚，对于自己娶了个好女人高兴，而不是“善”妻子的意见。此后无论行军还是施政，他仍然往往在一片草菅人命的血雨腥风中进行。在权势富贵的斗争中，君子行径和偶尔的善念，只会让自己陷入万劫不复的境地。而朱元璋不但将这一点奉行不渝，而且发挥到了极端。朱元璋一定不明白，妻子读了那许多书史，怎么在这方面偏跟自己差这么远。
为了劝谏丈夫宽待臣民，凡事三思，马皇后以“宋多贤后”的名义，在后宫中讲训宋朝家法。对于皇后的用意，曾有识窍的宫妃试图阻止，说宋朝治国理家过于仁厚，不足以效法。马皇后立即反驳：“过于仁厚有何不好？总要比刻薄好吧！”她又有意反问妃嫔：“黄老之术是什么？为何汉初窦太后好此？”妃嫔答道：“清净无为为本。若绝仁弃义，民复教慈，是其教矣。”马皇后据此叹道：“孝慈即仁义也，讵有绝仁义而为孝慈者哉？”
朱元璋时常因为宫人的细微过错发怒，每逢这时马皇后也故意发怒，抢在朱元璋处罚之前下令将犯错的宫女送往宫正司议罪。朱元璋对妻子的做法非常不解，问皇后为什么？马皇后回答：“帝王不应以自己的一时喜恶决定刑罚封赏。陛下你在大怒之时判罪，只怕宫女所受处罚会过于畸重。交给宫正议罪就会合适些。也希望陛下你在朝堂之上不要凭一时情绪就决定臣民罪罚，将论罪之人交给司法机构会更好些。”
可惜，朱元璋虽知妻子谏言的用意，但是他仍然不愿改变自己的处事方法。马皇后不得己，只能趁着他退朝还宫时，抓住少得可怜的机会劝说。亏了马皇后的力量，总算还是有好些人的性命得到了缓救。
曾经有人向朱元璋报告，说参军郭景祥的儿子企图谋杀父亲，朱元璋立即暴怒，下令处死这个儿子。此事幸亏被马皇后听见，她立刻拦住，说：“郭景祥只有这么一个儿子，万一人言有误，你这不是把郭家的后代都给绝了吗？！”朱元璋这才反应过来，连忙召回杀手，派人去调查，果然是有人企图借皇帝的凶暴性子坑害郭家。
李文忠是朱元璋早死的大姐的儿子，自幼跟随在朱元璋身边，做了他的养子，十九岁便成为一员骁将，为明王朝第三大功臣，于洪武二年封曹国公。他后来奉命镇守严州，有人告他行止不法，朱元璋也立即听信，打算将他召回来处治。马皇后劝说道：“临阵换将不宜，何况文忠多年紧随，一向贤能，难道别人一句话就可以这么相信？”这才救了李文忠的性命。而事实不久大白，果是诬告。
宋濂是明初大儒，被公认为是世间第一才子，不但是太子老师，还主持编撰了《元史》。他本人也一向小心谨慎，总算平安退休。偏偏他的孙子宋慎被牵连进了“胡惟庸案”，倒霉的宋濂明明毫无过错竟也不能幸免，朱元璋非要把一大把年纪的他捉来处死不可。
面对老师的悲惨结