多时，刘牢之真是磨佯工啊！海盐的恶战，沪渎被攻克，已发生这么多事，他居然还一直呆在会稽无动于衷。），于是刘牢之便命在海盐的刘裕急速北上，阻击孙恩军（刘裕虽然兵少，毕竟距离近多了）。
接到命令后，刘裕没有丝毫犹豫，立即离开海盐，率领他那支不足千人的队伍，加快速度，不分昼夜地强行军，终于差不多与孙恩军同时抵达丹徒。
蒜山之战
丹徒，是史书上的一般记述，在今江苏镇江市丹徒区，但细察其交战经过，说成京口其实更合适，用今天的标准来看，京口可以翻译成：丹徒市京口区。作为北府军的大本营，这里的守备原本是不弱的，但因为半年前刘牢之率北府军主力南下会稽，此时的兵力非常空虚，如此强大敌军突然迫近，守军个个人心惶惶，士气不高。当地的百姓更是早早准备，将家里值钱的东西用担子一挑，紧盯着军队的动向，作好时刻出逃的准备。直到刘裕赶到，守军的士气才稍有振作。
当时在京口之北，紧贴着长江南岸，有三座小山，由东到西，分别是北固山（辛弃疾的千古名作《京口北固亭怀古》，就是在这里写下的）、蒜山、金山（就是《白蛇传》中，那位情侣终结者—法海老和尚的出家地），其中以今天最没名气的蒜山最为重要。蒜山是个伸入长江中的小半岛，山下即是连接江北的重要渡口蒜山渡，此山虽然不是很高（这里的小山都不可能很高），面积也不大，但四周坡度很陡，山顶却较平坦，利于驻军，其形势险要。据此山之上，北可以监控长江，南可以俯瞰京口，实是兵家必争的要地。
早在孙策、孙权兄弟座镇京口（当时叫京城）时，蒜山就是重要的军事据点。传说在赤壁之战前，诸葛亮出使东吴，与周瑜在蒜山驻地会晤，面商抗曹之策。两人各自把自己的想法写在手上，待写好一瞧，都是一个“火”字，就此定下了谋算曹军的计划，此地便因此得名“算山”，后来不知怎么的就变成“蒜山”了。不过这个传说的可信度不是太高。后来，由于蒜山的位置过于突出，所谓“堆出于岸，流必湍之”，随着长江水流对南岸的不断侵蚀，大约在南宋年间，蒜山的绝大部份坍塌入江，只剩下了一块高十公尺左右的巨大石碛留在今天江苏省镇江市长江路边。
孙恩要取丹徒，蒜山这个制高点自然势在必夺！于是孙天师本人也身先士卒，率数万众下船，鼓噪而上，抢夺蒜山，北府危在旦夕！此时刚赶到京口的刘裕已来不及做任何布置，也顾不得手下长途跋涉的疲劳，立即率几百部下和当地守军急登蒜山，与孙恩军发生奇迹般的蒜山之战。
从各种史书的记述来看，刘裕此时几乎把军事上所有可能的劣势都占全了：仓促应战（刘裕与孙恩是同时抵达战场的，他无法像在句章、海盐那样事先巧妙布置）、以弱敌强（刘裕援军兵不满千，京口原守军数目不详，也不可能很多，而孙恩出动了数万大军，兵力对比至少是十几比一，甚至几十比一）、以劳击逸（刘裕的人是用两条腿跑来的，孙恩的人是坐船来的）、士气低落、民心不稳（这两项前边提到了，总之不论质量、数量、准备，刘裕全落下风）。可一场交战下来，结果仍就是孙恩大败！史书记述的过程简短得就象尤里乌斯•；凯撒的军报：我来了，我看见了，我就胜利了！这还有天理吗？如果满足了这么充分的战败条件还不打败仗，那写兵书的人都找块豆腐撞死得了！
可历史不以兵书的意志为转移，蒜山之战仍这样发生了。这一仗之所以打得这样匪夷所思，以在下看，是因为史书为了神话刘裕使用了几处小小的曲笔。下面就让我们透过史书释放的烟雾弹，来简单解析一下蒜山之战：
首先，史书提到此仗发生的地方是丹徒，这虽然不能算错，但其实是一个小小的障眼法，让我们忘记这里更重要的一个地名—京口。京口是什么地方，是北府军的总部，北府将士的老家。这里的守兵并非海盐那些没什么战斗力的民兵，而是久经沙场的北府军士！这里的民众，也是有强悍好武传统的北方流民后代。这些军民，在孙恩大军即将到来之际，因得知强弱悬殊和缺乏主心骨，产生过畏惧和动摇，但等到刘裕到来，众人有了这员名将作为依靠，所谓士气低落、民心不稳的状态应该就结束了，而史书对此一句没提。
我们可以猜想，刘裕在临战前，很可能作了简短地战前鼓动：
“弟兄们，我们已经无路可退了！因为在我们的身后，便是京口！那里有我们的房屋，住着我们慈爱的父母和盼望我们凯旋而归的妻儿，那里的郊外有着我们祖先的坟墓，那里田野里长着我们的庄稼，那里的每条街巷都流淌着我们的记忆，那里的每个人都是我们的朋友兄弟！能把他们都交给孙恩去蹂躏吗？我们要保卫的，已经不仅仅是大晋朝廷，更是我们每个人的家！为了这些，我们能不拼下去吗？
而且孙恩此次进犯，是江上登陆进攻的，如此一来，蒜山是他必争之战。但他一旦进攻蒜山，就犯下了以已之短击敌之长的兵家大忌！因为蒜山地域狭小，他的几万大军根本不可能展开，兵力优势就无从谈起，剩下的，只有狭路相逢勇者胜！我们不会忘记洛涧、淝水的光荣！我们不会丧失勇气！孙恩的人虽然多，但我也和他打过几仗，那帮子假道士不堪一击，十个也抵不了你们一个！所以这一仗我们不但必须打，而且我们能打赢！”
接下来发生的事，就是《宋书•；武帝纪》上所记载的场面了：“高祖率所领奔击，大破之，投崖赴水死者甚众。恩以彭排自载，仅得还船。”刘裕带着这批士气高昂（尽管不久前他们还打算逃跑）的敢死之士由南向北冲上蒜山，猛击正在由北向南抢登蒜山的孙恩大军。在保卫家乡的现实利益驱动与刘裕的激励下，原本就不弱的北府军士们此刻都是超水平发挥！刘裕从海盐带来的人可能比较疲惫，但当地的守兵只要恢复了勇气，都是生力军。而孙恩的人见到刘裕的旗号，先自软了三分，狭窄的山地又使孙恩的多数兵力派不上用场，使得他的前锋招架不住刘裕的猛攻，只得后退。山小人多，孙恩军后退的前锋把后边的大队人马压成了沙丁鱼罐头，多数人都动弹不得，很多人更被挤落山崖，慌乱之中孙恩军已兵无战心，只想尽快离开这鬼地方，终致大败！混乱中，差点连孙恩都不能幸免，多亏找到一个木筏，才得以狼狈逃回船上。
如果说在海盐，刘裕给孙恩的感觉还只是难缠，那么蒜山之战后，刘裕给他的感觉就是恐惧了！虽然这一战损失并不是很大，但差点当上“水仙”的经历让他丧胆了！他不敢再招惹这个杀星，全军上船，继续向建康前进。
蒜山之役虽小，意义却超过了之前的句章、海盐诸战，它是导致孙恩最终失败的很关键一战。孙恩军在此战中的损失虽不严重，但它打乱了孙恩的战略部署，延误了他唯一可能得手的战机。孙恩的原计划，是准备乘守兵空虚之际，一举攻取丹徒，应该说，这本是挺高明的一招。一旦成功，可以收到两大利处：一、控制了京口，自然很容易将北府军大量家属扣为人质，将来北府军与他交战的时候，自然不能不投鼠忌器，战不就好打多了？二、攻下了京口，可以此为依托，从陆路速攻建康，急行军的话，只需一昼夜即可到达，就有可能抢在刘牢之和司马尚之的援军到达之前拿下晋朝的京城，那样的话，晋朝说不定就要提前十九年GAME OVER了。
现在蒜山失利，两头落空，道爷们只能继续坐船去建康了，虽然比走路舒服，但太慢了。孙恩军的船支多是海船，船身高大，虽然抗风浪的能力不错，但在长江中开行，则显得过于笨重，行动本就迟缓。加之此时久吹西风，孙恩军是逆风逆水前进，速度更加缓慢。一千多年后，郑成功率水军攻入长江，进攻南京，行军路线几乎和孙恩一模一样，而且同样也是因为行动迟缓的原因，让清军援兵从容赶到，而最终功败垂成。
屡败孙恩
尽管此时孙天师的声势依然很浩大，司马元显亲自指挥水军迎击孙恩，连战连败，只得逃回建康，连老牌酒鬼司马道子都吓得暂时放弃了喝酒，跑进蒋侯庙整天祈神保祐。但在实际上，孙恩已错过了攻取建康的机会，等他慢吞吞地花了数天时间终于到达建康城西的白石垒时，司马尚之的军队已进驻建康，而刘牢之已到达新洲（建康北面长江中的小岛），孙恩一度占有的优势已一去不返。
面对形势的变化，孙恩知道攻取建康已不可能，只能乘晋军对他的合围完成之前，尽快突围东走。于是，孙恩未攻建康，而是穿过新洲附近的江面（不知为何刘牢之没有阻击），出长江，由海道向东北方前进，直奔郁洲（江苏连云港东云台山一带，当时是一个海岛，传说是西汉初年田横率五百壮士逃亡之地）。同时分偏师攻破广陵（今江苏扬州），歼灭晋军三千余人，牵制晋军追兵。
晋宁朔将军高雅之（就是刘牢之那位在余姚被孙恩打得稀哩哗啦的女婿），受命穷追孙恩，直至郁洲。孙天师也火了，我就算打不过刘裕，还摆平不了你么？回师一场恶战，再次大败晋军，生擒高雅之。
晋军在广陵、郁洲又连遭败绩的消息让当朝掌权的司马元显很上火，不过更让他着急的消息来自西边：已经控制了大半个晋朝的桓玄，不久前听说孙恩迫近建康，立即调兵调粮，“忠肝义胆”地表示：他对孙恩侵犯帝都的严重事态深表关切，将要亲率大军前来建康勤王！司马元显又不是傻瓜，自然清楚得很：桓玄要是进京，那还能有什么好事？两头都要命，会稽王世子那几天真是渡日如年啊！幸好孙恩行军缓慢，刘牢之等赶得及时，才算把他撵跑了。如蒙大赦的司马元显连忙以晋安帝