右，松江与合江两省军区的部队剿灭了大股土匪，夺取了一批主要据点。1946年2月初，两省剿匪部队在通河会师，陈云和高岗亲临前线，勉励部队官兵再接再厉，彻底消灭顽匪。
到1946年4月中旬，北满65个县中，有58个县获得解放，大部分选举产生了县政府，改造村政权，共产党在群众中建立了威望。苏军撤退后，民主联军顺利接收了哈尔滨、佳木斯及合江全省。但四平战役失利以后，残匪乘机收罗旧部，再度猖獗起来，气焰十分嚣张。
此时，我东北局与北满分局合并，加强了集中统一领导，而且由于大量部队撤至松花江以北，增加了剿匪力量。
1946年5月下旬，经中央批准，张闻天到匪情最严重的合江省任省委书记。
1946年6月4日，东北局发出《关于剿匪与发动群众工作》的指示，接着，高岗签发了东北局、东北民主联军总部《关于剿匪工作的决定》，指出：“估计在十五天停战【注33 1946年6月6日，国共双方达成东北停战15天的协议。】以后，国顽必然作更大规模地进攻。各地土匪亦将更加积极活动，使我处于腹背受敌之情况”；并总结了半年来未能彻底肃清顽匪的主要原因，主要是未发动群众，没有造成人民的剿匪运动；剿匪部队中缺乏老的主力做骨干；在站上上有不当之处，各地配合不够密切等。指出：“北满——特别是合江及牡丹江地区，为我党在东北最基本的战略根据地。因此必须争取在最短时期内，坚决彻底地肃清土匪，发动广大农民，建立巩固的后方，以支持长期斗争”。否则“将会使我党在东北处于非常不利的 ，甚至有遭受失败的危险。”
《决定》将剿匪部队按区域进行了分工，战术上采取远距离出奇兵奔袭、合击、穷追等办法，进行反复扫荡、严厉镇压，对投诚者必须解除其武装，不得收编。同时，在所有剿匪区域，有计划地抽调千余名干部组织工作团，各级领导机关中除必须留机关工作的人员外，“均应离开大城市，走出洋房子，脱下西装，脱下皮鞋，穿起农民衣服，背上行囊，不留恋空头的工作职位浮在上层，而老老实实到乡下去给群众办事”；工作团要与部队密切配合，根据中央土地政策的指示，发动群众，依靠基本群众和团结一切民主力量，开展土地改革运动，搜缴地主及散匪的武装，镇压反革命，造成人民的剿匪运动，使之真正在经济上、政治上翻身，建立巩固的根据地，建立强大的人民武装，造成人民战争。
最后确定：各个地区由剿匪部队、地方党、政府及工作团的负责人组成临时的统一指导机构，松江地区工作团由张秀山负责组织；牡丹江、东安、合江之工作团由张闻天负责组织。
1946年6月20日，合江省委召开第一次扩大会议，张闻天发表了重要讲话，他说：
我和原省工委的同志一致认为，前一段的工作是有错误的，“最主要是没有认真贯彻执行中央去年1—2月指示，没有放手发动群众，建立巩固的根据地”。“在剿匪方面，虽然取得了成绩，但由于决心不大，作战方针不对头，甚至对土匪抱有幻想，所以斗争不力，只是把他们打垮、打散，而没有消灭。更加错误的是，还曾经和土匪头子谢文东等人谈判讲和，割地而治。这是一种阶级投降主义。在力量使用上，由于忙于接收，把本来就为数不多的干部，分散到各县、市去做官，而没有集中起来，到农村中去发动群众。因此，使工作局面迟迟不能打开，根据地的开辟和建立工作，实际上处于自流状态。”他指出，失误的根源是“领导思想右倾”。开头是对形势估计过分乐观，而看不到还存在严重的斗争；而“当国民党进攻，土匪包围时，又表现悲观、动摇，幻想用谈判的办法取得和平，而逃避艰苦斗争”，“这主要是因为对抗战胜利后的阶级矛盾缺乏正确的估计，对国民党决心要打内战，以及敌我斗争的长期性艰苦性认识不足，缺乏思想准备。再就是对新形势下进行新的斗争缺乏经验和认识，还想用抗战时期的那套政策和策略，同地主和土匪武装讲‘统一战线’，而不是把立足点放在发动群众方面，就是没有解决依靠谁，团结谁，打击谁的问题。结果，实际上把屁股坐到了人家那里，怎么会不吃亏呢？！”最后，他提出“一个中心，即发动群众：三项任务，即剿匪、生产、支前”的工作部署，把合江根据地的建设推向一个新的历史时期。 36
这个讲话虽然是针对合江省的，但也反映了他对前一阶段东北局工作的看法。
为了加强剿匪力量，1946年8月下旬，调贺晋年到合江军区任司令员，并重新调整了剿匪工作的部署。经过三四个月的跟踪追剿，先后消灭以“四大旗杆”为首的大股匪伙近八万人，活捉张雨新、谢文东、李华堂、孙荣久等匪首，公审枪决。广为传颂的杨子荣深入匪穴活捉“座山雕”的故事，就发生在合江地区。
至1947年6月，土匪基本被肃清，安定了社会秩序，农村土改也取得初步胜利，水陆交通和部分煤矿、金矿、林业、水产等很快恢复了生产，群众生活得到初步改善，军队发展壮大，共产党及人民军队的威望大大提高。党中央对北满地区的工作给予很高的评价。
成功地完成剿匪认为，可算是高岗到东北后立下的第一功。
2、土地改革
在剿匪的同时，反奸清算和土地改革运动也轰轰烈烈地开展起来。
北满农村的情况与关内不同。这里的土地高度集中，5％的地主富农占有40％的土地，另外还有大批土地被日本、伪满政府和汉奸抢占，即所谓“开拓地”。【注34 开拓地是伪满时期日本拓务省和伪满民政部拓政司合伙组织的各种开拓团，抢掠农民的土地，变为其“公地”。】绝大多数贫苦农民没有土地、房屋、牲畜和农具，甚至连基本生活物品都很缺，他们全靠给地主当雇工维持生计，处于赤贫境地。
日本投降后，中共中央提出练兵、生产和减租减息三大任务，1946年5月，中共中央又发出关于进行土地改革的指示（“五·四指示”）。东北局和民主联军总部根据“七·七决议”，派出五分之三的干部和三分之一的部队，7月下旬又增派两道三个团的主力深入农村，发动群众，开展剿匪、土改、扩军、建立民主政权等群众运动。
首先是发动群众开展清算汉奸恶霸及大地主的斗争。在经济上清算他们多年来逃避负荷及劳工账，算得他们倾家荡产，废除高利贷，将其土地财产退赔给贫苦农民及增加雇工工资等。但由于地少人多，不足以解决农民的土地需求，一些地方提出将“开拓地”分给农民，得到东北局的支持。
高岗虽然没有主持土改工作，但十分关心此项工作的情况，他要求工作团关心群众疾苦，有个遵守纪律，注意发现和培养积极分子，让他们参加工作，这样既解决了干部不足的问题，又能发挥当地干部熟悉情况的优势。
至1948年秋，除南满的少数地区和大城市周围村镇外，东北地区的土改运动基本结束。翻身做了主人的贫苦农民，彻底砸碎了几千年的封建枷锁，拿起武器，投入了保卫胜利果实、解放全东北和全中国的伟大斗争。
在土地改革运动中，也曾出现过一些偏差，1947年7月，刘少奇主持中央工委在平山召开土地会议，推广晋绥等地的经验，推行了一些过“左”的政策。东北局贯彻平山会议精神，出现了侵犯中农、打击工商业、乱打滥杀及党内斗争扩大化等偏差。
1947年12月，党中央批评了平山会议的错误。不久转发了任弼时的报告，对土改中的偏差进行纠正。1948年2月，毛泽东再次就土改中的错误和新华社在土改宣传中“左”的偏向问题给刘少奇发电报进行批评。
与此同时，张闻天于1948年2月提出保护工商业的政策，经东北局批准在全区执行，及时纠正了偏差。
1948年9月，刘少奇在政治局会议上作了检讨，承担了责任。高岗虽然对刘少奇在土改中的错误有意见，但他认为刘少奇的检查是诚恳的，是有自我批评精神的。
北满地区经过剿匪、土改、民主建设，彻底肃清了土匪，消灭了封建剥削阶级，建立了民主政权，稳定了社会秩序，迅速恢复、发展工农业生产和各项事业。至1948年3月，据北满四省（松江、龙江、合江、嫩江）的不完全统计，共平分土地五千余万亩，牛马40余万匹，衣服520余万件，并没收大量金银等物。北满解放区的土地问题基本得到解决。翻身做主的贫苦农民提高了觉悟，建立起自卫军（民兵）和各种群众团体，踊跃缴纳公粮、参军支前。同时，壮大了主力部队和地方武装，北满根据地很快得到巩固发展，为东北解放战争创造了可靠的后方，提供了兵源、战勤和物质等方面的保障，为解放全东北和全中国作出重大贡献。
3、整军建军
于此同时，北满分局和东北局、东北军区狠抓了整军建军工作。
由于收编和扩编的部队数量很大，成分复杂，国民党进攻时哗变的很多；而出关的老部队数量相对较少，特别是经过四平战役以后，老主力部队消耗很大，战斗力下降。所以，整顿和扩大人民军队成为当务之急。
高岗在陕甘宁边区曾长期从事军队建设工作，到北满以后，把建立红军和巩固陕甘宁的经验发挥得淋漓尽致。首先是加强部队的政治思想工作，对连以上干部进行路线教育，宣传贯彻党中央的路线、方针政策和东北局及北满分局的工作部署；对战士进行形势教育，开展立功运动，增强胜利信心；进行为人民服务的教育、纪律教育和我党我军优良传统教育。第二是加强党的领导，建立健全部队各级党组织，发挥连队支部的作用。第三是进行整编，精简机构，清理坏人，纯洁队伍，加强指挥机关。第四是进行军事训练，提高战斗力。经过整顿，部队的政治觉悟和战斗力大大提高。
1946年9月23日，东北局