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从表面上看，被解除军政要职的何应钦心境还算愉快，但暗中的不得意则可想而知。
7月12日晨9时，在二百余人欢送之下，何告别了上海。当天下午2时半，飞抵东京厚木机场。在日本曾作短时间的逗留，和盟军驻日统帅麦克阿瑟会晤，又特往横滨视察停泊贺须港的中国舰队之后，才继续他的征程。17日抵旧金山，曾发表谈话称：“华北时断时续之战事并不严重，中国政府决以政治方法解决政治问题。马歇尔特使在华斡旋和平，中国政府以国内和平与远东和平及世界和平息息相关，自当全力赞助马使。”复在招待记者席上，代表中国政府对美国人民在战时所予道义及物质上之援助，表示谢意。
20日飞抵华盛顿，曾受美国政府的隆重欢迎。何氏逗留华盛顿仅仅4日，分别向社鲁门总统及美国其他高级官员访晤，并传递蒋介石之函件后，即赴纽约出席联合国军事参谋团会议。
从1947年3月开始，国民党一方面宣布国共和谈破裂，一方面集中优势兵力对陕甘宁和山东解放区实行重点进攻，其战略意图：从解放区的东西两翼与解放军主力决战，并将解放军堵在黄河以北，然后调兵进攻华北。经过一年多的较量，战争形势巨变。初期，蒋军得地失人，我军失地得人；中期，蒋军夫人而不得地，我军得人又不失地；后期，蒋军人地尽失，我军人地两得。一年的作战，我军歼敌112万人，蒋军总兵力减为370万人，解放军总兵力增至195万人。这个伟大的胜利，奠定了人民解放军由战略防御转入战略进攻的基础，引起了敌人营垒中极其浓厚的失败情绪。
美国总统杜鲁门鉴于国民党军事、政治、经济形势的恶化，于1947年7月中旬派魏德迈使团来华，目的是要密谋挽救国民党危局的办法。魏德迈作了四十多天“考察”离华时发表讲话和声明，承认形势比他预料的还坏，国民党的军事地位已严重恶化，训斥国民党政府腐败无能，“中国的复兴有待于富有感召力的领袖”。他给杜鲁门的长达十余万字的报告中说：“一个共产党统治下的中国，对美国的利益是有害的”。建议美国实行一个广泛的援华计划，但所有美援的运用都必须放在美国顾问的监督和控制之下。
摇摇欲坠的国民党政权，在1948年3月29日至5月1日，召开所谓“行宪国大”选举总统和副总统。美国政府为实现上述计划，虽然把蒋介石扶上总统宝座，但却公开支持“反蒋”的李宗仁当选副总统，以便必要时取蒋而代之。
东山再起出任“行政院长”
1948年3月31日，在新大陆逍遥二年的何应钦终于返国，沪市各界同欢送他出国时一样，举行了一个盛大的欢迎会，而在这个欢迎会上，何氏虽然还是当年的何氏，但其心情环境，却与当初出国时大不相同了，一般人的看法，是何氏这番的回国是东山再起的先声。
为了推卸军事败绩的责任，蒋介石先是同意参谋总长陈诚的辞职，跟着就电召何氏返国，这足见何陈间正在表演走马换将，同时也表示了何系势力即将抬头。当年何氏在国内外情势下，不得不出国一行，何系人物，也多不得意。何系的大将卫立煌，也只得出国考察，直到1947年，国内的政治舞台上又渐起了变化，卫立煌返国东山再起，何系势力渐渐获抬头，至于今日何氏返国，陈诚辞职，可说是整个何系势力，已代替了陈系。至于在政治上、军事上，也占有相当势力的桂系军政集团，对何氏也表示欢迎，因何氏与桂系的关系较为密切，国防部长白崇禧是桂系的人物，白何间的关系，过去曾合作得很好，抗战末期，何任参谋总长，白氏是副参谋总长兼军事训练部长，经常辅助何氏，故这回何氏返国，其在国内政治舞台上的基础是相当稳固的。在何系的中阶干部方面，就是国民党军队的中坚集团黄埔系，何氏当年曾任黄埔军校教育长，黄埔系的领导权一向是握在何氏的手里。1946年何氏出国后，黄埔系曾为陈诚掌握过，但黄埔干部的关系还是与何氏为深，此番何东山再起后，则黄埔系的领导权，当然又会落到何氏手中。
果不出所料，6月1日，就任总统刚10天的蒋介石，在白崇禧并未表态的情况下，突然任命何应钦为国防部长，顾祝同为参谋总长，而任命白崇禧为“华中剿匪总司令部”的总司令。国防部长，有职无权，何应钦感到蒋介石报复的利刃并未完全收敛。
东山再起的何应钦当然无法挽救国民党军事上的败局。此时蒋军虽然还有365万人，但第一线主力只有170余万人，而且大部分受到解放军的歼灭性打击，军心动摇，官兵厌战。已被我军分割、牵制的蒋军5个战略集团，被迫进行所谓“重点防御”，企图以精锐部队为核心，兵力靠拢，猖集一团，困守战略点线，使解放军“吃不掉、啃不烂”。然而，9月16日，我华东野战军首先发动济南战役，揭开了战略决战的序幕，经过辽沈、淮海、平津三大战役，蒋介石赖以维护反动统治的军事主力基本上归于消灭，全国已处于革命胜利的前夜。
1949年初，代总统李宗仁在南京发动“和谈”，把何应钦拉出来当行政院长。李和何的私人交情不错，又明白他和蒋介石的关系并不是那么坚实，就同他商定了摆脱蒋的控制的计策。他们两人都认为，如果中共肯接受他们所提出的“和平条件”，那么他们就可以实现“划江分治”的美梦，把蒋介石甩到一边去。这件事情固然没有实现，可是蒋介石耳目众多，完全知道了他们两人对付他的计划。但，鉴于“国民党政权”全面崩溃的事实，蒋并不会采取报复的手段。可是，前账未清，再加上一笔新欠，蒋介石心头上的疙瘩是永远解不开的。
解放战争胜利前夕，何应钦本来打算直接跑到美国去。后来，据他的左右说，因为出国的手续来不及办，并且收到了蒋介石的一封亲笔信，就去了台北。他满心以为，到了台北之后，随时都可以离开那里。这种想法没有多久便让现实给粉碎了。
蒋经国发布崇褒“总统”令何应钦去世的当天，蒋经国发布“总统”令：总统府战略顾问陆军一级上将何应钦，少慕戎轩，长娴兵略。鼎革檄传，及锋小试；讨袁护法，执殳前驱。遂以英特之材，上膺于城之选。自此股肱元首，羽翼中枢。出掌戎机，入参朝议。乃至长缨系敌，奏凯受降，实极殊荣，都无遗算。而于赤■日深之际，出任行政院院长，渊谟默运，靖献尤多。方期寿迈期颐，亲观复旦，以主义统一中国，以道德重振人心。忽闻殂谢，斡悼良深。特派李登辉、薛岳、谷正纲、俞国华、沈昌焕、李焕敬谨治丧。饰终之典，务从隆厚，以示崇褒。
何应钦去世不久，台湾《传记文学》（51卷）刊登了一篇关国煊的署名文章，题为《何应钦上将文韬武略的一生》，对其去台后的情况，勾描如下：民国40年1月，陪夫人至东京割治癌症，以私人身份访问日本，尝应邀出席“日本战友会”副会长冈村宁次主持之感谢会，又在“东京新闻”发表“寄语日本有识之士”，呼吁日本人士及早加强中日合作，致力国民外交；7月，偕夫人返抵台北。41年2月，在交通部交通人员讲习班讲述“总统行谊”，同月以副会长身份主持“中国童子军总会”银禧纪念大会并致词；7月，当选为新成立之“中日文化经济协会”常务理事（会长张群，9月，撰■汝卓中译本“昭和之动乱”（日本前外相重光葵著）序；10月，任中国国民党第七届中央评议委员。42年6月，奉总统命前往苗栗，主持“昭忠塔”
落成典礼，塔内安厝台湾革命先烈罗福星（东亚）等数十人之忠骸；9月，赴菲律宾治疗眼疾；10月，返回台北；11月19日，吴铁城病逝台北，任治丧委员会委员（主任委员张群）。43年2月，出席第一届国民大会第二次会议；10月，任“中日文化经济协会”会长。44年7月，陪夫人至日本复诊。45年3月，返回台北；7月，率领中国出席“世界道德重整运动大会”代表团前往瑞士柯峰，出席者四十三国；8月，在大会上发表演说；10月，一行经菲律宾返台，此行遍历欧、亚18国；11月，连任“中日文化经济协会”会长；12月，在“自由谈”杂志发表“欧游杂记”一文。46年1月，撰“中日文化经济协会”会刊“中国与日本”发刊词；3月，率领中国代表团赴菲，出席“世界道德重整运动”亚洲区域会议，在会议上公开呼吁中菲加强合作，同月返台；7月，应聘为“中日合作策进委员会”顾问，同月率团赴美，出席“世界道德重整运动”会议，卜克曼博士拟邀台湾派中国青年反共救国团（简称救国团，主任蒋经国）团员一百人，组团赴美，以加强国际反共宣传；8月，救国团一百青年访问团由新闻局局长沈■（春丞）率领赴美，抵密歇根州麦金诺岛后，除接受道德重整训练、编演一表达“世界道德重整运动”思想之话剧外，计在麦岛演出国乐及舞蹈三次，其后复由何应钦领导至华府、纽约、旧金山、洛杉矶、檀香山等处先后公演九场；10月，率领代表团、青年团返抵台北。47年3月，率团至菲律宾碧瑶，出席“世界道德重整运动”亚洲区域会议，同月返台；5月，率团前往美国麦金诺岛，出席“世界道德重整运动”会议；6月4日，值“世界道德重整运动”创始人卜克曼博士八十寿辰，撰“我与世界道德重整运动”一文为寿（后收入“何应钦将军五年来道德重整言论选辑”）；7月，经日返台。48年5月，率团出席在日本京都举行之“世界道德重整运动”
第三届亚洲区域会议，同月返台。49年2月，出席第一届国民大会第三次会议，当选为主席团主席；6月1日，�