张治中、邵力子等组成的和平代表团日内要赴北平，进行和平谈判，请速来南京洋谈一切。”
这便是阎锡山施出的脱身保命计。他念完电报还假装正经地问：“你们大家对此有甚意见，随便说说，做我的参政。”临未，阎锡山站起来要走了，还假情假意地说了句：“你们大家都不要送我，飞机场里不断落炮弹！”1949年3月23日下午，几辆汽车急驶入太原西门外红沟机场，车尚未停稳，一军官轻轻搀下一位老人，他就是山西“土皇帝”阎锡山，此刻，他正准备离开太原逃到南京。
1949年4月24日太原解放。
这天早晨，阎锡山在他上海的公馆，接到了陪伴奉侍他生活多年的五鲜子阎慧卿的绝命电。内称：。。连日炮声如雷，震耳欲聋，弹飞似雨，骇魂惊心，屋外烟焰弥漫，一片火海，室内昏黑死寂，万念俱灰，大势已去，巷战不支。。。今生已矣，一别永诀，来生再见，愿非虚幻，妹今发电之刻尚在人间，大哥至阅电之时，已成隔世。
至此，阎锡山苦心经营了38年的山西换了天地，阎锡山军阀统治的山西政权就此完结。阎锡山离开了30年命运与共的山西，成了无巢的孤雁，政治斗争中再也没有可依靠的实力了。
出任行政院长阎锡山逃离山西后，住在南京宁海路一座小洋房里。一天，一位新闻记者在阎锡山的住所找到他，要求采访。阎锡山欣然接待。阎氏坐下来谈了一个多小时，还是了无倦意。倒是那位新闻记者因为还要到别处去采访，不得不告辞。当天晚上，这位记者回到报社，打算好好写一篇访问阎锡山的新闻稿。但他把白天听阎所讲的话细细回味一番，无论如何也理不出一个头绪来。香烟抽了大半盒，桌上还是一张白纸。于是他掷笔喟然长叹曰：“干了这些年的记者，今天总算遇到了一只老狐狸精！”这位记者对人谈起采访生活时说，在他多年的记者生涯中，遇到过不少狡猾的采访对象，但是，不论他们多么狡猾，多么会躲闪问题，只要找着了他们，有办法使他们坐下来谈，即使他们是吹牛也好，发牢骚也好，他们在有意无意间总会透露一点新闻。唯有这一次采访阎锡山这个老狐狸精，竟落得“身入宝山，空手而回。”这时正是蒋介石下野之时。
1948年底，蒋介石的“戡乱”政策在军事、政治和经济等方面遭到彻底失败。美国和桂系的倒蒋活动也日益明显。国民党内一些上层军政要员亦纷纷发出呼吁，提出和谈主张，要求蒋介石下野。
1948年年底到1949年初，李宗仁、白崇禧为首的桂系国民党集团，在美国的支持下，乘蒋介石处于内外交困之际，以倡议和平为手段，发起逼蒋下野，以图取而代之的活动。1948年12月22日，坐镇汉口的华中“剿总”总司令白崇禧扣留蒋介石运送军械南下的船只。并反对从汉口地区抽调兵力增援徐州。同时白崇禧还派邓汉翔赴南京，要蒋介石从速下野。12月24日和30日，白崇禧两度电蒋，表示军心、民心均不欲再战，要求国共军队就此停止军事行动，请美、英、苏三国共同斡旋谈和，同民意机关向国共双方呼吁和平，要蒋“速谋决定”，“趁早英断”。12月26日，李宗仁提出和谈五条要求：蒋介石下野；释放政治犯；言论集会自由；国共军队各自撤退三十里；划上海为自由市，政府撤退军队，任命各党派人士组织上海市联合政府，政府与中共代表在上海举行和谈。
同时，在桂系的授意下，长沙绥靖公署主任兼湖南省主席程潜，河南省主席兼第五绥靖区司令官张轸，湘、鄂、豫、桂四省参议会议长先后发表通电，倡议和谈，要求蒋介石下野。
在内外交困之下，蒋介石于1949年元旦发表文告，表示愿与中共“商讨停止战争，恢复和平的具体办法”，但却提出保留伪宪法、伪法统和国民党军队的谈判条件。1月8日，南京政府外交部照会美国、苏联、英国、法国，希望四国政府促成国共和谈，但均遭拒绝。
蒋介石元旦“求和”声明发表后，桂系亦更加紧其倒蒋活动。白崇禧上书蒋介石，要他利用第三方面人士和中共和谈。李宗仁、白崇禧之间信使往返，谋划逼蒋对策。白崇禧派黄绍■赴香港与中共联系。1月14日，中共中央主席毛泽东发表《关于时局的声明》，提出了和平谈判的八项条件。在桂系的威逼之下，1月21日，蒋介石在作了一系列经济、人事和军事部署后，发表文告，宣称：战事仍然未止，和平之目的不能达到。。决定身先引退。
当日下午，蒋介石悄然离南京往杭州飞回溪口。阎锡山特地赶到奉化，探访蒋介石。蒋介石颇为感动，盛情邀劝阎锡山暂住奉化。
这时，李宗仁“和平”攻势濒临破产。南京形势吃紧。阎锡山小住奉化后，即赴上海公馆。不久，蒋介石去了台湾。徐永昌到上海见阎锡山，相告“大势去也”。阎锡山在徐永昌面前，老泪纵横。4月24日，当阎锡山在上海公馆接到其堂妹阎慧卿的绝命电时，知悉梁化之、孙楚诸老部下悉数成仁，集体自杀后，当即涕泪滂沱，悲痛不已。
蒋介石下野后，孙科内阁与代总统李宗仁不和，于1949年3月8日辞职。3月12日，组成了以何应钦为行政院长的内阁。何应钦内阁也未能挽救国民党政府在大陆覆亡的命运。这时，南京国民政府已“迁地办公”，到广州办公。徐永昌在上海见阎锡山后，即乘飞机抵广州，又飞往台湾，去见第三次下野后去了台湾的蒋介石。蒋介石要徐永昌转告阎锡山，希望他能出面组阁，以挽危局。
尽管李宗仁“代总统”另有组阁意图，不过，蒋介石要让阎锡山组阁，李宗仁不得不提请阎锡山出任“行政院长”兼“国防部长”。1949年6月3日，阎锡山经出席立法委员超过五分之四的投票同意，而出任“行政院长”，据当时国民党中央社广州6月7日电称：阎锡山获得的同意票数，开创南京国民政府行宪以来历次阁揆的新纪录。可见，当时国民政府对阎锡山的厚望。6月12日，阎锡山组阁完毕，内阁阵容如下：“副院长”朱家骅；“内政部长”李汉魂；“外交部长”叶公超；“国防部长”阎锡山（兼）；“财政部长”关吉玉；“经济部长”刘航琛；“教育部长”杭立武；“交通部长”陈良；“司法行政部长”张知本；“侨务委员会委员长”戴愧生；张群、吴铁城、陈立夫、徐永昌、黄少谷、万鸿图（青年党）、王师尊（民社党）为“不管部”政务委员，“秘书长”贾景德。
阎锡山组阁后，企图利用蒋介石与李宗仁之间的矛盾独树一帜，主张“国防部部长”职权要等于作战最高统帅，以便自己成为政治与军事的实际领导者，并企图收揽被蒋介石所排斥的官僚政客，作为政治资本，遭到了蒋介石、李宗仁的反对。在蒋李斗争中，阎锡山两方不讨好，蒋系人骂阎是“无能的白日梦者”，李系人骂阎是蒋介石的“走狗”。
阎锡山出任“行政院长”并兼“国防部长”，真可谓临危而出，他以“战斗内阁”自矢，但毕竟为时已晚，已无法挽回国民党政府在大陆的命运了。虽然是蒋介石在幕后一手支持阎锡山的，但在战略思想方面，阎锡山却是批评蒋介石最激烈的一个。
1949年秋天，广州闷热得令人难耐。东山梅花村32号的会议厅里，国民党的要人们正在意兴阑珊地倾听着阎锡山关于“扭转时局案”的报告。阎认为：国民党失败的因素是多方面的：政策、领导、人事、心理都有关系。但在军事方面沦于今日土崩瓦解的状况，则蒋介石的战略思想不能不负其最大的责任。
蒋介石的战略思想基本上是守势作战。如在国共作战中，蒋在东北华北固守若干孤立据点，正好被共军各个击破，逐点消灭。及国共沿江对峙，蒋又坚持死守上海，而置长江沿线于不顾。其后和谈破裂，中共大军渡江南下，蒋又将主力撤守沿海若干据点，而使浙赣沿线变成了真空地带。凡此均足以证明，蒋介石的作战指导原则实有其一贯的传统。
阎锡山进一步加以分析：当兹原子世纪，兵器空前进步，守势作战之不能发挥其应有的作用，已无可疑。至于吾人对方，纯重攻势作战。他们全不计较一城一地的得失，而以歼灭我方有生力量为其作战的基本任务。比如延安之役，我方沾沾自喜，以为最后总算粉碎了他们发号施令的基地，孰知他们事先已作出有计划的撤退，使我们扑了一个空，迄无所获。等到他们全力反扑，我们深入敌后的主力便全被歼灭了。这就是攻守利弊的具体证明。
最后，阎锡山提出了改变战略思想的方针，他主张不守点，不守线，而采取全面攻势作战，以期扭转劣势，挽回危局。
当时，吴铁城质问说：当抗战胜利之时，我们有大军500万，对方只有50万人，现在对方有300万，我们只有几十万人，如此优劣之势已成，怎能进行全面攻势作战？！
阎锡山被问得哑口无言。但会议终于作出决定，由阎锡山就其发言内容，写成书面意见，另外附加建议，请蒋介石将撤到粤闽海岸线的部队，调来大瘐岭一线集中，使与华中南下的部队紧密联系，配合作战。这一建议由吴铁城路过台北时面交蒋介石。但蒋介石对其建议未表示采纳，阎锡山不禁感慨地说：“蒋先生的战略思想是落后的，不合时代的，但蒋先生也有长处，就是以不变应万变。”
1949年10月，中国人民解放军由江西直捣广东韶关。6日，韶关解放，广州告急。10月10日，解放军逼近新街。由南京迁到广州办公不到8个月的国民政府被迫宣布再迁重庆。10月14日，国民政府“代总统”李宗仁乘飞机往桂林抵重庆。即日，广州解放。广州的“政府”迁至重庆办公。“代总统”李宗仁借口治病，弃职逃到美国。阎锡山代理中枢政务。阎锡山连电蒋介石来重庆“共挽危局”。11月，人民解放军进�