头子戴笠拘捕审讯，翁文灏提出质问，戴笠拒不作答。翁文灏愤慨之极，直趋蒋介石注地，向蒋介石说：“我既不了解军统为什么抓人，也不知道被抓之人有什么问题，无法向人们说清。我面请辞职，望能照准。”蒋介石“王顾左右而言他”，既坚拒不允翁文灏辞职，也不命令戴笠即行释放拘捕之人。翁文灏真是欲于无力，欲罢不能，内心苦不堪言。
翁文灏的高足朱森之死，是他最感痛心的一件事。1942年，在重庆大学任职的朱森，经翁文灏推荐，又在重庆沙坪坝的中央大学兼任地质系主任。当时，法币贬值，物价上涨。一般教授每月配给五斗平价米，算是特殊照顾。恰逢朱森带领学生外出调查之日，两校各发给他五斗米。朱森本人并不知道此事。特务闻讯后，秘密告发朱森“贪污”。教育部长陈立夫竟无理斥责朱森，并以教育部名义命令朱森免职。一气之下，朱森的胃溃疡骤发、不治而逝。
在中央大学饭厅，各界人士为来森举行了隆重的追悼会，以示对国民党当局抗议。追悼会那天，饭厅上挂满了挽联，气氛格外悲哀沉郁。潘菽教授写的一幅挽联：“在昔唯用折腰事；于今竟犯丧身罪。”矛头直指横行霸道的陈立夫之流。然而，大厅正中的朱森遗像两侧，陈立夫竟派人挂上了他送的挽联，上联说了几句“值得同情”一类的敷衍话，下联却写了“国法难容”等字眼。翁文灏参加朱森追悼会时，看到这一挽联，频频摇头，深深地叹了一口气：“唉！还送这样的挽联啊！”
回到家中，翁文灏以满腔悲愤写下了长达462名句的诗篇《悼朱子元》：“人生自古谁无死，死非其人太可怜。五斗折腰古所耻，君负此名真歉然。真诚朴俭人皆晓，枉死无境太倒颠。。。”这首长诗，可说是翁文灏用血和泪为朱森写下的悼文。1946年，他在重庆出版诗集《蕉园诗稿》时，收入此诗公开发表，以鸣不平。
翁文灏在重重混乱与阻碍中，勉为开创抗战时期的西南、西北地区各种经济建设尽力。他满心以为为国家增加了抗战实力，却不知大部分化为了蒋介石集团反共反人民的资本。翁文灏对此并无觉悟，蒋介石却看到了翁文灏对自己的特殊用处，进一步加紧了对翁文灏的拉拢。1944年11月，蒋介石利用翁文灏在美国人眼中的学者身份和清廉名声，委派翁文灏兼任直接同美国政府打交道的战时生产局局长。蒋介石的这一招确有妙处，既堵住了美国朝野人士对国民党政府官员贪污腐败成风的指责，义为自己捞到了一批批美援。抗战胜利前夕，蒋介石又封给翁文灏以挂名不作事的行政院副院长头衔。同年，国民党代表大会举行，中委名额激增，蒋介石也把翁文灏拉入中委会。经过艰苦卓绝的八年抗战，中国人民终于取得了最后的胜利。翁文灏们心自问，引以为荣的是在国家民族生存存亡之际，他个人尽了一份力量，他的家庭也作出了牺牲。一年前，他的儿子翁心翰率领机队在桂北兴安上空与日军作战，不幸被日军击伤机身，在三穗坠机身亡。想到仅仅结婚一载就献身国家的儿子，翁文灏不禁者泪纵横，挥笔写下了《追哭翰儿》，其中两首写道：渝城到处是欢声，八载艰辛一日平。
完赖沙场忠勇士，不辞拚命捍防城。
秋风秋雨忆招魂，胜利反教流泪痕。
南望一棺江岸畔，放牛坪上尚安存。
战后辞官，是翁文灏久存于心的念头。因此，抗战胜利不久他就接连5次向蒋介石呈文辞职，申明“原为对日抗战而加入政府任职，自当为抗战告竣而告退”，坚请辞去政府本兼各职。他本想脱卸政务后，往欧美各国考察一番，重新回到心爱的地质科学研究工作中去。但是，行政院长宋子文坚持不允，蒋介石也只同意他辞去经济部和资源委员会的职务，保留行政院副院长名义。
出国考察既不可能，翁文灏就另作它想。他想组织一个中国石油公司，自行出产油品，于一点实事。1946年6月1日，资源委员会中国石油公司在上海江西路131号宣告成立。翁文灏担任董事长兼总经理，利用各地旧有的基础，将甘肃油矿局、东北抚顺炼油厂、高雄炼油厂、嘉义溶剂厂、台湾油矿勘探处、四川油矿勘探处、新竹研究所以及上海、南京、汉口、广州、台北、青岛、天津、沈阳、兰州、重庆等十多个营业所，一并纳入公司之中。翁文灏意欲向企图垄断中国石油事业的美孚老板们争一席之地。由于当权者的阻挠，自产油品的事没有办成。
1947年4月，国民党行政院改组，张群继任院长，翁文灏乘机辞去了行政院副院长之职。但又受蒋介石之命，专管资源委员会。
此时，翁文灏已经在蒋政权里从政十年之久。十年从政，他并没有认清蒋介石及蒋政权的真实面目，只是模模糊糊地感觉到蒋介石大好内战，太弄权术，偏重内争而对外屈辱忍让。但是，他仅仅“认为可惜”而已。十年来，他亲历目睹国民党各派，如宋、孔、CC派、政学系、复兴社等等，置国家大局于不顾，明争于朝，暗牛于野，为害甚烈。然而，他并没有与这个腐败没落的政党脱离的决心。结果，翁文灏不但未能从蒋政权中拔脚，而是愈陷愈深。
滑人战犯的泥坑中1947年7月4日，国民党政府举行“国务会议”，出席的“国府委员”
“一致通过”蒋介石所提出的《厉行全国总动员，以戡平共匪叛乱，扫除民主障碍，如期实施宪施宪政，贯彻和平建国方针案》。翁文灏在其中充当了一个角色。
第二年初，中国石油公司按照蒋介石的旨意，为满足蒋介石打内战的急需，以2444万美元巨款，向美国政府订购军用石油。在这一活动中，翁文灏不能辞其咎。
如果仅此而已，翁文灏自然不会进入头等战犯的行列。我们是不相信天命的。但却相信有一些事情，可能在一夜之间改变一个人的处境。翁文灏便是如此。蒋介石把翁文灏“拉郎配”式地推上行政院长的“宝座”，这像一个正在沿着陡峭的河岸向下滑动的行将落水之人，又被已经落入水中的人死死拽了一把，一下子深深掉了下去。
从1948年6月至11月，翁文灏担任行政院长虽然只有短短的5个多月，但是却犯下了两大罪行。
其一，翁文灏直接参与了蒋介石所谓“戡乱”的内战。这年7月中旬，蒋介石将陶希圣执笔的反共讲演词交给翁文灏去播讲。当时，翁文灏曾向蒋介石推辞过：“此稿是蒋先生的口气，还是蒋先生自讲为好。”蒋介石点点头，笑道：“我自然会讲。但你是行政院长，你也该讲。”在蒋介石屡次催问督促下，翁文灏以行政院长名义。于7月24日在南京电台上向国内外发表坚持“戡乱”的广播讲话：“我们必须把全国的力量集合起来，以担负我们戡乱救国的神圣任务。”
翁文灏发表这一广播讲后的真实背景，是国民党政府在反共反人民的内战中，已经碰得头破血流。美帝国主义为了保护他们在华的利益，不使岌岌可危的国民党统治彻底垮台，正在策动以李宗仁为首的一部分国民党人士出来进行国共和谈。但是，国民党统治集团内部继续主战的死硬派却因此发生恐慌，所以蒋介石又一次把翁文灏推上前台扮演反共到底的角色，借以给李宗仁等人施加压力，给主战派打气。
果然，在翁文灏发表广播讲话的同一天，李宗仁正式辞谣称：“任何人相信谣传都是无道理的，现在并无和共产党谈判的基础。”
其二，翁文灏直接参与了筹划蒋介石政权的所谓财政会融改革。1948年8月19日，蒋介石《临时条款》授予的特权，宣布国民党政府“改革币制”，发行伪金圆券，实行空前的通货膨胀，同时实行暴力“限价”，强制收买人民手中的金银、外币，对人民实行进一步的掠夺。
翁文灏出任行政院长之日，正是国民党政府到了山穷水尽之时。物价飞腾，财政破产，巨大开支无款可忖，中央银行外汇告罄。
蒋介石看到内战已经到了严重关头，不顾人民的死活，连连命令翁文灏等人想尽一切办法，赶紧搜刮现金，以供反gemin的内战急需。财政部长王云五提议以“金圆券”代替法币，并与中央银行总裁俞鸿钧商定具体办法。翁文灏对于财政金融并无专门知识，处此急需之时，“病急乱投医”，他即与王云五向蒋介石报告改革办法。
蒋介石闻之大喜，立即宣布实行。结果，蒋介石通过这一敲骨吸髓的掠夺，从人民手中抢走了3亿7千多万美元的金条、银元和外币，而四大家族却已先期把他们握有的外汇存放到外国去了。到了10月上旬，国民党统治区有20余大中城市爆发大规模抢购风潮，伪金圆券随即急剧贬值，物价更形暴涨。11月11日，国民党政府不得不宣告原“改革币制”计划全盘破产。蒋介石在经济上遭到致命挫折的同时，军事上也遭到了惨重失败。蒋介石在东北亲手丢掉了3个机械化兵团之后，于10月30日自北平飞回南京。蒋介石一下飞机，立即召集翁文灏、何应钦、张群等举行紧急会议。会上，“蒋以最阴郁和最悲观的腔调讲话”，描述目前的军事情势为抗日战争结束以来之“最严重者”。
这时，翁文灏的心情比蒋介石更阴郁，也更悲观。简直可以说，他的心情已经达到了彻底失望的顶点。不过，他终究和蒋介石不同。他与蒋介石的最大区别之一，恐怕就是他不但看到了国民党统治集团的完全失败，还勇于承认自己个人的完全失败。他无法再继续在行政院长的位置上干下去了。尤其是他亲眼看到了“金圆券”是“杀（又鸟）取卵”，使国统区的广大人民更加陷入了水深火热之中，他始料不及，他痛悔异常。
痛悔之余，翁文灏终于决定辞去行政院长职务。这一抉择，尽管不是他与蒋介石最后的分道扬镳，也无法改变他应负的罪责，但却称得上是悬崖勒马！
“拉郎配�