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国民党当局一面发动自己控制的舆论工具进行反击，一面制造谣言，硬说中共驻港的工作人员暗中支持台湾的新党活动等等。同时通过美国驻台“大使”庄莱德，向国务院缓颊，俾一旦采取行动时，减少美国官方的压力和冲击。奉命执行此项任务的，即蒋经国指挥下的情治系统——台湾警备总司令部。
大前提上，蒋氏父子俩为维护自己的权力统治，利害相同，观点一致。
纵使蒋介石不下命令，蒋经国亦必去之为快。从个人恩怨出发，吴国桢、孙立人是他夺权的障碍，雷的《自由中国》是他愚民政策的绊脚石。允许这个杂志的存在，很多神话、谎言就有被拆穿的危险。
雷、蒋冲突，肇始于50年代时期。据雷震自己说：“我于民国39年（1950年）10月第一次去香港时，这些党派人士并未提到国民党要‘党化军队’一事，大概国民党改造委员会此时尚未定案也。迄民国40年（1951年）元月28日我和洪兰友同去香港慰问各党派及民主人士时，青年党左舜生和李璜等一见我们，就大骂国民党首领蒋中正和蒋经国（此时陈立夫已放逐至海外了）不该违反现行宪法的规定，在所有军队里，以及持有枪杆子的宪兵和警察里设立国民党支部之事，和过去的军阀与大陆时代国民党一样，采用苏俄的‘以党治国’，不想依照现行宪法，实行民主政治，建设民主国家。这完全是家天下的政治，终有一天要失败的。我和洪兰友无法撒谎来解释此事，只有任其任意咒骂，因为他们骂的是事实，他们都是青年党领袖，参加过制宪国民大会这一幕。
我们回台后，国民党在改造委员会曾邀我们吃便饭，改造委员出席者有胡健中、张其昀、崔书琴、萧自诚等，工作同志有唐纵等。饭后他们详询香港各方人士之意见，我们尽情报告，谓其中党派人士最不满意者，为国民党违反宪法在所有军队中设立国民党分部，民主人士最讨厌者为不思建设民主政治，还是个人独裁，真是自取灭亡。各位改造委员要我用书面将今天所饼的向改造委员会报告，我因去港月余，个人和《自由中国》半月刊积压之事太多，这种报告必须亲自撰写，实在没有工夫，故我一再说：‘现有党部的速记，可供参考。’不料改造委员坚持要我写，尤其是胡健中，我只有勉为其难，亲笔写了六条，包括反对党化军队在内，亲自送改造委员会。不料是年3月29日上午9时前，我去参加台北市大直圆山忠烈祠祭祀的时候，改造委员蒋大少爷经国一见我就声势汹汹，板着脸对我说：‘你们为什么反对在军队中设立党部之事，这是反动分子，是共产党同路人之所为。’说毕不待我解释，蒋经国就走进忠烈祠去了，里面已吹号，我也跟着进去行礼如仪。蒋经国这一种少年气盛的态度，简直目中无人，和当年袁世凯大儿子袁克定的骄傲，只有过之而无不及也。据说当年袁克定去某地阅兵时，阅兵典礼处只派一名军官来迎接，袁克定认为大不恭，即掉头而返，连阅兵典礼也不参加了。蒋经国这一天气得我发昏，回家后倒床即睡，连午饭也未吃。我们报告书上，明明说是香港各党派和民主人士的意见，我为使者应照实报告，总不能‘报喜不报忧’吧？”大陆之败，蒋介石认为政治工作不如中共，恢复政工在军队中的地位，被认为是对抗敌人的一道灵符，所以，谁反对国民党进入军队，谁就是“反动分子”、“中共同路人”。
江南先生在《蒋经国传》中提到：“雷震反对军队党化，反对青年救国团，反对特务统治，严格地说，基子良知信念的成分，远超过个人的好恶。”
《自由中国》的宗旨第一条，就写到：“我们要向全国国民宣传自由与民主的真实价值，并要督促政府（各级政府）切实改革政治经济，努力建立自由民主的社会。”
第四条更明确地指出：“我们的最后目标是要使整个中华民国成为自由的中国。”
台湾当局虽同意《自由中国》这些宗旨，作为橱饰，作为光耀夺目的霓虹灯，但不愿意表里一致，因此，当雷震等把矛头指向国民党时，蒋氏父子终于按捺不住动手了。
被捕1960年9月4日，雷震家中闯进十几个彪形大汉，这些人都是平常寸步不离跟踪雷震的特务。一个手持盒子炮只穿香港衫的胖子要雷跟他们走。当雷桔责他们是干什么时，这个人才从口袋里掏出一张拘留票给雷看。拘留票是“台湾警备总司令”黄杰签署的，右边有“叛乱嫌疑”四个字，这个人收回拘留票后，便不分皂白地将雷推上车带到青岛东路看守所。雷震后来有如下回忆：“我被叫了下来。检查时要我把皮夹子掏出来，那时我正患所谓‘风湿病’，左手不易抬举，而皮夹子正在西装裤子左边后面的袋子里，我左手弯过去很困难，动手慢了一点，而在帮忙的狱卒，竟将我左手用力拉过去，痛得我心里发抖，而眼泪直流。不晓得为什么要这样野蛮？后来皮夹子还我时，台北美国大使馆新来职员给我的名片统统没收了。那时蒋氏父子是讨厌我们和外国人来往的。后来才知道这位检查官姓贺，担任政工官，是老友贺国光的侄子，我一直不大理会他。那个强力拉我左手的特务姓吴，南京人，担任监视我的四人中之一人。后来他知道我是受蒋氏父子的迫害，很同情我而对我的遭遇则痛哭流涕。经过检查后把我送进看守所第三间病房，内里已有一人，就是由台北县土城洗脑所调来监视我，要他证我是共产党的洪国式。进去时要我把全部衣服脱下去洗一次，怕我身上有虱子。可是我身上倒没有虱子，而病房的床上尽是臭虫。看守所交给我的衣服又短又小，裤子要差大半截，不给裤带，怕我吊颈，我只有用手拎着裤子走。这是我进狱时的情形，我也不知道是在什么地方。隔了好久，看到四面煤烟，看守所所长告诉我这是青岛东路。我问他：‘为什么四面都有煤烟，政府不是禁止在都市内烧烟煤么？’张福庆说：‘这些都是军事机关烧的，无人敢来取缔，老百姓是不准烧的，怕污染空气，我的洗衣工厂则烧柴油，不烧烟煤，一个月不过多3000块钱吧！’可见蒋介石统治下的军事机关，从来没有把政府命令当作一回事啊！因为蒋本身就是一个不守法的家伙。”
与雷同时被捕的还有《自由中国》的主编傅正、经理马之骑、会计刘子英。
台湾特务机关原先计划派洪国式和雷同问，由洪赖雷为“匪谍”。讵料，洪国式不但不肯“诬陷”雷，反而同情他，要他说话当心。
洪国式这着棋失败了，特务机关改向刘子英下手。雷说：“因为刘子英是我担保入台的，抵台时又住在《自由中国》社里面，而我又一再给他介绍工作。如果刘子英能够自认是匪谍而又告诉了我，那就可以课我以叛国之罪，在‘莫须有’的表面上，总比较好看一点。至于这样做法，是否丧尽了良心和伤天害理，那就完全不顾了。过去许多王朝时代就不必说了，为了家天下和个人统治起见，清末的部位慈裕固是如此，民国的袁世凯亦复如是。
刘子英在受不住威胁利诱的情形下，就‘自认是匪谍，而且告诉了雷震。’被迫缮写‘自白书’而六易其稿，始得警各总部当局和国民党中央党部主持‘雷案’的人，大为满意。其条件则是警备总部，当然就是国民党及其政府豢养刘子英的一生和其大陆的家属。”
逮捕雷震，举手之劳；防悠悠之口，可就不简单了。9月5日，“警总”政治部主任王超凡举行记者招待会，一口咬定雷“涉嫌叛乱”，但事实如何，搪塞以对。又说：“警总”系根据“惩治叛乱条例”
第十条采取行动。
第十条规定，在戒严区域内，不论犯本条例之罪者为军人，抑为非军人，概由军事机关审判。王超凡同时以书面文件，公开指责《自由中国》的言论文字，涉嫌叛乱。由当局炮制的《雷震与＜自由中国＞半月刊》一文中，对雷的罪状归纳如下：“（1）倡导反攻无望。引用《自由中国》第七卷第七期的《反攻大陆问题》中文例：‘而马上就要回大陆这一假想，又是颇为渺茫。一个国家的一切做法都是建立在这样一个渺茫的假想之上，这是太不稳健了。
一群人在这样一个渺茫的假想之上活动，哪里会生死以之、全力以赴？’文件作者认为这种说法影响民心士气，莫此为甚。
（2）主张美国干涉我国内政。引用《自由中国》第十八卷第六期社论《中国人看美国的远东政策》中说：‘假若美国今后改换一个方式，把这种经济援助的重心，不专放在各国的政府上面也放在各国的人民，或严格规定凡接受美援者，必须遵守国内言论自由、保障人权，一切案件公开审判，经济政策符合平民大众利益，及司法独立等为前提条件，那我们相信东南亚各国没有一国的人民会反对这种干涉’。又引用《自由中国》第二十二卷第十二期社论《欢迎艾森豪威尔总统访华》文：‘试想，如果由上而下的改革竟被事实证明为无法走通之路，则中国将面临怎样一个可怕选择，流血？政变？还是让绝望来销蚀人民的反共意志？’文件作者认为这篇社论，将‘流血’、‘政变’来激动艾森豪威尔总统干涉我内政。
（3）煽动军人情恨政府。文例引自《自由中国》第十七卷第四期社论《我们的军事》，内有：‘但军人生活的困难，内心的苦闷，实已相当的严重’，‘这种现象，还不够严重吗？任其发展下去，我们军事将成一个什么样子，真可以使你想起来发抖！’文例又引《自由中国》第二十卷第二期读者投书《革命军人为何要以