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孙离开东北，心情抑郁，意兴阑珊。最不甘心的，是受黄埔系的排挤欺压。1948年国民党军队节节败退之际，蒋介石依从美国的授意，任孙立人为“陆军副总司令”兼“训练司令”，在美国顾问的直接控制下，开始在台湾训练新兵。其后，蒋介石又任陈诚为台湾省“主席”，除为了部署逃命外，也有牵制孙立人的用意。陈到台后，即曾暗中策划孙立人的凤山军官训练班并入军校中，陈系的林蔚、郭帏、罗卓英等企图将孙的练兵权转到罗卓英手上，但没有成功。
1949年9月，蒋介石为了取得美国的积极援助，以陈诚任“东南军政长官公署长官”，又“提拔”孙立人为“台湾防卫总司令”兼“东南军政长官公署副长官”，在陈的控制下，孙实际上没有什么权力，在长官公署成立不久的某次会上，孙就曾很不满地表示：他虽为台湾防卫总司令，而军队的调出调入他一点都不清楚，调换一个军长，他连一个通知都没有接到。陈曾指使其嫡系的第6军，用“升官”的办法拉孙的80军的官兵，80军一个老兵到第6军可升班长，班长可升排长，此事引起孙的异常气愤。
蒋介石复位后，陈诚任“行政院”院长，又升孙立人为“陆军总司令”，表面上向美国做出了姿态，得以争取美援，实际上又以陈诚系的周至柔任“参谋总长”，用以牵制孙立人。据1950年材料，孙知道实际的权力操在“参谋总长”手中，不愿就任，要陈诚答应他两个条件：第一，仍任“台湾防卫总司令”；第二，仍兼负陆军军官训练责任。后经陈同意就任。表面上陈虽同意了孙的条件，但孙仍然没有人事权和指挥权，而且训练权的大部分也相继被陈夺去。孙曾哭诉于何应钦说：“台湾完了。”
1951年5月香港《自然日报》称：孙立人仍旧是一个“木偶司令”，不经蒋介石同意不能任免一个营长，没有蒋介石的命令也不得调动任何部队。蒋纬国的装甲兵部队更不容孙过问。孙的“陆军总司令部”的决议，每次均被周至柔控制的国防部加以删改，双方常打公文官司。陈诚的亲信原任国民党第6军军长戴朴等陈系军官，竞拒不出席孙召集的台湾防卫会议，此外，当时孙虽名义上仍兼“陆军训练司令”，可是，校官以上的训练全由阳明山“革命实践研究院”陈诚系的将领万耀煌、彭孟缉负责，高级政工干部的训练又由蒋经国的政工干部训练班主持，孙的凤山军官训练班，只能训练尉官以下的人员。陈诚手下的一些喽啰，对孙挂名的“陆军总司令”空衔，也喧嚷要予以夺去，如1950年黄杰从越南逃到台湾和陈诚系的黄埔出身军人段沄、罗奇等叙餐时，大家公开他说：“陆军让孙立人干，难道我们黄埔就无人吗？”曾决定要夺取“陆军总司令”的位置，后经吴国桢提出：“要顾及美国人的印象”，才暂作罢。
江南在《蒋经国传》中说：孙立人的处境，自美学成归国那天起，的确备尝嫉妒倾轧之苦。国民党军队将领中，有留日派、保定和黄埔系，惟留学英、美，形单影只。假使不是宋子文成立税警团，孙立人可能毕生从事军事训练。假如没有和盟军并肩作战的机会，孙亦不可能脱颖而出，中外驰名。那位西点军校出身的温应星，当了一阵税警团长，即销声匿迹，50年代，参加香港的“第三势力”，和蒋介石隔海对抗，就是最好的例子。
孙的学识，据说卓越超群，这在中国的特殊情况下，变成他的负数。蒋介石在1940年前，不让孙入野战军，带兵作战，多半基于现实形势的考虑。这一点，我们要承认，蒋作为最高统治者，权衡人事的综合平衡，有其独到之处。
据一位跟过孙多年的老部下说：“孙是个非常优秀的带兵官，但是位很坏的领袖。”讲人际关系，和他的同辈，几乎没有人可以合得来。任“陆军总司令”期间，每周军事汇报，他从未准时出席，其理由非常可笑，“他不愿意向周至柔总长敬礼，迟到能避免，因为，总统已在场。”
孙之傲慢，固有其理由，主要看不起他的一些同僚，认为他自己鹤立（又鸟）群。也可能当时的情势，特别美国恢复军事援台后，制造他“非我莫属”的优越感。诚然，孙有学识，也有战功，是蒋的爱将，美军的宠儿，但孙是台湾整体里的个体，不能与人和衷共处，就会孤立无援，且遭致群体的打击。《孙立人在台兵变经过》一文，则有如下生动的描述：当陈诚任行政院长、周至柔任参谋总长、王叔铭任空军总司令、桂永清任海军总司令时，屡当蒋介石召开会议时，陆军总司令提出的问题或意见，总是遭到三票对一票的否决，有时弄得蒋介石亦左右为难。例如空军与海军提出，在防卫台湾及反攻大陆的战争中，空军海军如何重要，如何优先，须获得优先装备，反正是一切优先。又如空军提出，空军官兵的待遇要超出陆军两级，飞行员待遇，要超出陆军十倍，空军官兵要新式美观服装。海军提出，海军是国际兵种，须按国际标准待遇，一般官兵要超陆军一级，另有航海津贴，要有海军自己的舞厅、歌厅等。以上诸多不平等待遇，二十年后的今天，仍是外甥提灯笼（照旧）。可怜的陆军，四面是海，可怜的总司令，孤掌难鸣。陆军提出的许多问题，都遭到空海军的联合杯葛、阻碍。有时老孙气急了，就在会议上向老蒋报告说海军空军如何好，如何如何行，那么请总统将陆海空三军测验一下，比一比，看究竟哪一军好。先从我们三军总司令考起，比文也好，比武也好，比立正稍息也好，比X＋Y也好，由你们海空军决定好了。像这样情形，最后还是由老蒋打圆场，至于老孙在老蒋面前请求批准进军校再受训一词，更是家常便饭。由此可见老孙与陈诚、周至柔、王叔铭、桂永清等高级将领间之矛盾多深。
已四面楚歌，腹背受敌，孙立人却犯着更致命的错误，他以蒋经国为敌，以“陆军总司令”的地位，抑制蒋经国的政工制度。
1950年12月，孙立人召开的“新年第一次年终扩大良心会”，“让许多高级长官来听取士兵们的良心话”。孙致词说：“现在社会黑暗，人心不古，不但做事骗人，说话也骗人，所以社会动荡不安，就是彼此不能开诚相见，埋没了良心之故。”
“良心会”的用意，也许不坏，但蒋经国觉得，孙立人捞过界，这本来是该“政治部”发动的事。蒋经国反击，推行“庆生会”，孙、蒋较量的火药味，乃全面扩散。
美军顾问团长蔡斯，他是带了支票签字权的美国大亨，负责台湾的军援执行，颐指气使，法力无边。早为蒋介石父子所不满，孙、蔡不谋而合，蔡斯也主张撤消军中政工制度。蒋经国疑神疑鬼，迁怒到孙的头上，认为孙假外人以自重，于是蒋介石密令除奉命者外，任何人不准与蔡斯接触。
其后，蒋介石与陈诚就更加压抑孙，用牵制、明升暗降等办法削弱孙的势力。将孙系的80军军长唐守治升为“南部防守区司令”，后又将他调为“北部防守区司令”，而80军却仍留在南部，并以陈诚死党反孙最强烈的戴朴为其副司令以牵制唐。以后又将唐调任新成立的“第一军团副司令”，该军团司令又是陈诚的亲信胡琏。
1954年6月，孙立人在台湾的军事改组中因“任期届满”的理由免去了“陆军总司令”职，改任“总统府参军长”，贬为闲曹。孙对此很不满意，发牢骚说，“现在台湾是奴才统治人才。”并想藉接受美国普林斯顿大学给他工程博士学位为名去美国，蒋介石唯恐孙到美国后成为“吴国桢第二”，未予准许。但为了敷衍美国和缓和孙的反对，乃提拔孙的亲信余伯泉任“副参谋总长”。尽管如此，蒋氏父子仍觉得孙对“王朝”有潜在的威胁，不可“养虎遗患”。
疑谋不轨1955年8月20日，蒋介石下令成立调查委员会，审查“孙立人兵变案”。事出在台湾特务机关，抓到一个名叫郭廷亮的“匪谍”，该犯是孙立人部队的少校营长，利用与孙多年长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百余人，预备于适当时机，发动“兵谏”。
江南依台湾“官方”公布的调查报告，以及其它非官方的资料，在《蒋经国传》中，对“孙立人事件”的经过，描述如下：主犯郭廷亮，34岁，原籍云南，税警总团干部教练所学员队二期毕业，当时孙立人任团长。改新38师，郭是中尉排长，改新一军，郭升少校营长。1948年6月，新一军调驻沈阳时，郭和米店主人白经武结识，经白介绍，与李玉竹女士结婚，白借机“以匪党言论煽惑”。沈阳解放后，郭要求白协助取得路条，白通过其兄白经文给予办理，但白经文嘱郭到台时，须为中共工作。郭因而顺利离开解放区，经天津、上海转台。
郭到台后，先后任孙部少校营长、“陆总”搜索组大队长、步校教官、“陆总”
第五署督训组组长。在1954年8月以前，郭并无显著或积极之“匪谋”活动。1954年9月，某晚7时许，有操北方口音的李某到郭家相访，李谓：“白先生要你积极进行，不久他会到台湾来。”郭随即执行所交代之任务，利用与孙多年长官部属关系，在军中联络少尉级军官一百余人，预备于适当时机，发动“兵谏”。
孙交卸“陆军总司令”时，曾令“陆总”督训组副组长于新民造册，把各军师团单位的联络人送孙。1954年8月和10月，孙曾两度召见郭廷亮，了解联络进展情况。
从犯6人，