：“在这一段时期中，全国民军势力均被袁氏摧毁，为什么我未被罢黜呢？就我的了解：第一，当他的帝制运动开始的前夕，我的部队已被裁编至一个旅和两个独立团，全部不到七千人，而他的心腹巡按使金永的警备队已有十一个营，其力量足堪与我抗衡；第二，山西在他北洋军队四面包围之中，与东南沿海各省不同，不可能对他作恶意的反抗，只好善意劝告。第三，对我不罢黜，尚可以作一个保全民军省份的幌子，使不深知内情的人还以为他有兼容并蓄的度量；第四，使我的革命同志对我发生误解，以为我已放弃了革命立场。在这种情况下，反对无益，徒足招损，故我始终一本中山先生所示以保持北方革命据点为重的原则，对袁氏虚与委蛇。四年九月奉天上将军段芝贵领衔致袁请速正帝位的电文中，列有我的名字，我未表示反对，十二月袁封爵的命令中，封我为一等侯，我亦未曾辞爵。”
攻之者认为事实铁定，辩之者苦心编织言词。从不同的立场出发，自然会有不同的说法。但历史的事实是：阎锡山确实是对袁世凯一身媚相；阎锡山的地盘和力量也确实是保存下来了。不过，从中倒是可以看出，能够在老奸巨猾的袁世凯眼前瞒天过海，显示阎锡山善于韬光养晦的手段此时已经相当成熟，而他那“存在第一”的哲学想必也经历了一次成功的喜悦。
拥段倒黎，反对护法，集山西军政大权于一身
阎锡山以他比别人多一个心眼的才能，早在竭力奉迎袁世凯的同时，就已经将投靠段琪瑞作为通向袁世凯的一条捷径。段琪瑞好为人师，阎锡山就投其所好，在1912年，到北京谒见袁世凯的时候，首先具了门生帖子，拜见段琪瑞，三跪九叩行了拜师大礼，从此自称为段的学生。在段的面前，表现得谦逊稳重，颇得段的好感。段琪瑞确实也在袁世凯的面前为他说了不少好话。现在段琪瑞在中央政府掌了大权，阎锡山自然更是趋炎附势，同时，自己的腰杆子也就硬了起来。在袁世凯执政时期，他韬光养晦，明哲保身，对于山西的军政大事，不闻不问，以示没有野心。袁世凯一死，他就再也不能容忍这种处境了。他先是赶走了袁世凯派到山西的巡按使（即省长）金永；接着就准备收回先前放弃的军权，把矛头指向了自己的拜把子兄弟，时任山西军政司司长、督军府参谋长、混成旅旅长的黄国梁。
这时，也有人想要利用袁世凯死去、黎元洪继任总统这个变化来对付他。这就是投靠山西的吴禄贞的部下孔庚。孔庚投靠山西后，也曾为阎锡山出过大力，长期坐镇包头，治理地方有方，名震塞北。袁世凯曾当面嘉奖过他，而他与副总统黎元洪又是老乡，来往密切，并将不少同乡旧部，安插在部队中，因此引起阎锡山的莫大疑忌。阎曾暗中操纵孔的部下发动“兵变”，企图将孔杀害，但孔因此时不在自己办公室而侥幸躲过。后来，在袁世凯称帝时，孔庚秘密进行过反袁活动，更为阎锡山所不容。阎曾一度撤掉孔的职务，将其软禁在太原。孔庚这时就和黄国梁勾结起来，密谋将阎锡山取而代之。由于袁世凯时代强行压缩山西军队的编制，只剩下黄国梁所部的一个旅。袁死后，黄国梁就着手扩军。他大批训练军队的基层干部，又挪用军费修建营盘。他拟定了一个计划，要把一个旅扩充为一个师。计划拟得非常周密详尽，只剩下将师长的名字填上黄国梁三个字。在黄国梁看来，与阎锡山的关系非同寻常。既是早年的拜把子弟兄，又从太原起义以来一直亲密共事，还在袁世凯的监视下替阎锡山担惊受怕地顶了几年门户。艰险过去，现在得到发展的机会了，军队扩编，自己顺理成章地当个师长还有什么过分之处吗？却不料，计划送到阎锡山处，阎看过后勃然大怒，将计划扔在地上，拍着桌子大骂：“绍斋也太不把蒙放在眼里了，这样，干脆这个督军就由他当好了，何必还用蒙作傀儡？一点小事，他都不听蒙的，难道蒙就那么听话！”素日积累的矛盾找着了爆发的导火索，早已成竹在胸的图谋得到了实现的时机。阎锡山逮着了好机会，岂能轻易放过。他既不看拜把子弟兄的面子，也不理采长期共事的交情，表现出一副震怒的模样，立刻把秘书长召来，拟了一份电报，拍发给北京黎元洪总统和段琪瑞国务总理。电文声称“黄国梁独断军事，虽无叛徒事实，实已迹近骄横，军人如此，国家纪纲，尚复何在”，请北京政府撤销黄的职务。当然，不用等北京政府的批复，他就迫不及待地采取了狠下毒手的行动。他怒气冲冲地把宪兵司令找来，亲手写了一道手谕：“黄国梁着即免职，限即日离开太原。”当面命令宪兵司令派兵包围黄的住所，禁止黄与外界任何人见面，监视黄于次日早晨离开太原。宪兵司令虽然曾是黄的好友，此时也不得不绝情相逼。黄国梁被迫郁郁寡欢地离去，临行感慨良多：因为原来的山西军政司长、阎锡山的另一位好同学，太原起义后曾任副都督的温寿泉，是黄国梁在阎锡山的授意下逼走的。性格爽直的黄国梁，虽然是阎锡山患难与共的把兄弟，却难与阎锡山同行一路。
对于时任晋北镇守使的孔庚，阎锡山也毫不客气，让亲信张树帜趁孔进京不在大同期间，带兵闯入镇守使署监印室，将镇守使关防抢走。孔庚知道是阎指使所为，只得忍气吞声，乖乖地将镇守使职务交与张树帜，离开了山西。
这年7月，阎锡山应邀进京面见黎元洪，回到住处，哈哈大笑着说：“黎元洪那个神气，望之不似人君，简直是个窝囊废。难怪辛亥革命时，他藏在床底下，人家把他拖出来，硬把个都督加在他头上，他还不敢干，深怕犯了灭门大罪呢！”他看不起黎元洪，这一次却差点遭了黎元洪暗算。次日晚，段琪瑞派一个亲信，把阎锡山请去密谈了很久。原来，孔庚、黄国梁被迫离开太原后，并不死心，再三鼓动黎元洪采取“调虎离山计”，把阎锡山调到北京，而后孔庚、黄国梁秘密回到太原，由黎元洪出面明令黄国梁为山西督军、孔庚为山西省长。阎锡山在北京，措手不及，鞭长莫及，到时候也只能认命，他的这个老窝就给端掉了。段琪瑞得到了这个消息，为拉拢地方实力派，以念师生之谊为由，迅速把消息透露给了阎锡山，并面授机宜：即日化装离开北京，间道转回太原。只要能先他们一步回到太原，控制局势，黎元洪就不敢动手。老谋深算的段琪瑞替阎锡山筹划一番，想得十分周到：叫他次日一早乘京汉路车离开北京，为避开耳目，不要在石家庄转车。南下直到河南新乡，换坐车到清化，翻过王屋山，然后从旱路赶回太原。
这消息，对阎锡山来说，无疑是一个晴天霹雳。轻而易举地挤走了黄国梁和孔庚，却又差点被他俩暗算。看不起黎元洪，却险入黎的陷阱。在对段琪瑞感激涕零的同时，也对黎元洪他们恼恨不已。阎锡山经历过几次突如其来的风险了，这一次就老练得多。经过考虑，他不肯照段琪瑞的计划，绕个大弯子，那样既费时间又多变数，决定还是坐京汉线的车到石家庄转太原。为了保密，他精心策划了一个“金蝉脱壳”之计，对部下交代说：“蒙想还是坐京汉车从石家庄转太原，比较迅速可靠。不过，蒙不能从车站上车，免得引起他们注意。”他吩咐部下用400块大洋买通火车司机和扬旗手，将火车开离站台到扬旗地方时，尽量开慢些，让他能够从那里神不知鬼不觉地顺利上车。而后又说：“只要蒙离开北京，就没有什么问题了。蒙走了以后，你们几个都不要出门。总统府派人来找，就推说蒙病了。他们要是派人来看望，你们就撒个谎，到哪家医院看病去了。总之是要想尽办法，把他们支吾过去。等接到蒙从太原来的电报以后，你们可以打个电话给总统府，就说‘阎督军已经回到山西了’。在电话里，要把话说硬一点，不要露出咱们山西人的软弱劲儿。”次日，阎锡山浑身商人打扮，穿一件夏布长衫，草帽的帽沿压到眉头，再戴上一副大墨晶眼镜，未经车站站台而从车站扬旗处神神密密地离开了北京。与当年仓皇逃离太原时相比，阎锡山此时已经镇定得多了。这一方面是他人生阅历的增长，对意外和惊险有了更大的承受力和对应力；另一方面，他在山西的基础已深，不是随便什么人可以任意动摇的。他敢于胸有成竹地与黎元洪玩这个乔装潜行的游戏，也显示出他的自信。
这次有惊无险的经历，使阎锡山格外感激段琪瑞，也更重视与段琪瑞的“师生”关系。从此后，在令人眼花缭乱的北洋军阀各派系混战中，他总是或明或暗地支持段琪瑞。他还多次向段琪瑞表示，愿以山西的武力作段的后盾。
1917年，第一次世界大战期间，以黎元洪为首的总统府和以段琪瑞为首的国务院，受其各自的后台的怂恿，围绕所谓“参战”问题展开了激烈的争斗。段琪瑞以对德参战为名，准备向日本大量借款，扩充武力，以实现其“武力统一”全国的图谋；美国为了与日本争夺对中国的控制权，则支持黎元洪联合直系军阀进行抵制，人称“府院之争”。在这场争权夺利的争斗中，阎锡山始终站在段琪瑞一边。阎锡山拥护段的“参战案”，在其案未获国会通过后，阎锡山马上通电要求解散国会。当段琪瑞被免去国务院总理之职，出走天津时，阎锡山又宣布山西“独立”，脱离北京中央政府。黎以总统身分下令将段免职后，段则在天津设立独立各省总参谋处，准备用武力将黎推翻。黎元洪召张勋入京调解，张勋就借调停府院之争为名，率“辫子军”进京，与康有为等人密谋后，演出了一场“复辟”闹剧。段琪瑞利用全国上下反复辟的情绪，组织“讨逆军”讨伐张勋。阎锡山立即响应，通电反对复辟，并派兵北上，声援和支