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晚唐以来，三教合流，成为整个中国文化发展的总趋势。
儒、道二家，都不能不受已与中国文化相融合的佛学尤其是禅宗之学的影响。钟离权一系的内丹学，也不能不以与禅宗融合为其发展的基本路线。内丹与禅，在修习的基本原则〃无念〃上，本来就多有相通，《钟吕传道集》就以佛家术语〃真空〃为修炼之要，有云：〃若以绝念无想，是为真念，真念是为真空，真空一境，乃朝真迁化而出昏衢超脱之渐也。〃⑧至钟离权的门人吕洞宾，更以禅、道融合为其内丹说的基本特质。据传吕曾参黄龙晦机禅师，此后对禅宗深为服膺，倡禅、道双融。其《敲爻歌》等总结内丹之纲宗为〃性命双修〃，修性谓明心见性，了彻禅宗所谓心源性海；修命指炼化精，气为内丹入手路径。单修性或单修命，皆失于偏颇，单修性不修命，〃万劫阴灵难入圣〃，单修命不修性，〃恰如鉴容无宝镜〃，⑨只有性命双修，方为稳当。此所谓性命双修，实际上含有禅、内丹双修，或在内丹修炼的基础上参究禅宗的意味。
吕洞宾性命双修、禅道双融的思想，成为后世内丹学发展的基本路线。北宋以后的内丹学诸家，几乎无不渊源于吕洞宾。性命双修、禅道双融的内丹学，至北宋神宗朝的张伯端趋于成熟。张伯端先作《悟真篇》丹词，发挥钟吕一系的传统丹法，后又参究禅宗，撰《禅宗诗偈》言明心见性之事，作为《悟真篇》的续篇。《悟真篇》（包括续篇）被公认为《周易参同契》以后影响最大、水平最高的内丹撰述，古今注疏发挥者达数十家之多。
吕洞宾后学的内丹思想，总的来说，以进一步深受禅宗、理学的影响为基本特征。虽然皆以〃性命〃二字为理论纲宗，但多数对修性较修命更为重视。张伯端《悟真篇后序》强调〃欲体夫至道者，莫若明乎本心〃，AB以归于禅宗所谓〃究竟空寂之本源〃为内炼归宿。王嚞《金丹诗》谓〃本来真性唤金丹〃，强调修行须先识心见性，其识心见性的法要〃清净〃，颇近禅宗的〃无念行〃。内丹诸家对性命、精、气、神的先后天之分及相互关系等理论问题，进行了深入探讨，进一步完善了内丹学的理论体系。诸家丹法的区别，主要表现在两个方面：一，修性、修命的次第及侧重点不同，有先修性后修命、先修命后修性、性命齐修、以性带命等歧异。二，清修与双修二途，有主张阴阳具足于自己一身，强调一己清修者；有主张阴阳分禀于男女，倡男女双修者。从这两方面着眼，近代的内丹学者，把宋代以来的丹法，按主张与风格的差别，分为南、北、东、西、中五派。
南宗一派，指张伯端后学。此派丹法的共同特点，是修习次第上，先命后性，即先从传统内丹法入手，循序炼化精、气、神，至炼神还虚阶段，参究禅宗，了彻性源。在修行方式上，又分为清修、双修二系。清修一系以白玉蟾为代表，以张伯端《青华秘文》阐述丹法最为详明。其法从闭息入手，渐入静定，于恍惚杳冥之际用忘心、觅心法体认真心、元性，从真心中生〃真意〃炼化精、气、神。宋白玉蟾更以一〃忘〃字为炼形、炼气、炼神三关的诀要，初关炼形忘形养气，中关炼气忘气养神，上关炼神忘神养虚。其《海琼传道集》分修炼全程为采药、结丹、烹炼、固济、武火、文火、沐浴、丹砂、过关、温养、防厄、工夫、交媾、大还、圣胎、九转，换鼎十九诀。AC南宗双修一系，源出广益子刘永年，（据传出张伯端门下）有翁葆光、若一子、陈致虚等传承其学，主张〃真铅〃须采之于同类之女体，采药之后，炼化精、气、神之法，与清修派略同。代表作有《悟真篇三注》。
北宗一派，即王嚞所创全真道及祖述王嚞门下七大弟子之七真派。该派在修炼次第上与南宗相反，主张先性后命，先做除情去欲、摄心守念、明心见性的功夫，以清净心地、不受欲尘污染为诀要。此后从真心中生真意，循序炼化精、气、神。北派皆主清修，提倡出家、禁欲、苦行。北派丹法，在元代以后融摄南宗、理学之说，以明末伍守阳、清代刘一明、闵一得等阐述最为明晰。伍守阳的《仙佛合宗语录》《天仙正理直论》等所述丹法，分筑基、初关炼精化气、中关炼气化神、上关炼神还虚四阶。筑基以炼己为要，炼己即做对景无心的功夫，以识心见性，次则循序炼化精、气、神。AD闵一得的《古书隐楼藏书》搜罗诸多内丹撰述，于炼丹中黄直透、活子活午、阴等密义，指陈甚详，并有从意注顶门等入手的方法。清初中兴全真道龙门派的王常月，则强调修丹以持戒为先，须严循戒定慧的次第，以伦理修养和明心见性为要。
内丹中派，指元初从南宗合流于全真道的李道纯之说。李氏总结南北二宗之学，宗承发挥陈楠之说，将道教的全部炼养术分为旁门九品、渐法三乘、最上一乘三大类。其中后二类属内丹。渐法三乘者，下乘〃以身心为鼎炉，精、气为药物，心肾为水火，五脏为五行，肝肺为龙虎，精为真种子，以年月日时为火候，咽津灌溉为沐浴，口鼻为三要，肾前脐后为玄关，五行混合为丹成〃。AE此为安乐延年之法。中乘〃以乾坤为鼎器，坎离为水火，乌兔为药物，精、神、魂、魄、意为五行，身心为龙虎，气为真种子，一年寒暑为火候，法水灌溉为沐浴，内境不出、外境不入为固济，太渊绛宫精房为三要，泥丸为玄关，精神混合为丹成〃。AF称此属养命之法，可得长生久视之果。上乘〃以天地为鼎炉，日月为水火，阴阳为化机，铅汞银砂土为五行，性情为龙虎，念为真种子，以心炼念为火候，息念为养火，含光为固济，降伏内魔为野战，身心意为三要，天心为玄关，情来归性为丹成〃。AG称此为上乘延生之道，可证仙果。这种丹法，即是白玉蟾所传融有禅法的性命双修之道。最上一乘〃以太虚为鼎，太极为炉，清净为丹基，无为为丹田，性命为铅汞，定、慧为水火，窒欲惩忿为水火交，性情合一为金木并，洗心涤虑为沐浴，存诚定意为固济，戒、定、慧为三要，中为玄关，明心为应验，见性为凝结，三元混一为圣胎，性命打成一片为丹成，身外有身为脱胎，打破虚空为了当〃。称此为上品天仙之道，修习成就，可〃形神俱妙，与道合真〃。AH这种最上一乘，有浓厚的佛教禅之气味。李氏认为三乘渐法，分别宜于下、中、上三士修炼，最上一乘，〃至士〃可以行之，并谓夙有根器的至士，可不经修命之渐道，而〃一直了性，自然了命也〃。中下之士宜修先了命后了性的渐道。李道纯的内丹说，标志着南北宗内丹说在元初融合后，已臻于高度成熟。
内丹之东派，指明代陆西星之说。陆氏自称得吕洞宾亲传，所撰《方壶外史丛书》论述内丹，颇多独到见解。主张从筑基炼己、摄心修性入手，见性后男女双修，采药临炉，取坎填离，循序炼化精、气、神，实际发挥了北宗与南宗双修一系的丹法。
内丹之西派，指清代四川嘉州李西月之说。李氏自称遇张三丰、陆西星等得法，撰《三车秘旨》等阐扬内丹。其丹法主要宗承张三丰、陆西星，统摄诸派精义，主张双修，对炼心、炼气之法则，发挥甚为精到。
除上述五派外，内丹自成一家风格者，还有陈抟所开创的老华山派丹法，及统摄龙门、崂山等多家丹法的崂山金山派丹法等。
另外，自唐宋以来，内丹家即根据男女生理之别，强调女子修丹应与男子不同，创编了专用于女子修丹的〃女金丹〃。金代王嚞弟子孙不二开创的全真道清静派，专传女丹。
历代的女丹撰述，如《孙不二女丹诗》《坤元经》《女金丹》等，多达三十余种。一般都认为女子炼丹应从炼形始，先作〃斩赤龙〃的功夫，炼血化气，然后或可依男丹法炼气炼神。
内丹之学，源远流长，阐发于汉末，盛行于晚唐，博采佛、儒、医诸家之长，不断趋于成熟，并逐步形成了完备的理论体系和多种多样的修炼途径。它宗依《道德经》《阴符经》等经典，融摄道、禅、易、儒、医等学，实践体验，形成了基于人体生命顺逆升沉的独特理论，对气功、医疗、人体科学诸方面，都有广泛的影响和启发作用。
注：
①②③④⑤⑥⑦⑧ABACAEAFAGAH《道藏》第20册124页，第24册16页，第20册126页，第20册127页，第4册659页，第4册659页，第4册657页，第4册678页，参见第4册362～378页，第33册150页，第4册491页，第4册492页，第4册492页，第4册492页�