�1875年5月——才受命指挥向新疆进军的事宜，他的由刘锦棠率领的主力部队也要到1876年4月才从肃州出发开往新疆。由于北京作出了政治决策和授权左宗棠能动用巨额款项，这才使得他能够制定出耗资巨万的后勤方案，终于把总数达六万多的人马开进了清属突厥斯坦。左宗棠的远征是中华帝国最后一次向“西域”的大举征伐。他本人把他的武功比隆于汉唐两代。③另外，这是一场中国人的种族战争，可比之于清代中叶或唐代的远征。左宗棠为使新疆变成清朝的一个行省并使更多的汉族移民前往定居铺平了道路。但是，尽管他取得了胜利并且俄国人最后撤离了除伊犁一段地带以外的全部地区，但俄国早就在经济上控制新疆了。
由于清朝过去一直把新疆的戍守主要交给八旗兵，所以它在1874年8月任命景廉为督办新疆军务钦差大臣。景廉是乌鲁木齐副将，曾收复迤东的奇台。作为陕甘总督的左宗棠只奉命给景廉输送给养。
从当时形势和历史传统来看，收复新疆是一项不可避免的任务。因为，蒙古在东干人的刺激下也开始有些不稳。最近的研究表明，在回民偶尔侵袭蒙古（例如，1872年从肃州来的一支部队侵入了科布多，并焚毁了作为该城骄傲的黄庙）以后，“大股大股的武装蒙古股匪仿效东干人的榜样，也在这里出现了”。①如果容忍阿古柏伯克或俄国人占有新疆，骚乱也可能在蒙古蔓延。只是在1874年10月台湾危机（由于五个月以前日本军队在这里登陆而造成）解决以后，才对清朝是否可以避免收复新疆这一代价昂贵的冒险行动的问题，又展开了讨论。李鸿章在12月的一份奏折中建议可以承认阿古柏为清朝的藩属，把计议中收复新疆的大笔开支节省下来，移作海防之用（见第二章）。但满人政治家文祥，虽然也和别人一样切盼建立清朝的新式海军，可是他还是支持左宗棠的观点，即必须刻不容缓地进行新疆战役。文祥争辩说：“倘西寇数年不剿，养成强大，无论破关而入，陕甘内地皆震；即驶入北路，蒙古诸部落皆将叩关内徙，则京师之肩背坏。”文祥还相信，左宗棠的军队在甘肃受过战争考验，因此他们很可能在新疆打胜仗。②一定是这最后一个考虑，才促使清廷把新疆军事托付给左宗棠，但是，远征必要的财力和物力必须予以认真的解决。作为给新疆战事负责运输和供应给养的驻节兰州的总督左宗棠，在1874年后期取得清帝的批准，能够通过他在上海的代理人向外国行号举债三百万两，举债办法与1867—1868年的安排相似。左宗棠解释说，虽然甘肃战争的最后几年中每年在西征饷项名下得到的协饷曾增加到七百余万两，但事实上他每年只收到五百万两，他需要借三百万两债来偿还所欠中国商人的债务。现在他正积极筹划新疆战役的后勤事宜，他建议在1876年1月向外商举债一千万两来完成这一准备工作。左宗棠的朋友、曾被左宗棠任命负责福州船政局的沈葆桢，这时是驻南京的总督和经营海防的两员钦差大臣之一，他很反对左宗棠的这一建议；可是，清帝仍授权左宗棠向外国方面商借五百万两债款，同时命令户部立即支付给他二百万两（这笔款子事实上是出自指定作海防用途的专款）。与此同时，清帝命令十二个省给左宗棠解送总数达三百万两的款项，以凑足他所需要的巨款。1877年终于从汇丰银行借到五百万两，分七年偿还，而以广州、福州、上海和汉口的海关收入作抵。①在从1875年到新疆战役基本上大功告成的1877年底这三年时间内，左宗棠共收到二千六百七十万两，平均每年收到八百九十万两。1878年，清廷批准左宗棠续借三百五十万两，其中半数借自汇丰银行，半数借自中国商人。为了支持打完这场战争，左宗棠又在1878—1881年的四年时间内得到协饷共二千五百六十万两，即平均每年六百四十万两。②七年之中总数逾五千二百三十万两协饷的支援，是支持左宗棠在新疆取得胜利的唯一的决定性因素。但是，他的成功也应归功于他的筹划和战略，以及他对复杂的后勤工作的措置得当。左宗棠早就决定他的第一个目标应该是东准噶尔。东干人在那里很活跃，所以左宗棠希望把阿古柏伯克引出他的基地——六城地区——而与之进行决战。为了达到这个目的，左宗棠首先需要使新疆东北部的巴里坤和奇台这两个城市获得充分的供应。为了通过甘肃走廊和这些城市之间的沙漠道路运送粮食和军火，左宗棠曾一次雇用了五千辆大车、二万九千峰骆驼及五千五百头驴和骡。粮食供应是个特别困难的问题。张曜所计划的在哈密实施的军垦虽然据说在1875年已开出一万九千亩土地，但并不产粮。甘肃的粮价本来就很高，在那里启运很不合算。左宗棠的经验表明，通过肃州和哈密之间艰难险阻的沙漠、随后又要穿越崎岖不平的山地把粮食运到巴里坤，这意味着沿途要损耗供应量的三分之二。左宗棠发现，为北部新疆获得粮食的一个较经济的办法，是应远到归化或包头以及宁夏的一些地点去购买粮食，然后用骆驼运送，走北路，跨草原，直接运往巴里坤。在1876年极困难的夏季月份，左宗棠的军队就是从这种来源弄到粮食的。①左宗棠在新疆的胜利还应归因于这一事实：他现在增多了对欧洲武器或者中国的仿造武器的使用。他给他的部队分配了欧洲制的来复枪，这种枪他曾贮备了一万五千支。到1876年，新疆清军的装备有连发枪、发射12磅或16磅炮弹的钢炮、克虏伯的撞针枪和一门欧洲大炮（此炮“能致远数里外，自空而下，以打步马队之成团者最妙”）。左宗棠在兰州的兵工厂除了制造枪弹和炮弹（其中有一些并不完全令人满意）以外，甚至在1875年成功地造出了四支“钢枪管后膛枪”，这是一位俄国官员所亲眼目睹的。左宗棠的有些部队还在使用旧式劈山炮，但他们似乎没有继续使用土炮。①左宗棠在新疆的胜利，虽然是由于自己有实力，但也由于对手虚弱之故。乌鲁木齐的东干人在1870年被阿古柏伯克征服之后，也曾在两年后想起来造反。可是，他们被再一次打败了。白彦虎在新疆的传奇中被当作阿訇而为人们所传诵，他于1874年随身带了肃州和敦煌的东干残余来到北疆。他在距乌鲁木齐不远处建立了自己的根据地，但也象新疆的东干人那样，他宣布效忠于阿古柏伯克。②这时，阿古柏本人已在使用土耳其教官，用欧洲方法来训练他的军队。按照1876—1877年访问过六城地区的一位俄国军官的估计，他的军队总计达45，360人。阿古柏已经在向中亚通商洋行这一新开设的英国商号购买现代武器。他也有一个能生产“击发火器”的兵工厂。可是，他的部队的士气却很低。许多新兵都是非志愿地征调来的。经常有逃兵，甚至在精锐的安集延骑兵中也是如此。六城地区诸绿洲城市的阿奇木是负责征兵的，他们也不时在每年的税赋外被专横地大量征款，所以据说在居民及其头目和官员中都有不满情绪。③甚至俄国人也给清军以帮助。早在1875年，一位俄国官员在拜会驻节兰州的左宗棠时，曾提出愿向左宗棠的北疆部队提供五百万斤粮食，价格极其公道。1876年中期，三百万斤被发往奇台，这可不是一个无足轻重的帮助，因为那时在当地市场上几乎是粒米不见的。①正在此时，左宗棠的部队在刘锦棠和满洲将军金顺的率领下，已在新疆发动了进攻。
在乌鲁木齐迤北一带的市镇上，新疆东干人纠集在一起作最后的挣扎。乌鲁木齐东北十五英里的古牧地城墙很厚，它遭到了刘锦棠的德制巨炮的攻击。左宗棠上报说，有六千名回民被杀，二百一十五名被俘；只有几个回民——包括白彦虎在内——逃掉。次日，即8月18日，乌鲁木齐不战而弃守。但在玛纳斯，金顺的装备较差的军队所发动的包围在将近两个月中未能得手，直到11月初才将其攻克。他们的城墙被摧毁，几千名东干人于最后撤出城门之后被消灭。②阿古柏伯克在这时带了约一万五千人往东来到吐鲁番。他派了一支部队去协助守卫古牧地和乌鲁木齐，但因到达时间过晚而马上被击败。在肃州总部指挥战事的左宗棠给他的同僚写信说道：“安夷（阿古柏）火器颇精。洋枪洋炮外亦有开花炮，但不如官军之精利，又不善放，一败即不回头耳。”③阿古柏在达坂城建造碉堡，这是控制通往乌鲁木齐和吐鲁番之间的要隘的北门锁钥。但在4月份当天山山麓积雪融化使军事行动又能进行时，刘锦棠即进攻达坂城，仅仅四天时间就攻占了此地。④阿古柏的军队中继续有人开小差，他的那些在诸如阿克苏等绿洲城市的官员，特别是那些在1867年以前曾在清朝统治下当过伯克或阿奇木伯克的人，现在又与清军有所往来，并且为清军效劳。左宗棠从肃州致书给即将离开哈密去进攻吐鲁番的张曜说，优遇南疆居民是一项好政策。“安集延虐使其众，官军抚之以仁。安集延贪取于民，官军矫之以宽大。”左宗棠给刘锦棠写信时指出，要抓获的两个主要敌人只是阿古柏伯克和白彦虎，另外还有其“死党”。左宗棠并不过分挑剔六城本地的居民。在达坂城打了一小仗之后，俄国人报告说，刘锦棠曾经“非常明智地对待他抓到的俘虏……他给予这些人的待遇，可以预期会产生有利于汉人的良好影响”。①阿古柏伯克政权的厄运现在迅速来临。张曜于4月26日进入吐鲁番，同一日刘锦棠也拿下了它西边四十英里的托克逊。阿古柏退到了库尔勒，几天以后即在这里死去，死因迄今不明。他的王国马上四分五裂，诸子争立。清军一个接着一个地克复了绿洲市镇。白彦虎至少在两次小仗中出现过，但总是得以逃脱。喀什噶尔在12月被清军收复，阿古柏的长子及白彦虎退入俄国境内�