同印度、西藏、拉达克、巴尔提斯坦、阿富汗和帕米尔诸国的贸易则集中在叶尔羌（此地人口甚至比喀什噶尔更多）和色勒库尔地区，这些地方也是印度与俄国通商的会合点。在这里和在和阗，安集延人在外商中所占的比重都小得多，更多的是巴达赫尚人、克什米尔人、阿富汗人、巴尔提人、西藏人和印度人，但是没有犹太人或俄国鞑靼人。①这使外国人的成份比在喀什噶尔更复杂。是否也有象喀什噶尔“商目”那样的单一的外商监理，目前还不得而知。
准噶尔与六城之间的贸易集中在阿克苏，这是因为此城靠近经由木扎提山口越过天山的通道。在阿克苏的市场上，东突厥斯坦人同哈萨克人和天山柯勒克孜人的贸易占重要地位，至少早在十八世纪七十年代，每逢集市就已经是“街市纷纭，摩肩雨汗，货如雾拥。”②到八十年代末，大量俄国商品开始涌入阿克苏，清朝不能制止，其部分原因是恰克图的中俄贸易已经终止，清朝商人便从阿克苏把这些商品转运到清帝国各地。越来越多的外国 商人在阿克苏定居下来，到十九世纪二十年代中期，阿克苏的人口包括本地人和外国人，合计似已超过一万户。其中约有八千四百户登记为清朝属民。①入境外商到达清帝国境内的第一道关卡是要出示护照，获得许可以后方能通行，这需要得到一名新疆保商——类似中国沿海商埠的“行”商（见第四章）——提供的书面保证，其中言明：“被保人向无债务，其出境后如有涉讼事项，均由保人负责承担”。外商将此文书提交当地伯克，伯克转呈清朝驻军当局。后者留下原件，将汉文译件交给外商。②来自中亚的外商用这种方式取得合法护照后即可前往六城西部和准噶尔经商，但是不准去库车、焉耆、吐鲁番、哈密和中国本土。有些外国人，其中多是浩罕人，但也有布哈拉人、巴达赫尚人和克什米尔人，甚至设法（常是借助于伯克）把商业利润投资于六城土地。外商在清帝国境内购买土地是非法的，然而安集延人显然用银子购买了土地。甚至也有官地流入外商之手。外人拥有的土地主要集中于喀什噶尔、英吉沙尔和阿克苏地区，它们被租给当地农民。
六城大概没有类似广州公行那样的官商帮，主要的往来似在外商与六城伯克之间。这种往来基本上是融洽的，偶尔也有过冲突。例如在1808年，清朝驻喀什噶尔的参赞大臣斌静污辱了一位“商目”的女儿。其父为浩罕商人，怒而杀女，持头挥舞闯进斌静衙门：他这种公开抗议行动，毫无疑问表明他根本无惧于清朝官府。③塔里木盆地的官员得到外商贿赂，给予外商以特别照顾而减收关税。边境官员有时只检查外商的部分行李。象硝石这样 的军用物资是不许卖给外国人的，但也有竟然得以出口的事情（即使这项禁令有重要意义，其有效程度也大有可疑，因为十九世纪中叶的旅行家曾亲见硫磺在浩罕公开出卖，并且看到过“当地制硝”的情况）。①浩罕人前往麦加朝圣时佩带的那种“中国短剑”②是否也在禁止出口之列，现在还不清楚，不过，走私是十分普遍的，当局一般也不予闻问。
玛赫杜姆家族
安集延人在六城西部占有的特权地位对清朝造成了严重的后果，因为外商使六城居民与其先前的统治者（即纳赫什班迪兄弟会的阿法其和卓，当时住在中亚西部）保持着联系。纳赫什班迪家族在布哈拉的发迹已有几个世纪之久，它在中亚的苏菲派各团体当中是最有影响的，因此六城的很多外商都是纳赫什班迪教团的徒众。
玛赫杜姆家族是玛赫杜姆·依·阿扎姆的子孙，他们在清代以前就在东突厥斯坦的纳赫什班迪教团中占有统治地位。玛赫杜姆和卓家的两大派即黑山派和白山派，在那时就已在争夺教团的领导权。白山派联合准噶尔人而在1755年基本上消灭了他的对手黑山派以后，又促成了满人对六城的征服。纳赫什班迪教团的某些支派没有抵抗清军，清朝便加封几位不属阿法其派（白山派）的玛赫杜姆和卓为贵族，要他们迁居北京。库车的纳赫什班迪教团的和卓——即阿勒沙德·阿丁（全盛时期约在1450年）之后代，他们和印度的纳赫什班迪教团（穆扎德之后裔）同清朝显然没有冲突。但是在1759年，两位主要的白山派和卓曾被迫逃往巴达赫尚，并且死在那里。六城人跟随他们外逃者有几千 户，其中大多数后来都定居于浩罕。
这些外逃的喀什噶尔人，以及被逐的黑山派和白山派宗教领袖，通过在新疆经商的商人与其六城同胞保持着接触。黑山派在叶尔羌的势力尤其强大，早年黑山派的和卓们便葬在叶尔羌的莫卧儿汗的古黄金墓地。在喀什噶尔西南部、英吉沙尔与和阗的居民中，黑山派也占优势。他们指望浩罕境内马儿亦囊地方的和卓能成为宗教领袖，每年都向他们奉献。白山派的主力是在喀什噶尔及其东北城镇，还在阿克苏和库车。1800年时他们期待被清朝赶到巴达赫尚的不儿罕·阿丁和卓的子嗣能进行宗教领导。不儿罕·阿丁之子穆罕默德·阿明便是众所周知的萨木萨克：此人曾遍游中亚西部，晚年定居于浩罕境内，死于1798年或稍晚的时候。①清政府为争取浩罕协助保持边境安宁，每年都向浩罕统治者馈银一万到五万两，②还赠送大量茶叶，以酬答浩罕对萨木萨克的控制。但是许多来往的商人和柯勒克孜人都是白山派的追随者，他们使萨木萨克同他的六城人民保持着联系。
萨木萨克遗有三子：穆罕默德（马哈木）·玉素普、张格尔和巴布顶。玉素普居长，1797年似曾率领一支柯勒克孜军袭击新疆边境而被清军击走。在萨木萨克死后，约在十九世纪之初， 有个玉素普和卓（可能就是这个穆罕默德·玉素普）曾访问埃及、沙里佐尔和巴格达；他在巴格达，曾被当局逮捕，后未经解释原因便交给了英国领事，由英领事把玉素普和卓作为犯人押送印度。这位和卓在孟买脱身后逃往巴士拉，后往色拉子，以后又到德里兰。他在德里兰设法得到哈札儿政府的恩遇。但是，“他一直念念不忘，只要有可能就要当国王。”
玉素普和卓同约穆特和戈克兰的土库曼人结盟，在1813年进攻哈札儿。第一次失败之后，他又重新组织了二万约穆特和戈克兰兵把哈札儿人击溃，但是按照穆罕默德·塔齐·西皮尔的说法，“一个熟悉喀什噶尔和卓的土库曼人认出了他，便立刻行动，向他开枪。玉素普和卓被击中，落马而死。先是巴达赫尚国王欲为其父苏勒丹沙报仇（据说苏勒丹沙是因为报复白山派和卓们的谋害而被杀的），发誓以金银重赏购买玉素普和卓的首级。当时土库曼人之间为争夺玉素普和卓的尸首曾有一场恶战，死亡甚多。最后是土库曼人夺到了他的首级，伊朗人用战马踩烂了他的尸体，并摘下他的图章、戒指和腰佩匕首，一并献给了哈札儿王。”①然而，玉素普和卓在1813年可能根本没有被杀，因为有一位“来自印度或中国边境”并曾经率领土库曼人袭击伊朗边境的神秘的“苏勒丹汗”，据说于1819—1820年曾住在基发，②而穆罕默德·玉素普确无疑问地又在1830年露面，领导了一次对六城的入侵。
萨木萨克的次子张格尔似是继承了宗教事业，在十九世纪之初可能住在布哈拉；幼子巴布顶则显然住在浩罕。这两位白山派 和卓与其六城追随者的联系基本上保持未断，六城有些伯克还同浩罕政府保持接触，以图进行政治投机。特别是喀什噶尔的阿奇木伯克玉努斯还与浩罕的穆罕默德（马哈木）·乌玛尔汗有通信关系。1813年俄国的译人纳札洛夫就曾在浩罕遇见一位中国“使者”，似为玉努斯商队的头目。①六城伯克和浩罕政府在阻止白山派和卓入侵六城方面，利害关系彼此一致，因为入侵对浩罕与喀什噶尔的贸易不利。玉努斯显然曾鼓动穆罕默德·乌玛尔汗请求清朝当局允许浩罕政府在喀什噶尔派驻一位官方政治代表，以取代半官方的胡岱达。浩罕政府约在1813年年底提出过这一请求，请准许授予浩罕王委任的官员以哈孜《法官》伯克的头衔，并接替喀什噶尔的阿奇木伯克的监督商务和对浩罕商人征税的职责；换句话说，浩罕要求得到治外法权，要求得到在清帝国境内征税的权力。伊犁将军松筠拒绝了这一要求，并且惩罚了玉努斯，禁绝六城伯克与浩罕进行一切联系。
1814年乌玛尔汗以威胁相报。他说他一直约束萨木萨克之子不入侵六城，因此要求减少浩罕商人的关税作为报答。松筠再次拒绝，并且根据前一年所作的调查，表示怀疑萨木萨克是否真有儿子。满人照旧向浩罕汗赏赐银两和茶叶，但是清帝授权松筠警告乌玛尔，他若重提要求就要中断贸易。
到了1814年，清朝当局已经牢牢控制了东突厥斯坦。然而，遭受苛捐杂税折磨的农民和工匠、境况不佳的商人、后悔其收入落入满人手中的伯克等等，都相信这种愚昧的统治是根本不合法的，也不会长久。尽管领导反满圣战最可能的领袖是萨木萨克的儿子，可是浩罕人贪图与中国贸易之利，不让他们越山进入 新疆。在黑山派看来，利用这一时机的时候似乎已经到来。
早在1814年，塔什密里克有一位黑山派苏菲名叫仔牙墩，开始与其宗教信徒和一些柯勒克孜人密谋推翻清朝统治。塔什密里克的阿奇木伯克是柯勒克孜人，这里住有数百户士拉吉尔钦察人。1814年秋，柯勒克孜的首领图尔弟迈莫特比根据可兰经发誓要支持仔牙墩起事。①许多柯勒克孜人加入阴谋者队伍。叛乱者于次年夏季动手，向清军马厩纵火，攻击驻军并号召居民起事。但居民没有响应。清军展开反击并调集柯勒克孜人驰援，柯勒克孜人见事不成，便协助捉获仔牙墩而恢复了秩序。只有少数人越过边界逃到浩罕境内。
清政府处决了起事者，并追查所有