蝗跃晒幔醒瞧渌滤沽值厍姆绞椒浅Ｏ嗨啤＂诨褂幸恢峙┟窠小把唐搿保▂nchi，即家奴），他们不以自己的名义纳税，所以不在普通属民之列。家奴最初是犯人，为伯克干活。后来因为伯克强迫农民当“烟齐”，而有些农民为了逃税和避债也自愿当“烟齐”，所以家奴的数目增长了。
宗教组织由三种人组成。在清政府看来，第一种是阿訇。他们凭借其能力和教养行使宗教职能，是唯一拥有官方地位的宗教阶层。他们当中有法官、法学顾问（穆夫提，旧译木甫提）、清真寺神职人员和经文学校（madrasa）教师。政府从所收人头税中拨出一小部分给经文学校学员、毛拉、法基尔和游方教士。第二种是圣族（赛伊德与和卓），他们在东突厥斯坦的居民中最受尊敬，其中最重要的是玛赫杜姆家族，他们是十六世纪著名的纳 赫什班迪教团的教长（谢赫），即玛赫杜姆·依·阿扎姆的后代。另一个是库车的纳赫什班迪教团的和卓们的圣族，他们是十五世纪阿勒沙德·阿丁教长的后裔，使莫卧儿人皈依伊斯兰教的就是这位教长。第三种是出身比较卑微的谢赫和苏菲兄弟会的成员，尤其是纳赫什班迪教团的几个分支，也包括乌瓦依什亚、库布拉维亚、哈迪里亚教团等等。苏菲兄弟会在东突厥斯坦也同在准噶尔的东干人当中一样，具有很深的影响。
在清朝征服以后，也许除了哈密和吐鲁番当地的统治者有权视需要任命毛拉担任政府职务外，东突厥斯坦的阿訇已经没有其他中亚地区的毛拉所享有的那种政治权力了。这样便没有人沟通土官与被统治的民众之间的鸿沟了。只有阿訇在经文学校学习阿拉伯文、波斯文、可兰经及其各种注释；因此，宗教教育在东突厥斯坦的影响便不如在土耳其伊朗世界那样大，虽然单是在叶尔羌一地就有十所用捐款建立起来的宗教学校。
清政府似乎承认大部分瓦库夫（waqf，宗教捐赠）的土地、墓地建筑和其他圣地有免税特权，免税甚至包括距离喀什噶尔旧城东北十里左右的牙忽都地方的阿法其墓在内。清政府在牙忽都还派兵保护和卓的陵墓，这可能是别有动机的，因为牙忽都乃是新疆的阿法其·玛赫杜姆家族最神圣的中心，也是此派同情者的集会场所。既然有私人提供新的宗教捐赠，政府显然就毋需资助了。①如果阿奇木伯克，即当地统治者，把政府官地作宗教捐献，那些土地也免税。②瓦库夫财产为照看墓地和寺院的谢赫提供了经济基础，甚至 使他们生财有道。其中许多谢赫是苏菲，都出身于圣族。
在东突厥斯坦的两大地区中，维吾尔斯坦（主要是哈密和吐鲁番）与中国交往的历史较长，清朝对那里的控制也有很深的根基。象蒙古的旗王公一样，哈密王和吐鲁番王也属于清皇家贵族之列，是世袭统治者（扎萨克），而不单纯是清廷官员或代表。因此，哈密和吐鲁番的地位与蒙古诸旗相等，驻乌鲁木齐的都统仅对他们的事务实行单纯的监督作用。清政府直接控制的只有将近两千四百名绿营兵和约二百名汉民流犯（流犯都在哈密境内），他们耕种着总数约四万五千二百亩土地。①受清政府直接控制的还有汉族移民和来自中国本土的汉商。不过对于维吾尔斯坦当地定居民的治理，哈密和吐鲁番的扎萨克享有完全的自治权。他们自己向清廷进贡，但只有他们才有权向所辖属民征税。不全适合这条规矩的唯一例外就是：耕种清政府官地的当地人（主要是在辟展），每年得向清政府交纳土地使用税（其总数约为粮食三千五百担）。
东突厥斯坦的另一主要地区——六城，在政治设置方面大大有别于维吾尔斯坦，因为塔里木盆地的整个官僚机构是直接受清廷驻喀什噶尔的参赞大臣统辖，参赞大臣则归伊犁将军节制。来自伊犁的旗兵和来自甘肃、陕西、乌鲁木齐的绿营兵组成的主要戍军，指挥部设在乌什吐鲁番，该地是通向连接六城与伊犁的木扎提山口的要冲。在喀什噶尔、英吉沙尔和叶尔羌，有一支较小的戍军是八旗兵和绿营兵；焉耆、库车、赛里木和阿克苏等地也有绿营兵驻守。主要的军事垦区在焉耆和乌什吐鲁番。和阗也有绿营兵。但是在一般情况下，乌什吐鲁番以西之地不驻汉军，以免引起六城居民——最集中的地方是在塔里木盆地的两端——的反感。
清政府担心汉族商人会控制六城的经济（就象汉人商号和钱庄在满洲和蒙古所作所为那样），从而激起东突厥斯坦人的愤怒和反叛，因此采取一种严禁六城与汉人接触的政策。派到六城的清军也采取换防制，以防他们久留当地；清政府还尽量少用绿营兵，而把六城官地租给当地农民生产粮食以供军政之需。清政府不在六城设立流放地，也不许平民移民和商人进至哈密以西各地。没有恰当的理由和合法的护照，清朝当局不许可汉族平民前往东突厥斯坦的任何地区。
清朝政府还竭力把其官吏同六城土著隔开。在塔里木盆地的每一主要城市，清朝都建造了有围墙的要塞，作为衙门所在而与当地土著居民分开，这是满人或汉人的县治，称为焉吉沙尔（新城），或哈拉伊沙尔（城堡），在喀什噶尔和叶尔羌则称为古勒巴格（意为“玫瑰园”）：清守军、官署和非本地官员即居住于此。这些满人城堡位于旧城之外。在某些小居民点，它们仅是一些位于旧城镇旁其围墙仅及肩高的土围子。到十九世纪中期，穆斯林与非穆斯林在库车就已经混杂而居。新城与旧城之间的交通限制是严格的。只有在白天清朝人员才可与当地人接触。入夜则将城堡大门上锁。未经邀请和批准，东突厥斯坦的男女人等不许进入满人城堡。同样，清朝官员也不能随意前往土著村镇。唯一的例外是得到当局许可（但却未必合法）的少数清朝官员在那里开设酒店、客栈和酒厂。政府是限制放债、雇佣当地劳力和订立其他商业合同的。
清政府对于伊斯兰和当地习惯持不干涉政策：允许东突厥斯坦人使用回历，穿着传统服装，除伯克外可不留辫子。不过，比这些象征性姿态更重要的是，清朝尽量保持了许多是在莫卧儿人、准噶尔人和玛赫杜姆家系和卓们统治之下就已存在的当地的统治形式。尽管清王朝象先前加封哈密和吐鲁番的统治者为贵族那样，也把库车、拜城、阿克苏、乌什吐鲁番与和阗的几位东突厥斯坦支持者封为贵族，但在六城却没有设立有统治权的扎萨 克，而是建立了一个东突厥斯坦人的官僚阶层。由伯克和阿訇组成的这个官僚阶层住在土著城镇和乡村，直接治理当地居民，并按照流行的哈乃菲学派的法律成例审理案件。使外国人印象很深的事实是：穆斯林与“中国人”（指满人、绿营兵和六城地区其他非土著属民）之间的纠纷也用穆斯林法律解决。一位旅行家就曾经指出：“法律执行得很严，即使对贵族也一样；如果某王公杀死一个穷人，凶手也没有指望可免死刑”。不过，在司法方面，清政府至少从中国本土带来了一个新花样：外国的穆斯林曾因看到罪犯戴枷而表示吃惊。①在清朝统治下，土著官吏一经任命便都拥有伯克头衔，即使那些官职是非世袭的也如此；即使任职的官员也不必选自清代以前就有世袭伯克头衔的贵族之家。换句话说，“伯克”过去是贵族的称号，这时已经变成“官员”的同义词。虽然有些伯克因世代为伯克而出于礼貌之故被继续称为伯克，但是清朝采用这一头衔的实际作用在于侵夺塔里木盆地土著传统贵族的领导，并使满人的王朝成为一切世俗权威的来源。
最高级的伯克（清制三、四品）要著汉装和蓄辫。政府对于他们的任命遵循“回避法”，就东突厥斯坦的情况来说，这意味着土著不得担任当地的主要伯克。在理论上，回避法旨在防止贪赃枉法，但是清政府在六城推行回避法的主要理由，还在于它在政治上驾驭哈密和吐鲁番的统治者家族以及库车和拜城的新贵族（因为他们的地位完全是受清朝之赐）比驾驭东突厥斯坦其他地方的上层贵族更有把握。这类伯克的官职不是世袭的，但是除非渎职，都能继续留任，不象清朝驻军员司那样定期更换。换句话说，六城的最高级伯克们都是行政首脑和官员，而且一般都是贵族，但他们与哈密和吐鲁番的统治者不同之处是不能世袭。他们 最后要受理藩院管辖。最高层伯克享有每年进京朝贡皇帝的特权，从而使他们得到相当可观的回赏和许多好处；直到1859年，这种作法才被废除。
统率土著官员的是几位阿奇木伯克，即几位地方的总管，其中最重要的是主管八大城行政的阿奇木伯克：这八大城即焉耆、库车、阿克苏和乌什吐鲁番组成的所谓“东四城”，喀什噶尔、英吉沙尔、叶尔羌和额里齐（即古和阗，和阗之名此时已用于总称全区）组成的所谓“西四城”。这些城市各有属区，由许多小城镇和乡村组成。喀什噶尔和英吉沙尔的阿奇木伯克有权直接向北京的皇帝上奏，其他地方总管同中央政府打交道则要通过新疆驻军当局，如果必须同北京联系，可以通过驻喀什噶尔的参赞大臣。在阿奇木伯克之下，则是一大批专司其事的小伯克。
伯克没有直接薪俸，他们的收入来自赏赐的官地（多寡视品级而定），享有官地的全部收成；还有赏赐的奴隶为他们耕种和承担其他劳役。按照清朝惯例，国家还给予他们少量养廉银，在调动工作时由政府出盘费。作为一种权力象征，伯克坚持要下属叩头，且蓄发留辫。浩罕和布哈拉的官员往往不通文墨，六城的伯克则不同，他们既通汉文和满文，也懂得一点宗教和历史。伯克们可能遇到的一项令人头痛的礼仪就是每月月初清晨都要到孔庙祭孔，不过他们似乎已将这种国家大典同自己的宗教调和起来了，伯克们在这里要向皇帝画像跪拜。他们也模仿清朝�