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到16世纪初，历史学家在他们的著述中开始逐渐采用陈白沙和稍后的王守仁的新方法，他们愈来愈多地知道了文献资料和故事传说的根本区别，同时他们也认识到文献资料未必总是提供真实的信息，而各种故事传说也可能包含一些真实性。向新方法过渡的最早的代表之一是祝允明（1461—1527年），他是一位反对朱熹学派的非正统思想家。他的各种杂记集（如4。5。8）把有价值的信息与无法证实的传说结合在一起；但他1499年刊行的苏州杰出人物的传记集《苏材小纂》（3。5。1），基于墓志、履历和其他的文献资料，被看成是可信的著作而受到赏识。在他的最后一部著作《祝子罪知录》中，他对历史人物提出的见解往往与传统的看法大相径庭。据说他的著作对于李贽的《藏书》具有相当大的影响。①但明代历史著述的这个新趋向，在王世贞（1526—1590年）这样的作家的著作中才有了充分的表现，他也来自苏州地区。不像明代早期的作家，王世贞有机会接近实录，他1590年刊行的《弇山堂别集》（ 2。 2。 6）和1614年刊行的《弇州史料》（ 2。 2。8）中发表的各种历史论文，就主要根据这些实录。他的论文《史乘考误》，清楚地显示出他对各种资料的相对价值和需要选择与批判性评价的理解。例如，他在这篇论文的前言中说：国史之失职未有甚于我朝者也。故事有不讳，始命内阁翰林臣纂修实录。六科取故奏，部院咨陈牍而已。其于左右史记言动阙如也。是故无所考而不得书，国忸衮阙则有所避而不敢书。而其甚者，当笔之士或有私好恶焉，则有所考无所避而不欲书。即书，故无当也。史失求诸野乎？然而野史之弊三。一曰挟郄而多诬，其著人非能称公平贤者，寄雌黄于睚眦，若《双溪杂记》、《琐缀录》之类是也。二曰轻听而多舛，其人生长闾阎间，不复知县官事，谬闻而遂述之，若《枝山野记》、《翦胜野闻》之类是也。三曰好怪而多诞，或创为幽异可愕以媚其人之好，不覈而遂书之，若《客坐新闻》、《庚巳编》之类是也。无已，求之家乘铭状乎？此谀枯骨谒金言耳。虽然，国史人恣而善蔽真，其叙章典述文献不可废也。野史人臆而善失真，其征是非削讳忌不可废也。家史人臾而善溢真，其赞宗阀表官绩不可废也。
在这篇文章里，王世贞把他对历史著作不加选择地引用其他著作的一般批评具体化了。在1594年刊行的《国朝献征录》（3。1。2）中也看到对原始文献资料的很大重视，此书是焦竑（1541—1620年，①编的一部由墓志铭、纪念碑和明代杰出人物的讣告组成的庞大的传记性汇编。
焦竑大为称赞的李贽（1527—1602年）是明代最独特的非正统历史著作家。①他的刊行于1599年的《藏书》，是一部上起周代下至元代的杰出人物分类传记集，在这部著作里，李贽用全新的标准和观点评价历史人物。《藏书》的《世纪列传总目前论》一开始就说：“人之是非，初无定质。人之是非人也，亦无定论。”①照李贽的话，不同的人在不同时间所持的意见和判断差异很大。他说，如果孔子复活，他的观点将与他在2000年前发表的观点很不相同。这些看法还不足以作为依据把李贽归入反儒家一流，但它们清楚地表明他反对朱熹学派所创立的官方的正统理学，照后者看来，孔子一旦作出判断（不论真是他作出的或据说是他作出的），就必定是一切时代的唯一准绳。
在历史和历史人物的评价方面，朱熹在他的《通鉴纲目》中立下一个榜样，在明朝至少受到官方无可争议的高度尊重。①李贽坚持他的基本观点，对不少历史人物的评价必然与正统的评价相矛盾。例如，李贽尊秦始皇这个直到目前为止的一切儒家历史编纂学深恶痛绝的人为“千古一帝”。②他的《藏书》只涉及明以前时期，但三年后，在1602年《续藏书》（ 3。 3。 15）刊行。在这部著作里，李贽对明朝人物同样作出独立的非正统的评价。虽然李贽不得不承受他在著作和公开谈话中发表的非正统思想的后果而在狱中自尽，但在清初，当他的书被禁时，他的著作却被重印并大为流行。
1676年刊行的黄宗羲论明代思想史的伟大著作《明儒学案》（ 3。 4。 6），代表了历史著述另一类型的革新。①《明儒学案》实际上是第一部中国哲学史，一部激起了全国兴趣的著作。①它是按照思想派别排列的。介绍的每位学者先有一篇小传，然后是对他的思想的陈述。这样，明代的思想趋向的过程就变得很清楚。在中国的目录中，这部著作通常被分在传记类，对它的特点估计不足。黄宗羲还开始编著一部关于宋元时期的类似著作《宋元学案》，他死后由其他人完成。
16世纪时，政府部门也开始主要根据档案材料编纂关于他们自己的机构与活动的志书。它们保存了关于体制和行政事例的详细记载。1620年刊行的《礼部志稿》（ 6。 2。1），资料丰富，是这类著作的代表。
这种新出现的对文献资料的重视的另一个结果，是有关国家大事的著作（经世文或经济文）的收集。最重要的经世文是大都市或地区高级官员向皇帝报告实情并提出对策的奏议。除此之外，向皇帝提出的其他形式的建议、请求或报告，或对其他政府部门的咨文，也可以收入这类专集中。
有少数奏议集从宋甚至更早的朝代开始。刊行它们的主要动机可能是希望把杰出人物所写的奏议中表现出来的道德品质展示出来，以供仿效。只有在16世纪时，刊行奏议才流行起来，它们或者由作者自己，或死后由其子孙或友人整理刊行。这样做的动机，可能主要是为了把作者的政绩记载下来，并为后来的传记作者和史家保存文献资料。此外，奏议还可以被看成文学上的成就，因此跟其他散文作品一样值得出版。
除了那些价值在于作为政治品德的表率的奏议外，为实际用途而精选出的奏议汇编，确实是明代的一大发明。我们已经提到，早在永乐时期就出版了《历代名臣奏议》这部贯穿中国历史的由历代最主要的官员所写的奏议的庞大总集。明朝官员的奏议和其他经世文的集子，最早编于16世纪中叶。最突出的例子是1638年刊行的《皇明经世文编》（5。1。8），在任何时代这都是这类作品中最丰富的一部。正如这部书和大多数其他汇编的书名所表明的，它们的意图是提供在考虑国家大事时使用的文献资料。
政书论述的主要是国家大事。政书早在唐宋时期就已编纂。这个传统在16和17世纪得到继续。主要涉及明代往往有充分文献根据的新著作，补充了早期的政书。这些著作有陈仁锡刊行于1630年的《皇明世法录》（6。6。7），王圻刊行于1586年的《续文献通考》（ 6。 6。 2），冯应京刊行于1604年的《皇明经世实用编》（6。6。4），以及其他种种。“经世”和“经济”显然是当时的流行用语。
另一种文献资料的重要来源是邸报或塘报，这是一种在各大都市和各省政府部门中流传的包括命令和报道在内的政府公报。这种公报存在于更早的时期，但只有到了明朝后期才成为一种经常的制度。它起初以手抄本流传，但1628年后以活字版印刷。清朝采用了这一制度，后来称为京报。
从16世纪起，方志的编纂在质量和数量上都大有增进，对地区或地方史和历史地理学的研究变得很普遍。在17世纪初，学者开始把对书本资料的研究与实地考察中的体验结合起来。徐宏祖②的《徐霞客游记》（8。3。2）根据作者自己的体验对山川风物作了详细的历史与地理的描述，他在1607至1640年间，游历了明帝国除四川以外的所有行省。顾炎武①刊行于1662年的《天下郡国利病书》（ 8。 1。 10），根据的是书本资料，主要是方志，以及广泛的旅行记。顾炎武旅行的主要目的，很少是为了凭吊历史遗址和收集文物（就像他以前的大多数学者那样），而是为了“亲身视察农民战争的地区，估计其地势的战略价值，供今后抵抗之用”。①在所谓历史的辅助科学如金石学或目录学方面，没有出现大的革新，但在明朝后半期，它们受到足够的重视并有进一步的发展。金石学是杨慎②涉及的许多领域之一，他是16世纪初一位杰出的多才多艺而富于创造力的学者。是第一个研究中国西南边疆的青铜鼓的人。③焦竑编著的到他的时代为止的明代作家著作目录《国史经籍志》（1590年），显示出他广泛的阅读和文献学才能，这是当时最重要的文献学著作之一。④它后来被黄虞稷⑤的《千顷堂书目》（见本章注＇92＇及有关正文）部分地取代，后者包括整个明代直到1644年。
总的来说，晚明时期的文化繁荣和思想多样化几乎在一切形式的历史著述中都是明显的。下面各节将详细讨论明代历史编纂的各个方面。
① 拉尔夫·C。克罗采：《国姓爷与中国民族主义：历史，神话与英雄》＇130＇（坎布里奇，1977年）；唐纳德·基恩：《国姓爷的战事：近松的木偶戏，其背景与影响》＇284＇（伦敦，1951年）。
① 谢国桢：《清初东南沿海迁界考》＇220＇，见《明清之际党社运动考》＇221＇（上海，1934年），附录Ⅱ，第290—328页。
② 庄金德：《郑氏军粮问题的研讨》＇112＇，《台湾文献》，12，1（1961年3月），第55—66页。方豪：《由顺治八年福建武闱试题论郑氏抗清的主力》＇155＇，《大陆杂志》，22，6（1961年3月），第1—20页。
① 石万寿：《论郑成功北伐以前�