现在回到张献忠残部的首领的问题。1647年春，造反军借口为沐家复仇和恢复明朝的统治入侵云南。他们突破沙定洲的东部防线，将他赶出云南府，赶回他的老巢。整个夏季，李定国跟沙定洲的支持者作战，并镇压了云南东南部人民对造反者入侵的反抗，同时孙可望倾全力击败并俘虏了沐天波。沐天波怀疑孙可望自称的忠于明朝，但同意合作，条件是停止暴行和平定沙定洲。这一点由李定国在1648年秋完成了。
这时孙李之间出现不和。先前，李定国接受孙可望为领袖，因为孙是张献忠四个继承人中年龄较长的，可是他不喜欢孙可望，因为后者想抬高自己的权位，充当第二个张献忠。在孙可望这方面，则嫉妒李定国的将才和他在兵士中的声望。孙可望向永历朝廷要求秦王的封号，①它将正式肯定他高于他的“兄弟伙”。这意味着他继承张献忠的遗产，并为他将来挟天子以令诸侯，甚至当皇帝铺平道路。当永历朝廷迟迟不给他封号，使他的计划受挫时，他就非常愤怒。
不过，造反者中间的一次公开分裂暂时被避免了。需要安定云南，重新占据贵州，进攻四川和湖广南部以阻止清军的推进。
1650年9月，孙可望派他的军队回到贵州，从那里向北向东进攻。
尽管在四川的战役相当成功，但孙可望的人不能得到在四川和湖广交界地区的李自成残部的合作。①四川省仍处于无政府状态。①1652年，李定国在湖广南部和广西东部发动了几次战役，他在这些战役中很好地发挥了晚明流寇的长处。这就是依靠行动迅速的大部队的突然袭击，使用地区性的资源，如这一次，使用了战象和土著战士。他们的短处是依赖个别领导人，不愿或不能坚守领土。李定国的战役包括对桂林的一次突然袭击。清军统帅孔有德没有料到造反者的这次突然进攻，他在李军于8月7日蜂涌进这座城市时自尽。结果，清军在广西占领的所有地点尽归明朝版图，只有梧州还留在清军手里。此外，李定国占据衡州（今衡阳）时，他的军队伏击并杀死了北京派来救援的敬谨亲王尼堪。尽管有这些和其他一些快速的成功，李定国不能守住他所占领的城市。1653年初，当代替尼堪的人到达，李定国被迫撤到广东北部。
李定国得胜的报告，使孙可望又喜又忧，他这时已在贵阳设立第二个行政中心，并侵入湖广南部的宝庆地区。这些行动，可以被李定国看成是对他的支援，也可以看成是对他的威胁。事实上，据说孙可望曾几次派人去拆李定国的台。总之，李定国留在两广，可能是因为他不能再忍受孙可望的节制。他避免公开破裂，也许是看在他从前与孙可望的亲密关系上，也许出于对孙可望的军事力量实际上的畏惧。
1653—1654年，李定国两次出征广东西部。第一次，他进攻肇庆，威胁到广州。但他很快从这个试探性的袭击中撤退，去广西作某些休整，路上想重占桂林未成。第二年春，李定国开始一次更加深思熟虑的推进，经过广西南部和广东进入雷州半岛腹地，他在那里逗留了几个月，等到病愈。入秋，他继续推进到新会，这是他计划取广州的关键地点。由于在三角洲地区缺乏船只，李定国两次请求郑成功从福建给他的广东之役以支援，但由于各种原因，没有及时得到这种帮助。②1655年1月，李定国军队受到清援军的沉重打击，遭到严重损失，被追入广西南部。当李定国的军队在南宁重新聚合时，只剩下几千人。
与此同时，孙可望在湖广西部的战役遇到同样的结果。1652—1653年之间的冬天，他从沅州发动一次两路进攻。但在宝庆附近为清统帅屯齐所败，随即回到贵阳。1655年春，孙可望的一支军队再次深入湖广中部。但这时总督洪承畴已掌管湖广事务，他止住了孙军的进一步侵入。战争行动暂时停止。清廷集中注意力于加强他们对湖广、四川北部和两广的全面控制，此时永历朝廷仅存的支持者——张献忠从前的一些部下却卷入了自相残杀的斗争。
孙可望和李定国控制下的永历朝廷
当孙可望巩固他在云南和贵州的收获时，永历皇帝一行已于1650年12月到达南宁。第二年春，孙可望派人率兵“入卫”，并建议皇帝去云南。这些人随即杀掉反对封孙可望为秦王的大学士严起恒等人。完全慑于恐吓，皇帝正式封孙可望为王，赐国姓和一个新的名字。
与此同时，清军在广西取得进展，1651年10月，永历朝廷被迫逃离南宁，这次走了一条经过广西西南极边的困难路线。第二年3月，孙可望派人护送皇帝一行到贵州西南的安隆，此地是万山丛中一个荒僻的戍所。于是，朝廷在非常简陋的条件下被隔绝在这里达四年之久，而孙可望则以王者的派头开府贵阳，设立六部，任命高官，并按他自己对于经书的解释开科取士，据说还阴谋废黜永历皇帝，建立他自己的“后明”。
李定国取得胜利和他疏远孙可望的消息传到朝廷后，皇帝两次密敕李定国救援。许封李定国为一等亲王，条件是让朝廷脱离孙可望的控制。但孙可望发现了这个密谋。1654年春，他派他的亲信入朝查问，企图找出每一个参与策划与李定国联系的人。永历皇帝禀性难移，不愿承认他自己的责任，而让“安隆十八先生”①被判处死刑。
在这个期间，李定国把全付精神放在湖广和广东战役上，不能照朝廷的要求去做。尽管他对永历皇帝和明朝的中兴事业忠心耿耿，但直到他在两广的战役中完全失败后，才把注意力转向安隆。到这时，李定国的运气虽然不好，他在孙可望的同僚和部下将领中的声望却增加了。部分原因是李定国待人诚恳，部分原因则是他们也厌恶孙可望的帝王派头和他对永历朝廷的无礼。因而，当李定国1655年秋从广西西部撤退，前往安隆时，他得到孙可望派去阻止他这一行动的某些人的暗中合作。
1656年2月，李定国到达朝廷，几天后护送永历一行离开了安隆。随后，他在云南府显示了一次力量，吓得那里的将领们承认了他的权威。3月下旬，永历皇帝被送到云南府，现在称为云南都城。为了努力显得像个政府，皇帝开始封官进爵，对象大多是李定国的部下和伙伴。
这之后，无论是孙可望还是李定国都感到在自己的领土上不够安全，都行动起来反对对方。双方都发生了倒戈、变节和阴谋反叛的事。李定国几次想与孙可望和解，但他讲和的表示都被拒绝了。1657年夏末，孙可望被人说服发动一次对李定国的惩罚性战争，却不知道劝他这样做的人是同他的对手商量好的。9月下旬，孙可望的军队越过贵州西部，10月，他的军队在云南东部与李定国军相遇，两军于是交战。孙可望的主要将领这时按事先商量好的计策，倒过来反对他，孙可望的图谋全部化为泡影。他退回贵州，军队受到很大损失，自尊心也大受伤害。
又羞又恼的孙可望前往湖广，于1657年12月向宝庆的清当局投降，以发泄他对背叛者的仇恨。他强烈要求满族人给他一个“雪耻”的机会，让他带领清军出征四川、贵州和云南。清军统帅对他不大信任，没有给他这样的任命，但他们确实待他不错。
朝廷逃入缅甸
1658年，在孙可望投降后一个月，清军分三路出兵，吴三桂从四川西北、洛託从湖广西南、卓布泰从广西东北进入贵州。1658年6月下旬，三支军队在贵阳会合。随后，他们与洪承畴共商下一步行动。
在云南，永历朝廷调集军队抵御贵州的清军，但行动缓慢。到8月，才在贵州西南部选定三个防御阵地防守各渡口。但这些防御工事顶不住清军的协力攻击。从12月底至1659年1月，清军沿三条路线推进：吴三桂经七星关向北；铎尼（他的军队刚换下洛託的军队）从北盘江上游渡河；卓布泰从北盘江下游渡河。李定国在中央阵地死命阻挡卓布泰的推进，但受到沉重打击，匆忙回云南府安排将朝廷迁移到较安全的地点。
这时可以考虑迁移到四川东部或广西南部，但朝廷除了继续向西撤退外，实际上别无选择。少数人希望考虑逃过中国的西南边界；朝廷仍希望保持对大理以西领土的控制。1659年1月7日，当清军进入云南，皇帝一行离开了云南府。护送他们的是沐天波，他在一路上遇到的土著官员中仍有影响。同时，李定国和他最好的将领们准备拖住清军的推进。
2月2日，吴三桂和卓布泰从昆明湖地区向西追击，摧毁所有的抵抗。3月10日，清军进入永昌，这时，一再遭到自己的护送军队抢劫的狼狈不堪的永历朝廷到达了中缅边界中国一侧的腾越。然后，李定国在怒江西边磨盘山中的羊肠小道上停下来，对清军进行最后一次顽强的抵抗。在那里，清军险些中了精心布置的埋伏，接着发生一场激烈的战斗，双方都伤亡惨重。李定国和他的残部设法南逃至边界地区。饱受兵变折磨的永历皇帝一行，在3月下旬通过一处边关进入缅甸领土，①从腾越出发时有4000人，这时只剩下三分之一。磨盘山伏击削弱了清军并打击了他们的士气，他们的追踪，过腾越不远即止，没有穷追。
当李定国和他的伙伴白文选分别在缅甸东北地区恢复元气时，清廷在云南府周围和其他地点派兵驻守。在总督洪承畴的指引下，清廷暂时集中注意恢复农业，学习驾驭土著领袖，并向缅甸人施加外交压力。他们希望失败、饥饿和疟疾将最终毁灭李定国剩下的军队。
永历皇帝在缅甸的困境
在边界的缅甸一边，几乎已被所有的兵士抛弃的永历一行，在继续前进之前，被迫放下武器。几天后，皇帝和646个随行人员在大金沙江（伊洛瓦底江）岸的蛮莫上船。其余的人陆行，相约与皇帝一行会于缅京阿瓦。但皇帝一行在井梗被暂时扣留。陆行者也许被误认为入侵者，于5月初在阿瓦地区被杀，只有几十人逃进了荒野。1659年6月，永历皇帝一行到达阿