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合作失败
直到1645年10月，隆武朝廷才知道在浙江建立了另一个朝廷。立即派出一个使臣带着隆武皇帝的诏书去绍兴。他在10月下旬到达，他的到来在鲁王的大臣中引起了分裂。起初，鲁王愿意退位，支持他在福建的“皇叔父”。几个素有重望的人也力劝他以大局为重，受隆武皇帝节制。但大学士兼兵部尚书张国维激烈反对，说福州“鞭长莫及”；如果监国退位，浙东脆弱的抵抗运动就会瓦解；在这个时候改换朝廷，将使君臣之间失去信任。
鲁王听信了这些话。其他的官员被迫对抵制隆武朝廷表示一致同意，于是遣回使臣，并带去一封按照张国维的意见写的回书。结果，虽然鲁王的许多文武官员秘密地请求或接受了隆武皇帝的任命和封号，但鲁王朝廷根本不想与隆武朝廷合作，于是，两个朝廷之间的关系变成了“水火不相容”。
1646年2月，隆武皇帝曾给他的“皇侄”送去一封令人感动的信，恳求他为了中兴事业进行合作，并发誓不同室操戈。他诚恳地说明他要求最高统治权并非出于自私，说明由于战略上的原因，他不能避免在鲁王的地区计划军事行动。②但不知这封信是否送到了绍兴的鲁王朝廷。那年春末，隆武皇帝派一个御史带了许多银两去犒劳驻守在钱塘江的军队，但得不到鲁王当局的保护，结果被不受约束的军队杀害。夏初，鲁王派一个使臣去福建，被隆武皇帝监禁并处死，这也许是由于怀疑他与郑芝龙勾结。
要解释这一系列悲痛的事件，我们必须从地理、两位藩王的性格和当时恐惧的心情来看。福建和浙江的人口稠密地区之间，绵亘着几座大山，阻塞了直接的交往，即使在最好的时期，福州与绍兴之间也不可能有迅速的交通。
第二，唐王和鲁王以相反的性格特点保持他们的统治地位。鲁王监国仁慈温厚，他只做礼仪上需要他做的事，而让文臣武将发挥主动精神。但他下定决心并真心愿意充当那些想为明朝而战的人的傀儡领袖，也许他感到他不能抛弃他的支持者。
唐王现在40多岁，饱经忧患，在囚禁中度过半生。他在整个童年和部分成年时期都与被他祖父不公正地囚禁的父亲作伴。1636年当北京受到满族人的威胁时，他带兵勤王，违犯了明朝律令，被废为庶人。在1644年弘光帝登极大赦，释放他并恢复他的王位之前，他不过是在明朝囚禁罪宗的凤阳高墙内苟活而已。
现在，从禁锢中解放出来，他甚至表现出更大的决心与主动精神，这种决心和主动精神曾招致崇祯皇帝对他的非难。他俭朴，勤勉，只有一个10年来和他一起备尝辛苦的妻室曾氏，他不怕物质上的牺牲。他很有学问，特别是在历史和明朝的制度方面，他以他的继承权而骄傲，这是他历尽苦难得来的，他现在相信他的时机已经到来，他是唯一能中兴明朝的藩王。虽然他对待鲁王很审慎，但以完全不同的态度对待1645年秋在广西桂林称帝失败的靖江王朱亨嘉。这个不走运的藩王被押送到福建，废为庶人，死于狱中，以招示这个地区其他明宗室成员。很明显，隆武皇帝具有一种强烈的、出自内心的使命感，不欲与别人分享领导权，即使是他自己的大臣们。
第三，对与另一个权力中心的合作两个政权都不够放心。紧张、敌意和党派偏见，使争取皇帝好感的对手均被指责为煽动叛乱。此外，许多得到鲁王和隆武政权双重任命的人，这样做只是为图私利，玷污了这种本来是高贵的行为。
内部问题和战略问题
鲁王政权和隆武政权起初都采取防御姿态。为什么它们都没有取得进攻的优势，原因大同小异：缺乏供应基地；后勤上的困难加上文武官员之间的敌视；依靠正义精神对待硬性的军事组织、纪律和训练问题；以及两位藩王不同的统治方法。对这些我们还可以加上福建普遍发生的各种社会动乱。两个政权都面对满族骑兵无可置疑的陆上优势。但这要到一年以后才成为现实，而在此期间，两个政权都不是变得更强而是更弱了。
鲁王的兵力约20万人，全靠钱塘江或杭州湾沿岸的浙东地区供应。由于支撑政权的基层的性质、鲁监国消极的统治方式和在财政及军队供应上普遍的分散倾向，没有建立起一个中央的税收部门。开始实行的是一个宽松的原则，即明朝官军的军饷出自他们所在的州县的赋税收入，而民兵和志愿兵（由各种“义士”领导的军队）则靠他们原来的地区自愿捐助。官军不满于这种安排，要求将所有为进行战事而增加的钱物，交由他们控制，根据战略需要进行分配。但是，“义军”领袖①不信任官军，不同意这个建议。折衷方案是，所有的军队，包括官军和义军，应从最近的地点得到支援，可以是赋税收入，也可以是爱国捐献，这个方案主要不是出于原则，而是出于权宜之计。没有一个后勤方案真正解决了在“分地和分饷”问题上的争吵。
1645和1646年之间的冬季，愈来愈严重的供应短缺，促使官军偷窃预定给志愿军的给养，导致一片混乱。当饥饿在鲁王的军队中成为普遍现象后，许多“义军”战士干脆拔腿回家，而官军则求助于抢劫和敲诈勒索。在没有中央的后勤管理的情况下，任何中央的指挥机构都是无能为力的。此外，当明水师在长江三角洲地区被清军击败后转移到鲁王地区，陷于走投无路的瓦解境地时，他们也不能做些什么。
战术问题上也同样存在分歧。在将领中，有的赞成迅速攻打杭州，有的提出应首先加强绍兴的防御。几次成功的跨过钱塘江的进攻对杭州造成了威胁；而且，明军队穿过浙江西部几乎到达太湖，暂时使这个地区的清军陷于孤立。但这类进攻失败的时候居多，原因是鲁王军队之间、鲁王军队与他们希望会合的清军后方的抵抗团体之间，配合与联络都很差。文人领导的“义军”喜欢独立行动，不考虑别人的计划和所冒的危险。在1646年2月的另一次进攻杭州失败后，这种情况仍在继续。鲁王的将领不得不把钱塘江以西的土地让给清军。寄希望于明军的水上优势以抵御清军水师的进攻，或横渡杭州湾，从海宁西北进入敌后，鼓动人民起来反抗。
隆武政权的兵源、财源和给养主要来自福建，其次来自广东和广西；但都不够充分。朝廷建立后不久，就认识到即使是最低限度的军事开支，也远远超过福建和两广目前赋税收入的总和。这个问题一方面试图以加紧搜刮来解决。从桥梁和港口征收五花八门的通行税；经常向店家和食盐专卖行业摊派各种费用；搜刮地方财政的盈余；卖官鬻爵；征收各种爱国捐助，如地主按照土地面积的“大户助”，绅士按照功名的“绅助”，官吏按照品级的“官助”。另一方面则希望逐渐缩小军队的部署。郑芝龙在1646年5月报告说，供应和武装当时驻守福建的所有军队，需要156万两白银——仍然远远超出政权的支付能力。
于是，皇帝同意将福建的赋税收入只用于支援福建。这个乐观的计划要招募3万人把守各关口，1万人维护州县的自安，每年花费86。2万两。浙江西南部、江西和湖广的军事行动，军费必须全部就地筹措。把守各关隘的军队实际人数，从未达到计划的数字，而部署在那里的少数几千人得到的配给，经常在标准以下。广东直接向江西南部和福建的隆武朝廷提供一些赋税收入。但数目只相当于正常税收的一个零头，根本不能满足朝廷的迫切需要。
有几个因素合起来限制了税收进入隆武朝廷和给养到达前线。一个是地理上的。福建主要河系的上游，地势崎岖，山关险要，这些地方的运输机构根本担负不起一场较大的战争的紧急任务。其他因素不是与普遍的社会动乱有关，就是与郑芝龙的人品和动机有关。
前面已经提到，明朝两个首都的相继陷落以及伴随而来的行省和地方政府的惊惶失措，使非法活动和潜在的社会冲突迅速表面化。在福建、江西、广东三省交界的山区地带，麻烦有增无减。由于这个地区的土匪很难控制，长期以来在赣南（江西南部赣州周围地区）驻有专门镇压土匪的军队，这里的居民也常在自卫中被杀害。现在，大批匪帮袭击广东东部和福建西南部的地区，不仅需要转移人力物力来对付他们，而且危及陆上的交通运输路线。邻近地点的佃农起来反对地主，因为他们在收租时“大斗进，小斗出”。①随着日月推移，在福建全境都发生了“山贼”的袭击，拦路抢劫成为常事，地方争斗不受约束，由于郑芝龙的注意力转向别处，甚至一些海盗也重操旧业了。在这种情况下，人民无法知道新派来的官吏和新增加的捐税是否合法，自然把他们所有的一切藏起来，以保证他们自己生存的需要。
此外，在福建的许多文官和士绅看来，从前的海盗郑芝龙现在不过是一个监守自盗者。他们怀疑他企图从他们的地区和他们身上榨取更多的钱财。许多人不但不响应爱国捐输的号召，甚至连正规的货物税也不交付。传统史学对郑芝龙有很大偏见，难以客观地评价这个人。的确，他能干、狡猾、野心勃勃，并在一定范围内很有权势。的确，他希望通过支持隆武皇帝扩�