他们肃清仍然活跃在这些地区的李自成残部。在这个时期中，明朝前线的一些军人提议合作；他们有的真的忠于南京，有的动摇不定，有的则真想背叛。最严重的背叛涉及驻守开封的总兵官许定国。
在后方得到一定程度的巩固并得知南明的情况后，清廷在11月中旬决定同时发动对西安和南京的战役。这两个战役分别由多尔衮之兄阿济格王、其弟多铎王指挥。但后来河南东北部出现的局势威胁着这两个战役的成功。于是对战略作了修改：多铎在平定黄河以南洛阳至开封地区之后，转而进攻李自成在潼关的最坚固的防线，同时阿济格从北边进攻西安，对李自成的根据地形成两面夹攻。
多铎的任务执行得迅速而顺利。1645年1月初，他的军队在河南西北部渡过黄河，占领洛阳及其以东直至开封的所有据点。他们击败起义军，俘虏或接受了几个明朝将领的投降。没有后顾之忧，多铎遂引兵向西，经过激烈战斗，于2月9日攻破潼关。这时李自成放弃了西安。在阿济格的追击下，他带着一支约20万人的军队向东南方向逃走，沿陕西、河南边界进入湖广北部。多铎留在后面完成在陕西和河南西北部的作战计划。但3月11日后不久，他接到进军江南的命令。
明廷的反应是把最好的军队派到前线，击退清军并沿黄河南岸标出新的防区。但有两件事严重地削弱了朝廷应付清军进一步挑战的能力：高杰的被害和左良玉的起义。高杰是江北四镇中最能打仗也是最骄悍强横的将领，他受命从驻地徐州向西进军以保卫洛阳和开封之间的战略要道，同时与总兵官许定国协同作战。
由于高杰与许定国从前有仇隙，两人素来互相忌恨。现在两人都表示友好与宽宏。但是，1645年2月8日夜，许定国在他的睢州驻地宴请高杰，将他杀害。随后他渡过黄河投奔清军，在他们眼中，他的杀害高杰大大提高了他的身价。同时这一行动使高杰的大军陷入愤怒与混乱之中。其他各镇将领对高杰的怨恨和南京的政治阴谋，挫败了史可法重建高杰军的领导的企图。当他们不受管束地进入南直隶向扬州溃退时，守住黄河防线的希望就破灭了。
清军在陕西击败李自成，增加了左良玉部下的担心；他们害怕他们给养和纪律都很差的军队将面临来自西北的起义军的猛攻。此外，关于可疑的太子和童妃的谣言传到湖广，增加了左良玉对马阮集团的厌恶。年老、有病、精神不济的左良玉在部下祈求下，把一封假造的太子求援的书信当作真的接受，并以此作为移师向东清除马士英的借口。4月19日，当清军向东穿过河南北部而李自成的溃军在阿济格追击下迫近武昌时，左良玉开始了他的“东征”。
左良玉在九江遇到江楚总督袁继咸时，才认识到自己受了愚弄，袁继咸拒绝支持他。他们两人的军队都不听命令，密谋劫掠九江城。左良玉因懊悔致使病情恶化，不几天死去。他的义子担任叛军的领导，继续东下，沿途“征集粮食”。马士英和阮大铖怕左良玉甚于怕满族人，他们以为可以通过谈判使后者缓和下来。因此，当清军迫近徐州和凤阳时，马士英命令长江以北的明朝将领包括史可法在内移师南京以西去阻止左良玉的军队。虽然荻港附近的驻军足能阻止现已成了一帮散兵游勇的挺进队，但在这紧急时刻，注意力和兵力被从淮河地区引开了。
多铎的军队于4月1日从潼关出发以后，分三路前进：一路经虎牢关；一路经洛阳地区，沿颖水而下；一路越过兰阳，从开封东边穿过。他们在归德汇合后，再分兵渡淮河。一支指向临淮，另一支指向盱眙。后一支在徐州再分出一支精兵，在准塔王率领下沿黄河东北取淮安。直到清军在5月13日抵达扬州，他们沿途没有遇到抵抗。相反，许多明朝将领投降并为敌人效力。
史可法的军队不是大量被调走就是开了小差，留下守扬州的人很少。顽强的扬州人民回击清军的进攻，拒绝多铎反复的投降引诱。最后在5月20日，城墙被大炮攻破；也许为了做给其他可能想抵抗的城市看，满洲人下令屠城，可怕的大屠杀持续了10天。史可法自杀未遂被俘，在他拒绝顺从多铎后被杀。他成为中国历史上最著名的爱国义士之一。①到1645年5月30日，清军主力集结在长江北岸仪真至瓜州之间。对岸，在大运河入长江处，有大量明朝军队保卫府城镇江和那里的运输站。6月1日夜，清军利用黑夜和大雾，将扎有火炬的木筏送过江，引诱明守军开炮射击。同时，一支先头部队在西边偷渡过江。第二天早晨，当镇江守军发现清军就在附近时大为恐慌，弃城而逃。
阿济格追击李自成，经过左良玉放弃的武昌地区，进入江西西北边境的山区，6月初，李自成也许在这里为村民所杀。①一部分清军继续寻找李自成，其他的则尾随左良玉军沿江而下，计划从后面攻击它。但5月下旬，清军刚到九江，这支七零八落、走入迷途的明朝军队就来投降，未经任何战斗。
镇江陷落的消息使南京陷入一片混乱。1645年6月3日夜，弘光皇帝带着少数人秘密出城，向西南方向芜湖附近的黄得功驻地逃去。第二天，当发现皇帝不见了时，马士英带着一支庞大的卫队和一个据说是皇太后的女人向南边的杭州逃去。其余大多数官员也逃的逃，走的走，有的干脆闭门等候，老百姓则洗劫了皇宫和高官住宅。一个监生领着一伙暴民从狱中救出“太子”，让他穿上宫中的戏装“登基”，并在武英殿建立一个小朝廷。但总督京营圻城伯赵之龙这时站了出来，他想保持城内的平静并保护好这座城池。他容忍“太子”的支持者，同时向多铎作出和解姿态，直到他确信能以有利条件投降并把南京交给满族人。
6月7日和8日，清军到达南京城外，在直接通向皇宫的主要城门外扎营。在这里，在倾盆大雨和泥泞中，他们接受了明勋臣和文武官员头面人物的投降。多铎在他们的忠诚得到证实，和平占领这座城市有了保证之后，于6月16日从南门进城。同时，在芜湖的弘光皇帝和留下来的少数支持者打算去杭州，在南宋时这里曾是中国的国都。但他还没来得及动身，刘良佐就领着一支清军到了。黄得功由于部下的背叛和受了重伤而自杀，皇帝被刘良佐捉去。6月17日和18日，这个原来的皇帝穿着平民的衣服，被押送回南京，沿途受到人民的辱骂。到南京后他在一个有多铎和“太子”参加的宴会上受到羞辱，然后被关在南京附近一个地方。
另一支8万人的清军，沿大运河南下取苏州，然后继续向南，以粉碎效忠明室的人在杭州建立国都的计划。在那里，潞王起初拒绝然后同意就监国位，①但并未采取任何实际措施，直到满族亲王博洛率领一支清军于7月6日突然出现在杭州城下。潞王开城门投降，这个地区的大部分明朝军队争先恐后渡过钱塘江，向东南退去，钱塘江和杭州湾这时就成了明、清军队的主要分界线。②② 邓斯坦：《晚明的时疫》＇149＇，第12页。
③ 例如，见李文治：《晚明民变》＇334＇，第123页；和居密：《明清棉纺织业与农村社会经济的变化》＇563＇，《中国文化研究所学报》，7，2（1974年12月），第525页。
④ 见前地图26。
① 叶绍袁：《启祯记闻录》＇615＇，见乐天居士编：《痛史》（顺治〔1644—1662〕初年；上海，1911年重印），第3卷，ⅩⅤⅢ，2，第10叶。关于这个时期中国东南的这个地区和其他地区的社会动乱，见傅衣凌：《明清农村社会经济》＇181＇（北京，1961年），第92—124页；以及他的《明代江南市民经济试探》＇182＇（上海，1957年），第94—95页；森正夫：《明清时代之土地制度》＇397＇，见岩波正典编：《岩波世界历史讲座》（东京，1971年），第12卷，第7章，第235—245页；和马克·埃尔文：《中国过去的模式》＇151＇（斯坦福，1973年），第245—247页。
② 到明史的这个时期，一个名为复社的东林附属组织深深地卷入了朝政中的勾心斗角。为了方便起见，在以后发生的事情中，东林一词将用于这个组织的成员。有一篇用英文写的文章，倾向于夸大复社在晚明政治史上的重要性，见威廉·S。阿特韦尔：《从教育到政治：复社》＇2＇，载《新儒学的演变》＇138＇，狄百瑞编（纽约和伦敦，1875年），第333—367页。又见登纳林：《嘉定义士》＇142＇，处处可见。
③ 见本章，《魏忠贤的垮台》、《温体仁和崇祯皇帝》。
① 登纳林：《嘉定义士》＇142＇。
② 关于张献忠在17世纪40年代初的活动，详见帕森斯：《农民起义》＇418＇，第142—156页；和李文治：《晚明民变》＇334＇，第78—89页。
① 左良玉传见《明史》＇41＇，273，第6987—6998页，和《清代名人传略》＇271＇，第761—762页。
② 孙传庭传见《明史》＇41＇，262，第6785—6792页。
① 罗荣邦：《和战政策问题政策的制订和决定》＇360＇，见《明代政府研究的七篇论文》＇263＇，贺凯编（纽约和伦敦，1969年），第68—69页。
② 阿巴泰传见《清代名人传略》＇271＇，第3—4页。
③ 《明人传记辞典》＇191＇，第4页。
① 黄仁宇：《明代财政管理》＇250＇，第123页。
② 这一段主要依据小弗雷德里克·韦克曼的《1644年的顺朝过渡时期》＇527＇，见《从明至清》＇476＇，乔纳森·D。斯彭斯和约翰·E。威尔斯编（纽黑文和伦敦，1979年），第43—87页。又见李文治：《晚明民变》＇334＇，第135—143页；和帕森斯：《农民起义》＇418＇，第123页以下各页。
① 韦克曼：《顺朝过渡时期》＇527＇，第52—53页。
① 吴三桂、多尔衮传见《清代名人传略》＇271＇，第215—219页和第877—880页。关于吴三桂究竟在何时投降满族人、何时与多尔衮联合将李自成赶出北直隶，仍有一些问题。关于这