方从哲的离去，无疑使朝中的东林党人感到高兴。对天启皇帝保留刘一燝、韩爌（约1558—约1637年）、叶向高（1562—1627年）①为首辅，也是这样。他们虽然不是积极的东林党人，但他们同情东林党，并在此后几年的许多次争论中援助过他们。当邹元标于1621年年中来到京师，并和一些同他意气相投的人如高攀龙（1562—1626年）、赵南星（1550—1628年）、刘宗周（1578—1645年）相结合时，东林党的影响就更大了。刘宗周几乎立即就使人感到他的存在。他到礼部任新职不久，就上疏指出，魏忠贤可能成为第二个赵高，赵高是秦朝声名狼藉的太监，被认为应对秦二世的死和秦朝的崩溃负责。魏忠贤虽然气得暴跳如雷，但还没有力量奈何刘宗周。①这样，在17世纪20年代初期，组织松散的东林集团成了朝中占优势的一派。不过他们的势力并非没有受到挑战，并经常受到重大的政治挫折。1622年初，两个东林的同盟者周嘉谟（1546—1629年）和刘一燝，在一再受到据说是听命于魏忠贤的官员的指责后，各自辞去了吏部尚书和首辅的官职。②那个夏天，另一个东林的重要支持者礼部尚书孙慎行（1565—1636年），在同东林的宿敌、太监以至皇室成员进行了一系列激烈争论后，离开了政府。①对东林运动最严重的打击发生在1622年秋。邹元标和冯从吾在北京建立的一个促进哲学讨论的书院引起了争论，他们两人在争论中辞职。由于大多数参与这些哲学讨论的人与东林有牢固联系，东林的反对者就指责这个书院的建立是为了党派性的目的。
当皇帝下令关闭书院后，邹元标和冯从吾被迫提出辞职。邹的离去严重地影响到政府的稳定。他自复官以后，是东林领袖中最温和的，作为左都御史，他曾努力统一政见，并帮助政府集中注意国家所面临的问题。他离去后，双方的极端分子都上升到突出地位，带来的后果对几乎所有有关的人都是灾难性的。
东北边疆的事态发展，1620—1626年文官控制军事是晚明中国的一个已经确立的原则，而万历和天启朝的党争不可避免地涉及军务。在天启朝，这类事件中最著名的，涉及杰出的军事战略家熊廷弼（约1598—1625年）。②在满洲人于1619年4月击败一支中国和朝鲜的联合远征军之后，③熊曾被任命为辽东经略（明朝军队在东北地区的最高指挥官）。他在担任经略的第二年，逐渐改善了防务，恢复了军队的士气。然而，他的谨慎却被朝廷中的一些人视为怯懦，他的直率和傲慢又使他在长期和充满争论的官场生活中到处树敌。1620年10月，他被撤去经略的官职，由他的一个部属袁应泰（约1595—1621年）代替。④袁是一个杰出的文职人员，但缺少军事经验。他的致命错误是决定用蒙古部族成员补充辽东的中国军队，这些蒙古人是为了躲避饥荒和满洲人的进攻而逃到明朝边疆的。1621年春，这些蒙古人中有一部分在紧要关头叛逃。由于他们的帮助，满洲军队在1621年5月4日占领了战略城市沈阳，几天以后又陷总部所在地辽阳。袁和几个官员宁愿自杀而不肯投降；他的其余的同事均战死。夺取辽阳后，满洲军队就控制了辽河以东的全部属于明朝的领土。
虽然新近的研究指出，在17世纪20年代初，满洲军队要比他们那时看起来弱小得多，⑤但中国军队的拙劣表现使朝廷陷入一种近乎惊慌的状态。1621年5月16日，北京宣布戒严，援军被仓促派往前线。皇帝周围的人纷纷献策，特别是建议起用熊廷弼。皇帝不顾激烈的反对（其中许多来自反东林方面），同意了这个建议，熊于7月24日再次成为辽东经略。不过，这时他的总部设在山海关，这个战略要道在长城的东端终点，距京师仅有175英里。许多在上次参与促成熊的免职的官员被降级、调离，或者，像一个坚决反对东林的人那样，被削去了官僚的身份。
不幸的是，熊廷弼与该地区的新巡抚王化贞（1613年进士，1632年去世）不能很好合作，王驻在山海关和辽河之间的广宁。①这两人在战略上不一致：熊廷弼想采取一种谨慎的防御性战略；王化贞坚持要反攻。当王的一员将领毛文龙（1576—1629年）②9月初在满洲人的后方进行一次大胆的袭击，占领了鸭绿江上的一座城镇时，王大为高兴，他使朝中的许多人相信，现在是进攻的时候了。熊廷弼坚决不同意，认为这种出击不会有任何益处。照他的说法，这些独立的、互不协调的行动有损他的威信。但是，朝廷极想从前线得到好消息，就不顾中国古典军事理论的告诫，而干涉战场上的指挥官。毛文龙得到提升，王化贞由于新任兵部尚书张鹤鸣（1551—1635年）的支持，①继续向辽河对岸出击，向满洲人挑战。
正如熊廷弼所担心的，这引起了努尔哈赤的注意。1621年12月，他的侄儿阿敏率领的一支军队，从朝鲜西北部驱赶毛文龙，迫使他逃到靠近鸭绿江的一个小岛上。几个月后，王化贞在广宁遭到惨败，向山海关逃去。熊廷弼没有兵力反攻，把剩下的军队撤进山海关，封锁敌人直接进攻北京的通路。敌人没有直接进攻北京，但熊和王由于他们的“失败”被逮捕，并判了死刑。不顾朝中的许多抗议，其中一些是京师的东林分子组织的，三年后，在一些同魏忠贤有勾结的官员的支持下，熊廷弼被处死。王化贞直到 1632年，在魏忠贤死后很久，才被处死。
对气馁和混乱的中国军队来说，幸运的是，满洲人不能利用他们在广宁取得的重大胜利。努尔哈赤从1618至1621年迅速而轻易地征服了辽东的许多地方，没有时间对这些地方进行巩固；他对辽河以西的领土就更少控制。虽然满洲人在1623至1624年企图实行进攻政策，但后勤问题、食物短缺和后方的人民起义，迫使他们暂时停止进攻。②这给了明朝军队一个喘息机会，并利用了它。
经过几个月的混乱之后，孙承宗（1563—1638年）①被任命为蓟辽经略，驻山海关。他立即开始改善该地的防务，在以后几年中，他和他的有才能的部属袁崇焕（1584—1630年）①夺回了一些王化贞丧失的领土。甚至当孙承宗由于同魏忠贤的长期争吵而于1625年11月辞职后，袁崇焕仍能在山海关以北120英里的战略重镇宁远打退满洲人一次大的袭击。努尔哈赤在这次交战中受伤，并于1626年9月30日死于他的新京沈阳。他的死虽然并未解除东北边境的危险，但中国在那里的处境在1626年下半年不像1622年3月那么严峻，当时王化贞在广宁正被击溃，熊廷弼竭力想阻挡满洲人的前进。
帝国其他地方的军事问题
在17世纪20年代初，满洲人不是明朝唯一的威胁。在遥远的西南省份贵州和云南，苗族和其他民族经常闹事，1621年秋，四川的一个罗罗族首领趁政府关注辽东之机，发动一次大的叛乱。包括重庆在内的许多城市被占领，省城成都被围102天。②正当朝廷发兵前去平定时，四川、贵州、云南一些地方的土司起来反对政府。政府面对双重威胁。它拿不出人力物力在西南进行持续的战争；同时又丧失了这些地区的人力物力资源。由于四川从宋朝起就是一个主要的粮食出口省份，③而贵州和云南有许多全国最富的银矿，①那里的麻烦在经济上的影响是严重的。
1621年11月开始的成都之围以后半年，东南沿海出现一个新的威胁。荷兰东印度公司的船只在东亚水域劫掠中国、葡萄牙和西班牙的船舶已有20年，对福建和广东的经济至关重要的海上贸易，不时受到严重的破坏。1622年6月，一支有8只船的荷兰船队带了1000多人进攻葡萄牙殖民地澳门，企图接管那个城市同日本、东南亚和欧洲的有利可图的贸易。荷兰人在经历一场激烈的战斗并伤亡四分之一的人员之后被赶走，他们沿中国海岸向北驶去，至7月初在台湾海峡的澎湖列岛登陆。②在一个较大的岛上匆忙筑城后，荷兰人派了一个代表到厦门地区。要求同中国进行直接贸易，并宣称要干扰和破坏中国同西班牙和葡萄牙的贸易。中国人立即拒绝了这些要求和恫吓。1622年9月，福建巡抚派一名官员带信去澎湖列岛，命令荷兰人拆除他们的小城堡，立即离开。荷兰人拒绝接受，10月中旬，他们的船只开始攻击中国船只和沿海易受攻击的地点。他们暂时得逞，但福建当局终于予以回击。1623年10月，一个带有谈判者通行证的荷兰使者在厦门被俘，1624年，一支庞大的中国舰队迫使荷兰殖民者从澎湖列岛撤退到台湾。他们留在台湾直到明亡，虽是一个麻烦，但不是严重威胁。
经济问题和民间的骚乱
天启朝的大部分时期，中国经济停滞不前或者下降。这种下降的一个原因是新大陆的白银出口水平急剧下降，这个事实差不多同时影响到世界上其他许多地方。①在中国，这种下降可以归因于秘鲁白银生产的下降。②白银产量的明显减少不仅影响到马尼拉，而且使中国和菲律宾之间的贸易下降，因为正是白银把中国商人吸引到这些岛上来的。中国商人害怕同菲律宾贸易，还因为南中国海有海盗的危险。中国同西班牙贸易的下降，对福建沿海地区的经济活力有严重的影响，③而这些地区与明帝国的其他许多地区有着广泛的商业往来。
在1621至1627年间，明帝国的经济还受到其他因素的有害影响。杭州、北京和其他主要城市的火灾，烧毁了成千上万的人家和商家。1622年，现今甘肃省平凉地区的一次大地震，造成重大财物损失，据说死了12000多人。1623年，这个时期从山东半岛南部入海的黄河，在南直隶北部冲垮堤坝，淹没了徐州及其周围的大片土地。1624年8月，南直隶洪水泛滥成灾，徐州再次受到特别沉重的打击。由于广泛的军事行动、不断增加的赋税、政府的非必需品订货的减少，以及有些观察家所看到的官僚机