面对连续不断的亏欠和缺额，皇帝于1549年下令对这一统治时期开始时起的帝国财政进行一次全面清算。户部上报说，从1522年至1532年京师粮仓平均每年收粮370万石，其中280万石分配给军队、工役和工匠。粮仓通常拥有相当于8年或9年开支的结余。1532年以后，平均每年的支出增加到530万石，结余下降大约一半。储存银锭的太仓金库平均每年收纳200万两银子，其中的130万两拨作边境防御之用。1529年北京的国库拥有400万两结余，各省省库一共拥有约100万两。但是40年代期间，每年的常规支出增加到3470000两银子，每年留下超过1400000两的亏空，结余很快消失。
户部提出，通过经济和财政的整顿能够实现节约。它建议建立一种整顿帐目的制度，划分为四类：年税额，年收入，年支出和年储备。各部、朝廷、军事管区和文官衙署年终应上报这种账目。户部尚书希望用这种方法，对当时常见的不协调的现金和实物收付制度求得某种全面的写照。这一方案被批准并付诸实施，但财政状况仍然继续恶化。
1543年，皇帝同意拿出他个人收入的一部分以支付边境防御费用，直到1558年仍然生效的这一办法给太仓金库每年的收入增加了大约100万两银子。1551年两淮盐政转卖余盐每年获得300000两银子的利润，这一办法直到1565年仍然有效。这些措施以及其他的办法使金库预期的岁入银两达每年500万两左右，但很少能够征足这个总额。
1552年户部上报，用于帝国和边境防卫的费用每年总计支付银子已达5950000两，而每年收入的银两，由于免征和拖欠税款，总计不足这个总额的一半。为了达到收支平衡，户部尚书建议在长江三角洲的富裕各府征收200万两附加税。皇帝批准了他的建议，此后这成了征收用银子缴纳的附加税以偿付特殊费用的普遍方法。但是，在50年代期间，东南的富裕各府受遍布的海盗和盗匪之害，又遭受了异常多的自然灾害。在许多地区连正常的税也不能征收；根本不可能考虑附加税。
1553年，南京的官员们抱怨，省库储备经常耗尽，没有留下可用于赈济淮河流域的天灾的款项；但是户部没有款项可以提供，也没有现存的救济物资。在接踵而来的严重旱灾和洪水泛滥中，几千人成群结队地来到北京求食。米价上涨了一倍多，饿死是常见的，街头堆积着尸体。到了1554年春天，这座城市发生了严重的时疫。不得不分发现有的无论什么款项和物资以养活北京的居民。
50年代期间，每年支出的银两在300至600万两之间波动，每年都有亏空。必须依靠种种额外税收和附加费，依靠直接征用物资，依靠行政方面的节约来弥补这些亏空。50年代期间东南进行的军事行动，是靠遭受袭击的地区的巡抚征收附加税和派款提供资金。由于这些军事行动拖长，通常是靠对所有负担徭役的家庭摊派附加税，提前征收以支付军队给养。而且，当需要的款项增加时，还要强派一连串无穷无尽的、五花八门的特别税，其中的许多种此后再也没有撤消。1562年以前就这样征收了400000到500000两银子；1562年停征了一些税。但是，尽管这些费钱的军事行动正在进行，皇帝仍然把省的款项拨作己用，让地方的行政官员们想办法偿付一切费用。
在紫禁城的几座主要朝觐大殿和南边的门楼于1557年5月被焚毁以后，情况变得更加严重。它们必须马上重建，而宫殿的修建费用很大。（1596至1598年间重建紫禁城内两座主要寝宫花费的银子超过730000两。）这次，工程进行了五年，宫殿和大门1562年才完工。而在1561年，当这项大规模的建筑工程正在进行时，皇帝在皇城西苑的寝宫又被焚毁。
12月31日，皇帝在喝了一夜酒之后，和他当时的亲信到在宫中建立的一个貂皮衬里的小帐篷里就寝。当他们嬉戏的时候，一盏油灯不慎被打翻；火立即从寝具蔓延到帐篷，然后延及整个寝宫。没能救出任何东西。皇帝的全部服饰和珍藏的无法弥补的贵重物品全都毁于火灾。这座寝宫也必须立即重建。由于利用搜集来修建皇帝朝觐大殿的物料，这座寝宫只用四个月便完工了。所有这些工程都是在建筑师徐杲的指导下完成的，徐杲在名义上拥有工部尚书的身份。
南京戍军的反叛
这些费钱的修建工程引起了对银锭的更大需求，各种各样的方案和节约办法被提了出来以增加银两的收入，有时带来了灾难性的结果。大多数的建议涉及利用粮银比价的波动，以便换算的比率和市价可以更紧密地结合起来。这样就能控制换算的比率和价钱，使之有利于政府，能够赚得少量利润。
这些节约办法很多是以牺牲南京戍军的利益而实现的。这支戍军是在50年代期间招募来保卫南京以防大群海盗的劫掠的。这支戍军的粮食定额最初在1558年被削减，并连续不断地进行审查以保证把死亡士兵从名单中去掉。当这些节约办法证明还不够时，南京的户部尚书提出，通过降低一年两个月的换算比率（支付的银两每石从0。5两降到0。4两），能够可靠地省下一笔钱。1560年，南京负责粮仓的户部侍郎建议，停发新兵每年12石名为“妻粮”的补贴。①这是一项不合时宜而欠考虑的措施。1559年，长江三角洲发生了一场严重的旱灾，到1560年春，南京的米价涨到每石0。8两银子，为上述新换算率的两倍。1560年3月，当南京戍军的士兵们发现上述口粮补贴最近被削减时，他们怕这种办法很快便会用到他们身上，他们暴动了。户部侍郎被从他的衙署拖了出来，杀掉，并被赤身裸体地从一座牌楼悬挂出来，士兵们在那里向他的尸体射箭。
南京的所有高级官员在守备衙署集会以便决定怎么办；但是，当暴动的士兵包围了院子时，他们被迫逃命。在户部发给他们40000两银子后，部队终于平静下来。局势非常不稳，以致朝廷甚至拒绝调查这一事变，戍军没有受处罚。
这些问题还和对省库的经常而不断增长的另一种需求——皇族成员的俸禄——掺合在一起。到1562年，当一个御史提出这一问题时，被王侯之家占用来支付皇族族人俸禄的粮食超过了850万石（或所值银两）。这个数量还不够，需要支付的俸禄逐代增多。没有一个明智的官员在没有支持的情况下，想过问这样一个微妙的问题。但是，皇帝仍然只同意这个问题需要加以讨论。在1564年以前没有发生什么事情，在这一年，100多个皇族族人包围了陕西巡抚府第，要求付给他们这时欠下的600000石俸禄。省里的官员只能筹措到78000银子，不能使这些皇族族人满意。最后皇帝只好把所有皇族族人降为平民，并警告他们的亲王不要让这类事件再度发生。这件事就这样平息了，而俸禄问题仍然没有得到解决。
70年代以前，帝国的岁入没有增加。朝廷官员们没有提出革新的政策，南京的叛乱突出地表明，行政上的节约措施能实际付诸实施而无麻烦后果的是多么少。这些年对银两的不断需求确是酿成了税收制度方面持续时间很长的改革，这些改革后来整理成为“一条鞭法”。在这种制度下，从前按户摊派的徭役和其他杂役负担被折算成银两缴纳，同时在许多情况下逐渐并入田赋。这种改革最先在东南沿海省份开始，那里银子充裕，同时由于大规模的贸易和商业，在商业事务中长期以来都愿用银两。
① 范守己：《皇明肃皇外史》＇154＇，3。
① 关于这些事件的更充分的说明，见卡尼·T。费希尔：《明代中国的大礼之争》＇163＇（安阿伯，1978年）和中山八郎：《再论嘉靖朝大礼问题之起源》＇405＇，载《清水博士追悼纪念明代史论丛》（东京，1962年），第37—84页。
贸易和海上抢劫
在20和30年代期间，小群海盗沿着从浙江到广东的东南海岸到处袭击。这些袭击由隶属于不同首领的帮伙进行，他们和当地民兵打仗，也同样多地互相交战。海盗帮伙常常包括因各种原因而被迫过非法生活的平民和没有自己的计划或抱负的百姓。当他们能够依靠贸易赚钱时，他们便从事贸易或为其他的商人和海盗当掮客；当他们不能做买卖时，他们便抢劫；他们常常既做买卖，又进行抢劫。为了减少这种非法行为，朝廷再三颁布海外贸易的禁令。但是这种禁令不易推行，因为当地行政和军事当局本身都卷入了这种违法贸易的行为。①沿海戍军的纪律已经变得松弛，多数军官（他们保有世袭的职位）没有战斗经验。应该查禁海外贸易的军队的官员们反而充当海盗、外国商人和当地商人之间的掮客。1529年，福建温州的几个指挥官由于这样干而被谪戍。其后皇帝命令地方当局扣押并毁坏这个地区有权势的家族用于海外贸易的所有大船。当地的同业者拒不合作。当地社会大部分都在某些方面和这种非法贸易有联系。富有之家为船舶（常常装有大炮）和货物提供资金；军官们在交易中充当掮客；平民百姓在商船船队中做工，出卖他们能够在内地买到的货物。海外贸易构成了许多人的生计的一个重要部分，因而查禁海外贸易对谁也没有好处。
地方当局根本不理皇帝的敕令。1532年，广东巡抚被召回，因为他不能扑灭当地入侵沿海地区几近10年的海盗。1533年，兵部抱怨已经颁布的禁令没有予以实施，武装的船队沿着海岸任意抢掠。1534年捕获的一个海盗有50多艘大船听他的指挥。他入侵浙江沿海地区已有好几年，最后在一场血战中被捕，血战期间死了许多帝国的士兵。当地方的司法当局在这一案件中从轻判刑时，皇帝命令他们改变他们的判决，还派了一个朝廷的官员去指导他们重审此案。他希望判处所有卷入的人死刑。地方的当权者必须受到警告，这已不是小的罪过。
40年代期间，这些根本不同的海盗和商人的帮伙变得更有组织了。他们在浙