帝，特别是指责他没有把他父皇的病情告知他，没有让他奔临丧葬；另外，还指责他毁坏先皇所居之宫室，从而背弃了洪武帝的祖训。
他还指责皇帝受齐泰、黄子澄等宵小之臣的诱惑，对诸皇子进行了迫害，并且错误地指控他在做军事准备来反对皇帝。他争辩说，他所采取的行动是正当的自卫，同时他要求皇帝去掉左右的奸诈顾问们，恢复太祖皇帝的法律和制度。除此之外他还声称，他有义务来执行这次惩戒使命，因为他是马皇后所生的最年长的健在儿子，就责无旁贷；他指天誓日地否认他对帝位感兴趣，只是说他是本诸《祖训录》中的规定而开始清除朝廷中的小人官员的。
根据现代历史学家所提供的材料，他的任何指责是否有充分的事实根据，或者他是否真正能够在当时就把这些论点公诸于世，是值得怀疑的。可是，这些指责对燕王来说却是关系成败的问题；最终地它们要使他对抗朝廷的行动站得住脚，并且还可帮助他纠集能够抗命的人马。这就是为什么这位藩王在篡夺皇位以后要窜改历史记述，把那些和他的言论相矛盾的记载统统去掉，换上支持他的合法继承权利的一些历史说词。①内战：1399年8月—1402年7月
在叛乱开始的时期，燕王尚不占兵力上的优势。他的军队只有10万人；除了他的封地北京之外他也没有能够控制任何其他领土。南京的建文朝廷有一支三倍于燕王军队的常备军，拥有丰富的资源，并且已经废除了几个封建藩国。但是，这种简单的比较会把人引入歧途。燕王的强大表现在这样几个方面：他自己有领导能力；他的军队素质高——包括来自兀良哈诸卫的蒙古骑兵大队人马；他的战略高超；他又有不可动摇的必胜的决心。反之，皇帝的军队因指挥上无决断和协同作战不好而大受损害；同时朝廷又分散精力去搞那些甚非急务的政府改组工作，这当然也影响了战局。②从1399年末到1401年中叶是战争的开始阶段，它主要限制在北京（北平）府的附近州县和山东济南附近的据点。战争正式开始于8月末，那时建文帝派遣耿炳文（约1339—1404年）这位退休的高级军官为大将军去平定叛乱。9月11日，耿炳文想把叛军限制在北京附近，便在北京西南的真定部署了13万人的大军，但在两个星期之后便受了重创，被打败了。①于是已故的将军李文忠（1139—1184年）之长子李景隆接过了指挥权；但是，他也同样无能。10月中旬，燕王离开他的封地去寻求新兵；李景隆便乘他不在北京的机会率领讨伐军从南京地区开往北京。他在11月12日合围北京，但是燕王马上回师并击败了李景隆；因为李景隆的士卒大多数是南方人，不耐北方的苦寒，因此他被迫在三个星期以后退兵到山东西北的德州。②12月6日，燕王又送了一封信给朝廷，指责齐泰和黄子澄。作为战略上的姿态，皇帝正式罢免了他们两人的官职，用茹瑺（1409年死）代替了齐泰。可是，事实上他继续依靠他们出谋划策。在1400年1月月中，燕王又在西北发动了攻势，攻入山西；他在山西攻取了一个关键的府城之后就直趋首府大同。李景隆拖延了时日。当他的援兵在3月份到达大同时，燕王已经回师北京，李景隆便拖着疲惫和深受北方寒冻之害的军队返回德州。①1400年5月，双方在北直隶中部保定附近的白沟河岸上展开了一场大战。李景隆这一次想用钳形攻势一举粉碎燕王的军队，但是他在5月14日因大暴雨和洪水而失败了。四天以后，两军约60万人马打了一场对阵战。李景隆的军队拥有火器装备；但是他再一次受重创而溃败，在5月30日先退到德州，然后又退到济南。燕王现在却受到平安将军（1409年死）部下一支帝国骑兵队伍的威胁；幸而他的次子朱高煦从北京率援军来到才救他脱离了险境。
6月1日，燕王恢复了攻势，第一步进攻德州。在开赴德州的途中他击败了李景隆劳顿不堪的军队，并于6月8日围困了该城。德州由平安和盛庸（1403年死）防守；后者是帝国最能征善战的将领之一。燕王对守军的攻势没有取得什么进展，而且在帝国军队手下连吃几次败仗，因为皇帝的部队有时出城袭击他的后方。9月4日，当燕王得知从南京正在开来一支救援部队时，他解围而去，退回了北京。皇帝的军队再次控制了德州。朝廷对李景隆的表现不佳感到沮丧，就在6月后期免了他的职，而以盛庸为大将军来负责平定叛军。②在1400年秋天到1401年春天之间，燕王从逃离南京的宦官和将军们那里得了些消息，他便借此机会决定打一场消耗战。他采用游击战术，在北直隶的南部和山东西部进行一些牵制战和佯攻战，同时他找出了能绕过许多设防据点的南进路线。这就揭开了内战的新的一页。
1401年1月9日和10日，燕王进攻山东境内运河之西的东昌，但遭受了重大的失败。帝国的大将军盛庸这一次又使用了火器，打死了燕王军队中的几名将领和数万士兵。燕王在撤退回北京的时候，几乎被平安的骑兵所生擒。皇帝被这次捷报所鼓舞，在1月31日又恢复了齐泰和黄子澄的职务。燕王下决心要控制北直隶的南部，他在2月28日恢复了攻势。4月5日和6日，他的军队重创了德州附近滹沱河以北夹河上的盛庸的军队。这个月的晚些时候，燕王又击溃了平安的援兵。皇帝在失望之中于4月17日重新罢免了齐泰和黄子澄，而以茹瑺取代齐泰——茹瑺和遭贬的李景隆现在是朝廷里的主和派领袖人物。
这种重新组合的方式形成了人们熟悉的格局。当胜利似乎在望时，齐泰和黄子澄被官复原职；当战局不利时，他们又被罢了官。这不仅是意在安抚燕王的一种只有象征意义的人事变动；它表现了皇帝周围存在着严重的派系斗争。在政府新班子的领导下，皇帝向燕王做了一些最后遭致夭折的和平试探。但是，他继续支持他的这两位主要的顾问，而且委托他们去长江中游组织民兵队伍，以取得对他的帝业的支持。
在整个这个夏天，燕王不断袭击通往真定和德州的运河供应线，捣毁了从北直隶南部到山东南部的仓库和运输设施。1401年7月初，盛庸未能切断燕王沿运河的供应线；这条线路使山东北部的帝国部队面临很大危险。8月末，平安从真定对北京发动一次胜利的反击，迫使燕王又一次回师北上。但是，平安和他的僚属们在10日末又被遏阻，燕王则在11月底回到了北京。与此同时，建文朝廷从朝鲜输入战马，想以此增强它的战斗力，因为朝鲜国王李芳远（1400—1418年在位）公开表示支持皇帝打燕王。但是这些办法未能影响战争的结局，因为军事领导太无能了。③1402年1月，燕王离开他的封国，开始对南京发动一次新攻势。他听了给他当间谍的皇帝宫内太监们的劝告，绕过了运河沿岸、安徽和南直隶的淮河沿岸的设防堡垒，集中进攻那些防御甚差的城市和县。他的部队绕过了德州，渡过了黄河，并在一个月之内拿下了山东西北部的几个咽喉据点，完全切断了帝国政府通往北方的供应线。朝廷马上派已故徐达将军的长子、同时又是燕王妃的兄弟徐辉祖带兵增援山东；但是他没有能够挡住燕王的军队。燕王一直南进，在3月3日拿下了南直隶西北部的徐州。这时，皇帝的军队从北京地区和德州撤回，想保住南京畿辅地区。
1402年4月初，燕王进入安徽北部的宿州，打败了平安的骑兵，后者是被派来拦截他的。但是，5月23日燕王在安徽灵壁南面的祁门山受到严重挫折，被徐辉祖所率皇帝方面的优势兵力打败。燕王在这次战事失利中幸免于难，在5天以后，他利用徐辉祖突然被召回和援军到来的机会，对在灵壁驻兵的平安发动突袭，拿获了平安本人和其他几个重要将官。他的军队在6月7日攻破了淮河上盛庸的防线，并在绕过了淮河附近的凤阳和运河上的淮安（在洪泽湖附近）这两座坚固设防城市之后，以闪电的速度直下淮河，于6月17日攻占了扬州。7月1日，燕王的部队被盛庸的水军挡在南京对岸的浦子口。两天以后，指挥长江舟师的都督佥事陈瑄（1365—1433年）叛投燕王，因此燕王的军队有了渡过长江的船只。他们马上过了江，未遇抵抗地直抵南京城郊。①在此以前，建文帝曾经把他的军队从北方召还，并纠集南京附近的新兵来保卫京师，但是朝廷的政策迄至最后一刻也没有定下来。6月20日被召回的齐泰和黄子澄力主不惜一切代价保卫京师；李景隆和茹瑺则倾向于通过谈判解决问题。7月9日，皇帝派李景隆和洪武帝的第19子朱橞（1379—1417年）到南京城外的龙潭向燕王提出议和。他们回来报告说谈判失败，但是他们显然利用这次使命想用别的办法终止战争。5天以后，即7月13日，李景隆和当时防守金川门的朱橞私下密谋；他们不经战斗，大开城门，欢迎燕王入城。
在燕王军队抵达后的一场混战中，南京城内的皇宫大院起了火。当火势扑灭后发现了几具烧焦了的尸体，据说它们是皇帝、马皇后（于1395年结婚）和他的长子朱文奎（1396年生）的尸体。皇帝最后的真正命运仍然是一个谜。不能肯定他是否真的被烧死了；后来对他的帝业抱同情心的历史学家们都说他乔装成和尚逃离南京。官方历史学家当然只能说皇帝及其长子已死于难中；否则，燕王就不可能称帝了。皇帝的第二个儿子朱文圭当时只有两岁，他和皇帝家中其余幸存的成员一起被生擒。他被免于一死，但和其他家人一起被长期监禁，直到1457年他56岁时才重获自由。②燕王在礼仪上拒绝了他的支持者们反复劝进之后的几天，于1402年7月17日即皇帝位，但不是继承建文帝的帝位，而是继承太祖高皇帝的帝位。次日，他下令给据说是建文帝及其家属的遗体安葬如仪，但是，他没有给这位死去的皇帝以谥号。接着