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《大诰三编》包含了一份“坏”进士和“坏”监生的名单。③他下令给68名进士和53名监生处以死刑；5名进士和两名监生被判处流放；70名进士和12名监生被判服苦役。在这件事情以后他怕读书人会为之胆落，皇帝便附发了一道诏令。如有才之士拒不奉召来给政府服务，则应处死。他指出：“率土之滨，莫非王臣……寰中士夫有不为君用者即有背＇孔子之＇教，杀而籍没之不为不公。”④他又指出，为了处理郭桓的贪污案件，他不得不使用法典上无明文规定的严厉刑罚。⑤这样严厉的词句必然使那些可能为皇帝服务的文人们感到胆战心惊。4名御史的被判凌迟处死和14名御史带上枷锁（包括不幸的茹太素在内，他已在《大诰初编》予以提及）的详尽的案情，必定加强了他们逃避来政府服务的决心。⑥皇帝绘声绘色地谈到了一个特别令人产生憎恶心理的故事，此即关于一个已被锦衣卫带入宫内的贩毒商人的案件。皇帝命令他把他所卖的毒品服下，并在毒性发作时询问他这种毒品的成份。皇帝又问他关于解毒药的事情，在听取了它的制造详情后及时制出。他一直静观，直到这个商贩极度痛苦时才让他吞服解毒药。第二天，这商贩已从毒性中恢复过来，皇帝才把他杀头，并把头悬于竿上示众。①皇帝还利用《大诰三编》继续指责胡惟庸的支持者，如林贤。②我们不能肯定洪武帝的《大诰》流传有多广，但从当时的一首诗知道它广为人知。武进（今江苏）人谢应芳（1296—1392年）在洪武朝一直是一位隐居的学者，③他写了一首题名为《读大诰作巷歌》的诗。据这首诗说，连农夫也熟悉《大诰》的文字：天语谆谆祸福灵，
风飞雷厉鬼神（惊）听。
挂书牛角田头读，
且喜农夫也识丁。④
尽管皇帝在对待他认为不忠的人时采取粗暴办法，但批评者还是不断地涌现。1388年，最雄辩的才子出现了，他就是年方20的青年人解缙（1369—1415年）。这位才华横溢而勇敢的人在1388年中了进士。⑤皇帝对这个早慧的年轻人感到很奇怪，约他上朝陛见。解缙利用这个机会尖锐地批评了皇帝的统治作风。
解缙一方面承认皇帝在统一国家、恢复经济和消除一些浪费和颓废的习俗方面取得了明显的成就，同时也批评了司法制度。特别是解缙批评皇帝无休止地和无法预料地修改法典，他说道：臣闻令数改则民疑，刑太繁则民玩。乃国初至今二十载，无几时无不变之法，无一日无无过之人……尝闻陛下震怒，诛锄奸逆矣，未闻诏书褒一大善……或朝赏而暮戮，或忽死而忽赦。
解缙接着说，没有人敢批评皇帝这些错误统治的方式，因为大家都怕皇帝会勃然大怒：“谁不愿父母妻子安荣哉！”
他对这一点还发挥说：
所以谏诤固难，总缘祸衍不测。入人之罪，或谓无私；出人之罪，必疑受贿。逢迎甚易而或蒙奖，营救甚难而多得祸。祸不止于一身，刑必延乎亲友。谁肯舍父母，捐妻子，批龙鳞，以犯天怒者哉！
解缙要求皇帝在许多方面改革他的统治，停止使用“胁迫及法外之刑”。他坚持皇帝应该废除刑事犯罪的连坐法。①解缙可能由于年轻而免了一死。皇帝对他的陈情置之不理，解缙最后在永乐皇帝手下做了重要的士大夫。但解缙的批评概括了当时人士对洪武之治的看法。一位现代的历史学者曾经指出：正是在1385年到1387年之间皇帝重新思考着制度的形式并着重指出了法律的至上地位的时候，他使用了最无情的法外诸刑罚。②当1385年9月开始准备对蒙古领袖纳哈出发动最后攻击时，高级将领冯胜、傅友德和蓝玉奉命掌管北京的卫戍事宜。但是因其他军事优先事项的插入，反对纳哈出的决定性军事行动推迟了一年半。云南西部的掸族和缅甸的阿瓦邦“土司”思伦发在1386年1月兴兵叛乱，冯胜被派率10万人前往镇压这次叛乱。云南越州地区的罗罗人在3月间叛乱，傅友德必须被派往予以平定。1386年夏，傅友德进入云南西部，帮助沐英平息东川的一起骚乱。因此，要到1386年12月皇帝才能实际上命冯胜率大军20万去对付蒙古人。冯胜的部队在1387年1月与副将傅友德和蓝玉一起出发，首先驻兵于北京之东的通州。他们的最终目的地是纳哈出的金山大本营，此地在今沈阳之北约70英里处。这次征讨的方略也是皇帝自己制定的。
冯胜把大军暂时留驻通州，他派蓝玉和一支骑兵部队突袭扎营在庆州（今辽宁林西附近）的蒙古部队。蓝玉乘下雪之时进行了这一战斗行动，擒获蒙古人的太尉和许多马匹以及俘虏。快到3月底的时候，冯胜领兵出关外，加强了大宁（今辽宁凌源之西北）和这个地区其他前哨阵地的防务。他们留5万军队驻守大宁，主力部队继续向东北前进。7月间，冯胜宿营于金山之西。他于是把纳哈出从前的裨将乃剌儿送还给纳哈出，此人是明军在1376年俘虏的。乃剌儿被俘后，他在明军中做了一名低级军官，被赐了妻妾和田地住宅。1387年冯胜送他回纳哈出处时还附有一信，他敦促这位蒙古太尉投降明军，并拥戴中国的新王朝。乃剌儿的外交辞令使纳哈出在10月投降了蓝玉。纳哈出及其6500多名军官和家属被送往南京；纳哈出本人被封以侯爵、禄米2000担，并在江西赐以公地作为庄园和在南京赐有第宅。他在1388年8月31日死于武昌，可能是醉酒而死；他被埋葬在南京城外。①这次胜利之后，冯胜似乎正处在他荣誉的顶峰时期，但不久就被皇帝所抛弃。或许洪武帝认为冯胜是他权力和威望的对手，但是也有可能皇帝确实不喜欢人们认为的冯胜的那种骄傲自大和不端行为。关于冯胜行为不轨的报告于10月份送达皇帝。皇帝把他召回了南京，并收回了他的象征权力的印信。②冯胜到达南京时护送着纳哈出和一批蒙古投降人员，皇帝在11月就命他去中都凤阳居住。他被削去兵权，同时又被剥夺了河南的封地。这一调动有效地切断了他和住在开封河南的周王朱橚（1361—1425年）的密切联系。①周王的妻子是冯胜的一个女儿；他们已在1378年结婚，那时冯胜驻兵于此，为当地的守备。朱橚和冯胜之间不同寻常的密切接触可见之于下面的事实：1389年，皇帝严厉惩戒了周王去凤阳秘密会见冯胜。因此，冯胜的被疏斥可能是皇帝疑心这名王子与这位将军之间存在着危险的军事联盟。
冯胜还不是1387年以凤阳为安全居住地方的唯一将军。甚至皇帝的童年伙伴汤和也在12月从浙江沿海——他在沿海筑城和戍守以防备海盗——回到凤阳，自动地隐退。②很清楚，他是想退出现役。他在1390年中风，后来一直在凤阳不问世事。以迄1395年去世。
蓝玉却仍在服现役。1387年12月，他奉命追击蒙古统治者脱忽思帖木儿和他的将军们。③蓝玉现在是明朝在北方位高权重的将军。1388年5月，他率领大军15万横跨戈壁至北京以北约500英里处的捕鱼儿海，打垮了蒙古军队。脱忽思帖木儿和他的长子天保奴逃走，但是蓝玉设法捉到了他的幼子地保奴。脱忽思帖木儿后来被一个亲属所杀害。在这一次胜利中蓝玉俘虏了蒙古统治者100名家族和随从、约3000名王子及其部属、蒙古营帐中的77000名男人和妇女、各种不同的关防印信，以及15万头牲口。
蓝玉在蒙古取得殊勋之后即被召回南京。他在1388年9月25日抵达南京，次日陛见时接受皇帝所赐的荣誉；但是，皇帝的褒赏之词中也略寓儆戒之意。皇帝曾经听说蓝玉纳某些原来元朝的公主和宫女为妾；脱忽思帖木儿的儿子地保奴事实上为此事抱怨过。有一个这样的妇女后来自缢而死，或许她是遵照蒙古习俗，即君主之妻在君主死时应自杀而亡。皇帝听到这些报告后很不高兴，因此拖延了几个月，直到1389年1月才把蓝玉晋升为公。虽然皇帝不喜欢蓝玉的个人品行，但他很看重他的军事成就。他对蓝玉和他的某些下属大加赏赐，并且在奉天殿隆重赐宴。①正在这时，皇帝颁行了《武臣大诰》。和他的其他《大诰》一样，这份《大诰》列举了皇帝已经审理和判决的个别贪污官员的罪行。它和从前发布的《大诰》不同之处在于，它是用汉语白话文写的。据皇帝解释说，他之所以这样做，是要让所有的军职人员都能读懂它的内容。他尽量避免使用“秀才之文”，即文人学士所用之古文。据这份《大诰》所记，皇帝治狱的对象是在各不同的卫中服役的中、下级军官，因为他们利用权势欺压当地的人民和士卒。②为了对付中国西南部的叛乱，傅�