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在1355年的最初几个月他胜利地保卫了被元军围攻的和阳（或和州，在长江北岸，今和县）之后，开始注视着富庶的长江南岸了。最重要的是他看中了大城市南京——当时称为集庆，此地控制着长江下游地区。1355年初郭子兴已死于和阳。郭子兴的儿子们认为自己是他们父亲的后嗣和继承人；红巾军宋帝韩林儿授予郭子兴年长的儿子和郭子兴的一位旧军官张天佑——即郭之妇弟——以高级职位，而任命朱元璋为他们的副手。但是，朱元璋下面又围绕着24名伙伴，还另外有一些从其他叛乱中跑来归顺他的重要军事领袖；这是靠朱元璋的个人威信而不是靠红巾军的旗帜把他们团结到他周围来的。在这些新归附的人中有常遇春，他在后来的岁月中是朱元璋军中最进取有为的将军，被信任的程度仅次于徐达。另外自动来投奔朱元璋的有沿安徽内陆水道的舟师头目廖永安和俞通海。他们用小舟和驳船组成的船队给了朱元璋以渡过长江的手段，使他能用水师和陆军在广阔的前线作战。
1355年7月10日预期已久的渡江行动开始了。接着在8月中旬首攻南京。初战未得手，但朱元璋的军队逗留在南京未去，荡平了周围地区一些小城镇。10月末第二次攻打南京，郭子兴的在世的年长儿子和张天佑被杀，这样就去掉了朱元璋的两位顶头上司。整个指挥权此时就由他一人掌握了。
明王朝的建立
1356年4月10日，经过多次接战之后朱元璋终于拿下了南京，马上把它定为新的首都，并立即给它改名为应天。就在那同一个星期之内，张士诚也渡过了长江，把苏州定为他的首都。那一年的早些时候，倪文俊拥立徐寿辉为南翼红巾军的皇帝，国号天完，其新首都定在长江岸上的汉阳。攻下南京后的下一个月，韩林儿任命朱元璋为江南行省平章，郭子兴仅存之子则当了他的副手。郭子兴的这个儿子谋叛被发觉，因而被处死。朱元璋现在成了以长江为根据地的北方红巾军中无人敢与争锋的领袖，也是整个北方叛乱军中那位傀儡皇帝的守护人。他崛起于群雄角逐之中，成为佼佼者了。
在他的事业的这个时期，人们还可能看出朱元璋会由一个民间教派的叛乱领袖变成一位企求传统合法性的政治运动的领袖。现代历史学家已充分地讨论了这一点，我们无需在这里再多费笔墨。①可是，简单考察一下这个转变过程的某些方面是有用的。
人们已注意到，朱元璋在1354年得到李善长做他的第一位文人助手。这时他已踏上攻占滁州的征途，因此摆脱了濠州那帮无能的红巾军领袖间的令人难受的争吵。换句话说，朱元璋已自奔前程去了。李善长出身于定远——朱元璋在南征途中第一个打下的县城——的地主之家。李善长最多不过是起码的传统学者精英人物。他这个人没有多少学识造诣，但直到那时为止他却与朱元璋的其他伙伴有明显的不同。他能够与朱元璋谈论历史和礼仪——这是中国人讲治平之术的两大支柱；他够格掌管幕府，而它又是任何领袖在致力征服和治理这两方面所必需的机构。他一直是朱元璋主要的文官，最后在1368年被新王朝任命为中书左丞相。
李善长是从此以后被积极召募的这个日益扩大的文官集团中的第一个人。在每次攻下一个行政城镇时，当地的文人不管是在敌人那里服务的或是过隐居生活的，都被召来接见并常常给予官职。比如，1355年在太平当朱元璋初渡长江和得到杰出的陶安的帮助时，这个办法就付诸实行了。在攻下南京之后，他征聘了十余名士大夫，把他们安置在南京城市以及新征服的附近县城的新文官政府中。特别是朱元璋对那些曾服务于元朝的人和精英阶层中他的“级阶敌人”都采取明显的概不歧视的态度。由于这些原因，朱元璋对马克思主义历史学家来说一直是一个难题。
他的出身确实是“被压迫群众”中最贫苦的阶层。他的教育程度太平平了，因此他和传统的统治阶层没有共同语言。但是，他最初的文人助手们使他相信，以公元前3世纪汉王朝的开国之君为榜样（汉高祖的出身虽然不像朱元璋那样低下，但他可以成为很近似的榜样），他也可以成为一位圣明之君。朱元璋在这些年中努力想做到合乎标准的圣明之君，这表明他非常勤奋好学，颇堪造就；他的精英集团顾问们真心实意地引导他向这方面发展，这显示了他们是信奉开放社会的理想的。
可是，某些近时的历史学家们指责他“背叛”了他的低下的阶级出身，因为他背弃了促使他发迹的民间秘密宗教教义。可是如果不这样做，就会妨碍把叛乱变成政府所需要的各种社会力量的联合。教义的改变进行得很小心谨慎，因为他认识到了教派的思想在他的军人随从者的心目中和在被他征服的某些地区的民众中间是有份量的。可是，他渐渐地能够搞起妥协折衷来了。到了他实际上建立新王朝的时候，他能够公然斥责红巾军的思想意识是煽惑普通老百姓的愚蠢的异端。然而，直到他临死他都一直骄傲地谈及和写到他来自充满天灾人祸的淮河地区而作为贫农儿子的卑微出身，最后他对只知道过精英阶层那种悠闲自在生活的人表现了越来越多的蔑视，甚至还表示愤慨。可是，从1355年渡江到1367年末建立新王朝时为止的这些年中，他表现为一个孜孜不倦和心胸开朗的好学之士，不断地开拓着他的视野。
那个时期的军事方面的历史将在下一章详加描述。保证他的早期国家能够生存和发展起来的军事任务左右了那些年的岁月。朱元璋建立了开创一个新王朝所需要的一整套政府制度。这一章结束时将简单地讨论一下这些步骤。
据认为，朱元璋以厌恶的心情目睹战争的无意义的破坏，他也曾尽力要求军队守纪律，以便赢得被占领地区人民的好感。从早在1354年起及其以后的年代就有许多传闻轶事，说他很同情受苦的人民和坚持严格的军纪，而这与当时的一般战争行为都是截然相反的。这些传说受到了挑战。①人们认为它们在某种程度上为后世所添枝加叶的结果，其用意在支持王朝历史学家所提出的一种观点，以显示天命的正确作用：“天视自我民视，天听自我民听。”从原则上说来，天命应该归于那个最能体现以同情心治国这种理想的争夺王位者。朱元璋的仁慈无疑地被后来的说教夸大了。可是，他最早的一些文人顾问们，从1354年的李善长和1355年的陶安起，经常给他讲授这种道理。这可能在促使他重视安置普通农民的生活中起过某些作用。特别是在他最初的年代中，他尽力创造一个未来的贤明统治者的形象：减免战祸地区的赋税；惩罚他自己军队中的掠夺者；以及和奖赏自己队伍中的追随者一样，也嘉奖为元王朝忠诚无私地效劳的人员。不管准确与否，他能够以这样的形象同蒙古官员们，同他的大部分对手的放纵恣肆行为，或者从最好的方面说是不关心人民疾苦的行为，构成鲜明的对比。
朱元璋非常尊敬那些为他的敌人服务过的人所表现的忠诚的优秀品质。他从未向蒙古元王朝一度享有的合法性挑战，只是指出蒙古在他那个时代应该失去它的合法地位。可是，当敌人的军事领袖因抵抗他的部队而殉职时，或者当平民被俘后自裁而不是顺从他时，他对这些人都葬之以礼，甚至往往建祠作为纪念。这无疑是一种有效的宣传方式，有利于填平他和整个社会地方精英之间的鸿沟。这种政策当然是他的文人顾问们劝他实行的，而他以自命不凡地把实用主义和理想主义结合起来的态度采用这种政策。
曾经有人强调指出，朱元璋并不真正相信民间宗教领袖们的教义，即至少相当于我们今天所说的那些粗俗的迷信。①可是，他并不与大批食客分手：这些人都装扮成受人尊敬的预言家、成功的法术师、疯疯癫癫的和尚和另外一些平凡的宗教领袖。这些人使他的事业在普通人民心目中具有一种天神相助的味道。这种情况在他的文人顾问和士大夫的圈子中引起了问题，因为他们宁肯与所有异端邪说更明确地决裂。由于他凭他的直觉处理了这种问题，所以从这里可以看出，他的独立思考、他的意志力，以及他对群众心理的了解是有比别人高明之处。
朱元璋最后同红巾军宋王朝的决裂时间要比他的学者顾问们所建议的时间晚得多。1363年，朱元璋专心致志于对他最强大的敌人陈友谅的即将到来的最后战役作准备。2月份，他的另外一个方面的敌人张士诚派遣一支讨伐部队来攻打安徽西部的安丰。此地是韩林儿和宋王朝出谋划策者刘福通的大本营。这对作为北翼红巾军最后残余的忠实保护者朱元璋来说是加倍为难的事情，因为那时他的战线是拉得太长了。不顾他的战略和治国论的主要学者顾问刘基（1311—1375年）的严厉劝告，他还是派出一部分野战军并亲自（由徐达去打头阵）带领前往救援韩林儿。根据大多数材料，刘福通被张士诚的军队俘获和杀害。于是朱元璋不得不渡过南京以西的长江，把小明王的宋朝廷迁往滁州：现在在军事上已无足轻重的红巾军朝廷能够在这里平平安安地苟延日子了。
这次牵制性军事行动所冒的风险是很大的；他的敌人的错误在于没有更好地利用它。可是，当朱元璋正在受到南翼红巾军的挑战时，这次牵制性战役对保证朱元璋的军事领袖们的顺从来说可能是必要的。甚至他青年时期的哥儿们也认为必须捍卫他们合法地位的源泉。朱元璋照旧奉宋国家龙凤年号的正朔，一直到韩林儿在1367年1月过长江被淹死时为止，按照旧历这时是前一年的腊月。但是，虽然朱元璋有此机会能够解除他长期和小明王及其已消失的权利这些旧形式的联系，他仍然在一年以后才把他的王朝改名为“�