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元代司法系统中刑部地位很高，但其权力并未延伸到与蒙古人和畏兀儿人有关的案件中。大宗正府审断涉及蒙古人的案件，而有关畏兀儿人与其他色目人的案子则由都护府审断。不同的民族按照各自的法律与风俗来判决。③因此，蒙古断事官札鲁忽赤在宗正府内解决蒙古人发生的纠纷。如果涉案人来自不同的民族，就由汉人与蒙古人混合组成一个审判组来裁决。1328年以后，此类案件由宗正府处理。
六部中的第六个是工部。其职责是监管官府作坊，修筑城堡，选调国家工匠，铨选工匠官，征募政府工程所需劳力。
自隋唐以来，六部一直是传统的中国中央政府的一部分。因此元朝六部的存在往往给人造成一种印象，元朝官僚行政机构是汉化了的。但是从这些部的实际功能中，却反映出蒙古人是如何按照其优先考虑与方针而将这些机构进行了改造。例如，兵部的架空以及对刑部管辖权的限制就是蒙古人进行改制的例子。
蒙古人的地方行政管理与标准的中国地方行政管理差别颇大。蒙古人大量运用分支机构，在类似中央机构的名称前加上前辍词“行”字，建立起行中书省或行省以及行枢密院。蒙古人不是内亚民族中第一个依靠行政分支来统治帝国的。三国时期（公元220—264年）的魏首先使用“行台”这一术语，指的是地方军事管理机构，这些机构都是临时设置的。①为元朝地方行政机构作出先例的最重要的是金朝的行台尚书省，女真人的金朝在各地建立此机构以监视当地军政两方面的事务。②在元代，行政机关的分支有长久与临时两种类型。③中书省和御史台通过永久性的行中书省和行御史台在地方一级行使其权力，而枢密院仅仅在军情紧急时才设行枢密院，而且紧急情况一旦解除，这些行枢密院也就被撤消。在元朝初期，当军事当局和民事当局集中精力巩固自己权力的时候，一些其他的临时分支机构也曾在地方上建立过。如1263年下令在陕西建置行户部，负责征收当地赋税。④1276年在华北大名府也设置了行户部以印刷纸钞在江南流通，因为中国南方马上就要被占领了。⑤1274年行工部的建置，负责管辖两千多名曾逃离其主人的驱口。①但是这样临时的地区性的部门仅是一些例外，元代史料中没有吏部、礼部、兵部或刑部通过分支机构或地方机构行使权力的记载。
永久性的行中书省（或称行省）总共有11个，是在忽必烈时期正式建立的，为的是进行行政区的管理，抚绥边疆地区，管理漕运，在地区一级全面负责军、政事务。在联络与控制的结构中，行中书省直接听命于中书省。开始，在忽必烈继位之前的几十年中，蒙古人还处在安定华北的过程中，一些兼管军、政的长官被称为行省，但是这些人的实际职责并未以条例固定下来。前忽必烈时期，这些行省的官称有时可以与达鲁花赤及留守互换。尽管在忽必烈时代军民分治得到巩固，但在行省一级军政管辖是合一的。行省对国内戍军的大部分都有统帅权，但在紧急军事情况下要临时设置行枢密院统管军队。
至少在1287年与1309年，行中书省两次在短期内被称为行尚书省，以后又恢复其本来的名称。这种名称的变换在元代制度史上是很典型的。我们可以断定的是，这种机构名称的改换，通常没有伴随着实际功能的变动。
一些历史学家曾强调行中书省对中书省的独立与自主，但元代史料却很少有材料来证实这一观点。在叙述行中书省的职责与机构时，《元史》间接提到它们有权根据需要任命自己的书吏、通事、知印、宣使以及衙门中的其他一些低级人员，但还没有证据说明行省进而对级别较高的或者更重要的行政官员有任命权。②元代文官政府与早先的中国文官政府的不同之处在于京都以下的多层次政府机构以及这些机构中文官官职的冗杂。这样，行省以下依次为：道、路、散府或府、州、县，以及路或府之下被称为录事司的特别区。在行政宝塔层中，并不是在每一层都必有下属机关。换句话说，11个行省中的8个直接管辖府，它们中间没有路一级机构。而甘肃等处行中书省除了管辖7个路以外，还直接管辖两个州。
高丽行省，即征东等处行中书省，其下属政府机构又有所不同，因为在元代高丽国王曾充任中书省左丞相，被授予权力选派自己的下属。①在蒙古人第二次征日本失败的1281年，日本行中书省曾短暂地存在过。②不用说，这个短命的行省在日本既无职任又无权力；它的设立仅仅反映了蒙古人对于东征的乐观，以及他们利用高丽作为侵日基地的意图。
统辖蒙古本土的岭北行省的组织亦与其他行省不同。尽管岭北地域广阔，岭北行省下并无特别机构，仅设和宁路这一行政机构而已。
行省以下一级为道。那些由宣慰司管理的道，作为地区一级军政总管是十分重要的。宣慰司本身掌管边疆的军务，监督当地的军队调动及其物资供应。作为政府的一个地区性机关的道，其部分职能与御史台有关。御史台的肃政廉访司设在道一级，其数目由1277年的8个到1299年的22个，逐年增加。行省和宣慰司管理的道的地理范围跟御史台肃政廉访司下的道的地理范围究竟是不是一致，我们还不是很清楚。①道下边的行政级别为路。路依据人口及战略地位分为上、下两等。同样，州、县亦根据人口多寡而分为上、中、下三等，而府并无此区分。《元史》指出府的责任在于促进农业、监督军户或奥鲁，与路的职责相同。
行省以下各级政府机构有一相似特征，即每一级均有任命的达鲁花赤，其级别、俸禄、衙门的大小都跟另一个主管官相同。例如，一县之长县尹与县达鲁花赤领取同样的俸禄，两人有同样大小的衙门，两人的品秩亦相同。虽然这种双官制可能起因于占领者的心理，但忽必烈时期以及后来的文职达鲁花赤并未享受到什么特权。
元代有关携带武器的条例稍许显示了这样的迹象：文官达鲁花赤在这方面比与他地位相等的行政官员要受到些优待。1263年忽必烈即位不久下御旨，特别给予蒙古、畏兀儿、回回、斡脱商人、猎户、弓手与达鲁花赤等携带武器的权利。②可是元代儒官王恽（1227—1304年）在其慷慨激昂的文章中曾提到对武器的控制，他只提到军户、斡脱商人、弓手、猎户及回回这几种人准许携带弓箭。此外他指出，行省文官三品以下均不准携带武器，在武装起来的强盗面前是无力自卫的。③在王恽所列的有权携带武器的几种人中并无达鲁花赤。文官达鲁花赤的最高品秩为正三品（上路），这也证明了王恽的观察：所有副二品以下地方官在携带武器方面都受同样规定的限制。根据元代其他有关武器的条例，只有在没有蒙古武官的情况下，文官达鲁花赤与色目长官才能进入武库进行监督。①达鲁花赤的日常职责与他们的同行一样，主要是对其他官员的工作进行监督指导，并不亲自参与收税一类工作，因为收税要直接与当地百姓打交道。即使根据民族成分来看，达鲁花赤与其他的地方政府主官也不是总能区分开来的。忽必烈曾下谕旨，只许蒙古人充任达鲁花赤，在没有蒙古人的情况下才任用色目人。但在实践中却很难行得通，有时候达鲁花赤这一蒙古人的职位却由汉人充当。
由于人口有限，受过训练有能力担任达鲁花赤地方官的蒙古人供不应求。从元代方志中可以看出达鲁花赤的民族成分与信仰是相当广泛的，有蒙古人、回回、畏兀儿人、也里可温、汉人、女真人、钦察人、康里人、唐兀人等等。达鲁花赤确实是有元一代蒙古人统治中国过程演变的缩影。虽然蒙古人对定居民族进行统治时，不得不对自身的制度有所调整，但是他们仍然用这种或那种形式将这些制度保留到了最后。
在元朝统治下，地方官的人数和权力都增长得很快。由于科举直到1313年才被恢复，所以它在元朝并不是进入仕途的主要途径，很多人不管是否受过专业训练，都是首先当书吏，从无品秩或低品秩干起，直到年资较高时，才可能取得地方官的品秩与薪俸。②这一入仕过程与清朝不同。清代幕友常常已经是秀才或举人，却仍旧留在幕府较长时间，等待清代官僚机关的空缺。元代的吏员不经过科举，他们的升迁是通过周期为30个月或40个月一次的铨选。
举个例子，某人做了30个月的县司吏并且铨选通过，就可以在府或州一级为吏，又过30个月，如果他能继续通过铨选，就可以担任路吏。担任路吏之后还要通过三次铨选，即要当90个月的路吏，才有可能进入官僚机构成为正式的官员。总之，要在地方政府官僚机构中谋求一个小官职（其地位并不比最高的吏高），一个人要花上12年半的时间充当吏员。但30个月期满后是否能够得到晋升仍无保证，吏员往往是在同一级的不同机构之间迁调，如库吏转为狱吏等。当时人对元政府的批评中就提到吏员从地方调至中央，然后又调回地方，根本不考虑他就职的连续性。①即使成为一名县吏也非易事。一个人在十四五岁时最有可能成为贴书，也许干上十年抄抄写写的事而没有任何薪俸。然后到二十四五岁他有可能当上县吏；如果幸运的话，他40岁时可以成为路吏。
汉人学者对元代吏员的指责是十分强烈的。他们敏感地将官僚机构各种各样的失职无能都归咎于此。虽然元代的吏员不是文盲，但他们通常仅有十分有限的儒学修养，往往用法律方面的知识而不是伦理道德来处事。尽管他们受到汉人学者的蔑视，但后者的儒学修养并不能给他们带来官员的地位。元代吏员不同于以往的吏员，他们长于法律的背景无疑使他们更适合主管衙门，他们以精通法律而闻名，而正是这些知识与技能造成使他们对政府的日常行政事务比